lncRNA-TUG1作为竞争性内源RNA在心血管疾病中的研究进展

长链非编码RNA(long no-coding RNA,lncRNA)是指长度超过200个核苷酸的RNA分子,虽然本身并不具备直接编码蛋白质的作用,却可通过参与多种生物过程,包括细胞增殖、分化、凋亡等介导疾病的发生[1]。lncRNA-牛磺酸上调基因1(taurine up-regulated gene 1,TUG1)被认为与人类疾病进展密切[2]。此外,过表达lncRNA-TUG1是心血管疾病后心脏预后不良的生物标志物[3]。

长链非编码RNA作为竞争性内源RNA在卵巢癌中的研究进展

卵巢癌是一种致死率高的妇科恶性肿瘤。早期卵巢癌缺乏典型临床症状,因此大多数患者确诊时已处于疾病晚期,从而错失最佳手术时机,导致患者预后差。竞争性内源RNA(ceRNA)网络可以预测卵巢癌患者的病理变化,能为预测患者预后提供新的分子标志物。长链非编码RNA(lncRNA)在卵巢癌的发生、侵袭、转移和耐药中发挥重要作用。故本文对lncRNA作为ceRNA在卵巢癌中的研究进展进行综述,以期为卵巢癌的机制研究提供新思路,为临床诊断、治疗卵巢癌提供理论依据。

长链非编码RNA及竞争性内源RNA网络在银屑病中调控机制的研究进展

银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制病情和改善预后具有重要意义,为进一步阐明该疾病的遗传学发病机制、基因诊断以及下一步的基因治疗等奠定理论基础。

竞争性内源RNA在类风湿关节炎中的调控作用研究进展

类风湿关节炎(RA)是一种以对称性多关节滑膜炎为特征的慢性全身性自身免疫性疾病。发病机制尚不清楚,缺乏有效的早期诊断标志物。目前的治疗方法只能减缓疾病的进展,不能停止或逆转它所造成的损害。长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、微小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)在内的调控网络在RA病程中发挥着重要作用。lncRNA/circRNA作为miRNA的“吸附海绵”,竞争性结合miRNA,阻碍miRNA对靶mRNA的调控,参与滑膜细胞增殖、凋亡、侵袭和炎症反应的调控。基于竞争性内源RNA角度研究RA的发病机制,有助于发现新的潜在的分子标志物、靶向治疗药物。

长非编码RNA MIR210HG在宫颈癌组织中的表达及相关竞争性内源RNA机制

目的整合计算多中心样本探究长非编码RNA MIR210HG在宫颈癌组织中的表达及竞争性内源RNA机制。方法收集来自TCGA、GEO、SRA、ArrayExpress等数据库中与宫颈癌相关的lncRNA(long noncoding RNA,长非编码RNA)高通量数据集,利用t检验比较各数据集中MIR210HG在宫颈癌组织与非癌对照中表达的差异。整合计算标准化均数差(standard mean difference,SMD)以综合评估MIR210HG在宫颈癌组织中的表达。利用在线工具预测MIR210HG的靶miRNA以及相关靶基因。结果整合计算407例样本的SMD,结果提示MIR210HG在宫颈癌组织中的表达水平显著上调(SMD=0.57,95%CI:0.33~0.81,P<0.05)。通过结合位点预测以及整合计算SMD,MIR210HG的靶miRNA hsa-miR-424-5p在宫颈癌组织中低表达,其靶基因MYB在宫颈癌组织中高表达。结论MIR210HG在宫颈癌组织中的表达显著上调,其可能通过MIR210HG/hsa-miR-424-5p/MYB轴参与宫颈癌的发生与发展。

