子结构检索中关系数据库插件的使用和效率

采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C^(++))构建了化合物分子结构数据库。本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试。对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷。对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内存管理、数据表结构、子结构预筛选参数,实现了满足用户的高效检索。