广西崇左市扶绥县HIV-1分子传播网络特征分析

目的:分析广西崇左市扶绥县艾滋病病毒(HIV)感染者的分子传播网络特征,并确定造成分子网络聚簇传播和高风险传播的危险因素。方法:采集崇左市扶绥县2005—2021年确诊的HIV/艾滋病(AIDS)患者血样。通过扩增HIV-1 pol区序列比对分析,构建分子传播网络。运用二元logistic回归分析入网和高危传播的影响因素。结果:本研究共获得扶绥县349条HIV-1 pol区序列,6种亚型,分别为CRF01_AE亚型(49.86%)、CRF07_BC亚型(32.38%)、CRF08_BC亚型(14.33%)、CRF55_01B亚型(1.14%)、C亚型(0.29%)、独特重组型(URF)(2.00%)。192条(55.01%)序列进入分子传播网络,形成31个簇、192个节点和736条边。年龄>50岁(a OR=1.861,95%CI:1.009~3.433)、感染CRF07_BC亚型毒株(a OR=4.386,95%CI:2.533~7.594)、文化程度为小学及以下(a OR=1.709,95%CI:1.070~2.729)、有非婚商业异性性接触史(a OR=1.682,95%CI:1.027~2.753),配偶或固定性伴阳性(a OR=2.428,95%CI:1.181~4.995)的患者更容易进入传播网络聚簇传播。年龄>50岁(a OR=1.861,95%CI:1.009~3.433),感染CRF07_BC亚型(a OR=4.386,95%CI:2.533~7.594),文化程度为小学及以下(a OR=1.699,95%CI:1.004~2.874)的患者更容易成为传播网络中的高连接者。结论:广西崇左市扶绥县AIDS传播的关键人群是年龄>50岁且文化程度为小学及以下的中老年人群,应针对重点人群的在分子网络中的传播聚簇特点进行溯源调查,并实施精准干预,减少二代传播。

2012—2020年宁夏HIV-1感染者分子传播网络特征分析

目的分析宁夏HIV-1感染者分子网络特征及传播网络的影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法收集442份2012—2020年新报告的HIV-1感染者血清样本,通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列,根据pol基因序列进行病毒亚型分析,基于最适基因距离构建分子网络,分析分子传播网络特征及其影响因素。结果共获得398条HIV-1pol区基因序列,发现6种HIV-1基因型,以CRF07_BC和CRF01_AE亚型为主,分别占60.05%和25.88%。CRF07_BC、CRF01_AE和CRF55_01B逐年发现数量呈上升趋势(P<0.05)。有247条序列进入分子网络,入网率为62.06%(247/398),共形成50个传播簇,簇内节点数为2~152个,其中有一个大簇,节点数为152个(61.54%,152/247)。入网率最高是CRF07_BC亚型(73.22%),其次是CRF55_01B(72.73%),测序时是否耐药和CD4^(+)T淋巴细胞计数是入网率影响因素(P<0.05)。结论宁夏HIV-1基因亚型多样,以CRF07-BC为主要优势毒株,并随着时间有增长趋势。分子网络呈聚集性分布,CD4^(+)T淋巴细胞计数<200/mm^(3)和测序时耐药的感染者更易进入网络,成为高风险传播者,应持续开展针对有效的干预措施,以降低HIV的新发感染。

革兰阴性菌产CTX-M-3型超广谱β内酰胺酶分子传播机制的研究

目的 :了解革兰阴性菌产CTX M 3型超广谱β内酰胺酶 (ESBLs)的分子传播机制 ,为临床防治提供依据。 方法 :收集革兰阴性菌医院感染无重复株共 378株 ,进行药敏试验和ESBLs产酶株的检测 ;肠杆菌科基因组内重复一致序列 聚合酶链反应 (ERIC PCR)进行克隆株的DNA分型 ;质粒转移实验、质粒谱及耐药质粒酶切指纹分析、等电聚焦电泳、PCR扩增TEM、CTX M基因及其克隆测序进行ESBLs基因分型和质粒定位。结果 :ESBLs的检出率为 16 .9% (6 4 / 378) ,其中CTX M 3型产酶株占 2 0 .3% (13/ 6 4 ) ;CTX M 3基因定位在 6 6kb和 75kb 2种接合性质粒上 ,6 6kb的质粒同时携带TEM 1基因 ;从不同来源的CTX M 3产酶株中可以分离到同种耐药质粒 ,染色体DNA同源性分析显示其为不同的克隆株。结论 :CTX M 3型ESBLs产酶株的传播机制以质粒介导为主 ,并可能存在局部携带CTX M

