蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性

利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。

鳗鲡病原性气单胞菌外膜蛋白基因全长的克隆与抗原决定簇分析

为寻找存在于鳗鲡病原性气单胞菌间的共同外膜蛋白保护性抗原。通过NCBI/GenBank数据库检索,找出气单胞菌多种外膜蛋白的序列信息,经比对后找到一条高度保守的基因序列片段。据相应片段从嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和杀鲑气单胞胞菌(A.salmonicida)的全基因组序列中钓出Ⅱ型孔蛋白基因的全长序列及该基因区域之外两端的序列。根据嗜水气单胞菌和杀鲑气单胞胞菌这两端序列的保守区域设计一对特异性引物,用该引物扩增到鳗鱼病原库30株气单胞菌中11株菌的Ⅱ型孔蛋白基因全长,经测序后获得10株菌的Ⅱ型孔蛋白基因全长序列。选择遗传距离居中菌株,对该基因推导的表达产物进行蛋白结构预测、亲水性和抗原决定簇分析后发现,这些蛋白均具有三级结构,亲水性强且具有丰富的抗原决定簇。不同菌株的多个抗原决定簇经比对分析后,寻找到存在于多株鳗鲡病原性气单胞菌间的6个保守抗原决定簇。为养殖鳗鲡病原菌外膜蛋白共同保护性抗原的基因工程疫苗研究奠定了理论基础。

适用于基因全长克隆的灰毡毛忍冬不同器官总RNA提取方法筛选

目的获取灰毡毛忍冬不同器官总RNA的最佳提取方法。方法以灰毡毛忍冬叶、茎、花蕾为材料,分别采用SDS法、Trizol法、改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法提取总RNA,比较分析实验结果。结果 SDS法不适用于三种器官样品总RNA的提取;Trizol法仅适用于叶总RNA的提取;改良CTAB法对茎总RNA提取效果最佳;而多糖多酚试剂盒法提取的花蕾总RNA质量高、完整性较好,且通过RT-PCR扩增能获得特异性条带。结论 Trizol法最适于灰毡毛忍冬叶总RNA提取;改良CTAB法最适于茎总RNA提取;多糖多酚试剂盒法最适于花蕾总RNA提取;3种方法提取出来的总RNA均能满足灰毡毛忍冬中相关基因全长克隆及时空表达分析的要求。

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株基因组全长cDNA克隆的构建

猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点 ,将PRRSV基因组设计为 8段进行了反转录和扩增 (RT_PCR) ,将得到的片段克隆到质粒pBluescriptIISK(_)或pMD 18T_vetcor中。在扩增 5’端时 ,运用 5’RACE获得了基因组 5’最末端序列 ,在亚克隆入pOK12前在 5’端上游引入了T7启动子序列。选取一个克隆在 3’端紧挨ORF7下游引入了PacⅠ位点 ,以期作为感染性分子克隆的分子标志。将扩增片段在pBuescriptIISK(_)中进行了部分连接后 ,亚克隆于低拷贝质粒pOK12中 ,在pOK12中进行了长片段的连接 ,并获得了基因组全长cDNA克隆。进行全基因测序后 ,在 3处发现有 6个核苷酸的缺失 ,运用插入突变修补丢失的碱基 ,最终获得了含有PRRSVCH_la株基因组全长cDNA的重组质粒pOKCH_laF和含有分子标志PcaⅠ的基因组全长cDNA克隆pOKCH_laPacIF。在本试验中构建的基因组全长cDNA克隆为进一步获得具有感染性的PRRSV分子克隆并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。

欧洲型PRRSV弱毒株全长基因组cDNA克隆的构建与分析

为了获得欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,通过RT-PCR技术扩增了AMERVAC-PRRS/A3弱毒株的全基因组,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择合适的酶切位点将各个亚克隆产物逐段克隆入改造过的pBluescriptⅡKS(+)载体中,从而获得了病毒的全长基因组cDNA克隆。测序结果表明,该弱毒株基因组序列全长为15 098 bp(不包括poly(A)尾)。同源性比较结果显示,Ningbo42株ORF7基因(EF473137)、FJ0603株Nsp2基因(EF592535)与该弱毒株的相应基因之间的同源性分别为100%和98%。这些数据暗示,国内欧洲型PRRSV Ningbo42株和FJ0603株的存在与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3密切相关。测序及酶切鉴定结果表明,欧洲型PRRSV全长基因组cDNA克隆已构建成功。

猪圆环病毒2型全基因组的克隆及病毒拯救

为构建猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型(PCV2)感染性DNA克隆,以淋巴结病料组织中分离的PCV2细胞培养适应毒株为材料,通过基因序列分析比对,在PCV2基因组序列XbaⅠ酶切位点区设计重叠引物,进行全长扩增并克隆至pMD-18T和pBluescript SK,获得载体pMD-PCV2和pBluescript SK-PCV2。将pMDPCV2重组质粒大量扩增后,用XbaⅠ切出PCV2全基因组,在体外用T4DNA连接酶使其自环化。通过脂质体法将PCV2自环化产物转染至PK15细胞,并且经15次连续传代,分别用PCR、RT-PCR和间接免疫荧光测定(Indirect immunofluorescence assay,IFA)检测到PCV2的复制、转录和蛋白表达。该研究成功构建具有感染性的PCV2全基因组DNA,为PCV2致病机理和基因功能研究奠定基础。

新型高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒株全长cDNA克隆的构建与分析

为了获得高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)弱毒株的全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,根据高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株(EF635006)和经典CH-1a株(AY032626)全基因组序列设计并合成特异引物,进而用RT-PCR分6段扩增了HP-PRRSV弱毒株的全基因组。将扩增的各个cDNA重叠片段分别克隆到pMD20-T载体中,建立了PRRSV弱毒株的初级cDNA克隆,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择特异的酶切位点,将各个亚克隆产物逐段亚克隆入经过改造的低拷贝pOK12载体中,通过引入MluⅠ和EcoRⅠ酶切位点将聚合酶Ⅱ、Ⅰ和T7启动子序列及榔头锤酶基因置于病毒基因组的5′端,引入NotⅠ和FseⅠ将聚合酶Ⅱ、Ⅰ终止子序列及戊型肝炎病毒核酶基因置于病毒基因组的3′端,结果得到了病毒基因组全长cDNA克隆ppAPRRSVOK12。测序结果表明,该毒株基因组全长15 319bp[不包括poly(A)尾];全基因序列比对结果显示,该毒株属于北美洲型毒株,与HuN4的同源性高达99.5%。测序及酶切鉴定结果证实,HP-PRRSV弱毒株基因组全长cDNA克隆已构建成功。

事件

中国医药产业发展迅速,到2010年,中国有望成为世界第5大医药市场。