茶氨酸合成酶基因的全长cDNA克隆及序列分析

采用SMART RACE技术成功克隆了安吉白茶茶氨酸合成酶基因(TS)的全长cDNA序列,并将其登录Genbank,登录号为JN226569。TS基因的cDNA全长为1 503 bp,开放阅读框(ORF)为1 071 bp,编码356个氨基酸。经生物信息学分析,TS蛋白的氨基酸残基数为356,分子量为39 250.3 Da,理论等电点(PI)为5.79,其氨基酸序列中可能不存在卷曲螺旋结构。TS蛋白不存在信号肽序列,不发生跨膜运动,属于亲水性的非分泌蛋白,其磷酸化位点有26个。通过亚细胞定位预测,安吉白茶TS蛋白是一种细胞质蛋白。克隆茶氨酸合成酶基因的全长cDNA序列,对于利用生物技术手段改良茶树品种,以调控茶树中茶氨酸的含量具有重要意义。

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株基因组全长cDNA克隆的构建

猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点 ,将PRRSV基因组设计为 8段进行了反转录和扩增 (RT_PCR) ,将得到的片段克隆到质粒pBluescriptIISK(_)或pMD 18T_vetcor中。在扩增 5’端时 ,运用 5’RACE获得了基因组 5’最末端序列 ,在亚克隆入pOK12前在 5’端上游引入了T7启动子序列。选取一个克隆在 3’端紧挨ORF7下游引入了PacⅠ位点 ,以期作为感染性分子克隆的分子标志。将扩增片段在pBuescriptIISK(_)中进行了部分连接后 ,亚克隆于低拷贝质粒pOK12中 ,在pOK12中进行了长片段的连接 ,并获得了基因组全长cDNA克隆。进行全基因测序后 ,在 3处发现有 6个核苷酸的缺失 ,运用插入突变修补丢失的碱基 ,最终获得了含有PRRSVCH_la株基因组全长cDNA的重组质粒pOKCH_laF和含有分子标志PcaⅠ的基因组全长cDNA克隆pOKCH_laPacIF。在本试验中构建的基因组全长cDNA克隆为进一步获得具有感染性的PRRSV分子克隆并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。

剑尾鱼P-糖蛋白基因全长cDNA克隆、分析及组织分布

P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)为ABC转运体超家族的主要成员,分布于细胞膜,依赖ATP供能,可将细胞内的亲脂性毒物或药物逆浓度泵出胞外,在机体解毒上具重要功能。研究采用RT-PCR和RACE法对剑尾鱼P-gp基因进行克隆并获得了全长cDNA序列4301 bp,该基因编码1286个氨基酸残基,估算编码蛋白的分子质量为141.64 kD。生物信息学分析表明,剑尾鱼P-gp不含信号肽序列,具ATP转运家族蛋白的典型结构域,包括2个疏水性的跨膜区(Transmembrane domains,TMD)和2个位于细胞浆内的核苷酸结合区(Nucleotide-binding domains,NBD),为全转运子,每个跨膜区都有6个跨膜α螺旋,而每个NBD包含1个ABC转运体家族标记序列;跨膜性质预测结果显示该蛋白属膜蛋白,具P-gp的典型特征。序列同源性分析发现,不同进化地位动物P-gp存在高度同源性,显示P-gp在系统进化上高度保守。P-gp在剑尾鱼肝脏、肾脏、脑等不同组织均有表达,其中以肝脏的相对表达量最高,是P-gp检测的代表组织。QRT-PCR实验表明,苯并(a)芘胁迫可明显诱导P-gp mRNA的表达。剑尾鱼P-gp的表达水平或可作为一个生物标记物指标,应用于环境持久性有机污染物的监测研究中。

猪捷申病毒Swine/CH/IMH/03全长cDNA克隆的构建

为构建猪捷申病毒(Porcine testhovirus,PTV)感染性克隆,进行病毒基因组结构、功能及新型疫苗研究,根据NCBI发表的PTV Swine/CH/IMH/03株及Talfan株核苷酸序列,设计并合成了4对特异性引物,PCR扩增并克隆覆盖PTV Swine/CH/IMH/03全长基因组的4个片段。经过反复拼接和测序,最终将PTV全长cDNA定向克隆到pBluescript SK(+)中。PCR、双酶切及测序鉴定证明PTV全长cDNA克隆构建成功。与Swine/CH/IMH/03亲本株及NCBI登录的其他PTV毒株序列比对发现,该克隆只有3个位点存在核苷酸及氨基酸突变,分别位于2A、2C及3D中。

