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克隆全长cDNA的方法及其在兽药研究中的应用 被引量:2
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作者 谢馥交 卢向阳 《中国兽药杂志》 2006年第5期39-43,共5页
综述了获取基因全长cDNA序列的方法,即全长cDNA文库的构建、cDNA末端快速扩增和电子克隆;重点介绍了O ligo-capping、CAPture、Cap-trapper及SMART构建全长cDNA文库的方法,并阐述了其在兽药研究中的应用。
关键词 全长cdna 全长cdna文库 cdna末端快速扩增 电子克隆
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几种全长cDNA文库构建方法比较 被引量:47
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作者 毛新国 景蕊莲 +2 位作者 孔秀英 赵光耀 贾继增 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期865-873,共9页
全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大、近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,对各种方法的原理及... 全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大、近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较,并结合实验室的结果,重点介绍了Cap-trapper法在小麦全长cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。 展开更多
关键词 全长cdna文库 Cap-trapper法 Capture法 Oligo-capping法 Cap-jumping法 SMART法
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油茶SAD基因的全长cDNA克隆及生物信息学分析 被引量:42
3
作者 张党权 谭晓风 +4 位作者 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期155-159,共5页
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils... As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids including 82.6% oleic acid.Stearoyl-ACP desaturase(SAD)is a key enzyme that catalyzes saturated fatty acids(C18∶0)bonded to ACP(Acyl carrier protein)and dehydrogenates the fatty acids into oleic acids,and hence controls the content of oleic acid and the proportion between saturated fatty acids and unsaturated fatty acids.With our previous acquisition of three cDNAs and ESTs of C.oleifera SAD(CoSAD)gene,5’RACE technology was used to obtain the full-length cDNA of CoSAD gene from the nearly matured C.oleifera seed.The comprehensive bioinformatic analyses including sequence characteristics of DNA and amino acid,multi-sequence aligning,identity and homology,molecular clustering,protein physicochemical properties,and protein structural prediction and characteristics were performed.The results may provide the theoretical and material elements for application of CoSAD gene and genetic improvement on other oil plants. 展开更多
关键词 油茶 硬脂酰-ACP脱饱和酶(SAD) 油酸 全长cdna 生物信息学
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与绵羊KAP6-1相似的6个绒山羊全长cDNA的克隆与序列分析 被引量:37
4
作者 尹俊 扈庭茂 +3 位作者 李金泉 张春兰 郭志成 周欢敏 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期502-507,共6页
