基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究

水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差异,源湖、南一楼西湖和东湖的微生物群落丰度和多样性要高于东九湖、醉晚亭西湖和东湖。具体表现为水体的菌门和菌属的组成与丰度有所不同,呈现出复杂的变化情况。Beta多样性分析结果显示空间距离小的水体的微生物组成更为相似。水体微生物群落多样性受到NH_(3)-N、TP、DO等多种环境因子的共同作用。

基于HLA组特异性单倍体全长测序方法对模棱两可结果的准确定型

背景:传统的HLA测序分型技术都是对父系母系双倍体进行扩增,由于HLA多样性高,产生了大量的模棱两可难题,而采用基于组特异性单倍体全长测序分型方法来解决模棱两可结果的确认定型鲜有报道。目的:分析基于组特异性单倍体全长测序分型方法对HLA基因分型模棱两可结果准确定型的效果。方法:对2例模棱两可结果标本以低分辨率分型方法结果作为参考起点,通过组特异性扩增分离,基于等位基因全长单倍体的Sanger测序(PCR-SBT)分型。结果与结论:(1)2例模棱两可分型结果分别为A*02∶03∶01及C*07:02∶01∶01杂合新等位基因;(2)A*02∶03∶01杂合新等位基因与A*11∶01∶01∶01全长比较,在NT817由C发生突变为T;(3)C*07∶02∶01∶01杂合新等位基因与C*08∶01∶01比较,在NT879由A发生突变为G;(4)结果表明,以低分辨率分型方法结果作为参考起点,通过组特异性扩增分离,基于组特异性单倍体全长测序分型方法能准确定型HLA基因分型模棱两可结果并发现新等位基因。

苦茶全长转录组测序及基因结构分析

为进一步探究苦茶特异性状形成的遗传基础,基于PacBio对苦茶进行Iso-Seq,最终得到Polished consensus序列132334个,其中有26184个为已知基因的新转录本,7115个为新基因,同时鉴定得到21106个SSR位点;基因结构分析结果中,4892个基因发生了可变剪切事件,其中内含子滞留事件占比最大;预测得到1918个新的转录因子,778个LncRNA。比较KEGG(10976+5626)、KOG(6296+1896)、GO(6221+575)3大数据库功能注释情况,发现注释到KEGG的转录本数最多,其中多个转录本注释到与茶叶品质和苦茶特异性状形成相关的代谢途径,如苦茶碱等嘌呤生物碱代谢(74+17)、氨基酸代谢(409+69)、苯丙烷生物合成(70+18)和萜类物质生物合成(152+31)等(括号内数值为未比对到基因组的转录本和新转录本数量)。这些发现将有助于苦茶特异性状相关基因标记的开发、并为其形成的机理及遗传机制的研究奠定基础。

穿心莲全长转录组测序及特性分析

为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息。对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基因结构分析。结果显示,穿心莲基因的功能主要富集于代谢途径、次生代谢产物合成途径及抗生素合成途径。bHLH、b ZIP、MYB和WRKY等直接参与次生代谢的转录因子含量位居前10。穿心莲内酯前体合成途径基因出现可变剪切,主要为内含子保留。其中,有1个基因产生了6个可变启动子式的内含子保留mRNA亚型。总之,次生代谢是穿心莲的主要生物活性进程,相关功能基因可通过结合丰富的转录因子和进行高频的可变剪切参与其中。

蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全长转录组测序及分析

为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(full-length non-chimeric read,FLNC),通过比对分析发现,94.36%的序列与93.01%的序列分别与蒺藜苜蓿R108与A17参考基因组匹配。总计存在8 406种可变性剪接,其中主要的剪接方式为内含子保留(intron retention,RI)。共发现23 926个基因,其中12 049个基因存在295 545条转录本,在这些转录本中至少存在一个poly(A)位点。此外,共鉴定出3 223条转录因子,6 595条长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和479条融合转录本。使用SMRT技术能够深入发掘蒺藜苜蓿转录数据,也为更好地利用蒺藜苜蓿基因组资源提供数据补充。

