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蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性
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作者 李润琳 金朗 黄伟峰 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第4期519-526,共8页
利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离... 利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。 展开更多
关键词 残翅病毒 克隆不稳定性 病毒基因组全长克隆
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适用于基因全长克隆的灰毡毛忍冬不同器官总RNA提取方法筛选 被引量:6
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作者 刘湘丹 徐玉琴 +2 位作者 王珊 童巧珍 周日宝 《湖南中医药大学学报》 CAS 2015年第12期60-63,共4页
目的获取灰毡毛忍冬不同器官总RNA的最佳提取方法。方法以灰毡毛忍冬叶、茎、花蕾为材料,分别采用SDS法、Trizol法、改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法提取总RNA,比较分析实验结果。结果 SDS法不适用于三种器官样品总RNA的提取;Trizol法仅... 目的获取灰毡毛忍冬不同器官总RNA的最佳提取方法。方法以灰毡毛忍冬叶、茎、花蕾为材料,分别采用SDS法、Trizol法、改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法提取总RNA,比较分析实验结果。结果 SDS法不适用于三种器官样品总RNA的提取;Trizol法仅适用于叶总RNA的提取;改良CTAB法对茎总RNA提取效果最佳;而多糖多酚试剂盒法提取的花蕾总RNA质量高、完整性较好,且通过RT-PCR扩增能获得特异性条带。结论 Trizol法最适于灰毡毛忍冬叶总RNA提取;改良CTAB法最适于茎总RNA提取;多糖多酚试剂盒法最适于花蕾总RNA提取;3种方法提取出来的总RNA均能满足灰毡毛忍冬中相关基因全长克隆及时空表达分析的要求。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 基因全长克隆 总RNA 不同器官 提取方法
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泥蚶谷胱甘肽过氧化物酶基因的全长克隆与表达分析 被引量:5
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作者 程雪艳 蒋国萍 +1 位作者 柴雪良 滕爽爽 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1144-1151,共8页
为了探讨谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPx)基因在泥蚶应激反应中的作用,研究采用RACE技术克隆了泥蚶GPx基因(TgGPx)c DNA全长,其c DNA全长1195 bp,包含45 bp 5′-UTR,639 bp开放阅读框(ORF)和511 bp 3′-UTR。ORF编码21... 为了探讨谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPx)基因在泥蚶应激反应中的作用,研究采用RACE技术克隆了泥蚶GPx基因(TgGPx)c DNA全长,其c DNA全长1195 bp,包含45 bp 5′-UTR,639 bp开放阅读框(ORF)和511 bp 3′-UTR。ORF编码212个氨基酸残基,预测蛋白分子量为24.3 k D,理论等电点为8.33,其中,第53个氨基酸U是由密码子202UGA204编码的硒代半胱氨酸(Se-Cys)。在3′-UTR上存在一段序列,形成一种独特的茎环结构,即SECIS元件。SECIS元件在密码子UGA翻译为Se-Cys的过程中起决定性作用。通过序列比对与系统进化分析,发现软体动物中也存在不同种类的GPx基因,TgGPx与GPx1和GPx2的亲缘关系较近。利用qRT-PCR技术对TgGPx在泥蚶的不同组织以及重金属刺激后的表达量进行分析,结果表明,TgGPx在泥蚶的5个组织中都有表达,但存在组织特异性,在外套膜中的表达量最高,在血细胞中的表达量最低。用重金属铅、铜、镉刺激后,TgGPx在肝胰脏中的表达量显著升高,表明TgGPx在维护机体正常功能方面及泥蚶抵御外界刺激的应激反应中发挥作用。 展开更多
关键词 泥蚶 谷胱甘肽过氧化物酶 全长克隆 基因表达
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日本沼虾含硒谷胱甘肽过氧化物酶全长克隆及表达分析 被引量:6
4
作者 王雪参 王文锋 +1 位作者 刘方 宁黔冀 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1113-1118,共6页
