脑胶质瘤患者全长新基因的获得及初步研究

目的 探讨基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因 ,并对其中一条基因进行初步研究。方法 抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针 ,经杂交、洗涤后 ,通过计算机观察两者表达谱的差异情况 ,对 5 0 7E0 8克隆子进行了Northern印迹、原位杂交、生物信息学分析和染色体定位。结果 通过 4次基因芯片筛选 ,获得 15条与胶质瘤相关的新基因 ,经Northern印迹证实 5 0 7E0 8基因在人正常脑组织中低表达 ,而在人脑胶质瘤中高表达。原位杂交得到相同的结果。BLASTn和BLASTx分析显示 ,5 0 7E0 8基因为全长新基因 ,长度为 2 0 0 2bp ,共编码 2 0 3个氨基酸。本基因命名为人核糖体蛋白L14.2 2。该基因定位于 14号染色体上D14S10 6 6和D14S2 6 5Marker之间。结论 用基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因 ,具有样品用量少 ,高质量 ,高速度 ,高敏感等特性。 5 0 7E0

脑胶质瘤中全长新基因PKIβ的克隆与表达

目前世界上在不同组织或不同病理样本中获取差异表达基因的方法有很多种。在各种技术中诸如：差异显示技术，只适用于少量样本，同时跑电泳的工作相当辛苦，并受限于一次电泳样品数量，而高密度的基因芯片，一次就能完成大量样本的基因表达水平上的筛选工作。

人脑胶质瘤差异表达的基因的获得及一条全长新基因的克隆

目的运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行了初步的研究。方法抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察两者表达谱的差异情况,对681F05克隆子进行了Northernblot,5’RACE和生物信息学分析。结果通过4次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经Northernblot证实681F05基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。BLASTn和BLASTx分析显示,它们编码蛋白与线虫Cyp10蛋白同源性分别为52%和72%。cDNA序列分析发现这两上克隆是同一个基因[命名为cyclophilinlikegene(PPIL3)]的两个不同的剪切体(PPIL3a和PPIL3b)。结论基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性。681F05基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。

一条脑胶质瘤相关的全长基因的生物信息学分析

目的报道一条脑胶质瘤相关的全长新基因的生物信息学分析及其研究的结果。方法对507E08克隆子进行了测序,生物信息学分析和Northern blot分析。结果507E08基因为全长基因,长度为2002bp,共编码203个氨基酸,命名为人核糖体蛋白L14·22。经Northern blot证实507E08基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。结论生物信息学是一种有效分析未知基因的工具。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。

2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测

用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因合计有 5 6 5条 ,占总分析基因的 2 0 .0 9% ;由蛋白质结构域分析结果表明 ,含PROSITEpattern的基因有 5 2 0条 ,代表了 10 7种 pattern ;含PROSITEprofile的基因有 333条 ,代表了 2 0 0种profile ;含PFAM结构域的基因有 45 7条 ,代表了 2 41个family ;含PRINTS的家族指纹 1型 (class1)的基因有 12 8条 ,指纹 2型 (class2 )的有 18条 ,总数为 146条 ,代表了 45种家族指纹 ;由特殊结构分析表明 ,跨膜蛋白 470条 ,分泌蛋白 6 77条 ,Coiled coil蛋白 2 2 8条 ,Helix turn helix蛋白 73条 .

胃癌下调全长基因GDDR的克隆及与胃癌关系的研究

目的 从成功建立的用于筛选胃癌下调新基因的抑制消减杂交cDNA文库中克隆全长新基因 ;检测其在胃癌及正常胃黏膜组织中的表达 ,分析其在胃癌发生发展中的作用。方法 随机挑选阳性克隆测序筛选基因片段 ,cDNA末端快速扩增得到其全长。在 2 5例胃癌与正常胃黏膜RNA进行半定量RT PCR。生物信息分析基因结构、染色体定位 ,并行其推导蛋白性质与功能的研究。结果 筛选到一 331bp的基因片段 ,经cDNA末端快速扩增 ,得到了长度 75 0bp的全长新基因。命名为GDDR ,被国际GenBank收录 ,收录号 :AF4 94 5 0 9。RT PCR表明它在胃癌中明显下调 (GDDR/ β 肌动蛋白 13 5± 5 1与 1 0 4± 0 2 0 ,P <0 0 1)。染色体定位 2 p13,由 5个外显子组成。与CA11在染色体上的距离仅差 2 2kbp ,即均位于 2 p13。其编码蛋白前有一跨膜肽区 ,与胃癌候选抑癌基因CA11编码蛋白为同源蛋白 ,均为新的BRICHO家族成员。结论 得到一胃癌下调全长新基因GDDR ,它可能为BRICHO家族中又一胃癌相关基因。

一条人脑胶质瘤相关新基因的克隆与表达

目的运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条与脑胶质瘤相关的新基因进行了克隆和表达的研究。方法抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,对 681F05克隆子进行了Northern blot,生物信息学分析和蛋白质的表达。结果通过四次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经northern blot证实681F05基因在人正常脑组织中低表达, 而在人脑胶质瘤中高表达。BLASTn和BLASTx分析显示,它们编码蛋白与线虫Cyp-10蛋白同源性分别为52％和72％。cDNA序列分析发现这两个克隆是同一个基因[命名为cyclophilin—like gene (PPIL3)]的两个不同的剪切体(PPIL3a和PPIL3b)。并在大肠杆菌中得到了PPIL3a和PPIL3b与 GST较好表达的融合蛋白。结论基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性。681F05基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。