河北省治疗前人群HIV-1耐药毒株分子传播网络研究

目的了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率为6.16%(17/276),其中,NNRTI类耐药率为4.35%(12/276),PI类耐药率为1.09%(3/276),NRTI类耐药率为0.36%(1/276),NNRTI类和PI类双重耐药率为0.36%(1/276);多因素Logistic回归分析显示年龄和亚型是HIV-1产生耐药的影响因素,虽然HIV-1耐药突变在CRF07_BC(2.44%)亚型中的分布明显低于CRF01_AE(8.03%)和B(3.70%)亚型,然而CRF07_BC序列构建的分子传播网络最多,传播速度最快。结论河北省治疗前HIV-1耐药突变处于较高水平,应制定措施实时监测未治疗人群中HIV-1耐药毒株流行情况。

2014～2015年广西钦州市新报告HIV/AIDS病例HIV1型分子传播网络特征

目的分析2014～2015年广西钦州市新报告HIV/AIDS病例HIV1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法 2014～2015年在广西钦州市招募新报告且未治疗的355例HIV/AIDS患者为研究对象,进行流行病学调查。提取所有研究对象外周血中HIV-1 RNA进行扩增和测序,分析HIV-1流行重组亚型。基于最适基因距离构建分子传播网络,并分析入网率及其影响因素。结果共获得264条pol区序列,主要亚型为CRF08_BC(52.27%),其次为CRF01_AE(39.77%),再次为CRF07_BC(6.06%)。CRF01_AE亚型的主要传播途径为异性性传播(84.76%),CRF07_BC和CRF08_BC亚型的主要传播途径为异性性传播和注射吸毒传播。在1.65%最适基因距离阈值下,构建HIV-1分子传播网络,总共有154条序列入网,总入网率为58.33%; CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC彼此独立成簇。性别、年龄、民族、职业、传播途径、CD4^+细胞计数和亚型均非HIV-1进入分子传播网络的影响因素(均P>0.05)。分子传播网络中不同HIV-1基因亚型的关联程度的分布差异有统计学意义(P<0.05),其中CRF08_BC的关联程度均高于其他亚型。结论广西钦州市新报告未治疗HIV/AIDS人群的HIV-1流行亚型以CRF08_BC为主。应构建分子传播网络对该地区CRF08_BC亚型进行长期监测,以采取针对性的措施阻断其传播。

绍兴市MSM人群HIV-1分子传播网络特征分析

目的 分析浙江省绍兴市男男性行为人群(MSM)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为MSM人群艾滋病防治提供依据。方法 选择2021年1月—2023年9月绍兴市新报告MSM人群艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)为研究对象,收集抗病毒治疗前血浆样本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因,构建系统进化树分析基因亚型;采用HIV-TRACE法构建1.5%基因距离的分子传播网络,分析成簇情况和分子簇内病例特征。结果纳入2021年1月—2023年9月绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例216例,获得合格序列179例。HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别为95和66例。在1.5%基因距离下共形成20个分子簇,61个节点和58条边。61条序列入网,入网率为34.08%。绍兴市各县(市、区)均有MSM人群HIV/AIDS病例入网。节点数≥10个的大分子簇1个,涉及5个县(市、区) 12例病例;节点数4~5个的中分子簇3个;节点数2~3个的小分子簇16个。边数≥4条的高传播风险病例有7例,均为CRF07_BC亚型;其中2例来自大分子簇,5例来自嵊州市、新昌县病例组成的同一分子簇。结论 绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例HIV-1基因亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,存在跨地区HIV传播,嵊州市和新昌县可能存在潜在传播风险点。

