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环状RNA作为内源性竞争RNA参与调控骨性关节炎的发生 被引量:1
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作者 李龙 李光第 +1 位作者 石豪 邓柯淇 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2023年第5期751-757,共7页
背景:骨性关节炎是导致老年人关节慢性疼痛和活动受限的主要原因。环状RNA作为内源性竞争RNA调节网络新兴的重要成员,在骨性关节炎的发生发展中起着重要作用。目的:对circRNA及其生物学功能和内源性竞争RNA进行概述,并着重综述环状RNA... 背景:骨性关节炎是导致老年人关节慢性疼痛和活动受限的主要原因。环状RNA作为内源性竞争RNA调节网络新兴的重要成员,在骨性关节炎的发生发展中起着重要作用。目的:对circRNA及其生物学功能和内源性竞争RNA进行概述,并着重综述环状RNA作为内源性竞争RNA在骨性关节炎的作用的研究进展。方法:检索中国知网、万方数据库、维普中文期刊数据库、PubMed数据库,以“骨关节炎,环状RNA,内源性竞争RNA”为中文检索词,以“osteoarthritis,circular RNA,competing endogenous RNA”为英文检索词进行检索,排除陈旧以及重复的观点,将检索到的文献进行整理,选取64篇文献进行综述。结果与结论:①环状RNA影响骨关节炎发生的作用机制主要是作为内源性竞争RNA结合微小RNA,从而调控其靶基因的表达水平,从而能够调控其所属细胞的相关增殖、凋亡和分化;②环状RNA作为内源性竞争RNA参与调控软骨细胞的增殖、凋亡与自噬;③环状RNA作为内源性竞争RNA参与调控软骨细胞细胞外基质的形成与降解;④环状RNA作为内源性竞争RNA参与调控软骨细胞炎症因子的产生;⑤环状RNA作为内源性竞争RNA参与调控滑膜细胞的凋亡及自身免疫反应等;⑥由于环状RNA具有高度稳定性和保守性的特点,因此对环状RNA介导的内源性竞争RNA调节网络的研究也将为骨性关节炎的基础研究开辟新的途径,能更加全面了解骨性关节炎的发病机制,环状RNA也有望成为骨性关节炎优质的早期诊断标志物和治疗靶点;⑦目前内源性竞争RNA调节网络仍处于验证阶段,随着生物信息学的高速发展,内源性竞争RNA调节网络还需进一步改进和补充。 展开更多
关键词 骨性关节炎 环状rna 内源性竞争rna 凋亡 增殖 自噬 细胞外基质 炎症因子 自身免疫
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内源性竞争RNA调控骨性关节炎的发生 被引量:1
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作者 刘星余 刘日光 +4 位作者 李光第 汪健 李龙 石豪 邓柯淇 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2023年第28期4559-4565,共7页
背景:骨性关节炎是最常见的关节疾病之一,随着骨性关节炎的全球发病率和患病率不断上升,有效早期诊断和治疗骨性关节炎已成为一个紧迫的问题。目的:阐述长链非编码RNA、环状RNA和假基因的重要生物学功能以及它们作为内源性竞争RNA在骨... 背景:骨性关节炎是最常见的关节疾病之一,随着骨性关节炎的全球发病率和患病率不断上升,有效早期诊断和治疗骨性关节炎已成为一个紧迫的问题。目的:阐述长链非编码RNA、环状RNA和假基因的重要生物学功能以及它们作为内源性竞争RNA在骨性关节炎发病中的调控作用,以获得内源性竞争RNA参与骨性关节炎进展全面、深入和新的理解,为骨性关节炎的早期诊断和治疗提供新线索。方法:检索中国知网、PubMed、维普和万方数据库2022年前发表的文献,中文检索词为“骨性关节炎、内源性竞争RNA、长链非编码RNA、环状RNA、假基因”,英文检索词为“osteoarthritis,competing endogenous RNA,circular RNA,long non-coding RNAs,pseudogenes”。结果与结论:(1)具有相同微小RNA反应元件的非编码RNA,包括长链非编码RNA、环状RNA和假基因共同参与构建了以微小RNA为中心的内源性竞争RNA调控网络;(2)非编码RNA、环状RNA和假基因可作为内源性竞争RNA,通过“海绵”作用吸附微小RNA进而调控基因表达;(3)长链非编码RNA、环状RNA和假基因可作为内源性竞争RNA参与调控骨性关节炎软骨细胞的增殖、凋亡和自噬、细胞外基质的合成与降解以及炎症事件的发生;(4)内源性竞争RNA调控网络切实运用到临床上还面临诸多挑战和问题;(5)内源性竞争RNA作为骨性关节炎诊断标记物或治疗靶点的研究仍处于早期阶段,目前对内源性竞争RNA调节网络的研究主要还集中在单个内源性竞争RNA的鉴定和验证上,该网络有待进一步补充和完善;但随着先进技术的发展,内源性竞争RNA有望成为骨性关节炎疾病的早期诊断标记物和治疗靶点。 展开更多
关键词 骨性关节炎 内源性竞争rna 长链非编码rna 环状rna 假基因 增殖 凋亡 细胞外基质 炎症因子
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内源性竞争RNA在脓毒症调控作用中的研究进展
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作者 杨慧慧 郭贺 +4 位作者 谭睿敏 闫娅婷 祖一文 葛晨 杜全胜 《中国急救医学》 CAS CSCD 2023年第12期990-998,共9页
