亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及EST测序

目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5′端测序,归并unigene。结果测定文库的滴度为1011pfu/μl,插入片段的大小主要在1000bp以上。共测1495个克隆,获得有效EST序列1126个,归并为643条unigene。结论已成功获得一高质量的亚洲带绦虫成虫全长cDNA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据。

牛带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及EST测序

目的构建牛带绦虫(Taeniasaginata)成虫全长cDNA质粒文库,为寻找更多有效的牛带绦虫病疫苗候选抗原分子及对三种主要人体带绦虫的功能基因对比研究奠定基础。方法提取牛带绦虫成虫mRNA;进行反转录合成双链cD-NA。PCR产物经蛋白酶K消化、纯化后,进行SfiI酶切;用CHROMA SPIN-400柱将酶切产物进行分级分离,经1.1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,并与改造载体pBluescript Ⅱ SK连接,将连接产物涂板,测定文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5′端测序,归并UniGene。结果测定文库的滴度为1016个菌落/μL,共测1023个克隆,对这些序列进行UniGene归并,得到419条unigene。结论已成功获得高质量的牛带绦虫成虫全长cDNA表达文库。

细粒棘球绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及鉴定

目的:构建细粒棘球绦虫(E.g.)成虫全长cDNA质粒文库,并检测文库质量。方法:提取E.g.成虫mRNA,应用SMART方法构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,检测文库的重组率及容量;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,检测插入片段大小。随机挑选阳性重组克隆5′端测序,归并unigene,计算unigene得率,全长性判定主要根据同源全长基因5'末端进行比较判定并计算全长率。结果:成功构建E.g.成虫全长cDNA质粒文库。文库的重组率为95.04%,库容量1.13×106;平均插入片段长度约为1.2 kb。24个随机阳性克隆测序,unigene比例为69.57%,全长性比率为64.71%。结论:成功构建E.g.成虫全长cDNA质粒文库,文库质量良好。

猪带绦虫成虫cDNA质粒文库的构建及EST测序

目的构建猪带绦虫(Taeniasolium)成虫全长cDNA表达文库,为获取猪带绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取猪带绦虫成虫mRNA,构建pBluescriptIISK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5’端测序,归并unigene。结果文库库容达到1×106pfu/ml,插入片段的大小主要在1000bp以上。获得有效EST序列2000条,归并为1171条unigene。结论已成功获得一高质量的猪带绦虫成虫全长cD-NA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据。

几种全长cDNA文库构建方法比较

全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大、近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较,并结合实验室的结果,重点介绍了Cap-trapper法在小麦全长cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。

橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库的构建与EST测序分析

【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1.87×105,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,橡胶树胶乳2个高丰度表达基因,即小橡胶粒子蛋白(SRPP)和橡胶延长因子(REF)基因,在均一化cDNA文库中的表达量均下降了约1 000倍。【结论】构建了均一化效果良好的橡胶树胶乳全长cDNA文库,并对文库中随机的12 000个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressed sequence tag)序列为11 951条,经拼接共获得单一基因(unigene)为3 394个,其中包括片段重叠群(contig)2 061个和单一EST序列(singlet)1 333个。此cDNA文库将可用于橡胶树功能基因组研究、新基因筛选、高通量EST测序以及橡胶树胶乳cDNA芯片的制备。

大豆叶片全长cDNA文库的构建与鉴定

以大豆绥农14第一个三出复叶幼叶为材料提取mRNA，利用SMART技术合成了全长cDNA，经限制性内切酶SfiA和靳日消化后的cDNA克隆到质粒载体pDNR—LIB中，建成大豆叶片全长cDNA文库。文库容量1．2×10^6，重组率接近100％。对随机挑取的克隆进行菌液PCR鉴定，插入片断大小范围为0．25～2．0kb，主要集中在0．5～1．5kb，插入片断平均大小为0．9kb，这说明文库质量可保证大规模全长cDNA的获得。

利用改进的Oligo-capping法构建手掌参全长cDNA文库

Oligo-capping法是构建全长cDNA文库的重要方法之一.以名贵中药手掌参(Gymnadenia conopseaR.Br.)的幼芽组织为材料,通过减少mRNA的用量,用pUC18作载体,设计特异引物对第1链cDNA进行PCR扩增,按片段大小分级回收cDNA,形成了一种以Oligo-capping法为基础,构建珍稀材料全长cDNA文库的快速、简单的技术体系.利用该方法,首次成功地构建了手掌参的全长cDNA文库.经综合评价,文库容量达到了8×105个/μg cDNA,全长cDNA比例达到68%,重组率超过96%,说明本实验的改进非常成功.该文库的建成为手掌参的遗传资源保护和功能基因发掘等理论与应用研究奠定了基础.

