基于图形表示的减数分裂重组位点识别

减数分裂重组并非以统一的频率发生在基因组上,而是在某些区域重组频率较高,在另一些区域重组频率较低。减数分裂重组位点的刻画与识别对于认识重组机制具有重要意义。提出了一种新的DNA序列的3-D图形表示,并将其与Z-曲线相结合,借助正规化的ALE指标,用13维特征向量来刻画DNA序列进而进行减数分裂重组位点识别。以支持向量机作为分类器,利用夹克刀方法进行交互验证,所提方法的总精确度Acc达到了93.70%,相关系数MCC达到了0.873。这个结果表明此方法可作为减数分裂重组位点识别领域的一个有力工具。

脓毒症患儿外周血T淋巴细胞减数分裂重组11同源物A表达水平变化研究

目的分析脓毒症患儿T淋巴细胞的减数分裂重组11同源物A(MRE11A)表达,初步探讨MRE11A对脓毒症T淋巴细胞功能的影响。方法选取2021年12月至2022年4月广西医科大学第一附属医院PICU住院的脓毒症患儿24例作为脓毒症组;同期本院门诊体检的24例健康儿童作为对照组。收集两组患儿性别、年龄,脓毒症组收集有创机械通气时间、实验室检查指标及住院时间等,采集入住PICU 24 h内外周血标本,对照组在研究期间同期采集外周血。采用流式细胞技术检测两组外周血T淋巴细胞胞质MRE11A,对比两组之间MRE11A表达阳性的细胞比例和表达量(用平均荧光强度表示)。结果脓毒症组、对照组各24例;脓毒症组男11例,女13例,中位年龄32.50(19.00,132.75)个月;对照组男14例,女10例,中位年龄57.50(33.75,102.25)个月;两组年龄和性别比较差异无统计学意义(均P>0.05)。脓毒症组MRE11A+CD4^(+)T淋巴细胞比例低于对照组[3.59(2.29,8.87)%比99.90(99.03,100.00)%,Z=-5.961,P<0.001],CD4^(+)T淋巴细胞的MRE11A表达量低于对照组[1663.00(1557.00,1777.00)比5689.00(4415.25,9567.00),Z=-5.939,P<0.001];脓毒症组MRE11A^(+)CD8^(+)T淋巴细胞比例低于对照组[3.85(1.87,9.58)%比92.15(76.70,96.40)%,Z=-5.856,P<0.001],CD8^(+)T淋巴细胞的MRE11A表达量低于对照组[1921.50(1680.00,2217.00)比4165.00(2894.00,9122.00),Z=-5.083,P<0.001]。结论MRE11A在脓毒症患儿T淋巴细胞胞质表达降低,可能影响了T淋巴细胞功能。

标记减数分裂遗传重组的免疫荧光染色方法

联会复合体免疫荧光技术在全基因减数分裂遗传重组研究中具有精确和直观的优势.本研究通过免疫荧光染色方法制备小鼠精母细胞联会复合体,研究其形态组成与遗传重组特征,展示雄性小鼠遗传重组图谱并分析其重组位点(MLH1位点)的分布特征.4只小鼠共145个精母细胞在平均每个细胞的MLH1位点数为23.3±2.4;在常染色体联会复合体中,未发现有3个MLH1位点的联会复合体,具有1个MLH1位点的联会复合体较多,平均为14.2;无XY联会复合体的细胞占所有细胞的4.1%,XY联会复合体上有MLH1位点的细胞占30.2%;联会复合体上有裂缝的细胞占0.7%.通过联会复合体免疫荧光染色可以清晰地分辨出联会复合体(红色)、着丝粒(蓝色)和MLH1位点(绿色),是遗传重组分析的一种强有力工具.

减数分裂同源染色体重组交换的改变在男性不育发生中的作用

在第一次减数分裂前期,同源染色体之间需进行配对、联会和遗传物质的重组交换等一系列重要事件.重组交换对染色体正确分离、配子正常形成至关重要.重组交换改变可导致不同程度的精子异常,如精子发生停滞而出现不育,或精子染色体异常导致非整倍体出现.而不育症是一个世界性的问题,影响着10%-15%夫妇,由男方因素所引起的占一半,其中多数病因和机制不明,关于因减数分裂错误导致精子发生失败的机制仍知之甚少.近年来发展的荧光免疫遗传学技术可直视减数分裂前期的重要事件,为研究人类精子形成的调节提供了开拓性的进展.本文围绕重组交换与精子发生之间的关系综述了在这个领域内的研究进展.

