基于分子互作网络探讨丹蒌片干预PI3K/AKT/NF-κB/TNF通路防治非酒精性脂肪肝病的机制

目的:基于分子互作网络探讨丹蒌片治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、PubChem和PharmMapper数据库检索丹蒌片所有活性成分及潜在作用靶点,通过DisGeNET、Gene cards及TTD数据库检索NAFLD的潜在靶点,Uniprot数据库校正去重后上传至Venny2.1软件绘制韦恩图并取其交集。同时利用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-活性成分-靶点网络图,DAVID数据库进行GO及KEGG分析,将结果进行可视化处理。取18只C57BL/6J小鼠随机分为正常组、模型组、丹蒌片组进行体内验证,取血清检测血脂水平,Western blot检测TNF通路相关蛋白,ELISA检测TNF-α、IL-6的表达水平。结果:共得到丹蒌片的141个有效活性成分,350个潜在靶点,478个NAFLD相关靶点;Venny2.1软件筛选出丹蒌片干预NAFLD的共有靶标蛋白115个,根据P≤0.01的GO注释分析得到335个BP信息,47个MF信息,32个CC信息,93个KEGG信号通路,主要涉及炎症反应、胆固醇代谢过程、胰岛素刺激的细胞反应、TNF信号通路等;体内结果表明,与对照组相比,模型组小鼠血清LDL-C、TG和TC水平明显升高,HDL-C水平降低(P<0.05);炎症通路蛋白PI3K、p-AKT、p-IκBa蛋白表达水平降低,TRAF2、p-IKKs、NF-κB蛋白表达水平升高(P<0.05);炎症因子TNF-α、IL-6水平显著升高(P<0.05);丹蒌片治疗后,模型组小鼠血清LDL-C、TG和TC水平明显降低,HDL-C水平升高(P<0.05);炎症通路蛋白PI3K、p-AKT、p-IκBa蛋白表达水平升高,TRAF2、p-IKKs、NF-κB蛋白表达水平降低(P<0.05);炎症因子TNF-α、IL-6水平显著降低(P<0.05)。结论:丹蒌片通过多靶点协助调控氧化应激、炎症反应、脂质代谢等多条信号通路共同发挥调控作用治疗NAFLD,进一步研究发现炎症反应促进NAFLD的发生发展,为丹蒌片的临床应用及NAFLD的临床研究提供一定的参考价值。

基于分子互作网络的MMPs相关基因在胃癌组织中的表达研究

目的探讨MMPs相关分子互作网络在胃癌组织中的表达情况。方法运用10对胃癌及相应癌旁组织芯片筛选胃癌组织中差异表达基因,结合BioGRID数据库,构建胃癌组织中表达异常的MMPs相关分子互作网络。结果胃癌中多个MMPs家族成员及其互作网络中的18个基因均呈高表达状态,主要参与的生物学过程及通路和癌症细胞的侵袭、转移等过程密切相关。结论高通量组学及相关数据库、分析工具的结合有助于构建癌症中表达异常的分子互作网络,为后续的研究提供较全面的分子学机制基础。

加强胶质细胞瘤中分子网络的整体性研究

胶质母细胞瘤(Glioblastoma,GBM)是由多种遗传和表观遗传学改变而驱动的一类疾病,单个或少数几个分子靶点可能不足以治愈这类肿瘤.特别是当前的很多研究,虽然在实验研究中取得了较好的结果,但是在临床治疗中却难以获得明显的疗效.这充分说明,人体内真实的肿瘤环境,是多因素驱动的一类疾病,而针对单一或少数几个靶点,是难以逆转肿瘤的恶性程度的.在这类多因素之中,最主要的一个方面就是基因表达的多样性.根据目前的研究报导,GBM中存在大量异常表达的基因,在这些异常基因中,是否存在单个或少数的基因可作为治疗的靶点?对于这一问题目前仍是未解之谜.然而,一个普遍接受的事实是,众多的分子存在相互作用,这种作用形成了一个复杂的分子互作网络(molecular interacting network,MINW)系统.这个MINW的整体性质,将最终影响肿瘤的进展和转归.本文就这一现象,进行归纳性小结,以飨读者.