全长转录组测序在植物中的应用研究进展

全长转录组测序(Iso-Seq)是指使用第三代测序(TGS)技术获得mRNA的全长序列。随着以单分子实时(SMRT)测序为代表的TGS技术逐渐发展成熟,以及该技术在基因组和转录组de novo测序等方面的优势,全长转录组测序技术已经广泛被应用于动物、植物、微生物测序研究中,并挖掘出大量相关数据。本文综述了基于Iso-Seq技术的原理及其在模式植物和非模式植物研究中的应用,期望为研究植物全长转录组相关分析提供参考。

月月竹竹秆变色后全长转录组分析

为探究月月竹竹秆受到光照由绿色变为紫色的分子机制,本研究采集月月竹同一竹节紫色部分(Z)、渐变部分(M)和绿色部分(L)的竹青,提取RNA,利用PacBio Sequel三代全长转录组测序技术,结合生物信息学方法对不同颜色的竹青进行全长转录组分析。结果表明,经过三代测序和数据质量控制,共获得非冗余转录本66961条,长度为500~3000 bp,平均长度1389.22 bp,序列总长度为93.02 Mbp,N50为1830 bp,G+C碱基含量为49.56%。利用NR、Swiss-Prot、COG、GO、KEGG和Pfam数据库对所有转录本进行功能注释,共有56938条转录本被成功注释,占全部转录本的85.03%;49115条转录本被GO注释,其中催化活性、细胞器、代谢过程分别是GO数据库分子功能、细胞组分和生物过程中含转录本最多的项目;28231个转录本被KEGG数据库注释,其中与碳水化合物代谢和基因翻译相关的转录本最多。结合GO注释和KEGG注释,66961条转录本中有381条转录本与光信号的感受、传递以及光调控相关,包括红光和远红光的受体蛋白PHYA、PHYB及信号通路蛋白PIF3、ELF3,蓝光的受体蛋白CRY、ZTL及信号通路蛋白COP1、SPA1、ELF3、GI、HY5等。类黄酮(包括花青素)代谢、叶绿素合成、类胡萝卜素合成等与植物色素合成相关通路分别含有转录本187条、44条和72条。全长转录本共获得2079个转录因子,其中包括18个由35个转录本编码的与花青素合成相关的R2R3MYB转录因子。CNCI、CPC、Pfam、PLEK等数据库同时注释到的长链非编码RNA(LncRNA)6359个,数量高于孝顺竹等其他竹种。本研究获得了高质量的月月竹竹青全长转录组数据,与竹秆变色相关的红光和蓝光受体及光信号传递蛋白,与花青素、叶绿素和类胡萝卜素合成相关的转录因子及长链非编码RNA(LncRNA),为进一步深入分析月月竹竹秆变色机制提供基础。

三代全长高通量测序分析新稻草和陈稻草的微生物特征

通过传统培养法和三代全长高通量测序技术分析高温大曲培菌发酵过程中使用的新、陈稻草的微生物组成和代谢通路的差异。结果表明,陈稻草样品中菌落总数、耐热菌和真菌数量显著高于新稻草(P<0.05)。两种稻草的群落结构存在差异,主要体现在细菌群落,新稻草中主要优势细菌属为泛菌属(Pantoea)和伯克霍尔德菌属(Burkholderia),而陈稻草为芽孢杆菌属(Bacillus)和糖多孢菌(Saccharopolyspora)。四折叠球菌属(Quadrisphaera)、微杆菌属(Microbacterium)、曲霉属(Aspergillus)、孢堆黑粉菌属(Sporisorium)等是新稻草中的标志菌属,而糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、变形闭囊鞘属(Chromocleista)和节担菌属(Wallemia)等是陈稻草中的标志菌属。新稻草中的细菌在L-色氨酸生物合成、L-精氨酸/腐胺/4-氨基丁酸降解和甲基乙二醛降解所占功能丰度更高,而陈稻草中的真菌在辛烷氧化、L-色氨酸降解和硝酸盐还原途径中的功能丰度更高。

单细胞转录组学测序技术的发展和挑战

单细胞转录组测序技术为表征细胞异质性,解析复杂的生物系统提供了强大的工具;生物医学研究的进一步发展不断地向该技术提出新的需求。经过过去十年的飞速发展,该技术的灵敏度在逐渐提高,并且通量发生了巨大的飞跃,也实现了全转录组和全长转录本测序。本文主要介绍单细胞测序技术的发展,在灵敏度提升,通量提高和实现全转录组测序和全长转录本测序上面临的技术挑战。我们也提出未来需要开发更优的单细胞转录组测序技术,开发自动化单细胞测序仪器,并需要将该技术与空间组学和多组学测序技术更好的结合。

