基于叶绿体DNA atp B-rbc L片段的典型樱亚属部分种的亲缘关系及分类地位探讨

蔷薇科典型樱亚属植物(Subg. Cerasus Koehne)(樱花类)具有重要的观赏价值,深入研究其种间亲缘关系及分类地位,对于国产樱属植物系统发育与种质资源创新具有重要的理论指导意义。基于PCR扩增与测序技术研究了从云南、江西、福建采集的典型樱亚属3个种(含变种)的叶绿体DNA非编码区atpB-rbcL片段,结合Gen Bank数据库已经提交的其它4个种的同源序列,共获得7个种的30条序列矩阵,以此构建了单倍型中介网络图与系统发育树,分析和探讨了它们的亲缘关系与分类地位。(1)在atpB-rbcL序列矩阵中,774个有效位点中共发现15个多态性位点,占分析序列的1. 94%,(A+T)含量为70. 50%,存在明显的碱基偏好;(2) DNASP 5共检测到9个单倍型,物种间平均单倍型多样性(H_d=0. 880 5±0. 026),平均核苷酸多态性(π=0. 007 11±0. 000 54),除尾叶樱桃(Prunus dielsiana)外(Hap5～Hap7),其余物种拥有各自独特的1个单倍型,具有较丰富的遗传多样性;(3)综合Network中介图与系统发育重建结果:推测磐安樱桃(P. pananensis)处于较原始的进化阶段,相比尾叶樱桃,与浙闽樱桃(P. schneideriana)亲缘关系较近;长柱尾叶樱桃(P. dielsiana var. longistyla)与尾叶樱桃互为姊妹支,并共同构成独立进化单元。综上,叶绿体atpB-rbcL片段在典型樱亚属下种间的适用效果较好,可以优先选为DNA条形码;分子证据结合形态学特征支持将长柱尾叶樱桃作为尾叶樱桃变种的处理意见,而磐安樱桃的分类地位则需要更多的证据。

典型樱亚属植物基因组DNA改良提取方法研究

本实验在传统的CTAB法及试剂盒法的基础上,利用DNA提取缓冲液作为样品预处理液,配合其他操作步骤的优化,设计出针对樱亚属植物基因组DNA的新型提取方法,并对提取的DNA进行ISSR-PCR分子标记实验以检验其质量。实验结果表明,改进后的CTAB法及试剂盒法均能有效地去除样品中含有的多糖、色素、黄酮等杂质,而试剂盒法提取的DNA纯度和质量总体而言高于CTAB法。ISSR-PCR结果显示,两条引物对样品DNA均能进行有效扩增,并且扩增条带清晰,无明显降解。改良后的两种方法能高效高质量地提取樱亚属植物DNA,并且具有较高的通用性,可以运用于其他物种DNA的提取工作中。