脓毒症是最常见的急危重症之一,其发病率和病死率在全球仍较高,及时的诊断和治疗脓毒症已成为一个亟待解决的问题。内源性竞争RNA(ceRNA)包括长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)和假基因的非编码RNA(ncRNA),它们通过相同的微小RNA... 脓毒症是最常见的急危重症之一,其发病率和病死率在全球仍较高,及时的诊断和治疗脓毒症已成为一个亟待解决的问题。内源性竞争RNA(ceRNA)包括长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)和假基因的非编码RNA(ncRNA),它们通过相同的微小RNA(miRNA)反应元件(MRE)竞争结合miRNA,进而调节下游目标基因的表达。因此,ceRNA也就是内源性RNA的调节机制,当这种机制出现不平衡的情况下,可能参与脓毒症和其他各种疾病的发生。本文重点论述lncRNA、circRNA和假基因的分子特点、重要生物学功能和它们作为ceRNA在脓毒症病理生理中的调控机制,并且讨论了目前ceRNA研究尚未成熟致使其应用到脓毒症临床诊疗中所面临的困难和发展前景,这对于精准定位脓毒症敏感的早期生物标志物以及潜在治疗靶点至关重要,也为脓毒症的及时诊断、治疗和监管提供新线索。 展开更多
关键词 脓毒症 内源性竞争rna(cerna) 长链非编码rna(lncrna) 环状rna(circrna) 假基因 增殖 凋亡 焦亡 炎症反应
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肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建
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作者 李晓凤 唐明政 +4 位作者 刘禧禧 宋子晴 张国欣 杨开银 张凌云 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期70-81,共12页
目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争内源性rna(cerna) 微小rna 长链非编码rna 环状rna 信号通路
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长链非编码RNA及竞争性内源RNA网络在银屑病中调控机制的研究进展
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作者 何月 段妍 +1 位作者 李睿亚 莎娜 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期382-384,共3页
银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制... 银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制病情和改善预后具有重要意义,为进一步阐明该疾病的遗传学发病机制、基因诊断以及下一步的基因治疗等奠定理论基础。 展开更多
关键词 银屑病 长链非编码rna 竞争内源性rna
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兔膝关节前交叉韧带和内侧副韧带部分损伤后差异表达的内源性竞争性circRNA-miRNA-mRNA网络与核心基因的筛选与功能分析
6
作者 李一帆 于涵 +1 位作者 李彬 温昱 《解剖学杂志》 CAS 2023年第6期484-491,共8页
目的:揭示兔膝关节前交叉韧带(ACL)和内侧副韧带(MCL)部分损伤后内源性竞争性环状RNA(circRNA)与微小RNA(miRNA)及信使RNA(mRNA)的相互作用关系,以探讨阻碍ACL损伤后内源性修复的分子机制。方法:兔正常和部分损伤的ACL及MCL组织H-E染色... 目的:揭示兔膝关节前交叉韧带(ACL)和内侧副韧带(MCL)部分损伤后内源性竞争性环状RNA(circRNA)与微小RNA(miRNA)及信使RNA(mRNA)的相互作用关系,以探讨阻碍ACL损伤后内源性修复的分子机制。方法:兔正常和部分损伤的ACL及MCL组织H-E染色,进行形态学观察。进行全转录组建库测序,并通过差异分析确定差异表达基因。进行功能分析和蛋白质相互作用网络构建,鉴定核心基因,并建立内源性竞争性circRNA-miRNA-mRNA网络。结果:兔正常和部分损伤的ACL及MCL在炎症反应、细胞增殖及胶原沉积等方面均存在显著差异。得到16个核心基因,并构建了6个核心基因的circRNA-miRNA-mRNA网络。结论:兔正常和部分损伤的ACL及MCL差异表达基因的富集分析通路和核心基因的表达趋势存在明显差异,这为进一步研究ACL损伤内源性修复障碍的机制提供了新思路。 展开更多
关键词 前交叉韧带 内侧副韧带 修复 环状rna 竞争内源性rna网络
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长链非编码RNA LOC285194作为竞争性内源性RNA在恶性肿瘤发生与发展中的作用的研究进展
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作者 黄秋霞 欧海玲 +1 位作者 张锡流 王志静 《广西医学》 CAS 2023年第6期704-707,共4页