为探讨日本沼虾(Macrobrachium nipponense)的免疫机制及含硒谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)在甲壳动物解毒和免疫应激反应中的作用,本文采用RACE法克隆了日本沼虾Se-GPx cDNA全长,其cDNA全长为908 bp,5′-UTR的长度为91 bp,3′-UTR长为256... 为探讨日本沼虾(Macrobrachium nipponense)的免疫机制及含硒谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)在甲壳动物解毒和免疫应激反应中的作用,本文采用RACE法克隆了日本沼虾Se-GPx cDNA全长,其cDNA全长为908 bp,5′-UTR的长度为91 bp,3′-UTR长为256 bp,包括1个保守的硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)和1个polyA尾,开放阅读框长度为561 bp,编码由186个氨基酸组成的多肽,其中,第39个氨基酸为TGA编码的硒代半胱氨酸。同源性和相似性分析显示日本沼虾的Se-GPx在甲壳动物中与罗氏沼虾相似度最高,在脊椎动物中与GPx1和GPx2家族的相似度比较高。日本沼虾Se-GPx基因在血细胞、肝胰腺、肌肉、卵巢、表皮以及大颚器官中都有表达,尤其在血细胞中表达量相对较高。用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)刺激后3h和6h,血细胞Se-GPx基因表达量显著升高。结果表明,日本沼虾Se-GPx作为一种重要的抗氧化酶,在维护组织正常功能方面及免疫应激反应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 日本沼虾 含硒谷胱甘肽过氧化物酶 全长克隆 表达分析
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西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究 被引量:5
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作者 施志仪 程千千 宋佳坤 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1173-1182,共10页
采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长1322bp,其包括的137bp的5′端非翻译区,57bp的3′端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128bp开放阅读框。与... 采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长1322bp,其包括的137bp的5′端非翻译区,57bp的3′端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128bp开放阅读框。与其他物种比对,该基因具极高的保守性。同时也利用同源克隆技术获得了西伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上。以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利亚鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达。其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍。同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性。在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点。本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据。 展开更多
关键词 西伯利亚鲟 Β-ACTIN cDNA全长克隆 SOX2 内参基因
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谢瓦氏曲霉间型变种veA基因全长克隆及序列分析 被引量:4
6
作者 马权 刘永翔 刘作易 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期136-139,共4页
为进一步研究谢瓦氏曲霉间型变种中veA基因的结构及其与有性发育的关系,以谢瓦氏曲霉间型变种为有性发育研究材料对veA基因进行全长克隆,根据已克隆到的veA保守区片段设计基因特异性引物(GSP),使用RACE技术从总RNA克隆到了长度为2 515 b... 为进一步研究谢瓦氏曲霉间型变种中veA基因的结构及其与有性发育的关系,以谢瓦氏曲霉间型变种为有性发育研究材料对veA基因进行全长克隆,根据已克隆到的veA保守区片段设计基因特异性引物(GSP),使用RACE技术从总RNA克隆到了长度为2 515 bp的veA基因的cDNA。序列分析表明,该cDNA编码有562个氨基酸残基,其预测蛋白质序列与丝状真菌的其他种相应预测蛋白质比对结果发现,其相似性较好,保守区序列集中于蛋白质的N端。进一步研究表明,该基因开放阅读框内只含一个内含子,长度为54 bp,位于起始密码子下游149 bp处。说明,已成功地从谢瓦氏曲霉间型变种中克隆到了veA基因。 展开更多
