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鲢鳙杂种亲本连锁图标记加密和共线性比较
被引量:
1
1
作者
张立楠
杨官品
+5 位作者
邹桂伟
危起伟
王军
张鹏
刘昕
杨静
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第2期256-266,共11页
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)与鳙(Aristichthys nobilis)杂种的养殖性能优于亲本,在水产养殖中利用广泛。为促进鲢、鳙遗传资源管理、经济性状定位等研究,已构建了鲢鳙种间杂种亲本的遗传连锁图,但图谱以AFLP标记为主,利用范围有...
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)与鳙(Aristichthys nobilis)杂种的养殖性能优于亲本,在水产养殖中利用广泛。为促进鲢、鳙遗传资源管理、经济性状定位等研究,已构建了鲢鳙种间杂种亲本的遗传连锁图,但图谱以AFLP标记为主,利用范围有限。为提高图谱质量和可用性,本研究采用新开发的微卫星标记加密了鲢鳙杂种亲本连锁图。雌性亲本鳙的连锁图标记总数从153增加到288(包括新开发微卫星标记93个),雄性亲本鲢的连锁图标记总数从271增加到511(包括新开发微卫星标记136)。鳙图谱总长度从852.0cM增加到965.8cM,鲢图谱总长度从952.2cM增加到1049.6cM。鲢、鳙图谱共线性比较甄别出22个同缘连锁群,标记排列只存在轻微重排现象。亲本间共享的76个微卫星标记界定的标记间隔总长度在亲本间无差异(雌:雄=1:1),与鲢鲢种内杂种亲本共享微卫星标记界定间隔的总长度雌雄比(1:0.45)显著不同。与模拟自然受精(种内杂种)相比,混精受精(种间杂种)可增加雄性亲本基因组范围的重组率。鲢鳙形态相似,染色体组型相同,杂种可育,鲢鳙杂交对重组率没有影响或影响很小。根据研究结果,认为混精授精回避了精子竞争,强化了全基因组重排,不利于新形成的和已有的优良单倍型的保留,是鲢鳙养殖性能退化的原因之一。
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关键词
鲢
鳙
微卫星
连锁图
共线性比较
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职称材料
苔藓NAC基因家族的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
周士钊
罗婷
刘莉
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期822-833,共12页
NAC(NAM,ATAF,CUC)转录因子家族仅存在于陆生植物中,在植物发育、响应胁迫以及生物合成过程中发挥重要作用。许多NAC家族成员的功能已被确定(主要在模式植物中),但在苔藓等早期陆生植物中NAC家族的进化过程尚不清楚。本研究从藓类的小...
NAC(NAM,ATAF,CUC)转录因子家族仅存在于陆生植物中,在植物发育、响应胁迫以及生物合成过程中发挥重要作用。许多NAC家族成员的功能已被确定(主要在模式植物中),但在苔藓等早期陆生植物中NAC家族的进化过程尚不清楚。本研究从藓类的小立碗藓(Physcomitrella patens)和泥炭藓(Sphagnum fallax)、苔类的地钱(Marchantia polymorpha)和角苔类的角苔(Anthoceros angustus)中,共鉴定出97个NAC基因,并对其进行NAC转录因子家族进化分析。藓类有大约40个NAC基因,地钱和角苔中只有大约10个NAC基因。在苔藓植物中,NAC基因家族可分为5个亚家族。基因结构和保守结构域分析表明,在同一个亚家族中,大多数NAC基因具有相似的基因结构和编码相似的蛋白基序。共线性分析表明NAC-Ⅱ基因位于藓类植物保守共线性区,并随着藓类植物的整个基因重复事件而扩张。上述研究结果表明NAC基因的扩张不仅发生在维管植物中,也发生在苔藓植物中,这对NAC基因家族的功能扩展是至关重要的。进一步研究结果显示,NAC基因家族的扩增时间与藓类植物的全基因组复制(whole genome duplication,WGD)事件密切相关,说明NAC基因家族伴随着全基因复制事件发生扩张。
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关键词
NAC基因家族
全基因组分析
全基因组重复
苔藓植物基因组
共线性比较
原文传递
题名
鲢鳙杂种亲本连锁图标记加密和共线性比较
被引量:
1
1
作者
张立楠
杨官品
邹桂伟
危起伟
王军
张鹏
刘昕
杨静
机构
中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室
中国水产科学研究院长江水产研究所
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第2期256-266,共11页