长链非编码RNA LOC285194在多种恶性肿瘤中呈低表达,影响肿瘤细胞的生物学行为及化疗耐药性,其表达水平与恶性肿瘤患者的临床病理特征及预后密切相关。LOC285194作为竞争性内源性RNA(ceRNA)靶向结合miRNA,参与多种恶性肿瘤的发生与发展... 长链非编码RNA LOC285194在多种恶性肿瘤中呈低表达,影响肿瘤细胞的生物学行为及化疗耐药性,其表达水平与恶性肿瘤患者的临床病理特征及预后密切相关。LOC285194作为竞争性内源性RNA(ceRNA)靶向结合miRNA,参与多种恶性肿瘤的发生与发展。本文就LOC285194作为ceRNA在恶性肿瘤发生与发展中的作用的研究进展做一综述。 展开更多
关键词 恶性肿瘤 长链非编码rna LOC285194 微小rna 竞争内源性rna 综述
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LINC00707-miR-338-3p-ITGB8竞争性内源性RNA网络与胰腺癌不良预后相关
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作者 卢业健 黄克楠 《联勤军事医学》 CAS 2023年第7期592-602,共11页
目的 探讨参与胰腺癌发生发展过程中的竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络,为胰腺癌的发病机制提供新的认识。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中收集6个胰腺癌数据集,通过GEO2R和STRING工... 目的 探讨参与胰腺癌发生发展过程中的竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络,为胰腺癌的发病机制提供新的认识。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中收集6个胰腺癌数据集,通过GEO2R和STRING工具识别共同差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)和hub基因,利用DAVID工具对共同DEGs进行功能富集分析,利用基因表达谱交互分析数据库(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和Kaplan-Meier Plotter分析并确认hub基因的基因表达、蛋白表达和预后意义,进一步在StarBase网页工具中探索感兴趣的基因并以此构建ceRNA网络。结果 在6个数据集中发现191个共同DEGs和9个hub基因(MET, COL1A1, LAMA3, LAMB3, LAMC2, ITGA2, ITGA3, ITGB4, ITGB8),主要参与信号转导、细胞粘附、细胞迁移、肿瘤通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt)信号通路等。其中MET(HR=2.97,P=1.2×10-7)、ITGA2(HR=2.8,P=1.2×10^(-5))、ITGA3(HR=2.58,P=7.5×10^(-5))、ITGB4(HR=2.36,P=0.0025)、ITGB8(HR=1.91,P=0.0025)、LAMA3(HR=3.86,P=3.6×10-6)、LAMB3(HR=2.18,P=0.000 25)、LAMC2(HR=3.06,P=0.000 11)均与胰腺癌患者预后不良相关。与正常胰腺样本相比,ITGB8在胰腺癌样本中呈高表达,其受上游miR-338-3p和LINC00707的调控,ITGB8或LINC00707表达越高,预后越差,而miR-338-3p表达越高,生存时间越长。结论 本研究首次发现LINC00707可通过靶向结合miR-338-3p的方式调控ITGB8表达,构成一条与胰腺癌患者生存有关的ceRNA网络,其中可能涉及了肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和耐药的分子机制。 展开更多
关键词 胰腺癌 竞争内源性rna 预后标志物 生物信息学分析 分子机制
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基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析 被引量:3
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作者 潘玉卿 孙运艳 +5 位作者 李轶勋 王丽英 斯南卓玛 陈睿 张曦 杜艳 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期669-676,共8页