Ⅰ型鸭肝炎病毒基因组全长cDNA克隆的构建与分析

【目的】建立Ⅰ型鸭病毒性肝炎(Duck hepatitis virus,DHV)的反向遗传系统。【方法】根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)ZJ-V/2006株全基因组序列设计并合成5对特异引物,进而应用RT-PCR技术分5段扩增了DHV全基因组cDNA。将扩增的cDNA重叠片段A、B、C和DE片段分别克隆到载体pBluescriptⅡKS(+)中,获得了DHV-ⅠZJ-V/2006株全长基因组cDNA克隆pBLDHV。在扩增5′末端时,引入ApaⅠ酶切位点和SP6启动子序列;在基因组3′末段PolyA尾引入NruⅠ酶切位点,以供cDNA模板的线性化之用。【结果】核酸序列分析表明,DHV-ⅠZJ-V/2006株基因组全长为7 711个核苷酸,与DHV-ⅠZJ-V BHK-21细胞分离株的同源性为99.9%;全长基因组中有6个核苷酸发生突变,均未导致对应的氨基酸发生改变,为沉默突变。【结论】成功构建了DHV-ⅠZJ-V/2006株基因组全长cDNA。

登革2型型内嵌合病毒全长cDNA克隆的构建

运用OL PCR(OverlapPCR)方法 ,扩增出D2 0 4和D2 MON5 0 1结构蛋白区、5′非编码区等区域的嵌合片段 ,以此片段替换 pDVWS5 0 1质粒中的相应部分后 ,转化DH5α菌。测序结果表明 ,已成功构建含有D2 0 4株完整的PrM和E基因、一部分C基因 ,及D2 MON5 0 1株非编码区、非结构蛋白区和大部分C基因的嵌合病毒全长cD NA(QH 0 4/MON5 0 1)克隆。为进一步研究登革

茶尺蠖小RNA病毒全长cDNA克隆的构建

为了初步研究茶尺蠖小RNA病毒(Ectropis oblique picorna-like virus,EoPV)的复制机制,从被EoPV感染致死的茶尺蠖幼虫中分离并纯化病毒粒子,提取病毒RNA,根据已公布的EoPV核苷酸序列,利用基因组上单一的酶切位点,设计特异性引物,应用RT-PCR扩增出5个覆盖全长的片段。随后采用融合PCR将5个片段拼接,最终将全长定向克隆到低拷贝质粒载体上,成功构建cDNA全长克隆p-EoPV。双酶切及测序鉴定证明全长克隆构建成功。与原序列比较发现,该克隆在氨基酸水平上有8个突变和1个缺失。本研究为深入探讨EoPV病毒生物学特性、病毒复制机理等奠定了基础。

全长cDNA克隆的三种方法的比较研究

为了得到一段EST所在基因的全长 ,采用了快速扩增cDNA末端 (RACE)、cDNA文库构建、λphage测序引物与特异性引物结合、非放射性探针进行噬菌体原位杂交等方法分别对该基因进行了克隆 ,结果得到了一致的全长cDNA ,三种不同实验方法的应用 ,为更方便。

从全长cDNA克隆恢复猪瘟病毒方法的研究

以携带猪瘟病毒Thiverval株全长cDNA克隆的pAC/F101/T1-7载体质粒为模板,在体外转录病毒基因组RNA,并转染PK-15和BHK-21细胞,通过传代、RT-PCR、免疫过氧化物酶细胞单层试验鉴定,成功地在两种细胞中拯救出具有感染性的病毒粒子。同时,通过2种细胞转染效率的对比试验,成功建立了利用高转染效率的其它真核细胞作为病毒拯救的过渡细胞,然后再在猪肾细胞系上进行增殖的病毒拯救方式,极大提高了猪瘟病毒拯救的效率。

庚型和丙型肝炎病毒的全长cDNA克隆在体内外的表达与复制(英文)

目的 :研究 HGV和 HCV的复制和表达。 方法 :利用 HGV全长 c DNA克隆 (HGVqz)及 HCV1 a/ 1 b嵌合体 c DNA克隆分别构建表达质粒 p3.1 HGV和 p3.1 HCV并转染张氏肝细胞 ,以 HGVqz克隆建立 HGV转基因小鼠。分别应用 RT- PCR、免疫组化及 Western印迹分析病毒正、负链 RNA,蛋白表达和剪切。结果 :在转染 p3.1 HCV的张氏肝细胞及 HGV转基因小鼠某些组织中可检出相应病毒的负链 RNA,但在转染 p3.1 HGV的张氏肝细胞中未能检出 HGV负链 RNA。Western印迹在转染 p3.1 HCV的张氏肝细胞中检测到针对 HCV NS3蛋白、相对分子质量约 70 0 0 0的特异性条带 ,在 HGV转基因小鼠某些组织中检测到 2条特异性条带 ,相对分子质量约 4 2 0 0 0和 1 0 0 0 0 0 ,分别相当于 HGV E2蛋白及其剪切中间体。然而 ,在转染p3.1 HGV的张氏肝细胞中检测到针对 HGV E2蛋白的特异性条带 ,其相对分子质量约为 31 0 0 0 0 ,相当于 HGV整个前体蛋白。结论 :HGV的表达与复制在体内、外存在差异。细胞内某些特异性因子在病毒前体蛋白剪切中起重要作用 ,HGV和 HCV前体蛋白剪切所需宿主因子可能存在差异 。

