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联合多组学数据鉴定猪脂肪沉积的候选基因
1
作者
刘华涛
马福平
+5 位作者
赵卿尧
杨金艳
汪佳豪
王露露
丁向东
王楚端
《中国畜牧杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期123-130,共8页
脂肪沉积是猪生产及育种中最为重要的经济性状指标之一,其调控机制一直是研究热点,单一组学的研究方法不足以推测与还原出猪脂肪沉积复杂的调控过程。因此本研究联合多组学数据共同进行分析以鉴定猪脂肪沉积的候选基因。首先对同一猪场...
脂肪沉积是猪生产及育种中最为重要的经济性状指标之一,其调控机制一直是研究热点,单一组学的研究方法不足以推测与还原出猪脂肪沉积复杂的调控过程。因此本研究联合多组学数据共同进行分析以鉴定猪脂肪沉积的候选基因。首先对同一猪场相同日龄和体重的461头大白猪进行基因分型,并将芯片数据填充至测序水平,然后对其中132个个体进行背最长肌mRNA测序,根据基因表达水平和包含15389322个SNP的测序数据进行eQTL分析鉴定到33756个cis-eQTL,且多为正向调控。之后基于猪的背膘厚度表型利用测序数据进行GWAS确定了312个显著SNP。最后通过GWAS与eQTL的共定位分析定位到一个显著信号位点SSC9:15828911,对应的调控基因为RAB30,且有研究表明其会参与脂肪的合成和代谢,可以作为影响猪脂肪沉积的候选基因。研究结果为猪脂肪沉积的遗传解析和猪肉质改良的分子育种提供理论依据和重要参考。
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关键词
大白猪
脂肪沉积
eQTL
分析
GWAS
共定位分析
下载PDF
职称材料
铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性
2
作者
吴玉新
包映晖
《中国医学前沿杂志(电子版)》
2019年第7期86-91,共6页
目的研究铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性。方法建立大鼠左侧控制性皮质撞击(controlled corticalimpact,CCI)模型,采用去铁胺干预,研究创伤性脑损伤早期(72 h内)大鼠皮质内铁调素的变化情况、铁浓度与铁调素表达的关系及铁...
目的研究铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性。方法建立大鼠左侧控制性皮质撞击(controlled corticalimpact,CCI)模型,采用去铁胺干预,研究创伤性脑损伤早期(72 h内)大鼠皮质内铁调素的变化情况、铁浓度与铁调素表达的关系及铁调素与神经元的共定位情况。通过实时定量逆转录聚合酶链反应评估铁调素mRNA转录情况,通过酶联免疫吸附测定评估铁调素浓度变化情况,通过铁浓度检测试剂盒评估非血红素总铁含量,通过蛋白质印迹法评估BMPs/Smad1/5/8信号通路激活情况。通过免疫荧光评估铁调素在脑组织细胞中的信号强度,并进行铁调素与神经元和星形胶质细胞的共定位分析。结果与Sham组相比,CCI 6 h组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均无明显变化(均P>0.05)。CCI 24 h组和CCI 72 h组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均显著高于Sham组(均P<0.01);CCI 72 h+去铁胺组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均显著低于CCI 72 h组(均P<0.05)。相较于Sham组,CCI 72 h组大鼠脑皮质DAPI阳性细胞核减少,脑细胞内的荧光强度显著增强(P<0.0001)。共定位分析显示神经元与铁调素信号共标现象增多,而未见明显的星形胶质细胞与铁调素共标现象。结论创伤性脑损伤后脑组织非血红素总铁水平显著升高,并可能通过BMPs/Smad1/5/8信号通路引起脑组织铁调素表达上调。神经元中铁调素水平升高而星形胶质细胞内未见明显铁调素水平变化,说明创伤性脑损伤后铁调素对所作用的脑细胞具有选择性。
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关键词
控制性皮层撞击
创伤性脑损伤
铁调素
共定位分析
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职称材料
题名
联合多组学数据鉴定猪脂肪沉积的候选基因
1
作者
刘华涛
马福平
赵卿尧
杨金艳
汪佳豪
王露露
丁向东
王楚端