目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选... 目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选。采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系。采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,采用基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行富集分析,采用CytoHubba插件筛选核心基因,即Hub基因。采用GEPIA数据库比较AML患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,绘制Hub基因的生存曲线。结果:与正常对照者比较,AML患者中有1105个mRNA和387个lncRNA存在差异表达。构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络由45个lncRNAs、31个miRNA和89个mRNA组成。GO分析,差异基因所调节的功能主要有膜微结构域调节、谷氨酸受体结合和上皮细胞增殖调节等。KEGG分析,19条通路被富集,其中包括转录调控、蛋白聚糖调控和Ras信号通路等。通过CytoHubba共筛选出GATA结合蛋白3(GATA3)、WT1转录因子(WT1)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)等前10个连接度最高的Hub基因。采用GEPIA数据库验证GATA3、WT1、PPARG、MYB原癌基因(MYB)、性别决定相关的高迁移率基因群4(SOX4)和E2F7存在差异表达。E2F7低表达组患者生存率高于E2F7高表达组(P=0.028)。结论:筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA所构成的ceRNA网络可能促进了AML的发生发展。 展开更多
关键词 生物信息学 急性髓系白血病 竞争内源性rna 基因芯片
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结直肠癌中LncRNA介导的内源性竞争性RNA调控网络 被引量:3
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作者 邓巧玲 柳家翠 +1 位作者 喻明霞 李胜 《西部医学》 2020年第2期166-170,共5页
目的构建结直肠癌RNA调控网络,探讨结直肠癌中分子调控机制。方法从TCGA数据库中提取结直肠癌转录水平表达数据,筛选差异表达RNAs,结合miRDB,miRcode,miRTarBase和TargetScan数据库靶基因预测结果,整合LncRNA-miRNA、miRNA-mRNA关系对,... 目的构建结直肠癌RNA调控网络,探讨结直肠癌中分子调控机制。方法从TCGA数据库中提取结直肠癌转录水平表达数据,筛选差异表达RNAs,结合miRDB,miRcode,miRTarBase和TargetScan数据库靶基因预测结果,整合LncRNA-miRNA、miRNA-mRNA关系对,基于ceRNA假说及LncRNA细胞内定位,筛选出胞质表达并介导该网络调控的LncRNA,重建结直肠癌中lncRNA-miRNA-mRNA作用网络。结果在结直肠癌差异表达基因分析中初步筛选出119个LncRNA、32个miRNA以及59个mRNA;识别777对LncRNA-miRNA与77对miRNA-mRNA,基于ceRNA假说以及LncRNA在细胞内定位,最后筛选出15个上调LncRNA、3个下调miRNA(hsa-mir-145,hsa-mir-193b,hsa-mir-150)以及5个上调mRNA重建ceRNA网络。结论成功构建结直肠癌中LncRNA介导调控的ceRNA网络,识别出预后相关的潜在靶点,为结直肠癌治疗研究提供了新的参考依据。 展开更多
关键词 结直肠癌 TCGA 肿瘤标志物 内源性竞争rna
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竞争性内源性RNA在急性髓系白血病中的研究进展 被引量:3
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作者 刘睿 王玉明 《现代检验医学杂志》 CAS 2022年第3期198-204,共7页
急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是多种因素引起的造血系统恶性疾病,具有很高的复发率及死亡率。非编码RNA在AML的发生发展过程中发挥着重要作用。竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)观点指出,不同的非编码RN... 急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是多种因素引起的造血系统恶性疾病,具有很高的复发率及死亡率。非编码RNA在AML的发生发展过程中发挥着重要作用。竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)观点指出,不同的非编码RNA可通过作用于相同的miRNA反应元件(MRE)从而调控基因的表达。目前越来越多的研究表明,非编码RNA作为ceRNA在调控AML的增殖、凋亡、侵袭和耐药等生物学过程中发挥关键作用。该文主要对ceRNA在AML生物学过程中的调控作用,以及治疗和预后中的临床意义作一综述。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 竞争内源性rna
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竞争性内源性RNA在神经退行性疾病中作用的研究进展 被引量:1
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作者 赵丽 马慧 孙艳 《癌变.畸变.突变》 CAS 2020年第3期238-240,共3页