利用交换接头技术构建大麦条纹花叶病毒新疆株RNA_2的全长cDNA克隆

本文采用双股交换接头(Crossover linker)技术对已建立的大麦条纹花叶病毒新疆株(BSMV-XJ)RNA_2 cDNA重组质粒pUBS_(112)进行修饰。使cDNA两端不必要的poly(dG):poly(dC)尾准确地缺失,同时补上了cDNA中相对于RNA_2 5’端区缺少的三个核苷酸TAA,并在cDNA末端插入了预定的限制酶切顺序。通过原位杂交筛选、酶切图谱分析、cDNA两端序列测定等手段,证明已获得BSMV-XJ RNA_2组分的全长cDNA克隆。

马动脉炎病毒基因组全长cDNA克隆的构建

根据马动脉炎病毒(Equine arteritis virus,EAV)Bucyrus株全基因组序列设计并合成EAV特异引物,进而应用RT-PCR技术分6段扩增了EAV全基因组cDNA。将扩增的各个cDNA重叠片段PE124、PE631、PE1854、PE5191、PE61107、PE97Q分别克隆到载体PCR BluntⅡ-TOPO中,建立了EAV初级cDNA克隆。在扩增5′末端时,引入NotⅠ酶切位点和T3启动子序列;在基因组3′末段PolyA尾引入XhoⅠ酶切位点,后者供cDNA模板的线性化之用。将扩增片段在PCR BluntⅡ-TOPO中依次连接,最后亚克隆到质粒pBluescriptⅡKS(+)中,获得了EAV全长基因组cDNA克隆pWEAV。核酸序列分析表明:该毒株基因组全长为12 704个核苷酸,与EAVBucyrus分离株的同源性为99.1%;全长基因组中有104个核苷酸发生突变,相应地导致编码区内34个氨基酸的改变。

RACE技术及其在寄生虫全长cDNA克隆中的应用

PCR技术的出现大大提高了传统基因分离和克隆效率。以PCR为基础的RACE(rapidam plificationofcDNAends)技术是一种简单、敏感且有效扩增cDNA的 5′和 3′端未知序列区域的方法。RACE技术被广泛应用于克隆全长cDNA 。

鸭坦布苏病毒基因组全长cDNA克隆构建与分析

根据鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)ZJ-407株全基因组序列设计并合成4对特异的Infusion引物,应用RT-PCR技术分4段扩增了DTMUV全基因组c DNA。通过In-fusion技术将扩增的c DNA重叠片段A,B,C和D片段分别克隆到载体p BluescriptⅡKS(+)中,获得了DTMUV全长基因组c DNA克隆p SK-T7-DTMUV。在扩增5'末端时,引入T7启动子序列;在基因组3'末段引入SmaⅠ酶切位点,以供c DNA模板的线性化之用。核酸序列分析表明,DTMUV毒株基因组全长为10 990个核苷酸,与DTMUV ZJ-407 DF-1细胞分离株的同源性为99.9%;全长基因组中有9个核苷酸发生突变,其中7处为沉默突变,2处导致相对应的氨基酸发生改变,且这两处均位于非结构蛋白NS5。结果表明,本研究成功构建了DTMUV ZJ-407株基因组全长c DNA,为其感染性c DNA的拯救奠定基础。

1型鸭肝炎病毒基因组全长cDNA克隆的构建

参考1型鸭肝炎病毒基因组序列,设计7条引物,用RT-PCR方法扩增出覆盖整个病毒基因组三个忠实性片段,并按顺序组装进载体pBR322中,获得全长cDNA克隆。测序结果表明,该克隆与母本毒序列同源性达99.6%,并且5'端的T7启动子和3'端的MluⅠ线性化位点均成功引入。