原因不明不育患者减数分裂同源染色体重组的研究

在第一次减数分裂前期,同源染色体之间的重组对同源染色体正确分离起着重要作用。重组异常是染色体不分离的重要风险因子,并可能进一步导致不育。而不育症作为一个重要的健康问题,影响着10%～20%夫妇,其中含有男方因素引起的不育占50%。尽管男性不育的发病率高,但目前关于因减数分裂导致精子发生过程失败的机制仍知之甚少。近年来发展的免疫荧光技术使我们可以直视减数分裂重组事件,为研究人类精子形成的过程提供了新的手段。

关于遗传学中有丝分裂重组的理解

有丝分裂重组是遗传学的重要内容,但当前遗传学教学中对有丝分裂重组部分的课堂教学较少。从有丝分裂重组的发现、真菌系统中的有丝分裂重组、有丝分裂重组作图等几个方面较为详细的介绍了有丝分裂重组现象,希望为教师课堂教学提供参考,并有助于学生对基因重组内容的全面认识。

人类基因组中突变对紧邻碱基的依赖性与重组率

减数分裂重组通过基因转变、碱基替换等方式影响基因组进化。紧邻碱基对突变偏好性有很强的影响,但该“紧邻碱基效应”如何随重组率变化有待深入研究。本文提出基于条件互信息(Conditional mutual information)量化突变对紧邻碱基依赖性的方法,并利用人类SNP等相关数据,分析重组率如何影响突变对紧邻碱基的依赖性。结果表明:在全基因组水平上,SNP位点上的突变对紧邻碱基的依赖性(即平均条件互信息)随着重组率的增加而增加;具体而言,当SNPs两侧碱基为A/G、C/G或C/T时,随着重组率的增加突变偏向性增强,但两侧碱基为A/A或T/T时,重组率对SNP突变偏向性产生抑制作用;另外,重组率越高,外显子与基因间区SNP的突变偏好性越强;而内含子区域SNP的突变偏好受到高重组率的抑制。结果有助于深入理解减数分裂重组如何影响基因组进化。

基于支持向量机的酵母重组热点和冷点的预测(英文)

使用基于统计学习理论的支持向量机(SVM)方法,提出了针对重组热点和冷点分类预测的新方法.对酵母基因组的303个重组热点开放阅读框(hot ORF)以及48个重组冷点开放阅读框(cold ORF),提取了序列的一般二联碱基丰度特征,以及基于密码子使用偏性的二联碱基丰度特征,然后使用二倍交叉验证方法,选择不同的核函数和对应参数,对数据集进行了训练和分类预测.研究结果表明,当使用径向基核函数,并采用基于密码子使用偏性的二联碱基丰度特征时,预测准确率为87·47%.

MRE11沉默对肝癌耐药细胞BEL7402/5-FU增殖和凋亡的影响

目的:观察shMRE11对肝癌耐药细胞BEL7402/5-FU细胞增殖和凋亡的影响,初步探索MRE11与肝癌发生发展的关系。方法:采用阳离子脂质体法将shMRE11干扰质粒转染BEL7402/5-FU细胞,Real-time PCR及Western blot检测沉默效率;MTT法检测转染前后BEL7402/5-FU细胞增殖情况;AnnexinV-FITC/PI双染法检测MRE11基因沉默对BEL7402/5-FU细胞凋亡的影响。结果:Real-time PCR及Western blot检测结果显示MRE11 mRNA及蛋白水平的沉默效率分别为78.0%、56.1%。MTT结果显示,shMRE11转染BEL7402/5-FU细胞后,shMRE11实验组与对照组相比细胞增殖速度减慢(P<0.05)。AnnexinV-FITC/PI双染法检测结果显示shMRE11实验组的细胞凋亡指数增高,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:shMRE11干扰质粒能够抑制BEL7402/5-FU细胞增殖,促进细胞凋亡。

