介绍一种改进的、简便的凝胶迁移滞留试验法

目的 :改进凝胶迁移滞留试验 (EMSA)方法 ,运用该法检测新蛋白。方法 :抽提与定量核蛋白、DNA探针标记与纯化 ,探针与蛋白质的结合、电泳及放射自显影。结果 :采用本法简便、节约、灵敏度高、图像清晰、有可比性及重复性 ,成功运用于NF-κB及POT蛋白的检测。结论 :此法在本实验组运用过 ,可靠 ,值得应用与推广。

不同缓冲液对凝胶迁移试验的影响

凝胶迁移(EMSA)实验在理论上较简单,但在实际操作中需要对试验测定系统进行优化,缓冲液的选择是需要优化的因素之一。通过用T7RNA聚合酶与T7启动子DNA的结合反应来选择合适的缓冲液,结果表明,不同的缓冲液会影响凝胶迁移试验的结果,5×Buffer1结合缓冲液的效果较好;TBE电泳缓冲液比TAE、TGE的电泳效果好,同时在3种不同浓度的TBE缓冲液中,0.2×的TBE效果最好。

凝胶迁移阻滞法分析人类端粒酶的DNA结合特性

目的采用凝胶迁移阻滞法分析研究人类端粒酶DNA结合特性。方法以地高辛标记的人端粒序列寡核苷酸与人端粒酶提取物进行结合反应,以未参与结合反应的单纯标记寡核苷酸作为参照。实验所设的3组样品中,第一组和第二组标记寡核苷酸加端粒酶,第一组显示一条阻滞性条带,第二组显示两条条带,前方的一条与第一组条带平行,为单纯探针条带,后方的一条迁移率被阻滞,应为探针与纯化的蛋白复合体相结合的结果;第三组为标记寡核苷酸加端粒酶阴性洗涤液,只显示单一探针条带。结果只有人端粒序列寡核苷酸与人端粒酶提取物结合反应管显示特异的凝胶迁移阻滞性电泳条带。结论人端粒酶具有和端粒DNA片段结合的特性。

非同位素标记DNA探针和凝胶迁移分析法测定NF-κB激活实验研究

目的:探讨地高辛标记DNA探针和凝胶迁移分析法测定NF-κB激活的优势。方法:用地高辛标记NF-κB基序DNA探针,检测标记效率,探针与核蛋白的结合反应产物经过聚丙烯酰胺凝胶电泳、转膜,高温干燥后,与碱性磷酸酶标记的抗地高辛抗体杂交,加入CSPD检测化学发光强度。结果:按照上述方法标记DNA探针,标记效率较高。样品核蛋白与地高辛标记的NF-κB基序DNA探针共同孵育,两者相互结合,进行凝胶迁移分析,出现高密度的迁移带。在反应体系中额外加入过量未标记的NF-κB基序DNA探针或抗NF-κB/P65或NF-κB/P50抗体后,抑制了两者的结合,迁移带消失,而加入过量未标记的Oct2A基序DNA探针,不能抑制两者结合,迁移带密度无明显降低,证实了核蛋白NF-κB与DNA探针结合的特异性。结论:本方法无放射性污染,无需特殊设备,操作简便、稳定性好、敏感性强,图像清晰、背景低。

影响凝胶迁移率实验因素的教学改进

凝胶迁移实验(EMSA-Electrophoretic Mobility Shift Assay)是一种研究蛋白质与核酸相互作用的常用实验技术。在凝胶迁移率实验的教学工作中,由于受实验材料的影响,尤其是EMSA探针浓度的变化,对实验结果的影响很大。为进一步提高实验教学效果,将探针浓度对实验结果的影响进行了比较。通过设置一系列浓度梯度实验,发现采用浓度为5nmol的探针实验效果最好,改进后的实验效果更加明显。

橡胶树HbCBF1蛋白的原核表达及其CRT结合活性分析(简报)

巴西橡胶树（Hevea brasiliensis），是大戟科橡胶树属植物．原产于巴西亚马逊河流域，是典型的热带高大乔木．所生产的橡胶是天然橡胶的重要来源。在我国．橡胶树栽培区主要分布在北纬18°到24°．冬季常常遭到寒潮和冷空气的侵袭。30多年来的植胶历史证明．寒害是我国植胶区较为严重的自然灾害．是影响我国橡胶栽培的主要自然灾害之一。对橡胶树进行低温、抗寒生理研究，明确橡胶树的低温反应和抗寒机制．在理论和实践上都有重要意义。

