五引物单管聚合酶链反应（PCR）扩增法快速测定人CYP2D610等位基因的类型

以人CYP2D6 10等位基因位点为研究对象,建立了一种由5条引物同时PCR扩增在单管中进行等 位基因快速检测的新方法。该方法在等位基因特异性扩增法的基础上,在内引物3′端引入了一个人工错配 碱基并在5′端附加一段“尾巴”作为引物的锚定部分,使扩增反应的特异性得到了提高。本实验所建立的方 法可在单管中同时完成SNP3种可能等位基因类型的快速检测。实测了47份样品的CYP2D6 10等位基因 的类型,并随机对其中20份样品的测定结果用RFLP法进行了验证,结果完全一致。结果表明本法简便、快 速,结果准确。

应用等位基因特异性PCR检测血管紧张素原基因突变

目的:建立检测血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因2种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对AGT基因T174M和M235T这2种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中AGT基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定。结果:在海南汉、黎族人群中,T174M突变位点可检测出TT、TM、MM 3种基因型,M235T突变位点可检测出MM、MT、TT 3种基因型,用等位基因特异性PCR鉴定的AGT基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合。结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定AGT基因突变类型的可行方法。

应用等位基因特异性PCR检测胆固醇酯转运蛋白基因突变

目的:建立检测胆固醇酯转运蛋白(cholesterol ester transfer protein,CETP)基因6种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对CETP基因TaqIB(G→A)、I405V(A→G)、D442G(A→G)、R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)这6种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中CETP基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定。结果:在海南汉、黎族人群中,TaqIB(G→A)突变位点可检测出GG、GA、AA3种基因型,I405V(A→G)突变位点可检测出AA、AG、GG3种基因型,D442G(A→G)突变位点可检测出AA、AG2种基因型,但在海南汉、黎族人群中未检测到R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)3种突变类型,用等位基因特异性PCR鉴定的CETP基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合。结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定CETP基因突变类型的可行方法。

等位基因特异性多重PCR快速检测结核分枝杆菌喹诺酮耐药性的初步研究

目的建立等位基因特异性多重聚合酶链反应(multiplex allele-specific PCR,MAS-PCR)技术,以快速检测结核分枝杆菌对喹诺酮的耐药性。方法根据结核分枝杆菌gyrA基因序列,分别设计4条特异性寡聚核苷酸引物,优化PCR条件,建立针对gyrA基因90和94位点突变进行检测的MAS-PCR技术,对临床分离菌株进行喹诺酮耐药性检测,同时以比例法和DNA直接测序法做对照。结果共对144株喹诺酮敏感株和56株喹诺酮耐药株进行了MAS-PCR检测。MAS-PCR与比例法比较,敏感性为53.57%(30/56);与DNA测序比较,敏感性为71.43%(30/42),特异性均为100%(144/144)。结论 MAS-PCR技术检测结核分枝杆菌对喹诺酮耐药性简便、快速、特异性高,但敏感性需进一步提高。

等位基因特异性PCR方法检测炭疽芽胞杆菌致死因子基因点突变的评价

目的建立并评价等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)在筛选炭疽芽胞杆菌致死基因点突变中的作用。方法等位基因特异性PCR方法。结果等位基因特异性PCR扩增的筛选方法假阳性率较高,其特异性与引物3′端的碱基类型关系不大,与退火温度、模板浓度等均有关系。高保真Taq DNA聚合酶不能改善这种假阳性。结论等位基因特异性PCR筛选方法影响因素较多,假阳性率高,不适于直接作为点突变的筛选方法。

等位基因特异性PCR技术及其法医学应用

等位基因特异性PCR(allele-specific polymerase chain reaction,AS-PCR)是一种基于等位基因特异性引物引导的PCR技术,可以有效地分析单核苷酸多态性(SNP),包括碱基的转换、颠换以及插入/缺失多态性,在疾病研究、分子诊断以及法医物证学研究中具有很好的应用价值。本文系统地综述了AS-PCR技术的原理、检测手段、改进方法及在常染色体、Y染色体和线粒体SNP等领域的研究成果,探讨其法医学应用价值。

二球悬铃木花粉变应原特应性体质与HLA-DRB1等位基因相关性分析

目的建立对二球悬铃木花粉过敏的特应性体质者的HLA-DRB1等位基因的PCR-SSP检测方法,探讨江苏汉族人二球悬铃木花粉变应原特应性体质者与HLA-DRB1等位基因的相关性。方法用酚-氯仿法提取全血DNA,合成8对等位基因特异性引物,用PCR-SSP方法检测20例江苏汉族二球悬铃木花粉过敏体质者和36例健康人HLA-DRB1*0401,*0402,*0403,*0404,*0405,*0406,*0407,*0408等位基因。结果经优化实验条件,建立了HLA-DRB1的8个等位基因的PCR-SSP检测方法,获得了患者组和健康人组上述HLA-DRB1等位基因的分布资料。二球悬铃木花粉变应原特应性体质者DRB1*0405和*0406基因频率高于健康人对照组而DRB1*0402基因频率低于健康人对照组。其他5个等位基因频率二组间无显著性差异。结论HLA-DRB1*0406和*0405可能是对二球悬铃木花粉变应原过敏的I型变态反应特应性体质者的可疑候选易患等位基因,而DRB1*0402基因可能是与之相关的具有抵抗作用的等位基因。

