再测序DNA微阵列的等长变覆盖探针设计方法

针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计 ,提出了 2种等长变覆盖的方法 :①基于Tm距离的探针优化方法 ,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm 距离的探针 ;②应用遗传算法 ,将候选探针集编码为染色体 ,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到最大适应度的探针集 .这 2种方法 ,都能在探针长度相等的情况下 ,通过改变相邻探针之间的覆盖度使探针的Tm 值尽可能保持一致 .实验结果表明 :等长变覆盖法得到的探针集整体优于等长移位法和变长变覆盖法的结果 ,具有更好的杂交条件一致性 .

SARS病毒再测序DNA微阵列的探针设计

探针设计是SARS病毒再测序DNA微阵列制作的关键步骤 ,为了保证探针的杂交条件尽可能一致 ,采用了作者提出的两种等长变覆盖的探针设计方法 ,即基于Tm距离的算法和遗传算法。针对SARS病毒基因组中的两段特异序列设计了一组探针 ,并与等长移位法和变长变覆盖法的设计结果进行了比较。等长变覆盖法得到的探针集在探针长度一致的情况下 ,探针的Tm值有较小的标准差和变化范围。结果表明 ,等长变覆盖法得到的探针具有更好的杂交条件一致性。