用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cDNA文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cDNA序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 ... 用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cDNA文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cDNA序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 1)cDNA高度同源。 4 1个序列可归为 6个不同的cDNA ,GenBank登陆号分别为AY310 74 9、AY310 75 0、AY310 75 1、AY310 75 2、AY310 75 3和AY310 75 4。与绵羊KAP6 1基因组基因比较 ,推测这 6个序列为全长cDNA ,分别为编码 82、84、71、71、83和 83个氨基酸的碱性蛋白质 ,甘氨酸和酪氨酸的含量大于 6 0 % ,它们之间核苷酸序列的一致性大于 5 5 4 % ,读码框氨基酸序列的一致性大于 79 8%。与其他物种KAP6s比较 ,绒山羊的 6个cDNA和绵羊的KAP6 1cDNA的序列一致性最高 ,为 81 9%~ 98 8% ,不同物种KAP6 1之间氨基酸序列一致性大于 5 0 %。 展开更多
关键词 绒山羊 KAP6-1 全长cdna
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中国对虾蜕皮抑制激素全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:19
5
作者 王在照 焦传珍 +1 位作者 张晓军 相建海 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期128-134,共7页
对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cDNA末端快速扩增 (RACE)方法 ,... 对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cDNA末端快速扩增 (RACE)方法 ,首次得到蜕皮抑制激素的全长cDNA (GenBank登录号 :AF4 6 9187)。该全长cDNA大小为 6 97bp ,是由 32 0bp的 3′RACE产物和 4 6 8bp的 5′RACE产物拼接而成。Blast搜索结果显示 ,该全长cDNA与甲壳动物的MIH基因序列具有较高的相似性 ;用ClustalX进行多序列比较结果表明 ,由该全长cDNA推导的氨基酸序列与对虾类的MIH的氨基酸序列同源性最高 ,其中与日本对虾、斑节对虾、刀额新对虾MIH的同源性分别为95 1%、83 1%、79 1%。根据以上数据 ,推断该 6 97bp的全长cDNA为编码中国对虾MIH前体的cDNA。进一步序列分析表明 ,编码中国对虾MIH前体cDNA包括 312bp的开放阅读框、81bp的 3′UTR和 30 2bp的 5′UTR ;编码 10 3个氨基酸的MIH前体分子包括信号肽和成熟肽 ,信号肽由 2 8个氨基酸组成 ,成熟肽由 75个氨基酸组成 ,成熟肽中6个半胱氨酸非常保守。 展开更多
关键词 中国对虾 蜕皮抑制激素 全长cdna 克隆 序列分析
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庚型肝炎病毒基因组全长cDNA的拼接及克隆 被引量:13
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作者 朱分禄 戚中田 +2 位作者 任浩 宋燕斌 邵力 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期301-306,共6页
目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料... 目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料,采用重叠延伸PCR拼接和连接酶连接的方法,构建GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆。结果:GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆的酶切图谱与预期一致;核苷酸序列分析显示,克隆的GBV-C/HGV基因组全长cDNA的核苷酸及推测的氨基酸序列与原HGV-Iw序列一致。结论:GBV-C/HGV基因组全长cDNA的克隆已经构建成功。该克隆的构建,为深入研究GBV-C/HGV的致病性及致病机制、复制及转录和翻译机制。 展开更多
关键词 全长cdna 拼接 克隆 庚型肝炎病毒 基因组
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一条新的人肺腺癌耐药相关基因全长cDNA片段的克隆及序列分析 被引量:12
7
作者 周向东 刘凌志 +2 位作者 钱桂生 黄桂君 陈杰 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期341-345,共5页
背景与目的:肺癌细胞的多药耐药(multi-drugresistance,MDR)是药物治疗失败的重要原因,但其机制尚未完全清楚。我们已经通过SSH发现了1条新的耐药相关基因片段,经检索GenBank,发现其与2001年4月公布的一条新的基因序列BC006151同源性高... 背景与目的:肺癌细胞的多药耐药(multi-drugresistance,MDR)是药物治疗失败的重要原因,但其机制尚未完全清楚。我们已经通过SSH发现了1条新的耐药相关基因片段,经检索GenBank,发现其与2001年4月公布的一条新的基因序列BC006151同源性高达99%。本研究旨在克隆该基因的全长,并检验该基因在几种肺癌细胞株中的表达,为进一步研究其功能和调控奠定基础。方法:根据BC006151基因序列设计引物,通过RT-PCR证实肺腺癌MDR细胞SPC-A-1/cDDP确实包含BC006151基因后,扩增该基因全长cDNA,通过测序对所得序列进行分析,并对其编码蛋白的氨基酸序列进行预测。应用半定量RT-PCR方法检验小细胞肺癌SH77、大细胞肺癌H460、肺腺癌SPC-A-1和SPC-A-1/cDDP等细胞株中该基因mRNA的表达。结果:成功克隆了BC006151基因的全长cDNA片段,长1298bp,它具有完整的阅读框和编码区,并与经SSH获得的片段有极高的同源性。该基因在MDR细胞株SPC-A-1/cDDP的表达明显高于其亲代细胞株;SPC-A-1表达高于H460,SH77未见表达。结论:BC006151基因是与cDDP致肺腺癌MDR密切相关的一条新基因。该基因全长cDNA片段的克隆将有助于阐明其在肺癌MDR发生中的作用。 展开更多