利用电泳迁移分析法初步探讨肺癌细胞株CEA的转录调控

【目的】探讨癌胚抗原 (CEA)表达水平不同的肺癌细胞株在转录因子水平有无差异。【方法】利用电泳迁移分析法 (EMSA)检测这些细胞株与CEA启动子阳性足迹区探针结合的DNA结合蛋白。维甲酸 (RA)诱导分化A5 49细胞 ,检测诱导前后转录因子的变化。【结果】CEA水平高的细胞DNA结合蛋白的条带信号强 ,CEA水平低的细胞DNA结合蛋白的条带信号弱 ,CEA阴性细胞可见到较弱的DNA结合蛋白信号。结合条带信号在诱导后细胞组明显减弱。【结论】CEA基因特异性的表达部分依赖于转录因子的合成。转录因子量的改变与CEA表达的高低有关 ,并且提示RA对CEA阳性肺癌细胞的诱导是在转录水平起作用。

棉花GhGT-2转录因子的克隆及其功能分析

【目的】棉花是重要的纤维作物,其生长常遭受非生物逆境危害,严重影响棉花的生长和产量。Trihelix转录因子在植物抵御各种逆境胁迫中扮演重要作用。克隆棉花Trihelix转录因子基因并分析其表达特性和功能,为最终利用转基因手段改良棉花抗逆性奠定基础。【方法】通过BLAST分析比对,从棉花EST数据库中获得1个高度同源基因,通过基因序列分析,发现其属于Trihelix转录因子GT-2亚家族,命名为GhGT-2。以棉花叶片总RNA为模板,根据EST序列设计引物,利用RT-PCR结合RACE技术,获得GhGT-2的编码序列。使用MEGA5对蛋白序列及其同源序列进行多序列比对分析,并构建同源物种间系统进化树,通过SMART网站(http://smart.emblheidelberg.de/)进行蛋白结构预测。以陆地棉品种新陆早26号为研究材料,在棉花15 d苗龄时(一对真叶期),分别对其植株进行非生物胁迫和ABA处理0、1、3、6和12 h,然后采集相应时段棉苗叶片。另外采集同一品种棉花的不同发育时期的根、茎、叶、花、开花后当天胚珠以及开花后12 d(12 days post anthesis,DPA)纤维等不同组织样品,利用实时荧光定量PCR方法分析GhGT-2在棉花不同组织间的表达差异及其在低温、干旱、高盐和ABA处理下的表达模式。将GhGT-2克隆至GFP表达载体pBI221,和GAL4 DNA结合结构域载体,在拟南芥原生质体中验证GhGT-2在细胞内的定位情况和转录激活活性。利用凝胶迁移试验(EMSA)检测DNA结合元件。【结果】克隆了棉花GhGT-2的cDNA全长序列。该基因cDNA全长1 579 bp,开放阅读框为1 428 bp,编码475个氨基酸的蛋白,推导编码蛋白质的分子量为54.07 kD,等电点为8.96。SMART蛋白结构预测发现,该蛋白含有2个Trihelix家族典型的SANT蛋白结合域。系统进化树分析表明,GhGT-2属于Trihelix转录因子GT-2亚家族,与拟南芥AtGTL1、白杨PtaGTL1亲缘关系最近。实时荧光定量PCR表明,GhGT-2在棉花的根、茎、叶、花、开花后当天胚珠以及开花后12 d(12 DPA)纤维中均有表达,其中,在叶中表达量最高,在根中表达量最低。在冷胁迫下,GhGT-2除在3 h时表达量接近0 h外,在1、6和12 h的表达量均低于0 h,呈现抑制表达特征。在高盐、干旱和ABA处理3种胁迫下,GhGT-2在1 h的表达量均低于0 h,但3、6和12 h的表达量均高于0 h,表现为先抑制后上调表达特征。推测该基因可能参与棉花ABA信号通路中对逆境胁迫的抗性反应。利用拟南芥原生质体分析,GhGT-2主要定位于细胞核中,转录激活活性不明显。凝胶阻滞(EMSA)分析发现,GhGT-2可以结合GT元件GT2-Box、GT3-Box、GT-1b(BoxⅡ)和MYB元件MBS1、MRE1、MRE3、MRE4。【结论】获得棉花GhGT-2的全长cDNA序列,其编码蛋白含有2个SANT蛋白结合域,属于棉花Trihelix转录因子GT-2亚家族。在干旱、高盐和ABA逆境胁迫下,GhGT-2属于依赖于ABA胁迫响应基因调控网络,推测GhGT-2在陆地棉的非生物胁迫适应过程中可能具有重要的作用。

