玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR检测方法

目的建立了一种特异、敏感、快速的玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR(Nest-PCR)检测方法。方法根据玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.Nebraskensis,Cmn)和C.michganensis种下其他4个亚种细菌Cmm、Cmi、Cms、Cmt的ITS序列差异性基因位点设计Cmn FP-OUTER/Cmn RP-OUTER为外侧引物,Cmn FP-INNER/Cmn RP-INNER为内侧引物的巢式-PCR,并对所有参试菌株DNA和菌悬液进行了扩增。结果经过两轮扩增,能从参试的玉米内州萎蔫病菌中特异性地扩增出1条122 bp的片段,而其他参试菌株没有扩增信号。该巢式PCR检测方法对菌悬液的最低检测限为3.54×102 CFU/m L,检测灵敏度比常规PCR提高了1000倍。结论本研究建立的玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR(nest-PCR)检测方法具有良好的特异性和灵敏性,将会在玉米内州萎蔫病的早期诊断及预防传入方面发挥重要作用。

PCR技术快速检测玉米内州萎蔫病菌研究

玉米内州萎蔫病是北美玉米生产中的严重病害,为防止其传入我国,本研究采用Clavibacter michiganensis不同亚种的转录间隔区序列,设计了特异性的PCR引物,对C.michiganensis种下不同亚种的DNA进行了PCR扩增反应,结果表明,只有玉米内州萎蔫病菌的特异性扩增得到大小为170bp的目标片段,且仅有此一条明显的PCR扩增产物,C.michganensis种下其他亚种无扩增产物。PCR反应的灵敏度为4.36×105cfu/mL和1.56×102pg,可以满足检疫的要求。

基于锁式探针技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌

目的:建立一种检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的方法,为同时检测这2种检疫性细菌提供技术手段。方法:基于靶标序列设计2种检疫性细菌的锁式探针,与靶标菌进行连接消化反应,然后采用通用引物进行滚环扩增,其产物与偶联上对应捕获探针的微球进行杂交,最后通过液相悬浮芯片二重检测。结果:该检测方法能够有效地检测2种检疫性细菌,其检测阈值为103CFU/m L,具有良好的可重复性。结论:建立了一种快速、灵敏的玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的二重检测方法。

进境玉米种子携带内州萎蔫病菌的巢式PCR检测

依据GenBank中玉米内州萎蔫病菌[Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis(Cmn)]与常见近缘属种、亚种的16S-23S转录间隔区序列差异,设计巢式PCR检测引物(外围引物:CM-FO/CM-RO,内嵌引物:CM-FI/CM-RI),能分别从供试的玉米内州萎蔫病菌基因组DNA中特异性扩增出324bp和163bp的特异性条带。外围引物对Cmn基因组DNA的检测下限为0.1ng,内嵌引物的检测下限为0.1pg;外围引物对Cmn菌悬液的检测下限为7.21CFU,内嵌引物的检测下限为7.21×10-1 CFU。玉米种子接种Cmn模拟试验证明,外围引物检测下限是5 000个细胞,内嵌引物的检测下限可达到500个Cmn细胞。可见,建立的Cmn巢式PCR快速检测试验技术体系,适合于进境玉米种子携带内州萎蔫病菌的快速检测。

玉米内州萎蔫病菌LAMP快速检测方法的建立

[目的]建立玉米内州萎蔫病菌的快速恒温扩增检测技术。[方法]利用Gen Bank公布的玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis,Cmn)16S-23S序列设计LAMP(loop-mediated isothermal amplification)引物,建立玉米内州萎蔫病菌LAMP检测体系,并对反应条件进行了优化。[结果]LAMP在内引物、环化引物和外引物比为6∶4∶1(30 pmol∶20 pmol∶5 pmol)的25μl体系下64℃反应30 min为最佳反应条件,且LAMP引物能从供试的7种菌株中特异性扩增出Cmn梯度性条带。以玉米内州萎蔫病菌基因组和菌悬液梯度稀释液为模板检测LAMP体系的灵敏度,结果显示,LAMP检测体系针对基因组和菌悬液的灵敏度分别达到了50 fg和3.6CFU,比普通PCR灵敏度高100倍。[结果]LAMP检测体系简单、快速、灵敏度高、特异性好,在玉米内州萎蔫病菌检测方面潜力巨大。

玉米内州萎蔫病菌荧光重组酶介导等温扩增检测方法的建立

玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis)是进境玉米重要检疫性病原物之一。通过分析比较玉米内州萎蔫病菌的纤维素酶基因cel B,筛选出独特和保守的基因序列用于设计引物和探针,利用重组酶介导等温扩增技术(recombinase-aided amplification,RAA)建立玉米内州萎蔫病菌的荧光RAA检测方法。以cel B基因序列作为靶标序列设计出引物2F、6R和探针P,建立了玉米内州萎蔫病菌荧光RAA检测方法,该方法在39℃恒温条件下,20 min内可完成检测反应,特异性好,且灵敏度高达130 fg·μL^(-1),利用该方法检测4份玉米模拟样本阳性,8份玉米真实样品阴性,检测结果与参照国家标准GB/T 36840—2018一致。结果表明,建立的荧光RAA检测方法快速、特异、灵敏,能够满足现场检测要求。