关键词 肺肿瘤 RT-PCR 多药耐药 基因全长cdna片段 克隆 序列分析
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亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及EST测序 被引量:44
8
作者 黄江 胡旭初 +4 位作者 包怀恩 余新炳 李丽 郎书源 廖兴江 《热带医学杂志》 CAS 2007年第2期116-118,184,共4页
目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克... 目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5′端测序,归并unigene。结果测定文库的滴度为1011pfu/μl,插入片段的大小主要在1000bp以上。共测1495个克隆,获得有效EST序列1126个,归并为643条unigene。结论已成功获得一高质量的亚洲带绦虫成虫全长cDNA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据。 展开更多
关键词 亚洲带绦虫 全长cdna质粒文库 表达序列标签(EST)
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橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库的构建与EST测序分析 被引量:9
9
作者 曾日中 段翠芳 +2 位作者 聂智毅 代龙军 黎瑜 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期683-690,共8页
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,... 【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1.87×105,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,橡胶树胶乳2个高丰度表达基因,即小橡胶粒子蛋白(SRPP)和橡胶延长因子(REF)基因,在均一化cDNA文库中的表达量均下降了约1 000倍。【结论】构建了均一化效果良好的橡胶树胶乳全长cDNA文库,并对文库中随机的12 000个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressed sequence tag)序列为11 951条,经拼接共获得单一基因(unigene)为3 394个,其中包括片段重叠群(contig)2 061个和单一EST序列(singlet)1 333个。此cDNA文库将可用于橡胶树功能基因组研究、新基因筛选、高通量EST测序以及橡胶树胶乳cDNA芯片的制备。 展开更多
关键词 橡胶树 胶乳 均一化 全长cdna文库
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山药PAL基因全长cDNA序列的克隆、表达与分析 被引量:12
10
作者 周生茂 王玲平 +5 位作者 向珣 韦本辉 李杨瑞 方锋学 韦威旭 曹家树 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期781-788,859,共9页
为了阐明苯丙氨酸解氨酶(PAL,EC4.3.1.5)基因在山药地下块茎酚类物质积累过程中的分子机理,本研究运用普通PCR、RACE和TAIL-PCR技术从大薯(Dioscorea alataL.)’Zixiao’地下块茎中克隆到同一个PAL基因的3个片段,即长度分别为1 145b... 为了阐明苯丙氨酸解氨酶(PAL,EC4.3.1.5)基因在山药地下块茎酚类物质积累过程中的分子机理,本研究运用普通PCR、RACE和TAIL-PCR技术从大薯(Dioscorea alataL.)’Zixiao’地下块茎中克隆到同一个PAL基因的3个片段,即长度分别为1 145bp、1 151bp和424bp的中间片段、3’端和5’端的cDNA序列;将3段cDNA序列拼接后获得大小为2 376bp的PAL基因全长cDNA序列,该序列含有一个1986bp的最大开放阅读框(ORF),一个28bp的5’端非翻译区,一个362bp含25 nt的Poly(A+)尾的3’端非翻译区,最大ORF可推测编码一个包括PAL酶活性中心的特征序列(GTITASGDLVPLSYIA)在内的661个氨基酸的多肽,分子量为71.974kDa,等电点6.310;大薯地下块茎的PAL基因分别在核苷酸与氨基酸水平上和GenBank中所选已知其他物种的同源性为73%~77%和76%~82%,说明PAL基因在系统进化上相对保守;RT-PCR分析表明该基因仅在地下块茎中表达,而且表达丰度在收获前逐渐降低。 展开更多
关键词 大薯 苯丙氨酸解氨酶 全长cdna 基因克隆 序列分析 时空表达
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大豆叶片全长cDNA文库的构建与鉴定 被引量:10
11
作者 董志敏 李英慧 +3 位作者 张宝石 关荣霞 常汝镇 邱丽娟 《作物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期1-4,共4页