随着对人类基因组和非编码RNA的深入研究,竞争性内源性RNA(ce RNAs)假说被提出。该假说揭示了一种全新的基因表达调控模式,即信使RNA(m RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)、环状RNA(circ RNA)、假基因等RNA分子作为ce RNA相同的微小RNA应答... 随着对人类基因组和非编码RNA的深入研究,竞争性内源性RNA(ce RNAs)假说被提出。该假说揭示了一种全新的基因表达调控模式,即信使RNA(m RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)、环状RNA(circ RNA)、假基因等RNA分子作为ce RNA相同的微小RNA应答元件(MREs)竞争性结合或共享微小RNA(micro RNA)来调控靶基因并参与人类发育和相关疾病机制。神经退行性疾病是一类严重威胁人类健康的神经系统变性疾病。近年来的研究发现,ce RNAs参与了神经退行性疾病阿尔茨海默病(AD)和帕金森氏病(PD)的发生发展。因此,对ce RNAs的研究可能为神经退行性疾病的发病机制及诊疗方案提供新的线索与方向。本文拟对ce RNAs在神经退行性疾病中的作用进行综述。 展开更多
关键词 竞争内源性rna 长链非编码rna 环状rna 微小rna 神经退行性疾病
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头颈部鳞癌中FOXP3基因相关的竞争性内源性RNA网络分析
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作者 孙娟 王薇 +3 位作者 胡文良 孙学威 李玲香 崔晓波 《局解手术学杂志》 2017年第2期82-85,共4页
目的探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制。方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTa... 目的探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制。方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTar Base和Star Base数据库,筛选能够调控FOXP3的短链非编码RNA(microRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状非编码RNA(circRNA);最后,利用Cytoscape软件建立FOXP3的竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。结果在TCGA数据库的头颈部鳞癌样本中共筛选出FOXP3的共表达基因950个。(Spearman分数大于0.5)功能分析结果显示这些共表达基因的功能主要为免疫应答,T细胞、淋巴细胞和粒细胞激活等免疫相关功能。ceRNA网络揭示miR-31-5p和miR-210-3p能够靶向调控FOXP3基因。此外,XIST、TUG1、JRK和LINC00473等42个lncRNA和ZNF223_hsa_circ_000898和ISY1_hsa_circ_001090等31个circRNA能够通过ceRNA作用调控FOXP3。结论成功建立FOXP3基因相关的ceRNA网络,并挖掘出42个lncRNA和31个circRNA可能通过ceRNA作用调控FOXP3,可为头颈部鳞状细胞癌的分子机制研究和分子靶向治疗提供新的切入点。 展开更多
关键词 喉鳞状细胞癌 FOXP3 长链非编码rna 环状非编码rna 竞争内源性rna 短链非编码rna 靶向治疗
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竞争性内源性RNA调控网络在乳腺癌中的作用研究进展 被引量:3
14
作者 伍梦妮 陈彦 徐志华 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2022年第6期477-482,共6页
乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,尽管其治疗已取得进展,但仍然是女性癌症死亡的主要原因。非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)在乳腺癌的发生发展中起关键作用,但是不同ncRNA之间存在的作用机制尚不清楚。近来,RNA研究领域新提出的概念... 乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,尽管其治疗已取得进展,但仍然是女性癌症死亡的主要原因。非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)在乳腺癌的发生发展中起关键作用,但是不同ncRNA之间存在的作用机制尚不清楚。近来,RNA研究领域新提出的概念是“竞争性内源性RNA(competing endogeous RNA,ceRNA)”,即不同RNA之间存在相互调节作用,包括长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)、微小RNA、转录假基因和环状RNA。研究表明,这些RNA之间的作用失调在促进或抑制乳腺癌发生发展方面具有重要作用。本文针对ceRNA网络调控轴在乳腺癌中的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 乳腺癌 竞争内源性rna 非编码rna 微小rna 环状rna
