先天性小耳畸形microRNA及mRNA表达谱的变化及关键靶基因的筛选

目的筛查先天性小耳畸形患者整个基因组存在表达水平异常的microRNAs(miRNAs)和mRNAs,从中找出关键靶基因,进而探讨关键靶基因表达水平的异常及其调控网络与先天性小耳畸形发病之间的关系。方法收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织为研究对象,以同一患者的健侧正常耳软骨组织作为自身对照。选用Exiqon miRCURY LNATMmicroRNA Array芯片及Arraystar Human mRNA/LncRNA Microarray芯片,对实验组3例及对照组3例样本的基因组miRNAs和mRNAs表达水平进行扫描,利用差异表达的倍数变化筛选存在表达水平差异的差异miRNAs和mRNAs。通过miRanda、miRDB、miRWalk、RNA22、Targetscan这5个数据库进行检索,预测差异miRNAs调节的靶基因。将预测靶基因与差异mRNAs对应的基因进行交叉对比,寻找同时存在miRNA和mRNA表达水平差异的关键靶基因及其对应的关键miRNAs。结果本研究筛选出24个具有表达水平差异的miRNAs,同时筛选出515个表达水平差异的mRNAs;将预测到的miRNAs调节的靶基因与mRNA表达谱中的差异基因进行交叉对比,得到对应的miRNA和mRNA表达水平均存在显著性差异的关键靶基因6个(CAST、MLL、MMP13、OTUD4、PDE5A、TGOLN2)。结论初步建立了先天性小耳畸形的miRNA表达谱和mRNA表达谱,找到了先天性小耳畸形表达异常的关键靶基因;初步建立了1个与miRNA以及mRNA表达水平相关的调控网络,有利于进一步探讨关键靶基因及其调控网络与先天性小耳畸形发病的关系。

卵巢癌致病关键靶基因分析及体外细胞实验验证

目的:通过多芯片整合的生物信息学方法挖掘与卵巢癌发病高度关联的靶基因,并通过体外细胞实验进行验证,为卵巢癌的靶向研究提供关键基因及重要理论依据。方法:(1)对基因表达综合数据库中与卵巢癌相关数据集GSE38666、GSE40595和GSE54388进行差异基因(DEGs)筛选,其中包括26个正常样本和65个卵巢癌样本。(2)通过DAVID在线数据库对筛选的DEGs进行基因本体功能注释,明确DEGs的生物学属性特征。(3)通过京都基因与基因组百科进行富集分析,获得DEGs的主要作用通路。(4)基于STRING数据库运用CytoScape软件完成DEGs蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建,并结合GEPIA 2等数据库筛选出关键基因。(5)采用qRT-PCR对卵巢癌细胞关键基因的表达进行验证。结果:从GSE38666、GSE40595和GSE54388 3个数据集中筛选出238个共同表达的DEGs,其中168个表达上调,70个表达下调,在卵巢癌中主要富集于有丝分裂核分裂、纺锤体、染色体区域和DNA解旋酶,主要参与细胞周期、DNA复制、氧化磷酸化和氨基酸的生物合成等生物过程,影响卵巢癌的发生、发展。其中IFI27、EPCAM、CXCR4、PEA15、CLDN3和CAPG 6个差异表达基因与卵巢癌高度相关,体外细胞实验结果与其一致。结论:多芯片整合的生物信息学方法是筛选卵巢癌靶基因的有效方法,IFI27、EPCAM、CXCR4、PEA15、CLDN3和CAPG与卵巢癌发生、发展高度相关,有望成为卵巢癌致病关键靶基因,需要进行深入研究。

p38MAPK信号传导通路关键靶点基因及肿瘤坏死因子在鼻息肉组织中的表达与意义

目的探讨p38MAPK信号传导通路关键靶点基因及TNF-α在鼻息肉发病机制中的介导与调控作用。方法35例鼻息肉标本及15例下鼻甲组织标本,常规HE染色鉴别嗜酸性粒细胞浸润情况,免疫组织化学S-P法检测p38MAPK、P-p38MAPK、TNF-α的活性表达程度,并进行图像分析。结果鼻息肉组中p38MAPK、P-p38MAPK及TNF-α的表达活性均明显高于下鼻甲组(P<0.05),而且p38MAPK及TNF-α表达于胞浆中,P-p38MAPK主要表达于胞核;p38MAPK、P-p38MAPK及p38MAPK和TNF-α蛋白的表达具有相关性。在对照标本,没有或仅少量表达p38MAPK、P-p38MAPK及TNF-α。结论在鼻息肉的发病机制中,p38MAPK信号传导通路处于激活状态,并且可能通过TNF-α蛋白表达活性的增强而加剧黏膜炎症反应,促进鼻息肉的发生与发展。

乳腺癌标志物影响卵丘细胞基因表达的生物信息学分析

为探讨乳腺癌患者大概率患有不孕症的情况,本研究应用生物信息学方法来研究乳腺癌标志物对卵丘细胞基因表达的影响。从NCBI的GEO数据库下载有关乳腺癌标志物的基因芯片数据库和卵丘细胞基因表达的基因芯片数据库。利用在线GEO2R筛选出2个数据库的差异基因,在EXCEL表格中进行筛选,对2个结果作韦恩图获得2个数据库差异基因的交集,利用DAVID6.8数据库对差异基因进行GO功能分析和KEGG通路分析,运用String-db数据库构建蛋白之间的相互作用图(PPI),导入Cytoscape3.6.1软件获取关键靶基因。本文通过生物信息学方法从不同角度揭示有关乳腺癌标志物对卵丘细胞差异基因表达的影响,为人类乳腺癌患者生育能力的提高带来新思路。

STAT3：胶质瘤治疗的新方向

胶质瘤是中枢神经系统中最常见的恶性肿瘤，由于其具有侵袭性生长的特性，手术不能完全切除，放化疗也效果不佳，即使采用较为积极的治疗方法，仍不能阻止其恶性发展．因此寻找胶质瘤治疗的新方向成为目前研究的热点．STAT3是一个致瘤性的转录基因，参与胶质瘤增殖、凋亡、血管生成以及免疫逃逸等多个过程．相关报告称，持续激活的STAT3存在于胶质瘤中，通过下游调控分子及与别的信号转导通路发生交汇，从而在胶质瘤的发生、生长和增殖演变中扮演着重要角色．这些研究显示STAT3有望成为胶质瘤治疗的新方向．