基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌关键长链非编码RNA及其竞争性内源RNA网络构建

目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选与结肠癌可能相关的长链非编码RNA(lncRNA),并构建其竞争性内源RNA(ceRNA)网络,为进一步探索结肠癌的机制提供依据。方法在GEO数据库下载结肠癌GSE126092的数据信息,获得差异表达lncRNA。下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌组织及结肠正常组织lncRNA的表达数据,通过WGCNA方法筛选出与结肠癌相关性最高的模块,与GEO差异表达lncRNA取交集筛选出结肠癌关键lncRNA,进一步构建这些lncRNA相关的ceRNA网络,对靶mRNA进行基因本位(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果共筛选出6个在结肠癌组织和正常组织中具有差异表达的lncRNA:锌指NFX1结构1反义RNA1(ZFAS1),β1,3-半乳糖基转移酶5反义RNA1(B3GALT5-AS1),细胞色素P450家族1亚家族B成员1反义RNA1(CYP1B1-AS1),二肽基肽酶样10反义RNA1(DPP10-AS1),VPS9包含域1反义RNA1(VPS9D1-AS1)和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2B反义RNA1(CDKN2B-AS1),并构建了其相关ceRNA网络。GO功能分析结果显示,生物功能主要集中在DNA模板转录调控、RNA聚合酶Ⅱ基因启动子的转录调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录负向调控等;细胞功能主要集中在细胞核、突触、神经细胞体、突触后密集区和微管相关复合体;分子功能主要集中在核酸结合、金属离子结合、DNA结合等。KEGG富集分析结果显示,基因主要富集在癌症蛋白聚糖、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、Rap1信号通路和局部粘连等。结论本研究通过WGCNA分析方法筛选出可能与结肠癌相关的lncRNA,并构建了其相关的ceRNA调控网络,可供后续实验验证。

竞争性内源RNA的生物学功能及其调控

最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者包括假基因转录物、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(Circular RNA,circ RNA)等。文章主要从ceRNA分类的角度,阐述各类ceRNA构成的调控网络发挥的生物学功能在病理和生理相关过程中的作用,以及可能影响ceRNA调控有效性的因素。

竞争性内源RNA(ceRNAs)研究进展——RNA对话的新机制

microRNAs(miRNAs)是一类长度约为22 nt的非编码单链小RNA分子,通过其种子序列与靶基因的3'UTR互补并引导沉默复合体(RISC)降解或抑制靶基因的翻译,在转录后水平调控靶基因的表达。一个miRNA可调控多个靶基因,同一个靶基因也可以受多个miRNA调控。最新的研究发现mRNA之间可以通过miRNAs反应原件(MREs)达到相互调控的目的,这种新的调控机制被称作竞争性内源RNA(ceRNAs)假说,这种RNA之间新的对话机制的出现不仅在转录组学水平赋予了mRNAs、长链非编码RNA及假基因的转录产物新的生物学功能,扩大人类基因组中的功能性遗传信息,并且绘制了一个更庞大的miRNAs与mRNA相互调控的网络,为深入研究肿瘤等疾病的发病机制提供新的理论依据。本文从ceRNAs调控网络的成员、ceRNAs调控机制的作用基础、作用方式及ceRNAs与肿瘤等多方面对ceRNAs调控机制的研究进展进行综述。

竞争性内源RNA网络与肾癌

最近的研究表明,RNAs是与microRNA(miRNA)反应元件(MREs)相互作用起到调节作用的,这种机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说。长链非编码RNAs(lncRNAs)被认为在癌症的发生发展中起到重要作用,有证据表明lncRNAs可以与miRNAs相互作用,并且是作为ceRNAs来调节miRNAs的表达的。肾癌中已经发现的几种lncRNAs,例如MALAT1、lncARSR、PTENP1,已被证明是与miRNAs相互作用的,这些MRE共享元件是在ceRNA网络(ceRNETs)中起到调节mRNA表达的。在肿瘤的发生发展过程中,起到重要作用的ceRNA调节网络包括mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circular RNAs,并且ceRNETs的不断变化可能在肾癌的发病机理中起到一定的作用。

lncRNA作为竞争性内源RNA调控胃癌进程的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,参与多种疾病进程。近年来的研究表明,lncRNAs可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs),与胃癌发生发展进程密切相关的驱动基因竞争miRNA反应元件(miRNA response elements,MREs),削弱miRNA对靶基因的抑制作用,间接调节靶基因表达水平,进而参与调控胃癌进程。该文从lncRNA作为ceRNA发挥生物学功能的角度,概述了相关lnRNAs在胃癌发生发展进程中的作用及机制,为胃癌的诊断和治疗提供新思路。

竞争性内源RNA：一种全新的基因表达调控模式

竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式:mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能.迄今为止,多家实验室已从生物信息学、细胞生物学和动物实验等层面验证了该假说.本文追溯了ceRNA假说提出的历程,讨论了ceRNA调控网络的影响因素,并提出了一些有待进一步完善的内容.ceRNA假说大大拓展了人类基因组中功能遗传信息的范畴,也为解析一些人类疾病发生的机制提供了新线索.