小麦WPBF与高分子量谷蛋白基因上游Prolamin-Like box的特异结合

【目的】克隆普通小麦胚乳特异表达转录因子基因WPBF,对其原核表达条件进行优化,并验证其编码蛋白和小麦高分子量谷蛋白亚基基因(HMW-GS)上游Prolamin-Like box的结合特性,为小麦HMW-GS表达调控机制的阐明奠定基础。【方法】利用RT-PCR扩增得到WPBF编码区,将其连接到pET-21a-MBP载体中,并分别在E.coliT7 Express和Origami B(DE3)菌株中诱导表达。依次利用Amylose和Ni-NTA亲和层析柱纯化重组蛋白,最后通过凝胶迁移阻滞试验(EMSA)对重组蛋白的DNA结合特性进行分析。【结果】在33℃的Origami B(DE3)菌株中表达含MBP和His双标签的重组WPBF大部分以可溶性形式存在,其表达量占细菌总蛋白的48.0%。重组WPBF和含HMW-GS上游Prolamin-Like box的两类DNA探针能发生特异结合,但重组WPBF和含"TGCAAAG"基序DNA探针的结合强度高于其和含"TGCAAG"基序DNA探针的结合。【结论】建立了优化的WPBF原核表达系统,并获得具有生物活性的重组蛋白;重组WPBF能与HMW-GS启动子来源的两种Prolamin-Like box特异性结合,但结合能力存在差异。

丙丁酚抑制氧化型低密度脂蛋白诱导系膜细胞转化生长因子-β_1表达

目的 观察丙丁酚对ox- LDL诱导系膜细胞AP -1活性和TGF -β1 表达的作用 ,探讨抗氧化剂治疗脂质肾损伤的分子机制。方法 大鼠系膜细胞随机分为正常细胞组、ox- LDL处理组和ox- LDL +丙丁酚处理组。运用凝胶迁移率实验检测AP-1活性变化 ,Western杂交检测c- Jun、JNK/SAPK磷酸化及TGF- β1 蛋白表达水平的改变。运用Northern杂交检测TGF- β1- mRNA表达。结果 丙丁酚 5 0 μmol/L预处理系膜细胞 2 0h ,显著降低ox LDL诱导系膜细胞AP 1活性。丙丁酚浓度为 5 0、1 0 0、2 0 0 μmol/L时 ,均显著抑制ox- LDL诱导JNK ,/SAPK磷酸化 ;且ox LDL +丙丁酚处理组的c Jun蛋白表达分别为ox- LDL处理组的 6 0 %、5 1 %和 4 6 %。Northern杂交显示 :ox LDL为 1 0 μg/mL时并不激活TGF- β1 mRNA表达 (P >0 .0 5 ) ;而当ox-LDL浓度增至 5 0、1 0 0 μg/mL时 ,TGF -β1 mRNA表达分别增加 1 .8和 1 .9倍。Western杂交显示ox -LDL呈剂量依赖方式增加TGF β1 蛋白质表达。加入丙丁酚后显著降低ox LDL诱导系膜细胞的TGF -β1- mRNA和蛋白质表达 (P <0 .0 5 )。结论 丙丁酚可能通过抑制JNK1 /SAPK磷酸化和AP 活性下调ox- LDL诱导系膜细胞TGF- β1 表达。

翼螺旋转录因子FOXO1的DNA结合域的表达、纯化及结合特性

目的:探讨翼螺旋转录因子FOXO1的DNA结合域(FOXO1 DNA binding domain,FOXO1-DBD)的表达、纯化及与DNA的结合特性。方法:采用优化FOXO1-DNA的基因序列和低温诱导的方式实现FOXO1-DBD蛋白的可溶性表达,通过镍亲和层析及阳离子交换层析进行纯化,并经凝胶迁移实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)验证FOXO1-DBD的DNA结合特性。结果:优化后的FOXO1基因在21℃时编码的蛋白大多以可溶性方式表达,通过两步纯化即可获得95%以上纯度的FOXO1-DBD蛋白,纯化的蛋白与含FOX家族DNA结合基序(G/ATAAACA)的DNA序列显示良好的结合特性。结论:建立了FOXO1-DBD蛋白高效表达、纯化的方法,验证了FOXO1蛋白在识别DNA上的复杂性。