以大豆绥农14第一个三出复叶幼叶为材料提取mRNA,利用SMART技术合成了全长cDNA,经限制性内切酶SfiA和靳日消化后的cDNA克隆到质粒载体pDNR—LIB中,建成大豆叶片全长cDNA文库。文库容量1.2×10^6,重组率接近100%。对随机挑取... 以大豆绥农14第一个三出复叶幼叶为材料提取mRNA,利用SMART技术合成了全长cDNA,经限制性内切酶SfiA和靳日消化后的cDNA克隆到质粒载体pDNR—LIB中,建成大豆叶片全长cDNA文库。文库容量1.2×10^6,重组率接近100%。对随机挑取的克隆进行菌液PCR鉴定,插入片断大小范围为0.25~2.0kb,主要集中在0.5~1.5kb,插入片断平均大小为0.9kb,这说明文库质量可保证大规模全长cDNA的获得。 展开更多
关键词 大豆 叶片 SMART 全长cdna文库
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赤眼鳟Mx基因全长cDNA克隆及其经GCRV攻毒后的组织表达分析 被引量:7
12
作者 彭慧珍 刘敏 +4 位作者 刘巧林 肖调义 苏建明 许宝红 刘宇洁 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期993-1001,共9页
为研究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Mx蛋白(Myxovirus resistance protein)的功能,采用简并PCR和SMART RACE方法从赤眼鳟脾脏中克隆得到Mx基因全长cDNA,并通过生物信息学方法分析其同源性,再利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测其在... 为研究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Mx蛋白(Myxovirus resistance protein)的功能,采用简并PCR和SMART RACE方法从赤眼鳟脾脏中克隆得到Mx基因全长cDNA,并通过生物信息学方法分析其同源性,再利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测其在脾、肝、肠、肾等9个组织中的表达,以及感染草鱼呼肠孤病毒(Reovirus of Grass carp)GCRV-104后不同时间点赤眼鳟Mx的时空表达规律。结果表明:赤眼鳟Mx基因cDNA序列(ScMx)全长2325 bp,包含5′-UTR 40 bp,3′-UTR 371 bp和ORF 1884 bp,共编码627个氨基酸,其编码的Mx蛋白分子量约为70.9 kD,理论等电点pI为8.25,具有脊椎动物Mx蛋白共有的结构特征;赤眼鳟Mx与鲫鱼Mx3同源性最高;Mx在赤眼鳟脾、肝、肠、肾等9个组织中均有表达,其中肝脏中的相对表达量最高,脾脏次之,肠组织中的表达量最低;经GCRV-104病毒感染刺激后,ScMx在肝和脾组织中的表达量显著上调,均在48h到达峰值,分别为对照组的10倍(肝)和5倍(脾),且在这两个组织中的表达模式相似,均表现为先升高后下降的波动型变化趋势。研究表明ScMx参与了赤眼鳟抗GCRV-104病毒的免疫反应。 展开更多
关键词 赤眼鳟 MX基因 全长cdna 组织表达
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苎麻CCoAOMT基因全长cDNA克隆与序列分析 被引量:18
13
作者 陈建荣 郭清泉 张学文 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期1058-1063,共6页
目的试图分离和克隆苎麻内源咖啡酰辅酶A甲基转移酶基因。方法采用RACE技术克隆基因,对序列应用ClustaW1.82软件进行在线分析,将苎麻mRNA序列、mRNA编码区序列以及氨基酸序列与已报道的其它植物的相应序列进行多重序列排列比较并构建系... 目的试图分离和克隆苎麻内源咖啡酰辅酶A甲基转移酶基因。方法采用RACE技术克隆基因,对序列应用ClustaW1.82软件进行在线分析,将苎麻mRNA序列、mRNA编码区序列以及氨基酸序列与已报道的其它植物的相应序列进行多重序列排列比较并构建系统树。结果获得了苎麻CCoAOMTcDNA全长序列(GenBank注册号:AY651026);苎麻咖啡酰辅酶A甲基转移酶是氧甲基转移酶类;苎麻CCoAOMT基因mRNA序列与已报道的其他植物的相应序列不能聚为一类,其差异明显大于其它植物间的差异。苎麻CCoAOMT基因mRNA编码区序列与玉米(Zeamays:ZMA242980、ZMA242981)的同源性高于其他植物。推导的苎麻CCoAOMT酶蛋白氨基酸序列与杨树(Populusbalsamifera:AJ224894、AJ224896)、美洲山杨(Populustremuloides:PTU27116)的同源性高于其他植物。结论苎麻CCoAOMT基因cDNA与其它植物的相应序列具有同源性。 展开更多
关键词 苎麻(Boehmeria nivea) 咖啡酰辅酶A甲基转移酶 全长cdna 基因克隆 序列分析
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马铃薯SoFtsH基因全长cDNA克隆与在干旱条件下表达研究 被引量:6
14
作者 范敏 金黎平 +3 位作者 黄三文 谢开云 刘庆昌 屈冬玉 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1748-1754,共7页