云南宣威地区肺癌长链非编码RNA、mRNA基因表达谱检测与竞争性内源RNA分析

目的云南宣威地区是中国乃至世界肺癌高发区,探究长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的差异表达,构建竞争性内源RNA(ceRNA)共表达网络,为宣威地区肺癌的分子诊断和治疗提供新思路。方法采用晶芯lncRNA+mRNA表达谱芯片对10对宣威地区肺癌组织及癌旁正常组织进行检测,用生物信息学的方法(GO,Pathway和networkanalysis)对差异表达的mRNAs进行分析。结果通过肺癌标本与癌旁正常组织对比,从中找到差异表达的lncRNA有384条(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中表达上调的有78条,表达下调的有306条。上调表达差异最大的是ab Parts(差异倍数:7.522),下调表达差异最大的是XLOC_012046(差异倍数:9.001)。946条差异表达的mRNA(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中上调和下调最具意义的是SPP1(差异倍数:16.500)和AGER(差异倍数:14.377)。lncRNA和mRNA在宣威地区肺癌中呈现出高低表达的两种趋势,差异表达的mRNA在生物过程、分子功能、细胞组成中分别以单一生物过程、结合和膜功能方面的数目差异最明显。上调表达的mRNA主要参与的信号通路有钙离子信号通路、吞噬体、造血细胞谱系等,下调表达差异的mRNA主要参与了造血细胞谱系、钙离子信号通路等方面的通路。lncRNA和mRNA之间呈一对一或一对多的相关,其中p14245(LINC00472)与Q9H8W2和XLOC_005764共表达。ENSG00000244513.2(ceRNA-score:0.461)和ENSG00000257424.1(ceRNA-score:0.372)所调节的SEMA5A和SEMA6A在mRNA表达谱中都呈下调表达。SEMA5A主要参与细胞黏附、生物黏附、脉管系统发展等功能,SEMA6A主要参与细胞表面受体连锁信号转导、细胞运动、细胞骨架组织等功能。结论通过微阵列找到宣威地区肺癌组织中差异表达的lncRNA表达谱可能会成为宣威地区肺癌的新型生物标志物或治疗靶点。

竞争性内源RNA在胃癌发生发展中的作用

胃癌是常见的消化系肿瘤之一,在全球癌症死亡中排名第2位.其发病与遗传、环境及生活习惯等多种因素有关.近几年研究发现竞争性内源RNA成员中微小RNA和长链非编码RNA在胃癌的发生发展起着重要作用.本文就竞争性内源RNA在胃癌中作用作一综述.

竞争性内源RNA在不同类型肿瘤中的作用

竞争性内源RNA(ce RNA)是一种相互作用的RNA转录本,通过竞争性结合并降低靶标微小RNA(mi RNA)的水平,解除信使RNA(m RNA)的抑制作用。肿瘤相关性ce RNA在多种肿瘤的形成过程中发挥关键作用。我们对肿瘤相关性ce RNA做简要综述,并简单分析其与靶标mi RNA的相互作用,为进一步理解ce RNA介导的肿瘤生成分子机制提供新思路。

竞争性内源RNA与肿瘤发生

微小RNA（microRNA, miRNA）、长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）等转录物在肿瘤发生发展中发挥着重要作用[1-4],越来越多的研究表明,它们之间存在着复杂的网络关系[5-6].