康氏木霉中调控纤维素酶形成的两个调控因子的克隆及功能性分析

锌指蛋白ACEI和Xyr1是里氏木霉中调控纤维素酶和木聚糖酶形成的两个调控因子,它们能竞争性结合木聚糖酶基因xyn1的启动子。为进一步研究ACEI和Xyr1调控纤维素酶基因表达的机制,本研究利用PCR技术扩增康氏木霉ACEI和Xyr1 DNA结合区的基因序列,并使其在大肠杆菌中得到表达。凝胶迁移率移动试验表明ACEI和Xyr1的DNA结合区均可与纤维素酶基因cbh1启动子的287 bp序列特异性结合。提示ACEI与Xyr1不仅能竞争性结合xyn1启动子,也能竞争性结合cbh1启动子。

圆锥小麦ramosa2的克隆及其重组蛋白的DNA结合特性分析

【目的】从四倍体圆锥小麦中克隆ramosa2(TtRa2),分析其序列特征、组织表达特异性和体外活性,为阐明ramosa2与麦类作物穗形态建成关系奠定基础。【方法】利用半定量RT-PCR分析ramosa2在不同组织中的表达水平,将其重组到pET-21a-MBP载体并在T7 Express菌株中诱导表达。利用Amylose亲和层析柱纯化重组蛋白,通过凝胶阻滞试验对其DNA特异结合能力进行鉴定。【结果】TtRA2含有LOB和RA2结构域,属于Ⅰ类LBD蛋白家族成员。TtRa2在幼穗中高丰度表达,而在根、茎、叶、种子中未检测到表达。融合的TtRA2主要以可溶性形式存在,其表达量占总蛋白的68.6%。重组TtRA2可与包含核心序列"GCGGCG"的DNA探针特异性结合,两者形成的复合体的解离常数约为10 nmol.L-1。【结论】TtRa2参与圆锥小麦穗形态建成,其编码产物具备RA2-like转录因子的典型特征,具有类似拟南芥LOB的DNA结合特性。

益气补肾药方对老龄小鼠T细胞中NF-κB活性的影响及作用机制

目的 :探讨益气补肾药方延缓衰老的免疫学机制。方法 :以老龄小鼠为衰老模型 ,用凝胶迁移率 (EMSA)法 ,观察益气、补肾和益气补肾药方对抗CD3抗体诱导的老龄小鼠T细胞中NF κB活性的影响。用Westernblot分析该药方对NF κB两个亚基 (p65和p50 )的表达。结果 :老龄小鼠T细胞中NF κB的活性低于幼龄小鼠 ,3种药方均可不同程度地提高老龄小鼠T细胞中NF κB的活性 ;而对p65和p50的表达没有明显影响。结论 :益气补肾药方可通过提高T细胞中NF κB的活性 ,改善因衰老而导致的免疫功能紊乱。

吡咯烷二硫代氨基甲酸盐对大鼠急性坏死性胰腺炎肝损伤的保护作用

目的:探讨核因子KB(NF-κB)抑制剂吡咯烷二硫代氨基甲酸盐(PDTC)对大鼠急性坏死性胰腺炎(ANP)的预防治疗作用。方法:大鼠80只随机分为正常对照组(Z)、胰腺炎组(Y)和干预纽.干预组又分为建模前1h PDTC干预组(A)、建模后1h PDTC干预组(B)和建模后6h干预组(C).干预组按不同时间ip PDTC.建模后6,12,24 h分批处死,临床全自动生化仪检测血清谷丙转氨酶(ALT)和淀粉酶(AMY),用凝胶迁移率改变分析法(EMSA)测定胰腺和肝脏中NF-κB的活性.同时观察胰腺和肝脏的病理改变.结果:正常大鼠组织中几乎测不到NF-κB的活性,与Z组比较,Y组胰腺和肝脏组织中6,12,24 h NF-κB活性分别明显增加(P<0.001).建模前1h,1h后使用PDTC,胰腺和肝脏组织中NF-κB活性均受到抑制(18.14±3.30,23.79±3.62 vs 24.82±4.57:10.68±2.51,13.83±2.70 vs 16.38±2.50;P<0.05),Y组血清ALT,AMY均高于对照组.病理学检查可以见到Y组和A,B,C组的胰腺和肝脏均有炎性改变,但A组较Y组明显为轻.结论:NF-κB的异常活化与SAP以及肝损伤有明显关系:PDTC对SAP时肝损伤的发生有一定的预防作用.