全长转录组测序技术解析不同转移性能肝癌细胞系的转录本表达谱与结构变异

为了更好地研究肝细胞癌的转移机制,并筛选出与肝癌预后密切相关的潜在靶点,本研究利用纳米孔长读长测序技术对两株不同转移潜能的肝癌细胞(MHCC97H与MHCC97L)进行全长转录组比较分析。通过生物信息学分析发现643个新基因(Novel gene)和2471个新转录本(New transcripts)。在这两株细胞中有293个差异表达基因及74个差异表达转录本。在结构变异分析中鉴定出1008个可变剪切事件,其中外显子跳跃占比最多。本研究通过全长转录组测序进一步完善了肝癌细胞的基因注释及基因表达分析,为揭示肝细胞癌的转移分子机制提供了新的研究思路与线索。

基于联合测序分析技术挖掘红苞凤梨lncRNA信息

为了揭示lncRNA在红苞凤梨嵌合叶片形成和生长发育过程中的调控作用机制,该文以金边红苞凤梨为材料,采用Hiseq2500测序和SMRT三代全长转录组测序联合测序分析技术,分析挖掘红苞凤梨lncRNA信息。结果表明:(1)鉴定得到6018条lncRNA,包含3298个基因间lncRNA,870个反义lncRNA,717个内含子lncRNA和1109个正义lncRNA,数据量较二代测序有了极大的提高。(2)结构分析表明,红苞凤梨lncRNA的总体表达丰度低于mRNA;序列长度在400~1200 nt区间比例高于mRNA,而在>1600 nt区间,lncRNA分布的比例显著小于mRNA;lncRNA中的外显子数量总体少于mRNA,开放阅读框长度总体上也短于mRNA。(3)差异表达分析表明,在全绿、全白叶片发育过程中鉴定到1710个差异表达lncRNA。(4)靶基因预测结果表明,5441个lncRNA通过cis作用方式预测到靶基因,1544个lncRNA通过trans方式预测到靶基因。(5)靶基因的功能注释和富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要作为酶蛋白参与调节叶片代谢活动和信号转导等方面,与叶片的颜色形成、光合作用和生长发育密切相关。该文鉴定出的lncRNA信息以及对其结构和功能的分析,为红苞凤梨以及凤梨科其他植物的lncRNA表观遗传调控机理研究提供了数据基础,筛选出的差异表达lncRNA在金边红苞凤梨叶片嵌合性状的形成和生长发育中具有重要的调控作用。

幽门螺杆菌阴性的慢性萎缩性胃炎患者胃液微生物群特征分析

目的探究幽门螺杆菌阴性慢性萎缩性胃炎(CAGn)患者的胃液微生物群组成,寻找可能与CAGn发生相关的胃液微生物群。方法选取2020—2021年到兰州大学第一医院外科内镜中心接受胃镜检查的48例患者作为研究对象,其中幽门螺杆菌阴性慢性非萎缩性胃炎(CNAGn)患者21例,CAGn患者27例。收集胃液标本,使用16S rRNA三代全长测序技术测定分析两组患者的胃液微生物群组成。结果CAGn组的平均年龄高于CNAGn组[(52.33±12.20)岁vs.(40.67±7.95)岁,P=0.0004]。两组患者微生物α多样性及β多样性无明显差异,微生物群整体组成较为相似。组间差异显著性分析发现了CNAGn组显著富集的11个属和CAGn组显著富集的2个属。结论本研究筛选出CAGn患者的差异性非幽门螺杆菌微生物,这些差异微生物可能为CAGn患者的诊断和治疗提供参考。