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结肠腺癌预后相关竞争性内源性RNA网络的构建及免疫治疗反应分析 被引量:1
15
作者 郑琨 王雅丽 +3 位作者 陈秀琼 姚硕 周婷 邹燕梅 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2022年第4期671-679,共9页
目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络并进行综合分析。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA测序(miRNA-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达... 目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络并进行综合分析。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA测序(miRNA-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、lncRNAs(DElncRNAs)和miRNAs(DEmiRNAs)。对所有DEmRNAs进行功能和通路富集分析,以及蛋白互作网络(PPI)分析。根据这些差异RNAs之间的调控关系构建了COAD的ceRNA网络。用Kaplan-Meier曲线评估差异RNAs对COAD患者总生存率(OS)的影响,结合患者相关的临床信息分析差异基因的表达模式与其他临床特征之间的相关性。用c-bioportal和TIMER数据库分析DElncRNAs与免疫相关分子及浸润细胞的关系。结果:我们构建的ceRNA网络中有5个DElncRNAs(C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG)、2个DEmiRNAs(miR-145和miR-152)和6个DEmRNAs(FAM46C、FJX1、MACC1、SLC16A9、TPM2和ULBP2)与患者的OS显著相关。此外,预后相关lncRNAs中有4个被证实还与其它某些临床特征相关,KCNQ1OT1、MIR31HG和PD-L1表达之间也存在显著相关性。结论:本研究在COAD中构建了一个新的ceRNA调节网络,并确定了C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG可作为COAD潜在标志预后、靶向治疗以及免疫治疗反应的生物标志物。 展开更多
关键词 结肠腺癌 长非编码rna 竞争内源性rna 预后 免疫治疗
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肺腺癌竞争内源性RNA网络的综合分析:基于肿瘤基因组图谱数据库 被引量:1
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作者 李经蕾 胡帅航 +2 位作者 周彤 樊柄杰 侯炜 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第24期4220-4226,共7页
目的:基于肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)架构肺腺癌(LUAD)竞争内源性RNA(ceRNA)网络,鉴定潜在的生存关联性生物标志物,并确定特异性治疗的小分子药物。方法:依据纳入研究标准,利用Edger软件筛选LUAD组织与正常组织(mRNA、lncRNA和miRNA)... 目的:基于肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)架构肺腺癌(LUAD)竞争内源性RNA(ceRNA)网络,鉴定潜在的生存关联性生物标志物,并确定特异性治疗的小分子药物。方法:依据纳入研究标准,利用Edger软件筛选LUAD组织与正常组织(mRNA、lncRNA和miRNA)差异表达的基因。通过miRcode、miRDB、TargetScan和miRanda数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建ceRNA网络。采用Kaplan-Meier方法分析ceRNA网络中的RNA表达量与生存预后的关系,通过富集分析对网络中的mRNA基因功能和调控通路进行分析。通过Cmap数据库筛选治疗LUAD的特异性小分子药物。利用D-lnc软件确定与关键的lncRNA相关的特异性小分子药物。结果:mRNAs(ELAVL2和PBK)、miRNAs(miR-13和miR-210)和lncRNAs(AP002478.1、DSCAM-AS1、LINC00269、LINC00470和LINC00483)与总生存期(OS)关系密切。喜树碱和甲萘醌有可能逆转LUAD的状态。卡铂、多西紫杉醇、帕比司他被确定为与关键lncRNA密切相关的药物。结论:ceRNA网络在LUAD中发挥重要作用,多种差异表达RNA与LUAD预后相关,可能成为潜在的肿瘤诊断标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 长链非编码rna 竞争内源性rna网络 肿瘤基因组图谱 小分子药物