机构
中国农业大学动物科技学院
出处
《中国畜牧杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期123-130,共8页
基金
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系
国家重点研发计划项目(2019YFE0106800)。
文摘
脂肪沉积是猪生产及育种中最为重要的经济性状指标之一,其调控机制一直是研究热点,单一组学的研究方法不足以推测与还原出猪脂肪沉积复杂的调控过程。因此本研究联合多组学数据共同进行分析以鉴定猪脂肪沉积的候选基因。首先对同一猪场相同日龄和体重的461头大白猪进行基因分型,并将芯片数据填充至测序水平,然后对其中132个个体进行背最长肌mRNA测序,根据基因表达水平和包含15389322个SNP的测序数据进行eQTL分析鉴定到33756个cis-eQTL,且多为正向调控。之后基于猪的背膘厚度表型利用测序数据进行GWAS确定了312个显著SNP。最后通过GWAS与eQTL的共定位分析定位到一个显著信号位点SSC9:15828911,对应的调控基因为RAB30,且有研究表明其会参与脂肪的合成和代谢,可以作为影响猪脂肪沉积的候选基因。研究结果为猪脂肪沉积的遗传解析和猪肉质改良的分子育种提供理论依据和重要参考。
关键词
大白猪
脂肪沉积
eQTL
分析
GWAS
共定位分析
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性
2
作者
吴玉新
包映晖
机构
上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科
出处
《中国医学前沿杂志(电子版)》
2019年第7期86-91,共6页
基金
国家自然科学基金面上项目(81771316)
文摘
目的研究铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性。方法建立大鼠左侧控制性皮质撞击(controlled corticalimpact,CCI)模型,采用去铁胺干预,研究创伤性脑损伤早期(72 h内)大鼠皮质内铁调素的变化情况、铁浓度与铁调素表达的关系及铁调素与神经元的共定位情况。通过实时定量逆转录聚合酶链反应评估铁调素mRNA转录情况,通过酶联免疫吸附测定评估铁调素浓度变化情况,通过铁浓度检测试剂盒评估非血红素总铁含量,通过蛋白质印迹法评估BMPs/Smad1/5/8信号通路激活情况。通过免疫荧光评估铁调素在脑组织细胞中的信号强度,并进行铁调素与神经元和星形胶质细胞的共定位分析。结果与Sham组相比,CCI 6 h组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均无明显变化(均P>0.05)。CCI 24 h组和CCI 72 h组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均显著高于Sham组(均P<0.01);CCI 72 h+去铁胺组大鼠脑皮质中的铁含量、铁调素mRNA相对表达量、铁调素浓度及pSmad1/5/8/Smad1/5/8比值均显著低于CCI 72 h组(均P<0.05)。相较于Sham组,CCI 72 h组大鼠脑皮质DAPI阳性细胞核减少,脑细胞内的荧光强度显著增强(P<0.0001)。共定位分析显示神经元与铁调素信号共标现象增多,而未见明显的星形胶质细胞与铁调素共标现象。结论创伤性脑损伤后脑组织非血红素总铁水平显著升高,并可能通过BMPs/Smad1/5/8信号通路引起脑组织铁调素表达上调。神经元中铁调素水平升高而星形胶质细胞内未见明显铁调素水平变化,说明创伤性脑损伤后铁调素对所作用的脑细胞具有选择性。
关键词
控制性皮层撞击
创伤性脑损伤
铁调素
共定位分析
Keywords
Controlled cortical impact
Traumatic brain injury
Hepcidin
Co-localization analysis
分类号
R651.15 [医药卫生—外科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
联合多组学数据鉴定猪脂肪沉积的候选基因
刘华涛
马福平
赵卿尧
杨金艳
汪佳豪
王露露
丁向东
王楚端
《中国畜牧杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
铁调素在创伤性脑损伤大鼠皮质中的表达特性
吴玉新
包映晖
《中国医学前沿杂志(电子版)》
2019
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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