基金
科技部国家支撑计划项目(2006BAD01A1205)
农业部现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目(nycytx-49-01)
长江水产研究所鱼类种质资源和生物技术重点实验室开放课题(LFB20070601)
文摘
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)与鳙(Aristichthys nobilis)杂种的养殖性能优于亲本,在水产养殖中利用广泛。为促进鲢、鳙遗传资源管理、经济性状定位等研究,已构建了鲢鳙种间杂种亲本的遗传连锁图,但图谱以AFLP标记为主,利用范围有限。为提高图谱质量和可用性,本研究采用新开发的微卫星标记加密了鲢鳙杂种亲本连锁图。雌性亲本鳙的连锁图标记总数从153增加到288(包括新开发微卫星标记93个),雄性亲本鲢的连锁图标记总数从271增加到511(包括新开发微卫星标记136)。鳙图谱总长度从852.0cM增加到965.8cM,鲢图谱总长度从952.2cM增加到1049.6cM。鲢、鳙图谱共线性比较甄别出22个同缘连锁群,标记排列只存在轻微重排现象。亲本间共享的76个微卫星标记界定的标记间隔总长度在亲本间无差异(雌:雄=1:1),与鲢鲢种内杂种亲本共享微卫星标记界定间隔的总长度雌雄比(1:0.45)显著不同。与模拟自然受精(种内杂种)相比,混精受精(种间杂种)可增加雄性亲本基因组范围的重组率。鲢鳙形态相似,染色体组型相同,杂种可育,鲢鳙杂交对重组率没有影响或影响很小。根据研究结果,认为混精授精回避了精子竞争,强化了全基因组重排,不利于新形成的和已有的优良单倍型的保留,是鲢鳙养殖性能退化的原因之一。
关键词
鲢
鳙
微卫星
连锁图
共线性比较
Keywords
silver carp
Hypophthalmichthys molitrix
bighead carp
Aristichthys nobilis
microsatellite
linkage map
sytenic comparison
分类号
S96 [农业科学—水产养殖]
下载PDF
职称材料
题名
苔藓NAC基因家族的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
周士钊
罗婷
刘莉
机构
中国科学院昆明植物研究所
中国科学院大学
湖北大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期822-833,共12页
基金
国家自然科学基金项目(31971410)资助。
文摘
NAC(NAM,ATAF,CUC)转录因子家族仅存在于陆生植物中,在植物发育、响应胁迫以及生物合成过程中发挥重要作用。许多NAC家族成员的功能已被确定(主要在模式植物中),但在苔藓等早期陆生植物中NAC家族的进化过程尚不清楚。本研究从藓类的小立碗藓(Physcomitrella patens)和泥炭藓(Sphagnum fallax)、苔类的地钱(Marchantia polymorpha)和角苔类的角苔(Anthoceros angustus)中,共鉴定出97个NAC基因,并对其进行NAC转录因子家族进化分析。藓类有大约40个NAC基因,地钱和角苔中只有大约10个NAC基因。在苔藓植物中,NAC基因家族可分为5个亚家族。基因结构和保守结构域分析表明,在同一个亚家族中,大多数NAC基因具有相似的基因结构和编码相似的蛋白基序。共线性分析表明NAC-Ⅱ基因位于藓类植物保守共线性区,并随着藓类植物的整个基因重复事件而扩张。上述研究结果表明NAC基因的扩张不仅发生在维管植物中,也发生在苔藓植物中,这对NAC基因家族的功能扩展是至关重要的。进一步研究结果显示,NAC基因家族的扩增时间与藓类植物的全基因组复制(whole genome duplication,WGD)事件密切相关,说明NAC基因家族伴随着全基因复制事件发生扩张。
关键词
NAC基因家族
全基因组分析
全基因组重复
苔藓植物基因组
共线性比较
Keywords
NAC gene family
Genome-wide analysis
Whole genome duplication
Genomic synteny comparisons in bryophytes
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鲢鳙杂种亲本连锁图标记加密和共线性比较
张立楠
杨官品
邹桂伟
危起伟
王军
张鹏
刘昕
杨静
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
下载PDF
职称材料
2
苔藓NAC基因家族的生物信息学分析
周士钊
罗婷
刘莉
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
原文传递
已选择
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引证文献
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