关键词 谢瓦氏曲霉间型变种 veA基因 有性发育 全长克隆
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黄瓜花叶病毒西番莲分离物RNA3的cDNA全长克隆和序列分析 被引量:8
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作者 王海河 谢联辉 林奇英 《福建农业大学学报》 CSCD 北大核心 2001年第2期191-198,共8页
采用 RT- PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物 ( CMV- PE)全长 RNA3.经核苷酸序列测定 ,明确 PE分离物 RNA3全长 2 2 16nt,含有 2个开放阅读框 ( ORF) ,其中 5'端的 ORF( 12 1- 963nt)编码2 79aa的 3a蛋白 ,3'端 ORF( 1... 采用 RT- PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物 ( CMV- PE)全长 RNA3.经核苷酸序列测定 ,明确 PE分离物 RNA3全长 2 2 16nt,含有 2个开放阅读框 ( ORF) ,其中 5'端的 ORF( 12 1- 963nt)编码2 79aa的 3a蛋白 ,3'端 ORF( 12 60 - 1916nt)编码 2 18aa的 CP蛋白 .5'端非编码区 ( NR)长 12 0 nt,基因间隔区 ( IR)长 2 96nt,3'端 NR区含 30 1个碱基 .PE分离物编码的 3a蛋白中最明显的特征是在 136- 141位有一个独特的 VWCL SS区域 .将 CMV- PE的 RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属 CMV亚组 I的其它分离物进行比较 ,发现症状相似的 CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性 。 展开更多
关键词 黄瓜花叶病毒 西番莲 分离物 RNA3 全长CDNA克隆 序列分析
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白花丹参HDS基因的全长克隆与原核表达分析 被引量:6
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作者 姜丹 荣齐仙 +3 位作者 袁庆军 张文婧 张永清 黄璐琦 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1614-1620,共7页
根据丹参转录组数据库提供的基因片段设计特异性引物,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从白花丹参中克隆1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶基因的全长cDNA序列,命名为SmHDS,GenBank注册号KJ746807。序列长度为2 529 bp,含... 根据丹参转录组数据库提供的基因片段设计特异性引物,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从白花丹参中克隆1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶基因的全长cDNA序列,命名为SmHDS,GenBank注册号KJ746807。序列长度为2 529 bp,含有2 229 bp的开放阅读框,推测编码742个氨基酸,含有170 bp的5'UTR和130 bp的3'UTR。利用生物信息学软件对获得的序列进行同源性分析,得出SmHDS与紫花丹参HDS的亲缘关系较近。原核表达分析结果表明SmHDS在大肠杆菌中表达出与预测蛋白大小相当的目标蛋白,同时对影响蛋白表达的4个因素,即诱导温度、诱导时间、IPTG浓度和诱导时宿主菌的密度(A600)进行了优化,得出SmHDS蛋白表达的最佳条件为:温度30℃、诱导时间20 h、IPTG终浓度0.2 mmol·L-1、宿主菌的密度(A600)值为0.6。这为进一步研究1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶在丹参酮类化合物生物合成途径中的作用提供了理论依据。 展开更多
关键词 白花丹参 HDS 全长克隆 原核表达
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桃蛀螟CpunPBP2基因的全长序列克隆、分子结构及系统发育分析 被引量:1
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作者 朱秀云 徐鹿 +3 位作者 王志强 陈耕 李进步 张亚楠 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第20期50-53,75,共5页