江西省部分地区HIV/AIDS病例HIV-1分子传播网络分析

目的了解江西省部分地区艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为指导艾滋病防控和干预提供依据。方法选择江西省上饶市、宜春市和赣州市2018年1—6月新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,收集人口学信息和HIV感染途径等资料。采集全血样本提取HIV RNA,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序,构建系统进化树分析基因亚型,采用基因距离法构建分子传播网络,分析成簇情况和病例特征。结果成功扩增获得序列305条,男性231例,占75.74%;≥50岁184例,占60.33%;异性性接触感染288例,占94.43%。HIV-1基因亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别占51.48%和29.18%;赣州市基因亚型种类最多,有8种。在1.0%的基因距离阈值下,共形成27个分子簇,107个节点和150条边,分子成簇率为35.08%。最大分子簇1个,涉及上饶市7个县(区)30例HIV/AIDS病例,均为CRF07_BC亚型,年龄为(63.03±9.46)岁,感染途径均为异性性接触;度值≥4的高传播风险病例17例,其中10例来自玉山县。结论江西省部分地区HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,赣州市HIV-1基因亚型呈现多样化,玉山县可能存在潜在传播风险点。

舟山市HIV/AIDS病例HIV-1分子传播网络分析

目的了解浙江省舟山市艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法选择2020—2022年舟山市新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,首次随访时收集基本信息并采集全血标本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区序列,构建Neighbor-Joining系统进化树鉴定HIV-1亚型,采用Cytoscape 3.6.1软件构建HIV-1分子传播网络进行分析。结果2020—2022年舟山市新报告HIV/AIDS病例222例,收集全血样本200例,检测获得合格序列152例,其中男性122例,占80.26%;年龄≥50岁75例,占49.34%;初中及以下文化程度109例,占71.71%;经商业异性性行为传播63例,占41.45%。检出HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别占45.39%和21.05%。基因距离阈值设为1%时,有69例HIV/AIDS病例形成20个分子簇,成簇率为45.39%;以2020年报告的HIV/AIDS病例构成的分子网络为对照,2022年新增病例数≥5例的活跃分子簇有2个,各9例病例,以年龄≥50岁、初中及以下文化程度和经商业异性性性行为传播为主要特征。结论舟山市HIV/AIDS病例HIV-1优势型为CRF07_BC和CRF01_AE,中老年人商业异性性行为传播是主要传播模式。

HIV社交网络与分子传播网络融合研究的进展

构建社交网络已成为HIV感染诊断和提供预防服务中的重要依据。同时,随着基因组测序技术的快速进展以及HIV耐药数据大量积累,基于病毒序列分析的HIV分子传播网络在监测HIV传播增长簇、识别HIV感染的高风险个体以及确定HIV传播风险因素上的优势也引起了专家学者们的关注。当分子传播网络与传统的社交网络进行融合应用时,可以为基于分子簇的靶向干预提供关键信息,可将有限的干预资源引至“HIV传播热点”指导靶向干预。本文综述了HIV社交网络和分子传播网络两种方法各自的优势和局限性、目前二者融合的主要方式及效果,为更高效地利用公共卫生资源开展艾滋病精准防控、遏制HIV传播提供新的思路。