长链非编码RNA的竞争性内源RNA调控模式在动脉粥样硬化中的研究进展

动脉粥样硬化是一种缓慢进行性的血管炎症性病变。越来越多的研究表明长链非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)与微小RNA(miRNA)结合,通过ceRNA网络调控靶基因信使RNA(mRNA)分子的表达水平和功能,在动脉粥样硬化的病理生理过程中发挥重要作用。lncRNA、miRNA和mRNA之间的互作调控机制复杂。本文综述了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络在动脉粥样硬化发病机制中的调控关系,阐述该调控网络在内皮细胞功能障碍、血管平滑肌细胞表型转化、巨噬细胞激活以及脂质代谢异常等病变中的重要作用,为动脉粥样硬化临床诊疗提供新思路。

酒精性股骨头坏死竞争性内源RNA网络及潜在生物标志物的综合分析

背景:酒精性股骨头坏死与饮酒具有高度的相关性,然而其具体发病机制尚不明确且存在一定的个体差异。目的:构建酒精性股骨头坏死的基因网络图谱,进一步探索酒精性股骨头坏死的潜在发病机制。方法:从广西中医药大学第一附属医院骨二科招募3例酒精性股骨头坏死患者和3名健康志愿者,通过对其外周血进行基因测序筛选具有差异表达的mRNA和lncRNA,通过预测lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA的相互作用靶点,使用cytoscape软件构建竞争性内源RNA调控网络。结果与结论:①通过差异表达分析从酒精性股骨头坏死样本中鉴定出了差异lncRNA 127个、差异mRNA 921个,通过靶基因预测共预测出了205个miRNA及5184个mRNA靶点,最终构建了包含3个lncRNA(SNHG3、MUC19、LINC00476)、5个miRNA(hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-126-3p、hsa-miR-193a-3p、hsa-miR-135a-5p)和11个mRNA(PEX5、ACTR3B、CHMP4B、CSMD1、MTRF1、ZNF3、HTR7、NR5A2、SYT14、CASK、ING5)的ceRNA网络,涉及干细胞分化、炎症反应、神经内分泌、基因多态性等多种生物学过程。②结果表明,通过构建竞争性内源网络筛选出了一系列酒精性股骨头坏死潜在的生物标志物,为进一步研究其分子机制及治疗靶点提供了新思路。

竞争性内源RNA与消化系恶性肿瘤关联的研究进展

竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)是一种相互作用的R N A转录本,通过竞争性结合并降低靶标微小RNA(micro RNA,miRNA)的水平,解除信使RNA(messenger RNA,m RNA)的抑制作用.miRNA、mRNA、长链非编码RNA、假基因、环形RNA之间形成了密不可分的网络,通过这种复杂的网络互相调节各自的表达水平,从而参与一系列的生物学行为,包括肿瘤的发生.肿瘤相关性ce RNA在消化系肿瘤的形成过程中发挥关键作用,我们对消化系肿瘤相关性ce RNA做简要综述,并简单分析其与靶标mi RNA的相互作用,为进一步理解ce RNA介导的肿瘤生成分子机制提供新思路.

通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子

目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ce RNA调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过"Perl"语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过"Edge R"包提取3种RNA的差异表达基因(differential expression genes,DGEs),其阈值为|log FC|>2.0且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异m RNA关系对,导入至Cytoscape软件构建ceRNA调控网络图。整理3种DGEs相关的生存数据,通过"Survival"包及Kaplan-Meier Plotter分析软件进行生存分析,绘制DGEs的生存曲线,分析获取预后相关基因。结果:成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络,通过该网络分析DGEs间的相互作用和调控关系,获取3条lncRNA-miRNA-mRNA调控关系对,其中1条调控通路(CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2)符合ceRNA理论。预后分析显示,14个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组,可作为HCC不良预后的生物标志物;1个lncRNA(TSPEAR-AS1)和2个mRNA(CPEB3和PROK2)低表达组患者生存率低于高表达组(P<0.05或P<0.01),可能是HCC的保护性基因。结论:通过HCC lncRNA相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14个mRNA可能为HCC不良预后相关分子,低表达的1个lncRNA和2个mRNA可能为HCC良好预后相关分子,研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。

竞争性内源RNA调控网络在心血管疾病中的研究进展

竞争性内源RNA(ceRNA)作为生物标志物、潜在的治疗靶点和强有力的预后指标,在心肌肥厚、心肌梗死以及动脉粥样硬化等心血管疾病中均表现出了巨大的研究价值及临床应用前景。该文主要介绍了ceRNA调控网络在心血管疾病(CVDs)中的最新研究成果及其调控机制。