shRNA沉默MRE11表达对肝癌耐药细胞BEL7402/5-FUDNA损伤修复的影响

目的:观察shMRE11沉默MRE11基因对肝癌耐药细胞Bel7402/5-FU DNA损伤修复功能的影响.方法:采用阳离子脂质体法将shMRE11干扰质粒转染BEL7402/5-FU细胞,Real-time PCR及Western blot检测沉默效率;Western blot检测细胞-H2AX蛋白表达;EdU法检测细胞DNA合成;MTT法检测细胞增殖情况.结果:Real-time PCR及Western blot检测结果显示MRE11 mRNA及蛋白水平的沉默效率分别为78.0%、56.1%;Western blot检测-H2AX表达结果显示shMRE11实验组(1.04±0.056)较对照组(0.847±0.025)增加(P<0.05,t=10.78);EdU检测结果显示shMRE11实验组DNA合成率(38.819%±2.607%)较对照组(49.814%±1.227%)降低(P<0.05,t=-8.87);MTT细胞增殖检测结果显示转染72 h后shMRE11实验组(0.58±0.08)与对照组(0.87±0.09)相比细胞增殖速度减慢(P<0.05,t=-50.2).结论:shMRE11干扰质粒能够有效抑制B E L7402/5-F U细胞中M R E11表达,使细胞DNA损伤修复能力减弱、抑制细胞增殖.

半乳糖基化壳聚糖-聚乙烯亚胺递送siRNA对肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu中MRE11表达的影响

背景:壳聚糖是一种常用的非病毒载体,具有良好生物相容性、生物可降解性、低毒等优点,但其基因递送能力相对较弱,常需要进行结构衍生修饰。目的:观察半乳糖基化壳聚糖-聚乙烯亚胺(LA-CS-PEI)在肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu中递送si RNA的能力及对减数分裂重组蛋白11(MRE11)表达的影响。方法:1将肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu或人肝细胞HL-7702分别与0,10,20,40,80,100 mg/L的LA-CS-PEI或壳聚糖-聚乙烯亚胺共培养24 h,检测细胞存活率;2将LA-CS-PEI与si RNA-FAM分别以0,2,4,8,16,32的质量比混合,制备复合转染颗粒。以复合转染颗粒转染肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu,48,72,96 h后,以转染效率筛选最佳质量比与转染时间,进行下步实验;3以复合转染颗粒、LA-CS-PEI、si RNA分别转染肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu 48 h后,以未转染的细胞为空白对照,检测MRE11基因及蛋白的表达。结果与结论:1与壳聚糖-聚乙烯亚胺相比,LA-CS-PEI毒性更低,且当LA-CS-PEI质量浓度高达100 mg/L时,仍表现出很低的细胞毒性;2LA-CS-PEI与si RNA-FAM质量比为4和8时转染效率均达95%以上,入胞效率极高,转染48 h转染效果最好,所以后续实验选择质量比为8,转染时间为48 h的复合转染颗粒;3复合转染颗粒组MRE11基因及蛋白表达低于LA-CS-PEI组、si RNA组、空白对照组(P<0.05);4结果表明,LA-CS-PEI能实现si RNA的有效递送,并能沉默肝癌耐药细胞BEL7402/5-Fu中的MRE11基因。

shMRE11质粒转染对BEL7402/5-FU肝癌细胞耐药性的影响

目的研究减数分裂重组蛋白11(MRE11)基因沉默对5-氟尿嘧啶(5-FU)耐药的肝癌细胞株Bel7402/5-FU的化疗敏感性及耐药相关蛋白1(MRP1)表达的影响,探讨MRE11与肝癌耐药性的关系。方法采用阳离子脂质体法将shMRE11干扰质粒转染BEL7402/5-FU细胞,实时定量PCR(qRT-PCR)及Western blot法检测沉默效率;MTT法检测转染后BEL7402/5-FU细胞对化疗药物顺铂(DDP)、丝裂霉素(MMC)、阿霉素(ADM)、5-FU的敏感性,qRT-PCR及Western blot法分别检测转染后BEL7402/5-FU细胞中耐药相关蛋白MRP1 mRNA水平及蛋白水平的变化。结果 qRT-PCR及Western blot法检测显示MRE11mRNA及蛋白水平的沉默效率分别为78.0%、56.1%。MTT结果显示,shMRE11转染BEL7402/5-FU细胞后,shMRE11实验组对DDP、MMC、ADM、5-FU的IC50均低于对照组(P<0.05)。qRT-PCR及Western blot法检测结果显示shMRE11实验组MRP1mRNA及蛋白水平的表达与对照组相比均有所降低(P<0.05)。结论 shMRE11能够提高肝癌耐药细胞BEL7402/5-FU对化疗药物的敏感性,降低耐药相关蛋白MRP1的表达。