布拖县艾滋病高流行地区HIV-HCV共感染患者HCV分子传播簇分析

目的了解凉山州布拖县特木里镇、木尔乡和九都乡(后称“两乡一镇”)HIV-HCV共感染人群中的HCV毒株亚型分布,分析当地HCV流行特征、传播规律及其影响因素,为针对性的制定HCV防治措施提供科学依据。方法收集2017—2020年布拖县“两乡一镇”HIV-HCV共感染人群血浆,按照基因型检测操作规程,获得HCV基因NS5B区序列。用比对的基因序列构建系统发育树,应用基因距离法构建分子传播网络。采用χ^(2)检验分析HCV分布情况,使用多元回归模型分析分析传播网络中边数≥2的影响因素。结果HIV-HCV抗体阳性样本HCV NS5B区测序检测617份,成功获得序列324份(52.51%)。其中6u、3a、3b和其他亚型,分别为117例(36.11%)、87例(26.85%)、55例(16.98%)、和65例(20.06%)。在基因距离为0.015时,成簇数最多(20个),构建HCV分子网络,共计132条(40.74%)序列进入网络。多因素Logistic回归分析显示:研究分子网络传播簇中边数≥2的影响因素,其他职业是农民的的0.34倍(95%CI:0.13~0.90),HIV治疗前CD4+T淋巴细胞在200~350个/μl是≤200个/μl的2.4倍(95%CI:1.08~5.34),感染3b亚型和其他亚型分别是6u亚型的0.221倍(95%CI:0.09~0.56)和0.428倍(95%CI:0.20~0.91)。结论凉山彝族地区HCV基因类型复杂多样,应加强6u亚型、农民的长期与动态监测,采取有效干预,精准防控。

蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者耐药及分子传播网络研究

目的分析安徽省蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者基因亚型、治疗前耐药特征和HIV分子传播网络情况,为当地制定干预措施提供依据。方法收集蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者样本90份,扩增pol基因并测序,借助Blast HIV sequence database对每条序列进行同源性分析,采用MEGA 7.0构建NJ系统进化树判定所有HIV感染者基因亚型。将所得序列上传至美国斯坦福大学HIV耐药数据库,分析基因型耐药情况。利用Cytoscape实现传播网络的可视化,分析新报告HIV感染者耐药传播特点和网络关联情况。结果蚌埠市85例新报告HIV感染者基因亚型主要为CRF01_AE(58.82%)和CRF07_BC(23.53%),耐药率为10.59%(9/85),主要为非核苷类药物耐药(5/85,5.88%)。在0.5%基因距离阈值下的分子传播网络中,CRF01_AE入网率为44%,存在1个较大的耐药传播簇,耐药位点为L33F;CRF07_BC入网率为10%。分子传播网络中的HIV感染者主要为五河县50岁及以上男性,文化程度较低。结论蚌埠市新报告HIV感染者耐药率较高,形成了耐药传播簇,传播风险较高,应采取有效措施进行干预,减少HIV的传播。

利用分子传播网络分析昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株流行特点

目的 通过构建昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株的分子传播网络,分析其流行特征并观察动态流行趋势,从而为当地制定疫情防控干预措施提供科学依据。方法 选择2015―2021年云南省传染病医院接受治疗的253例昆明市HIV-1 CRF01_AE新发感染患者作为研究对象。运用反转录巢式聚合酶链式反应成功扩增其基因序列,序列比对后导入HyPhy 2.2.4软件进行成对基因距离的计算。运用GraphPad-Prism 8.0软件确定最佳基因距离阈值,使用Cytoscope 3.7.2软件实现网络可视化。运用Network-Analyzer和MCODE(Molecular Complex Detection)工具进行网络特征分析。结果 在0.018最佳基因距离阈值下,253个研究对象中有118个(46.64%)进入网络分析,共形成了38个分子簇,其组成大小从2到17个节点不等。网络集群主要以异性传播(51.78%)和同性传播(37.94%)为主,年龄段主要分布于20~40岁(77.47%)。网络所有节点的总链接数为226,单个节点最高链接数为10。MCODE确定了3种重要的分子簇,3个分子簇分别定义为B、C、D型,B型由17个节点和19链接数组成,为同性传播集群呈低增长状态。C和D型均由5个节点和10链接数组成,为异性传播集群且呈静止状态。结论 昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株分子传播网络中的分子簇具有一定特殊性和聚集性。同性传播和异性传播人群已经成为昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株感染的两大风险群体,同时两个群体还有发生交叉传播的现象。传播网络中有一个同性传播组成的集群规模较大,其传播风险和活跃度较高,需加强对其监测,并制定针对性的干预措施对集群中的“核心人群”进行防控。