丙型肝炎病毒全长cDNA克隆在Huh7细胞中的表达与复制

目的 了解丙型肝炎病毒 (HCV)在体外的复制和表达情况。 方法 利用HCV全长cDNA克隆构建表达质粒p3.1HCV并转染Huh7细胞。应用RT -PCR ,Westernblotting分析病毒正、负链RNA ,蛋白表达和剪切。 结果 在转染p3.1HCV的Huh7细胞中可检出相应病毒的正、负链RNA、Westernblotting在转染p3.1HCV的Huh7细胞检测中可检到针对HCVNS3蛋白、分子量约 70kD的特异性条带。

黄瓜花叶病毒山东株(CMV-SD)RNA2全长cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶＳＤＲＮＡ２的５’和３’末端序列，在此基础上，利用ＲＴＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２３，并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２Ｆ。通过对ｐＣ２５和ｐＣ２３进行序列测定，得到了ＲＮＡ２的全序列。序列分析结果表明ＣＭＶＳＤＲＮＡ２由３０４８ｎｔ组成，其中存在２个部分重叠的阅读框ＯＲＦ１（７９～２６５２ｎｔ）和ＯＲＦ２（２４１４～２７４６ｎｔ），分别编码８５８ａａ的２ａ蛋白和１１１ａａ的２ｂ蛋白，并在２ａ蛋白的序列中发现了动植物病毒复制酶所特有的两个保守序列。该株系ＲＮＡ２核苷酸序列与分属ＣＭＶＩ亚组的Ｆｎｙ株系和ＩＩ亚组的Ｑ株系ＲＮＡ２的核苷酸序列同源性分别为９１７％和７５６％；２ａ蛋白的氨基酸序列同源性分别为９３８％和６７７％，２ｂ蛋白的氨基酸序列同源性分别为８３０％和５１３％。同源性比较的结果表明ＳＤ株系属于ＣＭＶＩ亚组。

人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定

目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSV Long株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSV LZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入Kpn I、Xma I和Sal I酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的p RSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSV LZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSV LZ 01/09的基因组全长为15 204 bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体p BSKS-MCS(简称p RSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体p RSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSV LZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。

狂犬病病毒口服疫苗株SRV_9基因组全长cDNA的克隆及特性分析

为了解狂犬病病毒口服疫苗株SRV9的基因序列与生物学特性的关系,明确其作为疫苗株的分子基础,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),获得了贯穿全基因组的3个重叠的cDNA片段。将获得的cDNA片段分别克隆至pMD-18T载体上并进行序列测定,对测序结果进行拼接得到全长cDNA序列(GenBank登录号:AF499686)。SRV9株与亲本株SADB19全序列比较分析显示,二者同源性为99.8%,SRV9的变异主要发生在糖蛋白的编码区域,共有5个碱基发生改变,在转录酶蛋白编码区出现2个碱基的改变,其他蛋白编码基因均未出现突变;氨基酸比较分析显示,在转录酶蛋白氨基酸序列发生2个改变;糖蛋白成熟肽的第34位、292位、333位和338位氨基酸分别发生了Gly→Glu,Ala→Thr,Arg→Ser,Ile→Val的改变,其中第34位氨基酸位于第抗原区,第333位和338位氨基酸位于第抗原区。这些抗原位点的突变可能是引起病毒蚀斑特性改变、毒力降低和免疫原性及安全性提高的重要原因。

由标准强毒F114株全长cDNA克隆恢复猪瘟病毒

通过RT-PCR获得猪瘟病毒(classical swine fever virus, CSFV)强毒株cF114株(中国标准强毒F114株经PK-15细胞增殖)全长基因组cDNA并测序. 与已知其他几株CSFV代表毒株F114, Brescia, Alfort和C株的核苷酸同源性分别为99.41%, 96.80%, 86.03%和95.70%; 氨基酸同源性分别为99.28%, 98.54%, 93.33%和97.41%. 将获得的各基因片段按病毒基因组顺序连接成全长cDNA, 插入pMC18质粒SalⅠ/ XbaⅠ之间, 得到含病毒全长基因组的重组质粒pMC12297. 用T7 RNA聚合酶进行体外转录, 转录出的RNA转染PK-15细胞, 细胞上清液经扩增后, 测定上清液中病毒滴度. 质粒来源的CSFV(vM12297)在抗原反应性和复制能力方面与父代病毒相似. 将疫苗毒C株囊膜蛋白基因E01和E2分别替换到pMC12297相应位置, 获得嵌合体基因组质粒pM/CE01和pM/CE2, 体外恢复获得嵌合体病毒vM/CE01和vM/CE2. 两种嵌合体病毒均能感染PK-15, SK-6和原代猪睾丸细胞, 间接免疫荧光检测显示较vM12297弱, 在PK-15细胞上滴度达到8×105 F-PFU/mL. 这一工作为进一步研究和探讨CSFV增殖与致弱的机理提供了重要的实验和理论资料.