基于大规模比较蛋白质组学的内表型网络揭示阿尔茨海默病的血管功能障碍特征

目的基于大规模比较蛋白质组学的内表型网络识别特异性、敏感性、可靠性高的阿尔茨海默病(AD)蛋白标志物,揭示AD的血管功能障碍特征。方法我们提出一种新颖的基于网络的框架,通过大规模比较蛋白质组学分析来识别五种AD病理的内表型特征。首先通过分析来自AD患者和转基因小鼠模型的23套蛋白质组学数据集,揭示了AD内表型的蛋白质组学景观。利用网络近邻法测量AD内表型模块与AD患者皮质、血清和脑脊液的整合蛋白质组学数据集中差异表达蛋白(DEP)的距离显著性,识别AD病理中不同内表型的潜在生物标志物。结果通过整合基因型-脑组织表达RNA-seq数据、全基因组关联研究、单细胞转录组数据和文献证据,重点探讨了包含21个DEP的AD血管功能障碍内表型特征。APP/PS1和MCAO小鼠动物模型实验进一步验证了SEPT5、SNAP25和STXBP1可能作为AD血管功能障碍内表型的候选生物标志物。结论本研究展示了一种有效的网络策略,用于从整合的蛋白质组学数据中推测新的AD标志物,以期揭示AD的不同内表型特征。