FtsH(Filamentation Temperature-Sensitive H)是一种ATP和Zn2+依赖型金属蛋白酶,广泛存在于原核生物和真核生物中,在真核生物中是多基因家族。FtsH具有ATP酶活性、蛋白水解活性和分子伴侣活性,参与多种胁迫反应。从抗旱马铃薯(Solanum ... FtsH(Filamentation Temperature-Sensitive H)是一种ATP和Zn2+依赖型金属蛋白酶,广泛存在于原核生物和真核生物中,在真核生物中是多基因家族。FtsH具有ATP酶活性、蛋白水解活性和分子伴侣活性,参与多种胁迫反应。从抗旱马铃薯(Solanum tuberosum)二倍体品系H145中分离得到cDNA-AFLP差异片段,利用RACE技术克隆了SoFtsHcDNA全长序列,并对其进行分析。结果表明,该序列包含完整的开放阅读框,长为723 bp,编码129个氨基酸。SoFtsH具有2个铁氧化还原蛋白结合位点,并存在信号肽序列、跨膜区域和Zn2+结合域。SoFtsH基因序列与GenBank数据库中的其他FtsH基因进行同源序列比对,并构建系统进化树,发现该基因与番茄、烟草、拟南芥等高等植物FtsH基因同源性达90%以上。半定量RT-PCR和Northern Blot杂交结果表明SoFtsH基因在干旱胁迫下叶片和根系里的表达量明显增加,且在抗旱品系H145与干旱敏感品系H214中表达模式不同。说明SoFtsH基因在马铃薯抗旱中起作用。 展开更多
关键词 马铃薯(Solarium tuberosum) 抗旱性 全长cdna FTSH
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一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析 被引量:8
15
作者 关勇军 贺修胜 +4 位作者 候德富 余艳辉 欧阳咏梅 肖志强 陈主初 《生命科学研究》 CAS CSCD 2006年第2期172-177,共6页
鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检... 鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物. 展开更多
关键词 鼻咽癌 表达序列标签 全长cdna 序列分析
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利用改进的Oligo-capping法构建手掌参全长cDNA文库 被引量:9
16
作者 周建平 杨足君 +4 位作者 白丽莉 冯娟 李光蓉 邓科君 任正隆 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1874-1877,共4页
Oligo-capping法是构建全长cDNA文库的重要方法之一.以名贵中药手掌参(Gymnadenia conopseaR.Br.)的幼芽组织为材料,通过减少mRNA的用量,用pUC18作载体,设计特异引物对第1链cDNA进行PCR扩增,按片段大小分级回收cDNA,形成了一种以Oligo-c... Oligo-capping法是构建全长cDNA文库的重要方法之一.以名贵中药手掌参(Gymnadenia conopseaR.Br.)的幼芽组织为材料,通过减少mRNA的用量,用pUC18作载体,设计特异引物对第1链cDNA进行PCR扩增,按片段大小分级回收cDNA,形成了一种以Oligo-capping法为基础,构建珍稀材料全长cDNA文库的快速、简单的技术体系.利用该方法,首次成功地构建了手掌参的全长cDNA文库.经综合评价,文库容量达到了8×105个/μg cDNA,全长cDNA比例达到68%,重组率超过96%,说明本实验的改进非常成功.该文库的建成为手掌参的遗传资源保护和功能基因发掘等理论与应用研究奠定了基础. 展开更多
关键词 全长cdna文库 Oligo-capping法 手掌参
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猪CTSD全长cDNA的克隆和表达分析 被引量:7
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作者 梅盈洁 李加琪 +5 位作者 陈瑶生 李晓筠 朱良瑞 凌飞 王翀 张豪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期432-436,共5页
以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长(GenBank登录号为DQ018727),猪CTSD基因cDNA... 以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长(GenBank登录号为DQ018727),猪CTSD基因cDNA全长2032 bp包括93 bp 5′UTR区、706 bp 3′UTR区和1 233bp ORF,编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊CTSD编码区同源性分别为87.9%、78.2%、86.6%和85.0%,其氨基酸序列与人、鼠、牛、羊氨基酸序列同源性分别为86.6%、80.1%、86.0%和84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪CTSD氨基酸序列存在至少7个疏水性区域,信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在NCBI进行Blast P搜索结果显示猪CTSD氨基酸结构中含有Asn(Asparagine,天门冬酰胺)结构域,与天冬氨酸蛋白酶3D结构同源性高达99.7%,具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织RNA池为模板,以1026 bp部分cDNA序列作为杂交探针进行Northern杂交,得到一条2000 bp左右特异条带,从而验证了RACE产物为全长cDNA并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪CTSD基因在体内不同组织内表达的特点,采用半定量RT-PCR对CTSD基因在猪10个组织中的表达进行研究,结果表明在10个组织中均有表达,且表达量与-βactin内参接近。 展开更多
关键词 溶酶体组织蛋白酶D 电子克隆 快速扩增cdna末端 全长cdna