血小板新等位基因Cab^(a+)在汉族人群中的调查

目的对血小板新等位基因Caba+进行分型并调查其在中国汉族部分人群中的分布。方法采用PCR-SSP方法对无亲缘关系的健康无偿献血者进行Caba+基因分型,采用基因计数法进行基因频率、基因型频率的计算。结果 299例正常人的Caba-基因频率为1.000,Caba+基因频率为0.000;Caba+/+、Caba+/-的基因型频率均为0.000,Caba-/-基因型频率为1.000。结论 Caba-(2235G)为高频抗原,Caba+(2235T)为低频抗原,299份标本中尚检测不出Caba+基因。

疑难ABO血型标本的表型与相应等位基因的检测

目的探讨分析疑难ABO血型标本与其等位基因的检测,为临床遇到的疑难ABO血型标本提供可靠的血型鉴定方法。方法选取2013年8月到2014年8月期间在笔者就职医院各科室送检的临床病人血液样本9例,首先按照常规血型检测技术进行ABO血型血清学试验,确定ABO正反定型,再采用盐酸胍/蛋白酶K裂解提取法对ETDA抗凝处理后的静脉外周血进行DNA提取,再使用聚合酶链反应-序列特异性引物法(PCR-SSP)对9例血样进行ABO血型基因分型检测。结果 9例临床病人血清学表型为:AxB 2例、AB亚1例、A亚B亚1例,Ax 2例,B亚3例,9例患者基因型分别为为:A/B 4例,A/O 2例,B/O 3例,通过PCR-SSP检测所得基因型与血清学表型结果相一致。结论利用聚合酶链反应-序列特异性引物法(PCR-SSP)对血清学方法鉴定ABO血型结果为正反不定型的疑难血型标本进行基因型检测,能准确地确定患者的血型抗原,为临床疑难ABO血型患者制定安全有效的用血方案提供保障。

等位基因特异性多重聚合酶链反应技术对载脂蛋白E基因多态性检测的评价

载脂蛋白E（apolipoproteinE、apoE）是血浆主要载脂蛋白之一，具有明显的遗传多态性，3种常见的等位基因（ε2、ε3、ε4）分别编码3种主要异构体（E2、E3、E4），产生6种不同的基因型（ε2/ε2、ε2/ε3、ε2/ε4、ε3/ε3、ε3/ε4、ε4/ε4）。apoE基因多态性不仅是心血管疾病的一种重要易患因素，而且与Alzheimer病密切相关。

等位基因特异性多重聚合酶链反应方法用于快速检测结核分枝杆菌利福平耐药株

目的建立检测耐利福平(RFP)结核分枝杆菌的等位基因特异性多重聚合酶链反应(multiplex allele specific polymerase chain reaction,MAS-PCR)方法,快速、特异地检测rpoB基因核心突变区的主要突变,用于快速诊断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。方法根据结核分枝杆菌的rpoB序列,分别设计出3对特异性寡聚核苷酸引物,采用MAS-PCR技术,分别检测rpoB基因上531、526、516这3个最常见的突变位点的突变。结果对临床分离的利福平敏感株(15株)及利福平突变株(81株)进行检测,以直接测序结果为参照,对利福平耐药株的总检出率为81.5%(66/81)。结论MAS-PCR方法敏感、特异,可快速、简便地检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,有利于耐药结核分枝杆菌的快速检测。

应用等位基因特异性多重聚合酶链反应同步检测结核分枝杆菌的耐药性

目的建立可同步检测结核分枝杆菌katG和ropoB基因突变的等位基因特异性多重聚合酶链反应(MASPCR)的方法,以快速检测结核分枝杆菌对利福平(RFP)和异烟肼(INH)的耐药性。方法根据结核分枝杆菌katG和rpoB基因序列,分别设计特异性寡聚核苷酸引物,采用MASPCR技术,分别检测katG基因315位点和rpoB基因中531、526和516三个最常见的突变位点。结果19株INH敏感株中均未发现katG基因315位点的突变,耐药株中发现有79.2%(61/77)的菌株存在突变;15株RFP敏感株中未发现rpoB基因突变。MASPCR方法可检测出81.5%(66/81)的利福平耐药株。结论MASPCR方法对katG和rpoB基因的同步检测有较高的敏感性和特异性,有望用于耐药结核分枝杆菌的快速检测。

HLA-DRB1等位基因多态性与慢性髓性白血病易感性关联的研究<英文>

为了探讨慢性髓性白血病(CML)易感性与HLA-DRB1等位基因多态性之间的关联性,试图找出慢性髓性白血病的易感基因。采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)DNA分型技术对48例CML患者和105例健康人对照组进行了HLA-DRB1基因分型。结果显示,CML与HLA-DR4基因关联,基因频率为22.9％,RR=5.076,x^2=17.88,P<0.01;其它等位基困频率在CML组与对照组间差异无显著性。提示在河南汉族人群中,HLA-DR4与CML有关联。