1例RHD-CE(3-7)-D基因重组与RHCE变异型患者的血清学与分子生物学分析

目的 研究分析1例Rh血型弱D、弱cE患者的血清学与分子生物学特征,为该类患者的临床安全输血提供实验依据。方法 采用微柱凝胶卡法对患者红细胞进行ABO、RhDCcEe抗原的鉴定,同时采用试管法进行血型复核,抗人球蛋白卡法筛查不规则抗体;采用PCR-SSP法对RhDCcEe(RhD、RhC、Rhc、RhE、Rhe)基因型进行检测;三代全长测序技术对RHD/RHCE基因序列进行测序分析。结果 微柱凝胶卡法鉴定ABO、RhD、RhCcEe血型抗原的结果为:A抗原(-)、B抗原(-)、RhD(1+)、RhC(4+)、Rhc(1+)、RhE(1+)、Rhe(4+)、对照孔(-);试管法ABO、RhD、RhCcEe抗原鉴定该患者表型为:A抗原(-)、B抗原(-)、RhD(w+)、RhC(4+)、Rhc(w+)、RhE(w+)、Rhe(4+),对照管(-);抗人球蛋白卡法筛查患者不规则抗体阴性;PCR-SSP法血型基因分型RhDCcEe结果:RhD(+)、RhC(+)、Rhc(+)、RhE(+)、Rhe(+);RHD/RHCE基因结果:RHD单倍体1为外显子1-10全缺失,而单倍体2为外显子RHD-CE基因重组融合,且确认其重组类型为RHD-CE(3-7)-D,起点在外显子2(g.20238-20312之间),终点在外显子8(g49184-50480之间),同时RHCE基因第6外显子存在新碱基点突变RHCE*cE(827C>A)。结论RHD-CE(3-7)-D基因重组融合与RHCE*cE(827C>A)新等位基因突变可能引起D、cE血型抗原弱表达,为临床安全输血提供了重要的实验数据支持。

基于全长转录组测序的稻秆潜蝇解毒代谢相关基因筛选

为筛选水稻害虫稻秆潜蝇Chlorops oryzae潜在的解毒代谢酶基因,利用PacBio SequelⅡ测序平台对稻秆潜蝇幼虫进行全长转录组测序,基于测序结果筛选稻秆潜蝇的解毒代谢相关基因谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)基因、羧酸酯酶(carboxylesterase,CarE)基因和细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)基因,并检测其在稻秆潜蝇不同发育阶段的相对表达量。结果表明,对稻秆潜蝇进行测序得到18100条去冗余转录本序列,共有16283条序列得到注释。通过比对分析共筛选出8条GST、12条CarE和28条CYP450基因序列,这些基因在稻秆潜蝇不同发育阶段的表达量具有显著差异,表明不同虫态的稻秆潜蝇其解毒代谢能力可能不同。此外,还筛选到1452个lncRNA序列,以及176个潜在的lncRNA靶基因序列,其中4个与解毒代谢基因相关。表明筛选获得的稻秆潜蝇解毒代谢酶基因及lncRNA靶基因可用于后续该虫的潜在抗药性研究及防治药剂筛选。

16S rDNA全长高通量测序在蜱媒病原生物多样性研究中的应用

目的利用16S核糖体DNA(16S rDNA)全长测序方法,结合实验室检测数据,研究蜱中病原微生物种群特点,为病原体控制提供依据。方法选取山西省祁县优势蜱种50只,经形态学和基因鉴定后,提取全基因组DNA,采用PacBio平台、高通量16S rDNA全长测序方法,分析蜱中微生物种类及各种群丰度情况;根据16S rDNA全长序列分析结果,利用PCR检测方法对可能存在的蜱媒病原体特异性基因进行鉴定,较为全面地分析蜱媒病原体携带情况。结果16S rDNA全长测序分析表明50只血蜱均携带贝氏柯克斯体、假单胞菌,8只血蜱携带嗜吞噬细胞无形体,有部分血蜱携带立克次体、埃立克体,但仅匹配到属一级的分类信息,无法确定所携带的基因种,在50只血蜱中未检出疏螺旋体。PCR检测结果表明,50只血蜱中检测到柯克斯体内共生体、伯氏疏螺旋体、米氏疏螺旋体和斑点热群立克次体。结论高通量16S rDNA全长测序分析可以同时检测出多种病原体,可提示当地的主要蜱媒致病菌,但也存在检测不全面、无法匹配到物种的缺点,与病原体特异检测方法相结合,能更全面地了解当地血蜱携带病原体的状况。