纳米磁珠免疫层析法检测玉米内州萎蔫病菌

基于纳米磁珠标记的免疫层析法,建立快速定量灵敏检测玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis,Cmn)的层析试纸条检测方法。用碳二亚胺(EDC)/N-羧基琥珀酰亚胺(NHS)交联法,使玉米内州萎蔫病菌单抗4G12偶联在纳米磁珠表面上,使用喷膜仪将玉米内州萎蔫病菌单抗4H4和羊抗小鼠IgG喷涂于硝酸纤维素膜上,分别作为检测线和质控线,基于双抗夹心法原理建立免疫层析试纸条。通过对检测线上超顺纳米磁珠的磁信号进行检测和结果分析,Cmn抗原最低检测限度为1.0×105 CFU/mL,特异性良好且检测时间缩短为5 min。该方法同时可根据检测线的光学反应进行定性判断,具有操作简便、灵敏度高等优点,并可根据磁信号强度定量检测实际玉米种子样品中Cmn的浓度,为植物病原细菌的快速高效检测提供了一种新型的检测方法。

利用Bio-real-time PCR技术检测玉米内州萎蔫病菌

玉米内州萎蔫病是北美玉米生产上的严重病害之一,为预防其传入我国,利用人工注射接种的方法模拟自然感病的玉米籽粒,通过Clavibacter michiganensis不同亚种的转录间隔区序列,设计了特异性的TaqMan-MGB探针,将Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis(Cmn)的半选择性培养基sCNS和特异性的探针结合,建立了进出境玉米种子上Cmn的Bio-real-time PCR检测方法,该方法可以检测到105粒玉米种子中含有一粒感病籽粒(带菌量为1.2×106 CFU/粒)的种子样品,可以应用于实际检测。

环介导等温扩增实时荧光检测玉米内州萎蔫病菌

选择玉米内州萎蔫病菌基因组DNA高度特异保守区域设计环介导等温扩增技术(LAMP)引物,通过对其反应条件优化,建立玉米内州萎蔫病菌的LAMP检测体系。实验得出内引物与外引物最佳比例为6∶1,反应最佳温度为64℃。运用玉米内州萎蔫病菌克隆质粒梯度稀释液对LAMP检测体系的灵敏度进行了验证。LAMP检测体系的检测限达到100 fg,与常规PCR相比,该方法的检测限提高了100倍。以多种参比菌DNA为模板对LAMP检测体系的特异性进行了验证,结果表明LAMP检测体系仅对玉米内州萎蔫病菌有扩增,对非靶标菌没有扩增。为玉米内州萎蔫病菌快速高效检测提供了一种新型的检测方法。

进境玉米中玉米内州萎蔫病菌的PCR检测

为了快速准确检测进境玉米样品中的玉米内州萎蔫病菌Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis(Cmn),根据GenBank中Cmn的16S-23S序列设计引物CM1/CM4和引物PSM1/CM3。引物PSM1/CM3仅能从供试的4株Cmn菌株中扩增获得208 bp的预期产物,而其他36株对照菌株均不能扩增出预期条带。灵敏度测试结果表明引物CM1/CM4和PSM1/CM3组合的巢式PCR方法的检测灵敏度高于常规PCR,检测灵敏度可达40 fg DNA或6.8 CFU目标细菌。常规PCR和巢式PCR方法对进境美国玉米样品的阳性检出率分别为8%和24%,试验结果表明所建立的PCR方法可用于玉米样品中Cmn的快速检测。

玉米内州萎蔫病菌免疫学检测方法的建立

以玉米内州萎蔫病菌单抗(4H4和4G12)为基础,纯化抗体后,进行亚类鉴定、效价及特异性测定。比较间接ELISA和双单抗夹心ELISA(DAS-ELISA)的检测灵敏度,并应用于玉米种子中萎蔫病菌的检测。结果表明,两株单克隆抗体(0.4g/L)效价均可达1:256000,亚类鉴定结果分别为IgG2a和IgG2b,轻链均为K链。与供试的16株非目标细菌均无交叉反应。DAS-ELISA对萎蔫病菌种子悬浮液的检测灵敏度为1.0×109CFU/L,在此基础上建立了灵敏、特异的玉米内州萎蔫病菌双单抗DAS-ELISA检测方法。

进境玉米中玉米内州萎蔫病菌PCR检测方法评估

为了准确检测玉米样品中玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis,Cmn),减少测试过程中的假阳性和假阴性结果,利用15对Cmn特异性引物/探针分别测试了Cmn及其他菌株63株,并测试了食用、种用和饲用进境玉米样品300个。测试结果表明,常规PCR和实时荧光PCR方法阳性检出率最高的引物/探针分别是引物PSA-7/PSA-R和探针Cmn-MGB;巢式PCR不适用于样品中Cmn的检测;检测过程中引物Cmn-4F/Cmn-4R和探针rpsJ27P出现假阴性,引物CmnFP/CmnRP出现假阳性。根据测试结果,引物PSA-7/PSA-R和探针Cmn11-P可用于口岸进境玉米样品Cmn检测。