紫外交联实验筛选HCV RNA结合蛋白的应用

目的选择一种用于筛选与丙型肝炎病毒(HCV)RNA核心区结合的细胞蛋白质分子较佳方法。方法用体外转录的方法制备地高辛标记(DIG)-HCV RNA;从HepG2细胞中提取细胞蛋白质分子。分别用紫外交联实验(UV)和凝胶迁移实验(EMSA)筛选HepG2细胞中可与HCV RNA结合的蛋白质分子。结果2种实验方法均可检测到细胞蛋白质分子与HCV RNA结合,但凝胶迁移实验结果所见DIG-RNA信号比较弥散,而紫外交联实验的结果可见比较清晰的RNA-结合蛋白条带。结论紫外交联实验是用于筛选HCV-RNA结合蛋白的首选方案。

马尾松毛虫质多角体病毒NS5蛋白的表达和功能初步分析

马尾松毛虫质型多角体病毒湖南株第9个片段编码非结构蛋白NS5,利用pET-32a(+)载体带有组氨酸标记的重组蛋白进行表达,获得纯化的重组蛋白。利用凝胶电泳阻滞检测试验(EMSA)检测蛋白和核酸的结合作用,结果表明NS5蛋白能与病毒基因组dsRNA结合。

木质素降解条件下黄孢原毛平革菌lip基因转录调控序列的筛选与鉴定

用DNA蛋白质体外结合实验和凝胶迁移率变动分析技术筛选黄孢原毛平革菌(Phanerochaetechrysospori um)木质素过氧化物酶基因lipA、lipC、lipF的5′端调控区内能与该菌在木质素降解条件下形成的蛋白特异结合的顺式作用元件。结果表明,来自lipC、lipF基因的5′端片段LG2P3(396bp)和LG6S12(738bp)能特异结合培养于Kirk低氮培养基中的菌丝体蛋白;而来自于lipF基因的5′端的LG6S2(226bp)DNA片段能特异结合培养于天然冷杉木片中的菌丝体蛋白。对这些片段的DNA序列分析表明,它们均存在各种顺式作用元件,由此推测它们可能是被一些木质素过氧化物酶基因转录调控相关的蛋白质所结合的序列。

雌激素通过雌激素受体α上调载脂蛋白M的表达

目的探讨雌激素调节载脂蛋白M的机制。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和蛋白免疫印迹法(Western blotting)检测不同浓度牛血清清蛋白结合雌激素(E2-BSA)处理HepG2细胞24 h后载脂蛋白M(ApoM)的表达;RT-PCR检测不同雌激素和雌激素受体α(ER-α)拮抗剂MPP共同处理HepG2细胞24 h后ApoMmRNA的表达;PCR扩增ER-α全基因和ApoM转录起始位点上游2 000 bp与下游+2 000 bp之间不同长度片段,连入荧光素酶报告基因质粒pGL3-basic,各重组质粒转染后对表达荧光素活性进行检测;凝胶迁移实验和染色质免疫共沉淀进一步验证ER-α和ApoM启动子区的相互作用。结果 E2-BSA呈剂量依赖性上调HepG2细胞ApoM的表达,这一效应可以被MPP所抑制;通过荧光素酶报告基因实验鉴定出ApoM基因启动子区存在明显促进基因转录的调控区域[-1 580～-1 575 bp(-GGTCA-)]。对该区域序列定点突变后重组荧光素酶报告基因表达的荧光素酶活性下降,而共转染未突变的荧光素酶报告基因质粒则荧光素酶活性上升;凝胶迁移阻滞和染色质免疫共沉淀结果显示,雌激素受体α与该区域特定序列存在相互作用。结论雌激素通过ER-α上调载脂蛋白M的表达。

NF-κB在冠心病中的表现

目的研究冠心病的病人外周血单个核细胞中NF-κB水平的变化。方法用凝胶迁移率试验(EMSA)检测冠心病患者60例和健康对照组14例静脉血单个核细胞中的NF-κB中的含量。结果冠心病组的NF-κB相对于健康对照组,明显升高,有显著性差异(31.07±15.98vs4.41±3.88,P<0.01)。结论冠心病病人除了有炎症反应蛋白的增加,还有早期的炎症前细胞激动因子的转录因子NF-κB的激活。