大豆巢式关联作图群体蛋白质含量的遗传解析

【目的】大豆是重要的经济作物,是人类植物蛋白质和油脂的主要来源。蛋白质含量作为大豆育种的主要目标之一,属于多基因控制的复杂数量性状,并且受环境条件的影响。通过对大豆巢式关联作图群体的蛋白质含量进行全基因组关联分析,解析其遗传构成,为高蛋白质含量的大豆品种育种提供理论基础。【方法】以蒙8206为共同亲本,对临河×蒙8206、正阳×蒙8206、蒙8206×通山与蒙8206×WSB分别杂交,通过单粒传法自交7代衍生的4个重组自交系群体,共计623个家系,整合为一个大豆巢式关联作图群体,利用RAD-seq技术进行SNP标记基因分型,并于2012年至2014年将该群体种植在5个不同田间环境,在大豆完熟期R8时测定蛋白质含量,利用限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法(RTM-GWAS)来解析蛋白质含量的遗传构成。【结果】试验群体的蛋白质含量变异较大,蛋白质含量性状遗传率较高,遗传变异可解释85.00%的表型变异。多环境联合方差分析表明,蛋白质含量的基因型、环境以及基因型×环境均达到差异极显著水平。全基因组关联分析共检测到90个蛋白质含量QTL,其中新检测到20个QTL,每个QTL的表型变异解释率为0.06%—3.99%,贡献率总和为45.60%。每个QTL包含2—5个等位变异,等位变异效应为-2.434%—2.845%,大多数等位变异效应为-1.000%-1.000%,表明大多数等位变异的效应较小。根据检测的90个蛋白质含量QTL,预测了73个蛋白质含量相关基因,其中Glyma20g24830参与甘氨酸与芳香族氨基酸代谢,Glyma18g03540参与半胱氨酸生物合成,推测其为重要蛋白质含量候选基因。根据试验群体的蛋白质含量QTL-allele矩阵,预测出潜在杂交组合的纯系后代的蛋白质含量育种潜力高达56.5%。【结论】检测到90个大豆蛋白质含量QTL,新检测到20个QTL,预测到73个蛋白质含量相关基因,表明大豆蛋白质含量是由多基因控制的数量性状。

棉花数量性状的连锁作图和关联作图最新进展

现代分子生物学技术和新的统计方法,大大促进了植物数量性状基因(QTL)的解析。连锁作图和关联作图是目前植物数量性状基因解析的重要方法,两者在QTL定位的精度和广度、提供的信息量、统计分析方法等方面具有明显的互补性。连锁作图可以初步对目标性状基因进行定位,而关联作图则可快速对目标基因进行验证和精细定位,并针对特定候选基因提供大量信息,验证候选基因的功能。综述了近10年来棉花数量性状的连锁作图和关联作图最新进展,并结合两种方法对棉花的QTL研究前景进行了展望。

番茄品质性状的表型变异和关联作图

果实品质一直都是番茄遗传育种研究领域的热点。为了挖掘新的相关QTLs,本研究以191份栽培番茄为试材,包括24份樱桃番茄、108份常规品种和59份现代品系,对番茄单果重、果实横径、果实形状、心室数、糖含量和硬度6个品质性状进行两个年份的表型分析。结果显示所有性状均表现出丰富的表型变异,其中单果重、果实横径、果实形状和心室数在三个群体间均差异显著。选取273个分子标记(120个SNP, 128个In Del和25个SSR)对所有试材进行基因分型,群体结构分析显示所有试材可分为3个亚群体,与预先划分的3个群体基本一致。利用基于全基因组扫描的策略对6个性状进行关联作图,共获得与目标性状相关联的分子标记33个,与硬度相关联的标记最多(8),与果实横径关联的标记最少(3)。总共有17个关联标记(51.5%)与前人报道的QTLs/基因位于相同的位置。本研究结果可以与前人发现的相关QTLs相互验证,同时也检测到一些新的影响番茄品质的QTL位点。

新疆优质陆地棉资源农艺经济性状关联分析及遗传构成

【目的】通过本研究旨在为新疆陆地棉分子标记辅助育种提供理论依据。【方法】关联作图也称连锁不平衡(Linkage disequilibrium LD)作图,通过利用性状与标记之间的相关关系来检测并定位数量性状位点。本研究利用94个SSR标记,对64份优质陆地棉资源的基因组进行扫描。在对群体结构分析的基础上,利用TASSEL软件的GLM和MLM2种方法对16个农艺经济性状进行关联分析。【结果】(1)通过STRUCTURE群体结构分析发现这些优质陆地棉种质资源由3个亚群组成,并且这些亚群的划分与其来源地相关联,说明地理划分生态类群有其遗传基础。(2)利用NTSYS基于Nei's遗传距离聚类分析发现,64份陆地棉材料划分为3个亚群,与群体结构划分结果基本一致。【结论】对16个农艺经济性状进行两种模型的关联分析,检测到12个标记均在这两种模型中出现,其中BNL2448、BNL1404、CGR5108、JESPR158和CIR332这5个标记在2种模型中都检测到与叶枝数相关联。