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基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络
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作者 李新洋 连相尧 +6 位作者 白璐 员文静 赵如涵 钮淋 刘镭 王阳 朱翠敏 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第3期283-290,共8页
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应... 目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。 展开更多
关键词 基因芯片 非小细胞肺癌 预后 内源性竞争rna
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长链非编码RNA相关的竞争性内源性RNA网络中结肠腺癌潜在生物标志物的研究进展 被引量:1
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作者 童曼曼 刘熙称 +1 位作者 孙晓宇 何行 《癌症进展》 2022年第18期1869-1871,1875,共4页
结肠腺癌(COAD)是迄今为止最常见的结肠癌组织学类型,是全球范围内导致死亡的主要原因之一,早期诊断、治疗及预防复发在临床中意义重大。充当竞争性内源性RNA(ceRNA)的长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌的发展中发挥重要作用,通过分析与lnc... 结肠腺癌(COAD)是迄今为止最常见的结肠癌组织学类型,是全球范围内导致死亡的主要原因之一,早期诊断、治疗及预防复发在临床中意义重大。充当竞争性内源性RNA(ceRNA)的长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌的发展中发挥重要作用,通过分析与lncRNA相关的ceRNA网络中COAD诊断、预后及复发相关的潜在生物标志物,可为lncRNA在COAD中的功能研究提供新的思路,为临床上COAD的诊断及治疗提供很大的帮助。本文就lncRNA相关的ceRNA网络中COAD潜在生物标志物的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 长链非编码rna 竞争内源性rna 结肠腺癌 生物标志物
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LncRNA 作为竞争性内源性RNA调控甲状腺癌的研究进展
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作者 郭元勋 高廷廷 +2 位作者 曹哲 张鑫 陈建立 《中国科技期刊数据库 医药》 2021年第12期338-341,共4页
RNA可能作为内源性RNA(ceRNAs)发挥作用,这是在许多癌症中决定基因表达调控的关键机制。竞争内源性RNA理论认为假基因转录本、长链非编码RNA、环状RNA、mRNA能作为竞争性内源性RNA,它们拥有编码蛋白mRNA相同microRNA反应元件,能竞争结合... RNA可能作为内源性RNA(ceRNAs)发挥作用,这是在许多癌症中决定基因表达调控的关键机制。竞争内源性RNA理论认为假基因转录本、长链非编码RNA、环状RNA、mRNA能作为竞争性内源性RNA,它们拥有编码蛋白mRNA相同microRNA反应元件,能竞争结合microRNA的结合位点,影响功能蛋白的表达而发挥促癌或抑癌的作用。而长链非编码RNA (lncRNA)可以通过miRNA应答元件竞争性地结合microRNA (miRNA)来影响RNA靶点的表达。近来大量研究表明lncRNA作为竞争性内源性RNA分子在甲状腺癌恶性行为中发挥重要功能,因此有必要对这些研究进行归纳梳理,并阐述这些分子在甲状腺癌中的作用。 展开更多
关键词 Lncrna 竞争内源性rna 甲状腺癌 研究进展
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竞争性内源RNA在肝癌中的研究进展 被引量:6
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作者 张德元 曹金玉 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1145-1148,共4页
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及... 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及mRNA拥有microRNA应答元件(microRNA response element,MRE),通过竞争性结合microRNA,发挥相互调控作用。这类RNA称为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文将按照ceRNA分类,对其在肝癌发生、发展机制中的生物学功能及临床意义进行系统综述。 展开更多
关键词 竞争内源性rna MICROrna lncrna circrna Mrna 文献综述
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