结直肠癌组织T细胞受体组库多样性与患者临床特征和具核梭形杆菌丰度的关联分析

目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的CRC患者的肿瘤组织及匹配的癌周正常黏膜组织,运用Illumina HiSeq 4000测序平台对符合质量标准的53对组织样本进行深度RNA测序,测序方案为双末端测序(pair-end 150 bp,PE150)。对原始测序数据进行质量控制和基因组注释,并利用TRUST4算法从RNA测序结果中提取肿瘤组织及癌周正常黏膜组织的TCR组库信息。同时对该53对样本16S rDNA的特定序列进行高通量测序分析,通过对测序数据进行质量控制及聚类,获得操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)信息,并基于rdp_16s_v16.fa分类学数据库对OTU进行分类学注释以获取细菌的丰度信息,尤其是Fn的丰度信息。利用immunarch R包分析肿瘤组织及癌周正常黏膜组织TCR组库克隆型和多样性的特点。TCR组库多样性采用Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值曲线等指标评价。根据患者性别、年龄、肿瘤位置、TNM分期等临床特征和Fn丰度因素进行分组,使用Wilcoxon检验比较不同临床特征以及Fn丰度下TCR组库多样性的差异。结果·CRC患者肿瘤组织TCR克隆型的数目低于癌周正常黏膜组织(P=0.000),肿瘤组织Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值显著小于癌周正常黏膜组织(P=0.000)。不同性别、年龄(≥65岁vs<65岁)、TNM分期(Ⅰ/Ⅱ期vsⅢ/Ⅳ期)分组下CRC肿瘤组织Chao1指数以及逆Simpson指数差异无统计学意义(均P>0.05)。发生于直肠部肿瘤的TCR克隆型数目较非直肠部位肿瘤更高(P=0.040)。Fn高负荷的CRC患者TCR组库Chao1指数显著低于Fn低负荷患者(P=0.030)。结论·TCR组库多样性与CRC患者多项临床特征以及Fn的丰度有关,提示其在CRC的发生和发展中具有重要意义。

具核梭形杆菌与结直肠癌患者预后相关性的meta分析

目的评估具核梭形杆菌在预测结直肠癌患者预后中的作用。方法检索Pubmed、Embase及Web of Science数据库,收集研究具核梭形杆菌对结直肠癌患者预后评估价值的文献,使用Review Manager 5.3中的倒方差法对总生存时间(OS)进行meta分析。结果共纳入8篇文献,总计2022例结直肠癌患者。meta分析结果提示,具核梭形杆菌高丰度组OS与具核梭形杆菌低丰度组相比,差异有统计学意义(HR=1.45,95%CI:1.18~1.79,I^(2)=20%,P<0.05)。结论具核梭形杆菌高丰度结直肠癌患者与具核梭形杆菌低丰度者相比,预后较差。具核梭形杆菌可以作为预测结直肠癌患者预后的指标。

牙周致病菌与口腔鳞状细胞癌之间关系的研究进展

近年来牙周炎与口腔鳞状细胞癌之间关系的研究越来越受到重视,尤其是最近越来越多的文献报道,牙周致病菌牙龈卟啉单胞菌(porphyromonas gingivalis,Pg),具核梭杆菌(fusobacterium nucleatum,Fn),与口腔鳞状细胞癌之间关系密切。本文就近年来关于牙周炎、牙龈卟啉单胞菌、具核梭杆菌与口腔鳞状细胞癌之间的关系及其可能机制的研究作一综述。