茶树分子标记辅助育种研究进展

茶树是多年生异花授粉作物,育种效率低。分子标记辅助选择技术可以显著提高育种效率,已成为作物遗传育种领域的研究重点。发掘与目标性状紧密连锁的功能性分子标记是开展分子标记辅助选择育种的前提,目前主要依靠QTL作图与关联作图两种方法。简述了QTL作图和关联作图在茶树分子标记辅助育种研究中的进展及存在的问题,并对其发展趋势进行了展望。

大豆根部水压胁迫耐逆指数遗传体系解析

大豆是重要的植物蛋白质和植物油脂来源,干旱是影响大豆产量的重要环境因子之一。为解析大豆耐旱性的遗传基础,本研究在PEG水压胁迫条件下,对由409个家系组成的巢式关联作图群体(具有1个共同亲本的2个重组自交系群体组成)进行叶片脯氨酸含量测定,通过限制性二阶段多位点全基因组关联分析(restrictivetwo-stagemultilocus genome-wide association study,RTM-GWAS),解析了大豆根部水压胁迫耐逆指数(root hydraulic stress tolerance index,RHSTI)的遗传体系。结果表明,在春季和夏季环境下,3个亲本蒙8260(共同亲本)、通山薄皮黄豆甲和正阳白毛平顶在RHSTI上均存在显著差异,其衍生群体RHSTI表型变异丰富,变幅分别为0.11~2.94和0.03~1.93,遗传力分别为97.7%和97.9%;2个环境联合分析发现,家系遗传力和家系与环境互作遗传力分别为37.9%和60.1%,说明群体RHSTI的变异受遗传和环境共同控制。通过RTM-GWAS方法,共检测到45个与RHSTI相关的QTL,分布在大豆18条染色体上,可以解释37.58%的表型变异,其中7个QTL的表型贡献率超过1%,为大贡献位点;这些QTL中,有34个位点与环境存在显著互作,可以解释12.50%的表型变异。结合PEG胁迫下大豆转录组数据,在定位区间500kb范围内共筛选到38个差异表达基因,可归为ABA响应因子、逆境响应因子、转录因子、发育因子、蛋白代谢因子、未知功能和其他等7类,其中逆境响应因子、转录因子和发育因子是最大的3类;其中位于主效位点的6个基因,与ABA响应因子、逆境响应因子、转录因子相关,应为主要候选基因。上述结果表明,大豆耐旱性是一个由多位点、多基因控制的复杂数量性状,且与环境存在互作,遗传基础复杂。研究结果为大豆耐旱性分子育种提供了依据。

巢式杂交分离群体的花生籽仁性状的主基因+多基因混合遗传模型分析

【目的】花生籽仁性状是花生产量的重要构成因素。通过对花生巢式杂交群体的籽仁性状开展遗传模式研究,为进一步利用其衍生巢式关联作图群体开展花生籽仁性状QTL定位及开发分子标记辅助花生高产育种提供材料基础及理论依据。【方法】以豫花15为共同亲本,远杂9102、中花6号、粤油20、伏花生和NC94022为基础亲本,组配远杂9102×豫花15、中花6号×豫花15、豫花15×粤油20、豫花15×伏花生和豫花15×NC94022共5个组合的巢式杂交群体,通过F_(2)单株收获共获得1 812个F_(2:3)家系,将籽仁性状分解为籽仁长、宽、长宽比、表面积、表面周长及单仁重等6个性状,分析各个性状之间的拟合度、相关性,利用数量性状的主基因加多基因混合遗传模型分别对其进行遗传模型分析与遗传参数估计,确定控制各个性状的基因数目、遗传效应值及遗传力。【结果】花生巢式杂交分离群体中,籽仁性状变异类型丰富,籽仁6个性状在不同组合中均表现为超出双亲的正态分布;籽仁不同性状间存在一定相关性,籽仁长、籽仁表面积和表面周长三者之间呈显著相关,籽仁宽与籽仁长宽比呈负相关性,但相关性低;籽仁6个性状之间的相关性越大,拟合度也越高;不同组合的不同籽仁性状的遗传模型存在差异,在籽仁的6个性状中,籽仁表面积、表面周长在5个组合中均符合1MG-AM模型,籽仁宽、长宽比、单仁重均有4个组合符合1MG-AD模型,籽仁长有3个组合符合1MG-NCD模型,籽仁长、长宽比均有1个组合符合2MG-EAD模型,主基因遗传力3.80%-77.06%,不同群体中的基因效应值不同,表明多等位基因或非等位基因的不同遗传效应以及遗传背景的差异。【结论】花生巢式杂交群体的籽仁性状以多基因遗传效应为主,其遗传表现出不同的模式,表明该巢式杂交群体中不同组合籽仁性状的调控基因差异,为全面解析复杂籽仁性状的遗传机制提供了群体材料。

关联分析及其在真菌遗传学研究中的应用

近年来,基于连锁不平衡的关联分析被逐渐应用于解析真菌数量性状的遗传基础。本文在介绍关联分析方法的基础上,综述了关联分析在真菌遗传学中的研究进展,并对其未来的应用前景进行了展望。