全长cDNA文库的构建方法

全长cDNA文库的构建是进行功能基因组研究的一种经济、快速、有效的途径,克服了传统cDNA文库的缺点,节省了基因克隆和功能鉴定的时间,促进了功能基因组的研究进程。目前有6种构建全长cDNA文库的方法,包括Oligo-Capping、CAPture、SMART、CAP-trapper、CapSelect、CAP-jumping。这几种方法在起始材料用量、文库构建技术、实验操作复杂程度和文库构建质量等方面构存在不同程度的优缺点,但综合比较而言,SMART和CAP-trapper这两种方法比较有实际应用价值。SMART法适于简单、快速地构建一般质量的cDNA文库,如果采用Little-cycleSMART和Large-sizeSMART这两种改进技术,所建文库质量也非常好;CAP-trapper法虽然对实验技术要求较高,实验过程复杂,但所建文库全长率高,冗余性低,建库效率高,是目前构建高质量文库最好的方法。

天山雪莲叶片全长cDNA文库的构建

以天山雪莲(Saussurea involucrataKar.et Kir)幼嫩叶片为研究材料,利用CreatorTMSMARTTMcD-NA Library Construction技术构建了天山雪莲叶片全长cDNA文库,原始文库滴度达3.93×105cfu/mL,文库插入片段多在1 000 bp左右。随机挑取10个克隆进行测序,通过生物信息学初步分析表明,100%为全长cDNA,大部分可以在GenBank中找到同源序列。天山雪莲叶片全长cDNA文库的构建为雪莲基因资源保存和植物抗寒机理的研究奠定了基础。

海岛棉品种根部黄萎病菌诱导表达全长cDNA文库的构建

以海岛棉品种 712 4黄萎病菌接种前后的根部组织为材料 ,构建的黄萎病菌诱导表达的全长c DNA文库。该文库的克隆数目为 1.15×10 7pfu,插入片段的大小在 0 .5～ 6kb之间 ,文库的阳性克隆子的比例为 84.7%。该文库可以用于抗黄萎病基因的克隆及其相关研究。在文中作者同时对棉花的文库构建所应该注意的事项进行了讨论。

葱蝇非滞育蛹的全长cDNA文库构建

葱蝇具有兼性滞育的特性且与果蝇近缘，是昆虫滞育分子机理和冬滞育和夏滞育专化基因比较研究的理想模式种，本研究目的在于构建葱蝇非滞育蛹的全长cDNA文库，为进一步的滞育专化基因筛选、克隆和表达分析奠定基础。利用RNAiso试剂提取葱蝇非滞育蛹的总RNA，采用SMART技术合成全长cDNA，将限制性内切酶Sfi I消化后的cDNA克隆到质粒载体pDNR－LIB，转化入大肠杆菌（DH10B），获得原始文库。经过涂平板测定表明，原始文库的库容量为2．3×10^7个单克隆；随机挑取15个单克隆，通过PCR快速鉴定，插入片段大小在0．4～1．2kb之间，平均大小在0．9kb，重组率达100％。这些结果表明本研究所构建文库的代表性和重组片段的序列完整性达到了用于目的基因的分离筛抗和克隆表达的建库要求。

利用改进的Cap-trapper法构建拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides Tausch)全长cDNA文库

Captrapper法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。在引进、消化、吸收的基础上,通过设计引物,同位素检测,对末端转移反应条件控制等方面做了一些切实可行的改进,形成了一套简单易行的技术体系。利用改进的Captrapper方法,成功构建了小麦B基因组的可能供体种拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides)的全长cDNA文库。经综合评价,文库的全长比例达到89.6%,重组率为99%,库容量超过3.0×106cfu。

日本对虾精巢和卵巢全长cDNA文库的构建

采用RDP试剂提取日本对虾精巢和卵巢的总RNA ,经Oligotex试剂盒纯化得到mRNA。根据SMART(switchingmechanismat5′endofRNAtranscript)技术 ,利用含SfiⅠB酶切位点的oligo(dT)引物合成cDNA第一条链 ,利用含SfiⅠA酶切位点的SMART核苷酸作为cDNA第一条链在mRNA 5′端延伸出去的模板 ,采用LDPCR引物合成双链cDNA ,双链cDNA用SfiⅠ酶切和过柱分级分离后 ,与λTriplEx2两臂进行连接 ,随后进行λ噬菌体体外包装反应 ,构建成精巢和卵巢之全长cDNA文库。构建好的文库中 ,精巢的文库含有约 1 0 4× 1 0 6的重组子 ,卵巢的文库含有约为 1 2× 1 0 6的重组子。文库扩增后 ,滴度分别达7 3× 1 0 8(Pfu ml)和 9 1× 1 0 8(Pfu ml) ,插入cDNA长度为 4 0 0bp～ 3kb ,说明两文库均具有良好的质量 ,为进一步筛选、克隆精巢与卵巢特异表达基因奠定了基础。