皖籍汉族人寻常型银屑病与HLA-Cw*0602等位基因的关联研究

为探讨皖籍汉族人寻常型银屑病(PV)与HLA-Cw0602等位基因的关联性,运用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)法,检测了安徽籍汉族人166例PV患者HLA-Cw0602等位基因频率,分析了携带该等位基因的PV患者与其家族史的相互关系,并与248例健康对照相比较。结果:病例组HLA-Cw0602等位基因频率较对照组显著升高(17.9%vs5.4%,OR=4.13,95%可信限2.38～7.16,P<0.001),且无性别差异;携带HLA-Cw0602等位基因的PV患者发病年龄早于不具有该等位基因的PV患者;有PV家族史患者携带HLA-Cw0602等位基因的频率显著高于无PV家族史患者(37.4%vs11.5%,OR=5.62,95%可信限2.54～12.57,P<0.001)。表明皖籍汉族人PV与HLA-Cw0602等位基因高度关联,且携带该等位基因的PV患者易发生早发型(发病年龄<40岁)银屑病,并有家族倾向性。

疑难ABO血型标本的表型与相应等位基因的检测分析

文章选取某医院2019年1月到2020年1月间的患者血液样本8例,按照常规血型检测技术进行血清学试验,确定ABO正反定型,随后采用盐酸胍/蛋白酶K裂解提取法从抗凝处理后的静脉外周血中提取DNA,最后采用聚合酶链反应-序列特异性引物法对该8例血样进行ABO血型的基因分型检测,检测结果与血清学表型相同。这说明,使用聚合酶链反应-序列特异性引物法,可以对血清学方法难以鉴定的疑难血型进行基因分型检测,准确确定血型抗原,为临床患者的用血方案提供保障。

HLA-DQ/DP等位基因与粤籍汉族斑秃及中医证型的相关性研究

目的探讨HLA-DQ/DP等位基因与粤籍汉族斑秃及中医证型的相关性。方法采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)分型技术,对51例粤籍汉族斑秃患者的HLA-DQ/DP等位基因进行检测,并与110名粤籍汉族健康人群进行对照。结果 HLA-DQA1*0201、DQA1*0601、DQB1*0501、DQB1*0602、DPA1*0103基因频率斑秃组显著高于对照组,有极显著性差异(P<0.05或P<0.01);DQB1*0301、DPA1*0201基因频率斑秃组显著低于对照组(P<0.05);DQA1*0301气血两虚证基因频率显著高于其他证型(P<0.05)。结论 HLA-DQA1*0201、DQA1*0601、DQB1*0501、DQB1*0602、DPA1*0103可能是斑秃的易感基因,DQB1*0301、DPA1*0201可能是斑秃的保护基因,DQB1*0301主要与重型组有关,DQB1*0501、DPA1*0103则与轻型组相关,DQA1*0301可能是气血两虚证的易感基础。

慢性乙型肝炎与HLA-DRB1等位基因相关性的研究

目的探讨慢性乙型肝炎与HLA-DRB1等位基因多态性之间的 关系。方法采用聚合酶链反应/序列特异性引物（PCR/SSP）技术对52例 慢性乙型肝炎和106例正常人的HLA-DRB1等位基因多态性进行了分析。结果HLA-DRB1*0301在慢性乙型肝炎组的等位基因频率明显高于对照组（17.13% vs 5.67%, χ2=12.306 8, Pc=0.007 4, RR=4.15）。HLA-D RB1*1101/1104在慢性乙型肝炎组的等位基因频率明显低于对照组（0.96% vs 6.13%, χ2=4.619 6, RR=0.14），但经较正后，Pc＞0.05。其他等位基因频率在实验组 和对照组间差异无显著性。结论H LA-DRB1*0301与慢性乙型肝炎的易感性呈正相关，可能是慢性乙型肝炎的易感基因。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

支气管哮喘HLA-DRB1等位基因分析

目的 :用分子生物学的方法探讨HLA DRB1 等位基因与免疫遗传的关系。方法 :应用序列特异性引物聚合酶链反应 (PCR SSP)基因分型方法鉴定HLA DRB1 与天津地区支气管哮喘 (asthmaAS)的相关性。结果 :表明支气管哮喘患者的DR3 较健康对照明显升高 (11 76 %vs3 33% ,χ2 =4 2 5 ,P<0 0 5 ) ;而DR6(1 3 ) 在支气管哮喘患者中虽有升高 ,但无统计学意义 (8 82 %vs 4 44 % ,χ2 =1 2 5 ,P >0 0 5 ) ;支气管患者DR2 (1 5) 频率明显降低 (5 88%vs 16 6 7% ,χ2 =4 2 6 ,P <0 0 5 )。结论 :表明DR3 与支气管哮喘易感性呈正相关 ,而DR2 (1 5)