植物雄性发育与减数分裂研究现状和展望

植物生殖发育过程直接影响许多重要农作物的产量。雄性发育与减数分裂为植物生殖发育过程中的重要过程,对其调控机理的研究不仅有助于理解生殖发育的分子机制,也可以为农作物的遗传育种提供理论依据。近些年来,我国科学家在此领域取得了一系列高水平的研究成果,主要包括植物花药中关键细胞的命运决定、绒毡层细胞和小孢子发生的分子机制、减数分裂同源染色体相互作用的分子机理和花粉萌发及伸长的基因调控等等。本文对我国科学家所取得的诸多成就进行了简要的回顾,并提出了对该领域发展的一些思考和看法。

MRE11与DNA双链损伤修复的研究进展

DNA双链断裂(double-strand breaks,DSBs)损伤是最致命的细胞损伤之一。作为DNA断裂损伤修复的重要因子,MRE11在修复途径中发挥重要作用。因此,本文就国内外相关MRE11与DNA双链损伤修复的研究文献进行了查阅与梳理,并就相关研究成果及研究进展进行综述性分析,以期为丰富临床MRE11的结构、功能研究及其在DNA双链损伤修复机制的研究提供更多的参考。

MRE11A基因多态性与心肌梗死的相关性研究

目的研究中国南方汉族人群中DNA损伤和修复因子基因多态性与心肌梗死发病风险的相关性。方法对207例经冠状动脉造影确诊心肌梗死患者和202例健康对照组的5个基因多态性进行检测,比较不同基因型和等位基因与心肌梗死患病风险的关系。结果在这5个与DNA损伤和修复密切相关的因子(减数分裂重组11同源物A、活性氧调节因子1、白介素-10、脆性组氨酸三联体基因和琥珀酰-戊二酸辅酶A转移酶)中,位于减数分裂重组11同源物A(MRE11A)基因的rs2155209多态性在心肌梗死组与对照组间差异有统计学意义,其等位基因和基因型的分布频率符合Hardy-Weinberg平衡(Х^(2)=0.255,P>0.05)。心肌梗死组rs2155209C等位基因频率高于对照组(24.9%vs 15.6%,P=0.02),logistic回归分析发现MRE11A rs2155209CC+CT基因型携带者患心肌梗死的风险高于TT基因型携带者(0R=2.01,95%CI:1.33~3.05,P=0.001),且这一关系独立于性别、年龄、吸烟、高血压、糖尿病及血清总胆固醇(total cholestero,TC)、低密度脂蛋白(lowdensity lipoprotein,LDL-C)水平等危险因素之外。没有证据表明其余SNPs与冠心病易感性相关。结论MRE11A基因rs2155209多态性可能是中国南方汉族人群心肌梗死发病的遗传危险因素之一。

PEI-CS/siRNA复合颗粒对肝癌耐药细胞BEL7402/5-FU中MRE11表达的影响

目的:探讨聚乙烯亚胺-壳聚糖(PEI-CS)/si RNA复合颗粒对肝癌耐药细胞BEL7402/5-FU中MRE11表达的影响。方法:采用复凝聚法将PEI-CS(100μg/m L)与不同浓度的MRE11 si RNA-FAM形成PEI-CS/si RNA复合颗粒,并转染BEL7402/5-FU细胞,用荧光显微镜和Real-time PCR检测转染效率和沉默效率。结果:荧光显微镜观察结果显示:转染细胞48 h后,3.125、6.25、12.5、25、50μg/m L的si RNA与PEI-CS形成的复合颗粒的转染率分别为62.31%、76.09%、79.99%、86.49%、96.59%。转染细胞48、72、96 h后,12.5μg/m L的si RNA与PEI-CS形成的复合颗粒的转染率分别为78.22%、55.76%、42.85%,25μg/m L的si RNA与PEI-CS形成的复合颗粒的转染率分别为83.67%、74.23%、67.45%。Real-time PCR检测结果显示:25μg/m L的si RNA与PEI-CS形成的复合颗粒转染48小时后,对BEL7402/5-FU细胞中MRE11基因的沉默效率为35.4%。结论:聚乙烯亚胺-壳聚糖/si RAN复合颗粒能有效转染肝癌耐药细胞Bel7402/5-FU,并对BEL7402/5-FU细胞中MRE11基因表达有一定抑制作用。

水源性蓝氏贾第鞭毛虫分子生物学检测方法研究进展

蓝氏贾第鞭毛虫具有一系列适丁水源性传播的生物学特征，广泛存在于污水、原水、处理水等水体中，严重威胁公共卫生安全。水源性贾第虫的检测主要是通过免疫磁珠分离后进行分子鉴别。运用单个基因作为分子标志的检测方法的可靠性值得商榷，而全基因组扩增技术和DNA微阵列技术具有重要的应用前景。