气味结合蛋白(odorant binding protein,简称OBP)能结合进入到触角内的脂溶性气味物质进行并运送到感受神经元受体部位,被认为是昆虫嗅觉的第1个生化步骤,其中性信息素结合蛋白(pheromone binding protein,简称PBP)属于OBP家族。利用cDN... 气味结合蛋白(odorant binding protein,简称OBP)能结合进入到触角内的脂溶性气味物质进行并运送到感受神经元受体部位,被认为是昆虫嗅觉的第1个生化步骤,其中性信息素结合蛋白(pheromone binding protein,简称PBP)属于OBP家族。利用cDNA末端快速扩增技术(rapid-amplification of cDNA ends,简称RACE)在已有报道桃蛀螟CpunPBP2片段的基础上,设计特异性扩增引物获得该基因的全长cDNA序列。序列分析表明,CpunPBP2基因具有昆虫OBP典型特征,即6个保守的半胱氨酸位点和信号肽序列。同源比对结果发现,CpunPBP2的氨基酸序列与其他鳞翅目昆虫PBP2均具有较高的相似性。进一步进化分析结果表明,CpunPBP2能聚在鳞翅目昆虫PBP/GOBP超家族内。本研究结果为进一步分析桃蛀螟PBP2的生理功能奠定了分子基础。 展开更多
关键词 桃蛀螟 基因 气味结合蛋白 性信息素结合蛋白 CDNA末端快速扩增技术 全长克隆 系统发育分析
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欧洲花楸糖基转移酶基因的全长克隆与表达分析 被引量:5
10
作者 李佳兴 莫歌 +5 位作者 周良云 刘亚辉 蒋靖怡 谭宇萍 唐金富 郭兰萍 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期167-172,共6页
目的:研究欧洲花楸植保素糖基化修饰的相关基因,从欧洲花楸悬浮细胞中克隆糖基转移酶(glycosyltransferase,GT)基因,进行序列分析和原核表达。方法:基于欧洲花楸转录组数据设计特异性引物,克隆得到2条Sa UGTs基因的c DNA序列,构建HIS-MB... 目的:研究欧洲花楸植保素糖基化修饰的相关基因,从欧洲花楸悬浮细胞中克隆糖基转移酶(glycosyltransferase,GT)基因,进行序列分析和原核表达。方法:基于欧洲花楸转录组数据设计特异性引物,克隆得到2条Sa UGTs基因的c DNA序列,构建HIS-MBP-pET28a-SaUGTs原核表达载体,诱导表达Sa UGTs重组蛋白。结果:克隆得到2条糖基转移酶基因Sa UGT1和Sa UGT2序列,完整开放阅读框为1 458 bp和1 431 bp,分别编码485和476个氨基酸,相对分子质量为54. 27 k Da和53. 49 k Da,理论等电点为5. 50和5. 63。生物信息学分析显示,无信号肽,含有糖基转移酶家族保守结构域(PSPG)。系统进化结果显示Sa UGT1和Sa UGT2蛋白与拟南芥UGT85家族亲缘关系较近。实时荧光定量PCR检测显示,欧洲花楸悬浮细胞经酵母提取物(YE)诱导后,Sa UGT1和Sa UGT2的相对表达量明显上调,分别在24 h和12 h达到最大值。通过IPTG诱导,在大肠埃希菌中成功表达Sa UGT1和Sa UGT2重组蛋白,并得到了纯化的重组蛋白。结论:该研究首次在欧洲花楸中克隆得到糖基转移酶基因,并成功构建了原核表达载体,为进一步研究该类基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 欧洲花楸 糖基转移酶 全长克隆 表达分析
原文传递
狂犬病病毒口服疫苗株SRV_9基因组全长cDNA的克隆及特性分析 被引量:9
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作者 王铁东 张守峰 +1 位作者 扈荣良 郭建顺 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期368-370,共3页
为了解狂犬病病毒口服疫苗株SRV9的基因序列与生物学特性的关系,明确其作为疫苗株的分子基础,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),获得了贯穿全基因组的3个重叠的cDNA片段。将获得的cDNA片段分别克隆至pMD-18T载体上并进行序列测定,对测... 为了解狂犬病病毒口服疫苗株SRV9的基因序列与生物学特性的关系,明确其作为疫苗株的分子基础,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),获得了贯穿全基因组的3个重叠的cDNA片段。将获得的cDNA片段分别克隆至pMD-18T载体上并进行序列测定,对测序结果进行拼接得到全长cDNA序列(GenBank登录号:AF499686)。SRV9株与亲本株SADB19全序列比较分析显示,二者同源性为99.8%,SRV9的变异主要发生在糖蛋白的编码区域,共有5个碱基发生改变,在转录酶蛋白编码区出现2个碱基的改变,其他蛋白编码基因均未出现突变;氨基酸比较分析显示,在转录酶蛋白氨基酸序列发生2个改变;糖蛋白成熟肽的第34位、292位、333位和338位氨基酸分别发生了Gly→Glu,Ala→Thr,Arg→Ser,Ile→Val的改变,其中第34位氨基酸位于第抗原区,第333位和338位氨基酸位于第抗原区。这些抗原位点的突变可能是引起病毒蚀斑特性改变、毒力降低和免疫原性及安全性提高的重要原因。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 全长CDNA克隆 特性分析
