分子力学计算的参数化过程(英文)

介绍了如何通过设计模型分子构造参数的方法和过程：首先设计模型分子；在平衡位置附近选择几个点，对模型分子进行分子力学和量子化学的计算；计算出量子化学能量Eqm和分子力学能量Emm的差值；然后对结构参数（健长，键角，二面角）和能量差值进行拟合，得拟合曲线的方程，从方程的系数可求出参数．文章给出了一些实例．

TTA的席夫反应和分子力学、量化计算

报导了噻吩甲酰三氟丙酮(TTA)与4-氨基安替比林(4-ATP)缩合反应生成的两个席夫碱化合物A和C,利用分子力学和分子动力学方法研究了该缩合反应可能生成的三个席夫碱化合物A、B和C的各种构象.从TTA的量化计算结果可以看出缩合反应生成的两个席夫碱化合物A和C是正确的.

分子力学计算中的分形现象

在分子力学计算中,归属各稳定或亚稳构象的点在构象空间混杂分布,可形成分形结构.计算表明,(1)此分形结构有两个层次:在无镜面对称性吸引子周围,归属该吸引子及其镜面对映体的点相混杂形成第1层次分形结构,在各吸引区边界上,归属各吸引子的点混杂,形成第2层次分形结构.(2)分子力学参数对吸引区结构及大小有很大影响.上述结果可能为解决分子势能面上多能量极小点问题提供帮助.

4-酰代吡啶-5-吡唑啉酮类化合物的合成和分子力学、分子动力学计算

从1-苯基-3-甲基-5-吡唑啉酮(PMP)和烟酰氯(异烟酰氯)出发,合成了4-酰代吡啶(-3)吡唑啉-5酮(化合物A)和4-酰代吡啶(-4)吡唑啉-5-酮(化合物B).利用Sybyl6.3软件包分子力学计算程序中的限制性系统搜索、随机搜索和分子动力学计算软件中的模拟退火程序分别对化合物A和B的酮式和烯醇式构象分子(C和D)进行了计算,得到了它们的低能构象集,发现它们具有适宜的配位环境.

杯芳烃构象的分子力学研究

杯芳烃是对位取代的苯酚与甲醛反应得到的环状缩合物，由于其独特的结构和易于衍生化的特点而受到广泛的关注［１］．杯芳烃中苯酚单元由亚甲基相连，由于酚羟基端可经杯中央翻转而产生多种构象异构体．杯［４］芳烃有４种典型构象：杯式、部分杯式、１，２－交替式和１，...

分子结构计算中结果的转换

介绍了如何用Ｃ语言程序设计解决无法作程序修改的标准大程序即分子力学程序的输出数据与量子化学程序的输入数据间的转换问题．结合分子结构的实例详细讨论了整个程序设计过程、设计原理以及程序的应用示例．

对羟基苯甲酸分子印迹聚合物合成功能单体选择与分子识别性能

以对羟基苯甲酸(p-HB)为模板分子,从4-乙烯基吡啶(4-VP)、丙烯酰胺(AM)和甲基丙烯酸(MAA)3种具有代表性的单体中,选择最适宜制备p-HB分子印迹聚合物的功能单体。首先采用分子力学方法计算了p-HB与功能单体4-VP、AM和MAA的结合能,其强度顺序为:4-VP>AM>MAA。采用紫外光谱法分析了p-HB与各功能单体之间的相互作用情况,发现其相互作用强弱顺序同样为:4-VP>AM>MAA。然后测定了由各功能单体合成的p-HB分子印迹聚合物的静态饱和吸附量。结果显示,以4-VP为功能单体合成的分子印迹聚合物的饱和吸附量最大,AM次之,MAA最小。这一结果与分子力学计算及紫外光谱分析相吻合,表明4-VP为3种单体中最适宜制备p-HB分子印迹聚合物的功能单体,同时表明分子力学计算及紫外光谱分析可用于分子印迹聚合物合成功能单体的选择。最后,考察了以4-VP为功能单体合成的p-HB分子印迹聚合物的分子识别选择性,发现其对模板分子p-HB的静态吸附分配系数明显高于其他结构类似物,p-HB与同分异构体邻羟基苯甲酸(SA,o-HB)之间的吸附分离因子达到1.4。

力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证

以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.

2-(1,11-十一亚甲基)-5-取代亚胺基-Δ~3-1,3,4-噻二唑啉的构象

用NMR分子力学计算和单晶X射线衍射方法对 2 (1,11 十一亚甲基 ) 5 取代亚胺基 Δ3 1,3,4 噻二唑啉 (1)的构象进行了分析 ,结果表明 ,标题化合物 1的十二员环采取D4 对称的 [3333]构象 ,噻二唑啉环与十二员环近似平面几乎垂直构成螺环 ,位于 [3333]构象的一个角碳 ,亚胺基上的取代基对母体十二员环骨架的构象及13

二恶英物质的结构性质分析

利用商业化的分子模拟软件,在分子力学计算的基础上,对二恶英分子的最稳定构型、最高占据轨道、电荷密度分布图和溶剂可及表面等进行了研究,并给出了二恶英的VRML分子模型,计算出分子的物理化学性质.对二恶英分子物质结构性质的分析将有助于从理论上寻找控制与治理二恶英污染的技术手段和方法.

酰基吡唑啉酮配体的设计

利用分子力学方法研究了1-苯基-3-甲基-4-(烟酰)-吡唑啉-5-酮(A)和1-苯基-3-甲基-4-(异烟酰)-吡唑啉-5-酮(B)及反应可能生成的烯醇式异构体(C)、(D)。系统搜索结果可以看出酮式能量最低,和实验结果相吻合,表明设计结果正确,为进一步设计开发新型配体提供了可靠的方法。