一种获得大片段克隆的SMART全长cDNA文库构建方法

针对SMART方法中PCR扩增削减了大片段基因所占比例，使文库中很难获得大片段克隆的问题，进行了方法改进。在原始SMART方法的基础上，以大豆叶片为材料，通过琼脂糖凝胶分级分离技术，将PCR扩增后合成的dscDNA分成3个等级，分别与载体连接、转化，构建相应亚库，每个亚库容量在1．0×10^6左右，重组率接近99％。改进方法所建文库的平均全长率53．6％，与改进前的（52．2%）相当。插入片段范围为0．5～3．5kb，最大插入片断长度比改进前的提高1．5kb。该方法提高了SMART方法中大片段克隆的获得率，为大豆功能基因组学研究提供了保障。

葱蝇夏滞育蛹的全长cDNA文库构建

葱蝇具有夏滞育的特性且与果蝇近缘.为构建葱蝇夏滞育蛹的全长cDNA文库,并为进一步的夏滞育专化基因筛选、克隆和表达分析奠定基础,利用RNAiso试剂盒提取葱蝇夏滞育蛹的总RNA,采用SMART技术合成全长cDNA,限制性酶切消化后将cDNA克隆到质粒载体pDNR-LIB.经鉴定原始文库的滴度为2.4×107cfu/mL.随机挑取克隆,经PCR快速鉴定,插入片段大小在0.35～2.2kb之间,平均大小约为0.9kb,重组率达100%,获得了高质量的葱蝇夏滞育蛹cDNA文库.

鹅肝脏组织的质粒cDNA文库构建

为分离鹅肝脏组织特异性表达的功能基因,以38周龄的吉林白鹅肝脏组织为材料,利用SMART技术进行大片段双链cDNA扩增,以经过改造后具有SfiⅠ接头序列的pBluescriptⅡSK质粒为连接载体,将重组体转化到大肠杆菌DH2α感受态细胞进行cDNA克隆,构建质粒cDNA文库。结果表明:所构建的肝脏组织cDNA文库滴度为1 123 pfu/μL,库容量为1.12×106,质粒的转化重组率为96%。随机取24个重组克隆子进行测序,所获得的unigene比率为58.3%,全长cDNA序列完整性比率为95.2%。

细粒棘球蚴全长cDNA文库的构建及初步鉴定

目的 分离目的基因构建cDNA文库的经典方法繁琐且不易得到全长cDNA(3’和 5’端 ,尤其是基因的 5’非翻译区 )。本研究通过构建细粒棘球蚴全长cDNA文库 ,筛选全长目的基因 ,研究其结构和功能。方法 采用TRIZOL试剂提取E .granulosus总RNA ,用ClonTech公司的SMARTTMcDNA文库构建试剂盒构建E .granulosus原头节全长cDNA文库 ,文库的包装使用EICENTERTECHNOLOGIES公司提供的包装蛋白。结果与结论 成功构建细粒棘球蚴全长cDNA文库 ,文库滴度为 1.4× 10 7pfu/ml。文库的重组效率达到 99%以上 ,插入片段长度约为 1.1kb。

东北梅花鹿鹿茸尖端组织全长cDNA文库的构建

为克隆出与鹿茸生长发育相关基因的全长序列,采用SMART技术构建了东北梅花鹿鹿茸尖端组织的全长cDNA文库。用SVTotal RNAIsolation System试剂盒提取总RNA,以逆转录酶PowerScriptTM反转录合成第一链cDNA,然后通过LD-PCR合成并扩增ds cDNA。扩增产物经纯化、SfiⅠ酶切、过CHROMASPIN-400柱去除小片段后,连接到SfiⅠ消化过的pDNR-LIB质粒载体中,最后用电转化法将重组质粒转化到E.coliDH5α内得到原始文库。经测定,构建的原始文库约含有2.56×106个重组子,插入片段多在0.5～2 kb之间,平均插入片段长度约1.1 kb,重组效率接近100%。结果表明,东北梅花鹿鹿茸尖端组织的全长cDNA文库已构建成功。

巴西橡胶树低温诱导全长cDNA文库构建

通过低温诱导处理巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)品系93-114幼嫩枝条和树叶,提取总RNA,并分离纯化mRNA。利用SMART技术合成橡胶树全长cDNA,经过Sfi I酶切后连接到pDNR-LIB载体中,得到全长cDNA文库。文库库容为1.4×106,重组率达到100%。挑取单菌落提取质粒并酶切鉴定,插入片断分布在0.3～2 kb之间,平均大小为1 kb左右,表明该文库质量合格,可用于全长基因的筛选。