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茶氨酸合成酶基因的全长cDNA克隆及序列分析 被引量:6
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作者 李娟 邓婷婷 +4 位作者 吴扬 刘硕谦 李勤 刘仲华 黄建安 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期411-418,共8页
采用SMART RACE技术成功克隆了安吉白茶茶氨酸合成酶基因(TS)的全长cDNA序列,并将其登录Genbank,登录号为JN226569。TS基因的cDNA全长为1 503 bp,开放阅读框(ORF)为1 071 bp,编码356个氨基酸。经生物信息学分析,TS蛋白的氨基酸残基数为3... 采用SMART RACE技术成功克隆了安吉白茶茶氨酸合成酶基因(TS)的全长cDNA序列,并将其登录Genbank,登录号为JN226569。TS基因的cDNA全长为1 503 bp,开放阅读框(ORF)为1 071 bp,编码356个氨基酸。经生物信息学分析,TS蛋白的氨基酸残基数为356,分子量为39 250.3 Da,理论等电点(PI)为5.79,其氨基酸序列中可能不存在卷曲螺旋结构。TS蛋白不存在信号肽序列,不发生跨膜运动,属于亲水性的非分泌蛋白,其磷酸化位点有26个。通过亚细胞定位预测,安吉白茶TS蛋白是一种细胞质蛋白。克隆茶氨酸合成酶基因的全长cDNA序列,对于利用生物技术手段改良茶树品种,以调控茶树中茶氨酸的含量具有重要意义。 展开更多
关键词 茶氨酸合成酶 全长CDNA克隆 序列分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株基因组全长cDNA克隆的构建 被引量:4
13
作者 薛强 周艳君 +2 位作者 刘光清 仇华吉 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期401-407,共7页
猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位... 猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点 ,将PRRSV基因组设计为 8段进行了反转录和扩增 (RT_PCR) ,将得到的片段克隆到质粒pBluescriptIISK(_)或pMD 18T_vetcor中。在扩增 5’端时 ,运用 5’RACE获得了基因组 5’最末端序列 ,在亚克隆入pOK12前在 5’端上游引入了T7启动子序列。选取一个克隆在 3’端紧挨ORF7下游引入了PacⅠ位点 ,以期作为感染性分子克隆的分子标志。将扩增片段在pBuescriptIISK(_)中进行了部分连接后 ,亚克隆于低拷贝质粒pOK12中 ,在pOK12中进行了长片段的连接 ,并获得了基因组全长cDNA克隆。进行全基因测序后 ,在 3处发现有 6个核苷酸的缺失 ,运用插入突变修补丢失的碱基 ,最终获得了含有PRRSVCH_la株基因组全长cDNA的重组质粒pOKCH_laF和含有分子标志PcaⅠ的基因组全长cDNA克隆pOKCH_laPacIF。在本试验中构建的基因组全长cDNA克隆为进一步获得具有感染性的PRRSV分子克隆并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRPSV) 基因组全长cDNA克隆 感染性分子克隆
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泌盐植物长叶红砂质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(RtSOS1)全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:4
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作者 党振华 郑琳琳 +1 位作者 冯智 王迎春 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第3期1-6,共6页
长叶红砂为内蒙古东阿拉善-西鄂尔多斯地区特有珍稀泌盐,强旱生小灌木,对盐渍荒漠环境具有极强适应性。利用RT-PCR和RACE技术从该植物中分离出质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(RtSOS1),该cDNA全长为3 829bp,开放阅读框为3 438 bp,编码一个含... 长叶红砂为内蒙古东阿拉善-西鄂尔多斯地区特有珍稀泌盐,强旱生小灌木,对盐渍荒漠环境具有极强适应性。利用RT-PCR和RACE技术从该植物中分离出质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(RtSOS1),该cDNA全长为3 829bp,开放阅读框为3 438 bp,编码一个含1 145个氨基酸的蛋白质,推测分子量为126.76 kDa。氨基酸序列的生物信息学分析推测,该蛋白N端含有11个跨膜结构域,C端为一个长约700个氨基酸的亲水性尾,具有磷酸化和自我抑制结构域。同源性比对和系统发育分析证实,RtSOS1与其他植物的质膜Na+/H+逆向转运蛋白亲缘关系较近。 展开更多
