用权重基因共表达网络分析识别心脏重构关键节点基因

目的采用权重基因共表达网络分析方法(WGCNA)挖掘心肌梗死后心脏重构的关键节点基因,并研究其与ACE1和ACE2的关系。方法从NCBI的GEO下载2个心肌梗死后心脏重构的全基因组表达数据GSE7487和GSE738;数据初处理后,用WGCNA构建基因共表达网络,识别与心脏重构相关的模块与关键节点基因,分析关键节点基因与ACE1和ACE2的关联性;并在心肌梗死后心脏重构大鼠模型中验证它们的关系。结果分析发现在GSE7487,17个模块中有6个模块与心脏重构相关,模块基因富集于16条KEGG信号通路。在GSE738,5个模块与心脏重构相关,模块基因富集于15条KEGG信号通路,其中有10条信号通路与第一组数据结果相同,这些信号通路涉及心肌肥厚病理、氧化磷酸化、代谢等。进一步利用模块内连通性和基因重要性找到了一些心脏重构的关键调控基因,如钙依赖磷酸酶调节子(RCAN1)。RCAN1表达与ACE1表达高度相关,但与ACE2不相关。在动物模型中验证结果与上述结果一致。结论权重基因共表达网络分析方法是一个高效的系统生物学方法,应用本方法发现了心脏重构的关键节点基因,其中RCAN1可能影响ACE1-ACE2在肾素血管紧张素系统中的平衡。

高通量数据分析急性髓系白血病关键节点基因及预后关联分析

目的急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是世界上常见的白血病之一,但其分子机制尚不清楚.本研究旨在利用多个AML数据集获得差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)鉴定AML发生和进展中的关键基因.方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载AML微阵列数据集(GSE24395、GSE30029、GSE38865和GSE90062).鉴定DEGs并进行功能富集,构建蛋白质-蛋白质相,使用Cytoscape进行模块分析获得关键基因(Hubs),并结合癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)临床数据进行生存及表达分析.结果共鉴定出134个DEG (fold chang>1,P<0.01),基因富集分析涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控(c=17.967,P=0.011)、中性粒细胞脱颗粒(c=18.625,P=0.017)、整合素介导的细胞黏附调节(c=17.862,P=0.017)、中性粒细胞介导的免疫(c=17.624,P=0.017)和癌症中的转录失调(c=14.786,P=00.031)等.鉴定了16个Hub基因,TCGA临床数据表达分析提示,CYBB(t=0.368,P=0.012)和CYFIP2(t=2.097,P=0.038)在AML的不同生存状态中异常表达.生存分析显示,SERPINE1(P=0.031)和ITGAM(P=0.049)可能参与了AML侵袭或复发.结论 DEG和Hub分析筛选基因有助于理解AML发生和进展的分子机制,为AML的治疗及预后判断提供候选靶点.