绿豆象热激蛋白超家族基因的鉴定及表达分析

【目的】鉴定绿豆象(Callosobruchus chinensis)热激蛋白(heat shock protein,HSP)超家族基因成员,明确高、低温胁迫后HSP基因在绿豆象中的表达变化,为深入挖掘HSP基因功能提供理论依据。【方法】从Insect Base 2.0下载不同昆虫HSP基因的CDS和蛋白序列,并以此为参考在绿豆象全长转录组测序数据库中进行本地BLASTp和tBLASTn比对搜索,同时结合HMMER和关键词两种方法再次筛选目标序列,最终完成搜索结果的汇总。利用CDD、MEGA、ProtParam等在线分析工具对绿豆象HSP超家族基因进行生物信息学分析。根据绿豆象成虫高、低温转录组测序数据筛选出7个候选CcHsp,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术比较分析其在绿豆象不同虫态(幼虫、蛹、成虫)及不同温度胁迫下的表达特性。【结果】共鉴定出31个HSP基因,其中包括3个HSP90、8个HSP70、8个HSP60和12个sHSP(small HSP)。理化性质分析显示CcHsp编码的蛋白质包含159—776个氨基酸残基(aa),分子量介于18.4—88.9 kDa,理论等电点为4.95—9.17。亚细胞定位结果显示多数CcHsp定位于细胞质中,少数基因定位于线粒体基质、内质网和细胞核。系统发育分析表明绿豆象热激蛋白不同家族成员与其他昆虫的热激蛋白进化关系较近,显示了其在进化上的保守性。qRT-PCR分析发现,不同虫态在不同温度胁迫后7个候选CcHsp差异表达。CcHsp20.102经高温胁迫后在雌、雄成虫体内的表达量分别上调1000和500倍;CcHsp70-5经高温胁迫后在雌、雄成虫体内的表达量分别上调500和450倍;幼虫经高、低温胁迫后,CcHsp19.855和CcHsp70-5表达差异显著。【结论】通过绿豆象全长转录组测序数据共鉴定出31个完整的热激蛋白超家族基因成员,分为4个亚家族,家族间蛋白结构、保守结构域和基因表达特征存在差异。CcHsp20.102和CcHsp70-5可能在成虫抵御高温胁迫中行使重要功能,而幼虫的高温耐受性可能与CcHsp19.855和CcHsp70-5的表达差异有关。

Nd:YAG激光改善伴2型糖尿病牙周炎患者牙周微生态失衡的临床应用研究

目的探讨钇铝石榴石晶体(neodymium⁃doped yttrium aluminium garnet,Nd:YAG)激光联合龈下刮治和根面平整(scaling and root planing,SRP)对伴2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)牙周炎患者的临床疗效和龈下菌群动态变化的影响。方法选取2021年8月至2022年1月在南京医科大学附属口腔医院牙周病科就诊的伴T2DM牙周炎患者16例,随机分为Nd:YAG组和SRP组。Nd:YAG组患者接受SRP和Nd:YAG激光治疗;SRP组仅接受SRP治疗。使用探诊深度(probing depth,PD)、临床附着丧失(clinical attachment loss,CAL)、探诊出血(bleeding on probing,BOP)阳性率、空腹静脉血糖(fasting plasma glucose,FPG)、糖化血红蛋白(glycated hemoglobin,HbA1c)和身体质量指数(body mass index,BMI)等检测指标对患者治疗前后牙周炎症状况及血糖控制情况进行评估,在两组患者治疗结束后即刻记录患者术后疼痛程度。分别在基线及治疗后3个月采集龈下菌斑样本(PD≥5 mm位点),采用16S rRNA全长基因测序进行分析。结果与基线相比,治疗后3个月Nd:YAG组和SRP组PD较基线时均明显降低(P<0.05),且Nd:YAG组明显低于SRP组(P<0.05);CAL治疗前后差异无统计学意义(P>0.05);两组患者BOP均较基线有明显改善(P<0.05),但组间差异不明显(P>0.05);FPG、HbA1c水平以及BMI与基线相比无明显差异(P>0.05)。Nd:YAG组患者治疗结束后即刻VAS评分显著低于SRP组(P<0.05)。菌群分析显示,治疗3个月后Nd:YAG组纤毛菌科及纤毛菌属较基线时丰度显著性升高(P<0.05),SRP组拟杆菌门和拟杆菌纲为显著优势菌。结论Nd:YAG激光联合SRP可改善伴T2DM的牙周炎患者临床牙周参数,减轻疼痛,但在糖代谢水平上没有明显优势;在短期内观察到激光治疗后龈下菌斑主要菌群的组成发生了变化,口腔健康相关菌群显著上升。