关键词 长叶红砂 质膜Na+ H+逆向转运蛋白基因 全长CDNA克隆
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猪捷申病毒Swine/CH/IMH/03全长cDNA克隆的构建 被引量:2
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作者 吴波平 冯力 +4 位作者 时洪艳 陈建飞 孙东波 高秀春 白兴华 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期929-933,942,共6页
为构建猪捷申病毒(Porcine testhovirus,PTV)感染性克隆,进行病毒基因组结构、功能及新型疫苗研究,根据NCBI发表的PTV Swine/CH/IMH/03株及Talfan株核苷酸序列,设计并合成了4对特异性引物,PCR扩增并克隆覆盖PTV Swine/CH/IMH/03全长基... 为构建猪捷申病毒(Porcine testhovirus,PTV)感染性克隆,进行病毒基因组结构、功能及新型疫苗研究,根据NCBI发表的PTV Swine/CH/IMH/03株及Talfan株核苷酸序列,设计并合成了4对特异性引物,PCR扩增并克隆覆盖PTV Swine/CH/IMH/03全长基因组的4个片段。经过反复拼接和测序,最终将PTV全长cDNA定向克隆到pBluescript SK(+)中。PCR、双酶切及测序鉴定证明PTV全长cDNA克隆构建成功。与Swine/CH/IMH/03亲本株及NCBI登录的其他PTV毒株序列比对发现,该克隆只有3个位点存在核苷酸及氨基酸突变,分别位于2A、2C及3D中。 展开更多
关键词 PTV 全长CDNA克隆 感染性克隆
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鳗鲡病原性气单胞菌外膜蛋白基因全长的克隆与抗原决定簇分析 被引量:2
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作者 郭松林 王玉 +3 位作者 关瑞章 冯建军 林鹏 杨求华 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期144-152,共9页
为寻找存在于鳗鲡病原性气单胞菌间的共同外膜蛋白保护性抗原。通过NCBI/GenBank数据库检索,找出气单胞菌多种外膜蛋白的序列信息,经比对后找到一条高度保守的基因序列片段。据相应片段从嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和杀鲑气单... 为寻找存在于鳗鲡病原性气单胞菌间的共同外膜蛋白保护性抗原。通过NCBI/GenBank数据库检索,找出气单胞菌多种外膜蛋白的序列信息,经比对后找到一条高度保守的基因序列片段。据相应片段从嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和杀鲑气单胞胞菌(A.salmonicida)的全基因组序列中钓出Ⅱ型孔蛋白基因的全长序列及该基因区域之外两端的序列。根据嗜水气单胞菌和杀鲑气单胞胞菌这两端序列的保守区域设计一对特异性引物,用该引物扩增到鳗鱼病原库30株气单胞菌中11株菌的Ⅱ型孔蛋白基因全长,经测序后获得10株菌的Ⅱ型孔蛋白基因全长序列。选择遗传距离居中菌株,对该基因推导的表达产物进行蛋白结构预测、亲水性和抗原决定簇分析后发现,这些蛋白均具有三级结构,亲水性强且具有丰富的抗原决定簇。不同菌株的多个抗原决定簇经比对分析后,寻找到存在于多株鳗鲡病原性气单胞菌间的6个保守抗原决定簇。为养殖鳗鲡病原菌外膜蛋白共同保护性抗原的基因工程疫苗研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 外膜蛋白 病原性气单胞菌 全长基因克隆 共同抗原决定簇 鳗鲡
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Ⅰ型鸭肝炎病毒基因组全长cDNA克隆的构建与分析 被引量:2
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作者 云涛 倪征 +5 位作者 刘光清 余斌 陈柳 华炯钢 李双茂 张彦明 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2010年第5期27-31,共5页
