一种全长扩增克隆HEV方法和HEV体外瞬时转染体系的建立

目的建立HEV全长基因组扩增克隆和全长HEV RNA体外瞬时转染细胞方法和初步应用。方法取5例抗HEV IgG阳性患者血清,采用特异性引物逆转录HEV RNA为cDNA,设计通用的分段且相互重叠的PCR引物分步扩增,然后再分别将PCR产物进行重组PCR扩增,最终获得全长的HEV RNA cDNA产物片段。测序确定其序列,采用T-A克隆全长HEV cDNA序列,将HEV全长cDNA序列进行体外转录,提取转录后产物的RNA(去除DNA模板),获得高水平的HEV RNA产物,采用脉冲电流转染HepG2细胞,转染后24 h、48 h和96 h观察细胞上清HEV抗原分泌和HEV RNA载量。结果自Gen Bank获得约300条HEV全长基因组序列,设计了分段重组PCR方法,快速获得了HEV基因组全长序列;T-A克隆HEV全长基因组测序分析其序列,体外转录制备高纯度的HEV mRNA,通过电转方式转入HepG2细胞,在较短时间内检测出HEV RNA,有效地评价了HEV的体外表型。HEV抗原要先于HEV RNA出现;体外实验显示Ⅰ型和Ⅳ型HEV复制能力无明显差别,都在转染后48 h达到峰值。结论建立的分段重组PCR法扩增HEV全长基因组,体外电转细胞系后分泌HEV RNA,为后续HEV分子病毒学和表型耐药研究提供了条件。

中华按蚊热激蛋白40（HSP40）cDNA序列的全长扩增

目的 为获取中华按蚊感染约氏疟原虫后24 h的高表达基因热激蛋白40（HSP40）cDNA的全长序列. 方法 运用抑制性消减杂交技术（suppression substractive hybridization,SSH）构建中华按蚊感染约氏疟原虫后24 h的差异表达基因文库,从高表达文库中获得长度为363 bp的HSP40基因的cDNA片段,运用RACE技术对其cDNA序列进行全长扩增. 结果 获得中华按蚊HSP40 cDNA的全长序列,总长度为1 159 bp,开放阅读框为1 014 bp,编码337个氨基酸. 结论 获得了中华按蚊HSP40 cDNA的全长序列.

低拷贝HBV病毒全长DNA的制备和体外复制水平的鉴定

目的:从乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)低拷贝的血清样本中提取病毒DNA并通过PCR扩增得到全长DNA片段。将全长片段经过环化处理后转染HuH7细胞,体外评价病毒的复制水平。方法:设计含有BspQⅠ酶切位点的HBV全长扩增引物和分段扩增引物,选择HBV低拷贝的临床病人血清样本,经抽提纯化后的病毒DNA作为模板,用巢式PCR结合分段扩增的方法扩增得到HBV全长DNA,PCR产物经BspQⅠ酶切后自连环化,将环化的HBV DNA转染HuH 7细胞,经5 d细胞培养,提取细胞中的病毒复制中间体,通过Southern blot分析病毒复制水平。结果:通过PCR扩增得到5个HBV全长DNA,经过酶切连接全长基因后转染HuH7细胞,Southern blot检测均有复制表达。结论:本实验成功构建能够有复制表达的HBV环化全长,为研究血清中低拷贝HBV病毒的不同病人复制水平与DNA序列关系打下基础。

MicroRNA-A6增效的HEV体外瞬时转染HepG2复制体系的建立及鉴定

目的验证HEV编码的MicroRNA-A6对全长HEV瞬转HepG2细胞系中病毒复制的增效作用。方法按照已报道序列合成miR-A6,利用重组PCR、基因克隆以及体外转录技术获得单一高浓度的HEV RNA。HEV RNA与miR-A6按比例采用脉冲电流转染HepG2细胞,转染后24、48和96 h后观察细胞上清IgG分泌和HEV RNA表达载量,与不加miR-A6的HepG2细胞进行比较,分析miR-A6对HEV复制的作用,然后加入anti-A6抑制miR-A6表达,分析其对HEV表达和复制的影响。结果 MiR-A6∶HEV RNA质量比为0.5∶1和1∶1,共转染HepG2细胞后48 h,与单转染HEV RNA相比,lg值升高了1.57和2.44。HEV-IgG先于HEV RNA表达。体外实验显示,Ⅰ型和Ⅳ型HEV复制力没有明显差别,都在转染后48 h达到峰值,加入anti-A6抑制miR-A6后HEV-IgG抑制47.12%,HEV RNA抑制43.3%。结论 MiR-A6可以在体外显著增加HEV RNA瞬转HepG2细胞系中HEV病毒的复制力,为后续HEV分子病毒学和表型耐药研究奠定基础。

用少量样本进行抑制性消减杂交

利用根据cap finder方法建立的全长cDNA合成技术 ,扩增获得了恒河猴着床点子宫内膜组织表达mRNA的双链cDNA ,通过抑制性消减杂交 ,成功地构建了恒河猴着床点消减文库 .随机挑选文库中的阳性克隆 ,经点杂交证明 2 7%为着床点差异表达的克隆 .由此表明抑制性消减杂交结合cap finder扩增全长cDNA的方法 。

从LongSAGE标签获取cDNA长片段的3'-RACE方法的建立

长标签基因表达系列分析和末端快速扩增都是目前人类基因组研究中的重要方法.该文介绍了一种我们改良以后的末端快速扩增方法(3'-RACE),用于从LongSAGE标签扩增基因3'端序列.实验证明该方法技术稳定、重复性好,所获得的3'端cDNA纯度高、完整性好,表明该方法切实可行.

基于二代测序技术建立覆盖我国主要流行亚型的HIV-1近全长基因组测序方法

目的 基于二代测序技术建立一种适合我国主要流行亚型的HIV-1近全长基因组扩增和测序方法,并优化建立标准检测流程,为HIV-1的全基因组序列鉴定和相关系统进化分析等应用提供重要技术手段。方法 基于我国HIV-1主要流行亚型设计扩增引物,通过扩增两段交叉重叠的基因序列获得HIV-1近全长基因组。并通过使用不同反转录试剂与扩增试剂以及尝试不同反应体系和反应条件,分析对HIV-1近全长基因组扩增的效果以及进行二代测序所获序列质量的影响。结果 本研究基于二代测序技术建立的HIV-1近全长基因组扩增和测序方法可成功扩增我国主要HIV-1流行亚型CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、CRF55_01B,进行二代测序所获基因组序列的平均比对率为95.18%(89.74%~99.16%),平均覆盖率为94.96%(83.58%~99.98%),平均测序深度为5323.10×(3026.68×~6790.57×)。进一步分析不同亚型毒株每个基因位点的测序深度覆盖图,发现CRF08_BC亚型与CRF105_0108亚型的毒株测序深度分布均匀,均高于6000×,其他亚型的毒株样本在6672~8196 bp之间有部分基因位点的测序深度较低。优化和建立的标准检测流程可成功扩增病毒载量大于104copies/mL的样本并获得准确的近全长基因组序列。结论 本研究基于二代测序技术建立了一种HIV-1近全长基因组扩增与测序方法,该方法可成功扩增我国主要流行亚型毒株,为我国应用HIV-1基因组序列开展艾滋病精准防控工作提供了重要技术支撑。