基于“肠-脑”相关理论的针刺对偏头痛模型大鼠肠道菌群及中枢炎症的影响

目的基于“肠-脑”相关理论观察针刺对偏头痛模型大鼠肠道菌群和中枢炎症的影响,以阐明针刺治疗偏头痛的“肠-脑”作用机制。方法采用硝酸甘油皮下注射法制作偏头痛大鼠模型,并随机分为模型组和针刺组,每组6只,另设空白对照组6只进行常规捆绑固定。在造模前及开始造模后第1、5、9天各组均采用VonFrey测定大鼠足底机械痛阈。实验结束后应用ELISA检测各组大鼠中枢三叉神经脊束核炎性因子白介素-6(Interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子-α(Tumor necrosis factor-α,TNF-α)的表达含量。采用三代Pacbio全长微生物多样性测序对各组粪便样本进行16S全长rDNA测序,检测各组样本间操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU)聚类及其丰度、Alpha多样性指数、Beta多样性指数、物种丰度等方面的差异。结果偏头痛模型大鼠存在足底机械痛阈显著降低(P<0.01)、中枢IL-6、TNF-α的含量显著升高(P<0.01)、肠道菌群的结构和丰度发生异常改变(P<0.01);持续针刺治疗可显著升高偏头痛大鼠的足底机械痛阈(P<0.01),调节偏头痛大鼠肠道菌群多样性,并升高鼠乳杆菌、降低肠乳杆菌菌群丰度(P<0.05),降低偏头痛模型大鼠中枢IL-6、TNF-α的含量(P<0.01)。结论针刺可能通过调节偏头痛大鼠肠道菌群结构和中枢IL-6、TNF-α炎症因子的表达,发挥针刺治疗偏头痛的“肠-脑”抗炎镇痛作用。

基于全长16S rRNA测序的高尿酸血症人群肠道菌群特征

目的:对高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析,探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法:在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者,其中HUA患者25例,健康对照人群38例,采集他们的粪便样本,通过使用全长16S rRNA测序技术,对所有受试者粪便样本进行分析,研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果:HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异,α多样性指数在HUA组明显降低,β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上,HUA组表现为拟杆菌门增多,厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析,发现HUA组具有独特的菌群结构,以普拉梭菌( Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低;唾液链球菌( Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌( Bacteroides fragilis)、 Fusobacterium hwasookii、 Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌( Mycobacterium mucogenicum B)、 Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外,通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低,与特有的菌群结构一致。 结论:HUA人群与健康对照人群比较,存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。

基于全长16S rRNA测序的血清高二胺氧化酶人群肠道菌群特征

目的探索肠道菌群与血清二胺氧化酶(diamine oxidase,DAO)水平之间的相关性,对DAO高水平(DAO-H)人群和正常人群的肠道菌群特征进行差异性分析。方法在战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募62名成年志愿者,其中DAO-H人群31名,正常人群31名,采集粪便样本,通过使用16S rRNA全长基因测序技术,对所有受试者粪便样本进行分析,研究不同DAO水平人群的肠道菌群构成特征。结果DAO-H人群肠道菌群α多样性与正常人群差异无统计学意义,但是菌群结构和功能改变:共生细菌减少,如Phocaeicola、拟杆菌科细菌等;潜在致病菌增加,如肺炎克雷伯菌。DAO-H组的菌群代谢发生变化,菌群鞘脂代谢水平降低,万古霉素类抗生素生物合成(biosynthesis of vancomycin group antibiotics)、叶酸一碳库(one carbon pool by folate)、萜类骨架生物合成(terpenoid backbone biosynthesis)、细胞周期-Caulobacter(cell cycle-Caulobacter)、蛋白质输出(protein export)、碱基切除修复(base excision repair)、氮代谢(nitrogen metabolism)水平较正常组升高。结论血清中DAO-H人群与正常人群比较,存在特有的肠道菌群构成与菌群代谢特征。