【目的】建立Ⅰ型鸭病毒性肝炎(Duck hepatitis virus,DHV)的反向遗传系统。【方法】根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)ZJ-V/2006株全基因组序列设计并合成5对特异引物,进而应用RT-PCR技术分5段扩增了DHV全基因组cDNA。将扩增的cDNA重叠片段A... 【目的】建立Ⅰ型鸭病毒性肝炎(Duck hepatitis virus,DHV)的反向遗传系统。【方法】根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)ZJ-V/2006株全基因组序列设计并合成5对特异引物,进而应用RT-PCR技术分5段扩增了DHV全基因组cDNA。将扩增的cDNA重叠片段A、B、C和DE片段分别克隆到载体pBluescriptⅡKS(+)中,获得了DHV-ⅠZJ-V/2006株全长基因组cDNA克隆pBLDHV。在扩增5′末端时,引入ApaⅠ酶切位点和SP6启动子序列;在基因组3′末段PolyA尾引入NruⅠ酶切位点,以供cDNA模板的线性化之用。【结果】核酸序列分析表明,DHV-ⅠZJ-V/2006株基因组全长为7 711个核苷酸,与DHV-ⅠZJ-V BHK-21细胞分离株的同源性为99.9%;全长基因组中有6个核苷酸发生突变,均未导致对应的氨基酸发生改变,为沉默突变。【结论】成功构建了DHV-ⅠZJ-V/2006株基因组全长cDNA。 展开更多
关键词 Ⅰ型鸭病毒性肝炎 全长CDNA克隆 感染性克隆
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剑尾鱼P-糖蛋白基因全长cDNA克隆、分析及组织分布 被引量:2
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作者 王芳 李凯彬 +5 位作者 聂湘平 刘春 劳海华 王英英 梁慧丽 吴淑勤 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期817-823,共7页
P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)为ABC转运体超家族的主要成员,分布于细胞膜,依赖ATP供能,可将细胞内的亲脂性毒物或药物逆浓度泵出胞外,在机体解毒上具重要功能。研究采用RT-PCR和RACE法对剑尾鱼P-gp基因进行克隆并获得了全长cDNA序列43... P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)为ABC转运体超家族的主要成员,分布于细胞膜,依赖ATP供能,可将细胞内的亲脂性毒物或药物逆浓度泵出胞外,在机体解毒上具重要功能。研究采用RT-PCR和RACE法对剑尾鱼P-gp基因进行克隆并获得了全长cDNA序列4301 bp,该基因编码1286个氨基酸残基,估算编码蛋白的分子质量为141.64 kD。生物信息学分析表明,剑尾鱼P-gp不含信号肽序列,具ATP转运家族蛋白的典型结构域,包括2个疏水性的跨膜区(Transmembrane domains,TMD)和2个位于细胞浆内的核苷酸结合区(Nucleotide-binding domains,NBD),为全转运子,每个跨膜区都有6个跨膜α螺旋,而每个NBD包含1个ABC转运体家族标记序列;跨膜性质预测结果显示该蛋白属膜蛋白,具P-gp的典型特征。序列同源性分析发现,不同进化地位动物P-gp存在高度同源性,显示P-gp在系统进化上高度保守。P-gp在剑尾鱼肝脏、肾脏、脑等不同组织均有表达,其中以肝脏的相对表达量最高,是P-gp检测的代表组织。QRT-PCR实验表明,苯并(a)芘胁迫可明显诱导P-gp mRNA的表达。剑尾鱼P-gp的表达水平或可作为一个生物标记物指标,应用于环境持久性有机污染物的监测研究中。 展开更多
关键词 剑尾鱼 P-糖蛋白 ABC转运蛋白家族 全长CDNA克隆 组织分布 苯并(A)芘 生物标记物
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NSPL1全长克隆及其功能的初步研究
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作者 黄晓玮 周严 +3 位作者 李光涛 周海军 袁建刚 强伯勤 《云南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1999年第S3期250-251,共2页
关键词 全长克隆 中国医学科学院 基础医学研究 原位杂交 绿色荧光蛋白基因 脑组织 真核表达载体 中枢神经系统 蛋白定位 开放性阅读框架
原文传递
登革2型型内嵌合病毒全长cDNA克隆的构建 被引量:3
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作者 赵卫 胡志君 +6 位作者 杨佩英 秦鄂德 于曼 陈水平 王鹏程 耿丽卿 范宝昌 《微生物学免疫学进展》 2001年第2期8-12,共5页
运用OL PCR(OverlapPCR)方法 ,扩增出D2 0 4和D2 MON5 0 1结构蛋白区、5′非编码区等区域的嵌合片段 ,以此片段替换 pDVWS5 0 1质粒中的相应部分后 ,转化DH5α菌。测序结果表明 ,已成功构建含有D2 0 4株完整的PrM和E基因、一部分C基... 运用OL PCR(OverlapPCR)方法 ,扩增出D2 0 4和D2 MON5 0 1结构蛋白区、5′非编码区等区域的嵌合片段 ,以此片段替换 pDVWS5 0 1质粒中的相应部分后 ,转化DH5α菌。测序结果表明 ,已成功构建含有D2 0 4株完整的PrM和E基因、一部分C基因 ,及D2 MON5 0 1株非编码区、非结构蛋白区和大部分C基因的嵌合病毒全长cD NA(QH 0 4/MON5 0 1)克隆。为进一步研究登革 展开更多
关键词 登革2型病毒 嵌合病毒 全长CDNA克隆
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