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利用改进的Cap-trapper法构建拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides Tausch)全长cDNA文库 被引量:10
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作者 毛新国 孔秀英 +1 位作者 赵光耀 贾继增 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期811-817,共7页
Captrapper法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。在引进、消化、吸收的基础上,通过设计引物,同位素检测,对末端转移反应条件控制等方面做了一些切实可行的改进,形成了一套简单易行的技术体系。利用改进的Captrapper方法,成功构建... Captrapper法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。在引进、消化、吸收的基础上,通过设计引物,同位素检测,对末端转移反应条件控制等方面做了一些切实可行的改进,形成了一套简单易行的技术体系。利用改进的Captrapper方法,成功构建了小麦B基因组的可能供体种拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides)的全长cDNA文库。经综合评价,文库的全长比例达到89.6%,重组率为99%,库容量超过3.0×106cfu。 展开更多
关键词 全长cdna文库 Cap-trapper法 拟斯卑尔脱山羊草 同位素检测 小麦B基因组
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麻疹病毒全长cDNA构建及其感染性的研究 被引量:5
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作者 胡孔新 于建石 +6 位作者 孙玉兰 孟祥芝 王晓芳 张全福 李川 梁米芳 李德新 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期210-213,共4页
为发展新型疫苗和改造目前使用的麻疹病毒疫苗,以麻疹病毒疫苗株为模板,构建了具有感染性的麻疹病毒cDNA克隆。用RT-PCR分6段扩增出麻疹病毒全长基因,通过酶切、拼接构建麻疹病毒疫苗株CC-47的全长正链cDNA序列,并精确地置于T7启动子控... 为发展新型疫苗和改造目前使用的麻疹病毒疫苗,以麻疹病毒疫苗株为模板,构建了具有感染性的麻疹病毒cDNA克隆。用RT-PCR分6段扩增出麻疹病毒全长基因,通过酶切、拼接构建麻疹病毒疫苗株CC-47的全长正链cDNA序列,并精确地置于T7启动子控制下与丁型肝炎病毒核酶序列之前。克隆麻疹病毒CC-47株蛋白N、P、L编码区质粒并置于T7启动子控制下,用4个质粒共转染哺乳动物细胞,在表达T7RNA聚合酶的重组痘苗病毒VTF7-3的作用下进行病毒拯救。经免疫荧光、PCR等方法检测证实,获得了具有感染性的麻疹病毒。所拯救的病毒在哺乳动物细胞连续传3代后,仍能检出病毒抗原和核酸。 展开更多
关键词 麻疹 病毒 全长cdna 感染性 疫苗 反向遗传
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猪乙型脑炎病毒SH0601株基因组序列分析及全长cDNA的构建 被引量:8
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作者 郑浩 余丹丹 +2 位作者 孙志 高飞 袁世山 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期140-145,共6页
目的对猪源乙型脑炎病毒SH0601株进行全序列测定与分析,以了解该株病毒的遗传特征,并构建全长cDNA克隆。方法将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列。根据cDNA克... 目的对猪源乙型脑炎病毒SH0601株进行全序列测定与分析,以了解该株病毒的遗传特征,并构建全长cDNA克隆。方法将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列。根据cDNA克隆酶切图谱分析,将5个片段先后克隆入pBluescript中构建JEV全长基因组cDNA。根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型。结果序列分析表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3、SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3′NTR的10701nt处多一碱基"G",与上述4株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和JEV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅达88.7%,但SH0601株与6株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上。以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型。结论SH0601株属于乙型脑炎病毒基因Ⅲ型。在高拷贝质粒pBluescript中可构建稳定的乙型脑炎病毒全长cDNA克隆。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 病毒基因组 全长cdna克隆
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