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鲢鳙杂种亲本连锁图标记加密和共线性比较 被引量:1
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作者 张立楠 杨官品 +5 位作者 邹桂伟 危起伟 王军 张鹏 刘昕 杨静 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期256-266,共11页
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)与鳙(Aristichthys nobilis)杂种的养殖性能优于亲本,在水产养殖中利用广泛。为促进鲢、鳙遗传资源管理、经济性状定位等研究,已构建了鲢鳙种间杂种亲本的遗传连锁图,但图谱以AFLP标记为主,利用范围有... 鲢(Hypophthalmichthys molitrix)与鳙(Aristichthys nobilis)杂种的养殖性能优于亲本,在水产养殖中利用广泛。为促进鲢、鳙遗传资源管理、经济性状定位等研究,已构建了鲢鳙种间杂种亲本的遗传连锁图,但图谱以AFLP标记为主,利用范围有限。为提高图谱质量和可用性,本研究采用新开发的微卫星标记加密了鲢鳙杂种亲本连锁图。雌性亲本鳙的连锁图标记总数从153增加到288(包括新开发微卫星标记93个),雄性亲本鲢的连锁图标记总数从271增加到511(包括新开发微卫星标记136)。鳙图谱总长度从852.0cM增加到965.8cM,鲢图谱总长度从952.2cM增加到1049.6cM。鲢、鳙图谱共线性比较甄别出22个同缘连锁群,标记排列只存在轻微重排现象。亲本间共享的76个微卫星标记界定的标记间隔总长度在亲本间无差异(雌:雄=1:1),与鲢鲢种内杂种亲本共享微卫星标记界定间隔的总长度雌雄比(1:0.45)显著不同。与模拟自然受精(种内杂种)相比,混精受精(种间杂种)可增加雄性亲本基因组范围的重组率。鲢鳙形态相似,染色体组型相同,杂种可育,鲢鳙杂交对重组率没有影响或影响很小。根据研究结果,认为混精授精回避了精子竞争,强化了全基因组重排,不利于新形成的和已有的优良单倍型的保留,是鲢鳙养殖性能退化的原因之一。 展开更多
关键词 微卫星 连锁图 共线性比较
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苔藓NAC基因家族的生物信息学分析 被引量:2
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作者 周士钊 罗婷 刘莉 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期822-833,共12页
NAC(NAM,ATAF,CUC)转录因子家族仅存在于陆生植物中,在植物发育、响应胁迫以及生物合成过程中发挥重要作用。许多NAC家族成员的功能已被确定(主要在模式植物中),但在苔藓等早期陆生植物中NAC家族的进化过程尚不清楚。本研究从藓类的小... NAC(NAM,ATAF,CUC)转录因子家族仅存在于陆生植物中,在植物发育、响应胁迫以及生物合成过程中发挥重要作用。许多NAC家族成员的功能已被确定(主要在模式植物中),但在苔藓等早期陆生植物中NAC家族的进化过程尚不清楚。本研究从藓类的小立碗藓(Physcomitrella patens)和泥炭藓(Sphagnum fallax)、苔类的地钱(Marchantia polymorpha)和角苔类的角苔(Anthoceros angustus)中,共鉴定出97个NAC基因,并对其进行NAC转录因子家族进化分析。藓类有大约40个NAC基因,地钱和角苔中只有大约10个NAC基因。在苔藓植物中,NAC基因家族可分为5个亚家族。基因结构和保守结构域分析表明,在同一个亚家族中,大多数NAC基因具有相似的基因结构和编码相似的蛋白基序。共线性分析表明NAC-Ⅱ基因位于藓类植物保守共线性区,并随着藓类植物的整个基因重复事件而扩张。上述研究结果表明NAC基因的扩张不仅发生在维管植物中,也发生在苔藓植物中,这对NAC基因家族的功能扩展是至关重要的。进一步研究结果显示,NAC基因家族的扩增时间与藓类植物的全基因组复制(whole genome duplication,WGD)事件密切相关,说明NAC基因家族伴随着全基因复制事件发生扩张。 展开更多
关键词 NAC基因家族 全基因组分析 全基因组重复 苔藓植物基因组共线性比较
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