德宏傣族景颇族自治州2018―2019年新报告人类免疫缺陷病毒感染者HIV B和CRF01_AE以及C亚型分子传播网络特征分析

目的分析德宏傣族景颇族自治州(德宏州)2018―2019年新报告HIV感染者中B、CRF01_AE、C亚型的分子传播网络特征,为实现艾滋病精准防控和干预提供科学依据。方法通过全国艾滋病综合防治数据信息系统,收集2018―2019年德宏州新报告人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者的相关信息,分析新报告HIV感染者的人口学特征。选择HIV感染者外周血样本中血浆量≥200μl的样本进行HIV pol基因扩增、测序、拼接、比对和分型,运用Mega 7.0、Gephi 0.10.1软件用于构建分子传播网络。结果2018―2019年德宏州新报告HIV感染者中,中国籍HIV感染者300例(占33.3%),缅甸籍HIV感染者600例(占66.7%),他们在年龄、婚姻、民族、文化程度、感染途径、基因亚型、报告地、接触史上的分布差异均有统计学意义。单因素logistic回归分析结果显示缅甸籍HIV感染者通过注射毒品方式感染HIV的是中国籍HIV感染者的6.855(OR:6.855,95%CI:4.075~11.531)倍。此外,HIV B、CRF01_AE、C亚型的分子网络分析结果显示,在B亚型的分子传播网络中出现了一个独立于主要传播簇(大簇)的HIV活跃传播簇,且此簇有不断扩大的趋势。该簇中8例HIV感染者均为35岁以下缅甸籍男性,集中在陇川、盈江两县,并且其性别、年龄、文化程度等具有同质性。结论德宏州境内HIV-1感染者中B亚型缅甸籍感染者形成了独立的活跃传播簇,有明显地域和人群聚集特征,并呈不断扩大趋势。应密切关注德宏州陇川、盈江两县HIV活跃传播网络中的感染者,做到精准防控,降低艾滋病的传播流行。

2023年河南省新报告HIV-1感染者分子传播网络特征

目的了解河南省新报告HIV-1感染者的分子传播网络特征,为疫情流行趋势和防治提供依据。方法收集河南省2023年第二季度抽样的8个地市新确证且未经抗病毒治疗HIV-1感染者血样,提取病毒RNA,通过反转录及巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并进行测序,构建分子传播网络。结果成功得到209份pol基因序列,共发现10种亚型或流行重组型(CRF),主要亚型为CRF 07_BC(45.45%)、CRF 01_AE(23.44%)和B亚型(20.57%)。有41个pol基因序列进入分子网络,入网率为19.62%,形成16个分子传播簇,其中CRF 07_BC构成的分子传播簇最多。单因素logistic回归分析显示,年龄>70岁[与18~<25岁人群相比,OR值(95%CI)为5.45(1.16~25.66)],从事家务劳动或无业[与农民相比,OR值(95%CI)为2.84(1.31~6.13)],与其他地区人群相比,安阳地区居民更有可能进入HIV-1分子传播网络。结论河南省HIV-1流行毒株遗传多样性显著,主要为CRF 07_BC、CRF 01_AE和B亚型。构建长期监测分子传播网络,对于采取针对性干预措施遏制病毒传播至关重要。

甘肃省部分地区2020-2021年新报告HIV/AIDS患者治前耐药及分子传播网络特征分析

目的分析甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者分子传播网络特征,为精准干预相关人群中HIV-1传播提供实验室依据。方法反转录和巢式PCR扩增样本pol区基因并测序,采用MEGA 7.0软件构建系统进化树分析亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线软件工具分析耐药突变位点,Hyphy和Cytoscape 3.9.1软件生成分子网络,Logistic回归模型对入网率的影响因素进行分析。结果收集甘肃省部分地区2020-2021年新报告病例血浆样本331份,成功获得pol区基因序列303条,共发现11种亚型和流行重组型,主要为CRF07_BC(58.1%)、CRF01_AE(21.1%)、B(6.9%)和CRF55_01B(5.3%)。治疗前耐药率为4.0%,NNRTI类耐药率最高为3.3%,主要耐药位点是K103 N/S(1.7%)。分子网络最适基因距离为1.2%,在此基因距离时共形成33个分子簇,91条序列入网,入网率为30.0%。对进入网络的影响因素进行分析,多因素Logistic回归结果显示,CRF07_BC(与CRF01_AE相比)、河西地区(与陇东南地区相比)更容易进入网络。结论甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者治疗前耐药率仍处低水平。HIV-1分子传播簇内的毒株呈现地区聚集性,应加强性伴追踪和针对性干预,有效遏制艾滋病的传播。

