猪BMPR1B基因的生物信息学分析

为了分析猪骨形态发生蛋白1B型受体BMPR1B蛋白的理化性质、高级结构、结构域、亚细胞定位、N-糖基化、同源进化关系、选择压力以及分子内共进化等,利用生物信息学软件及平台,对BMPR1B基因的结构与功能进行鉴定,为进一步探讨BMPR1B基因在母猪繁殖性状中发挥的作用奠定遗传信息基础。结果表明,猪BMPR1B基因编码502个氨基酸;相对分子量为56960.47,理论等电点为7.78,带正电,呈碱性,不稳定,是一种跨膜的亲水蛋白;二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,三级结构由1条主链和1条侧链构成,模型稳定,构象合理;具有3个保守的功能结构域,为激活素受体结构域、GS结构域和丝氨酸/苏氨酸激酶结构域;定位于细胞膜上,无信号肽序列,为非GPI锚定蛋白;另含有13个潜在的N-糖基化位点。系统进化分析表明:物种间,猪BMPR1B基因与马的同源性最高;物种内,猪BMPR1B基因类型上可以分为3个组,值得注意的是梅山猪作为独立的一支被分为一组,与猪的高繁殖力性状有一定联系。选择压力分析显示:猪BMPR1B基因经历了强烈的净化选择,十分保守,但在M7vs.M8模型中发现了44个强烈的正选择位点。分子共进化显示,在猪BMPR1B基因中检测到4组协同进化,涉及10个氨基酸。