绍兴市新确证HIV-1感染者分子传播网络及耐药基因分析

目的 通过HIV毒株基因序列构建监测绍兴市新确证感染者传播关系的分子网络,分析网络特征为疫情流行趋势和防治提供依据。方法 分析2021年10月至2022年9月绍兴市新确认未经ART的249例感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的pol基因,构建系统进化树分析亚型和不同基因距离的分子网络,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库HIVdb Program在线软件工具分析耐药突变位点。结果 获得186例样本序列,发现6种亚型,分别为CRF07_BC(96例,51.6%)、CRF01_AE(58例,31.2%)、CRF08_BC(22例,11.8%)、CRF85_BC(2例,1.1%)、CRF55_01B(5例,2.7%),以及独特重组型(CRF01_AE/CRF07_BC,3例,1.6%)。在0.75%为基因阈值,共形成20个分子簇,55条序列入网,入网率为29.6%(55/186),最大的分子簇C1包含13例病例,12例均为50岁以上人群,10例(76.9%)携带NNRTI耐药突变K103 N。C2分子簇为4例学生,均通过男男性行为途径感染。25例存在导致耐药的突变,治疗前耐药率为13.4%(25/186),其中NRTI耐药突变4例,分别为T69D、T215S/TA和L74I,NNRTI耐药突变21例分别为K103 N、E138A/EV/G、P225PH和Y188F,PI耐药突变4例,分别为L90LM、M46I、K20KT和N88 ND。结论 CRF07_BC亚型通过高危人群持续传播;50岁以上有推断的传播关系的老年人簇与MSM感染簇是绍兴市需要干预的重点目标,需要更有效的干预以防止病毒传播。

陕西省铜川市HIV-1亚型和分子传播网络分析

目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检测的全血样品,提取HIV前病毒DNA,扩增pol区基因片段,构建系统进化树判断HIV-1分子亚型,TN93模型计算序列两两之间基因距离构建分子传播网络,贝叶斯系统进化分析铜川市CRF55_01B毒株进化特征。结果193例HIV/AIDS感染者中,成功扩增获得100例HIV-1 pol区基因片段,HIV-1亚型有CRF01_AE(36.00%)、CRF07_BC(29.00%)、CRF55_01B(16.00%)、B亚型(9.00%)、CRF08_BC(7.00%)、CRF68_01B(1.0%)和独特重组型01_AE/07_BC(2.00%)。以1.5%为基因距离阈值构建分子传播网络,共形成7个分子传播簇,成簇病例构成比为34.00%。多因素Logistic回归分析显示,初中及以下文化程度和毒株亚型为CRF55_01B是分子传播簇形成的促进因素。贝叶斯系统进化分析显示,铜川市CRF55_01B型毒株高度同源(后验概率0.99),最近共同祖先时间约为2009年3月。结论陕西省铜川市HIV-1亚型分布复杂多样,文化程度和HIV-1亚型类别与当地分子传播簇形成相关。分子传播网络有助于了解局部地区HIV/AIDS感染者传播特征,指导干预措施的制定。

淮安市新报告HIV-1感染者的分子传播网络特征研究

目的 了解淮安市新报告人感染HIV-1毒株的流行特征、亚型及分子传播网络特征。方法 采集淮安籍HIV-1确证阳性感染者血液标本,利用巢式(RT-)PCR方法扩增pol基因片段,测序并构建分子传播网络。结果 淮安市新报告人感染的HIV-1基因亚型有9种,分别为CRF01_AE (38.5%,47/122)、CRF07_BC (38.5%,47/122)、CRF67_01B (8.2%,10/122)、CRF68_01B (4.9%,6/122)、B (3.3%,4/122)、CRF08_BC (3.3%,4/122)、CRF55_01B (1.6%,2/122)、CRF85_BC (0.8%,1/122)和CRF52_01B (0.8%,1/122)。60条pol基因序列形成10个分子传播簇,入网率为49.2%,其中最大的分子传播网络由CRF07_BC基因型构成。logistic回归分析显示已婚有配偶(与丧偶相比,OR=0.242,95%CI:0.006-0.972)、同性传播(与异性传播相比,OR=2.113,95%CI:1.020-4.377)、基因型CRF07_BC (与其他重组型相比,OR=5.972,95%CI:1.655-21.554)更容易进入HIV-1分子传播网络并传播流行。结论 淮安市新报告人感染HIV-1的基因型具有多样性,分子传播网络中存在耐药株传播风险,因此应加强HIV-1的分子流行病学调查,全面开展基线耐药监测,防止耐药毒株在人群中的进一步传播和扩散。

湖南省衡山县HIV-1感染者分子传播网络特征分析

目的构建湖南省衡山县人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)HIV-1分子传播网络,探索HIV-1分子传播网络特征,为实施精准干预提供科学依据。方法收集2019—2021年衡山县新报告的HIV-1感染者首次CD4+T淋巴细胞检测后剩余血清样本,对前病毒DNA的pol基因区段测序,以1.0%为基因阈值构建分子传播网络,进行分子簇特征分析。结果本研究共纳入研究对象144例,获得有效序列132例,入网78例(59.09%),不同性别(χ^(2)=7.021,P=0.008)、年龄(χ^(2)=8.550,P=0.014)、传播途径(χ^(2)=9.580,P=0.022)的入网情况差异有统计学意义。入网的女性中,经非婚非商业异性传播13例(54.17%),经阳性固定性伴/配偶传播9例(37.50%)。共形成13个分子传播簇,最大簇28例,主要为40岁以上、已婚男性,2019—2021年新报告感染者逐年减少,依次为14例、10例、4例;第二大簇14例,主要为≥60岁、离异/丧偶男性,2021年诊断9例;簇4和簇11中各出现男男同性性行为人群1例;簇8为CRF55_01B,均为2021年新报告的病例。结论衡山县HIV-1分子传播网络主要由经商业性传播的中老年男性构成,特别是离异/丧偶的60岁以上老年人群,形成了1个较活跃的传播簇,建议针对性加强当地艾滋病健康宣教,提高老年人群自我保护意识。

重庆市渝北区新报告HIV-1基因型及分子传播网络特征分析

目的分析重庆市渝北区新报告病例的Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)基因型及分子传播网络特征,为该地区有效干预HIV传播提供科学参考依据。方法采用横断面调查的方法,选取2020—2021年新报告的HIV/AIDS作为研究对象,收集流行病学信息,并采集血液样本用于基因分析,通过计算pol区基因距离构建分子网络。使用χ^(2)检验比较计数资料的组间差异。结果获得370条pol区基因序列,共检测出8种HIV-1基因型,CRF07_BC是最主要的传播亚型,占61.6%(228/370),其次为CRF08_BC和CRF01_AE,各占14.1%(52/370),其他基因型包括CRF85_BC、CRF55_01B、C亚型、B亚型和独特重组型。共有183条序列进入网络,入网率为49.5%,形成42个簇,簇内的节点数介于2~19个之间。入网者中首次CD4^(+)T淋巴细胞计数<200个/µL和基因型为CRF01_AE的高传播网络分值比例更高,共有4个传播簇被判定为重点传播簇。结论渝北区新报告HIV/AIDS的HIV-1基因型呈多样性和复杂性特征,且存在传播风险较高的CRF07_BC和CRF01_AE重点传播簇,应根据成簇情况对传播簇中的个体实施精准干预。