应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系（Ⅴ）──磺酰脲类分子中的化学键及电子结构

用半经验分子轨道方法ＭＮＤＯ及ＣＮＤＯ／２对农药分子结构进行计算，确认磺酰脲超高效除草剂分子中存在３个原子平面，分别形成离域π键，硫原子的空ｄ轨道参与了共轭体系的形成，静电势计算结果表明在分子两侧存在着２个明显的负电势区域，该结构与分子活性密切相关。

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系(ⅩⅡ)——化学模式识别对磺酰脲类除草剂杂环结构与活性关系的分类研究

应用化学模式识别方法研究磺酰脲类除草剂杂环结构与活性关系的分类问题 .当以杂环上负电原子的净电荷组成模式空间时 ,可成功地将所研究磺酰脲类化合物按杂环分别为嘧啶环或三嗪环进行分类 ,主成分分析结果 ( Principal Component Analysis,PCA)令人满意 ,并初步探讨了杂环结构对活性产生影响的原因 .

环氧合酶结合抑制剂的分子图形学研究

环氧合酶具有两种结构亚型，即环氧合酶１ 和环氧合酶２ ，环氧合酶２ 选择性抑制剂的毒副作用低，是较好的非甾体抗炎药物．本文通过选择性抑制剂ＳＣ５５８ 和非选择性抑制剂吲哚美辛分别与环氧合酶１ 和２ 进行对接，利用分子图形学，从定量和定性的角度阐明了抑制剂选择结合环氧合酶１ 和２ 的原因．

棉酚及其相关化合物的分子力学和分子图形学研究

本文运用分子力学和分子图形学这些研究有机和药物分子空间构象的有效方法,研究并阐明了具有抗男性生育活性的棉酚及其有关化合物的立体化学现象。

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(Ⅶ)──磺酰脲分子构象差异对活性影响的ANN研究

应用人工神经网络方法（ANN）研究磺酰脲类除草剂构象差异对其活性的影响．主要考虑对碘酰脲类除草剂与受体相互作用有所影响的两类因素，即电荷因素和几何因素．当两者都考虑时得均方误差msc＝0．078，而仅考虑前者时得msc＝0．118，这表明构象差异确实对此类除草剂活性有较显著影响，必须加以考虑．本文首次用RMS来定量表征构象差异．

药物研究中的分子图形学

药物研究中的分子图形学吴楠１）吕扬（中国医学科学院中国协和医科大学药物研究所，北京１０００５０）计算机科学的发展为人类在分子、原子水平上开展科研工作提供着越来越有力的工具，其快速、直观、准确的特点使人们得以实时地实践自己的设计思想，并观测到结果．在医...

对芘LB膜的分子力学与分子图形学研究

分子力学与分子图形学已在化学研究中得到广泛应用，然而在Ｌａｎｇｍｕｉｒ－Ｂｌｏｄｇｅｔｔ（ＬＢ）膜研究中的应用却很少。本文对芘ＬＢ膜的结构进行了分子力学与分子图形学的研究。分子力学与分子图形学一起用来研究并预测芘ＬＢ膜的结构，我们在微机上研制的分子力学与分子图形学软件，可计算并显示ＬＢ膜的三维分子模型，并能计算单分子面积。分子力学的研究发现了芘ＬＢ膜的可能结构，计算过程和结果可由分子图形程序同步显示。

虚拟现实建模语言与分子图形制作系统MGMS的设计

介绍了设计MGMS分子图形制作系统的功能,该系统采用三维碎片子结构构造法生成分子模型,并通过子结构匹配实现结构的快速感知。同时本文也简单介绍了实现MGMS的计算机语言-虚拟现实建模语言。

虚拟现实建模语言与分子图形制作系统MGMS的设计

介绍了设计MGMS分子图形制作系统的功能．该系统采用三维碎片子结构构造法生成分子模型，并通过子结构匹配实现结构的快速感知．同时本文也简单介绍了实现MGMS的计算机语言－虚拟现实建模语言．

环氧合酶-2抑制剂的对接(Dock)研究

环氧合酶２具有多种结构类型的抑制剂，比较分子力场分析难以建立它们的定量构效关系．根据自由能原理，抑制剂结合酶的自由能变与活性呈线性关系，本文选择了１２个典型结构的的环氧合酶２抑制剂进行对接，通过分析结合能与活性的相关性，得到了较好的构效模型，相关系数ｒ＝０．８５７，在建立构效模型的同时，通过图形学分析，揭示了这些抑制剂具有较高活性的原因．

单酮类有机物气相色谱保留值与结构参数的相关性

应用半经验量子化学AM1方法和分子图形学技术获得了42种单酮类有机物分子的电子结构和几何结构参数,并将这些参数与它们在非极性固定相(SE-30柱)上的气相色谱保留值相关联,采用逐步回归分析方法,成功地建立了拟合度高、物理意义明确、预测能力强的气相色谱保留值-结构参数定量关系方程,找出了影响气相色谱保留值的主要结构因素.

钙调素拮抗剂亲脂区与亲水区之间连接链距离的研究

目的：研究钙调素拮抗剂亲脂区与亲水区之间连接链最佳的距离。方法：采用Fibonacci寻找法设计并合成了不同长度侧链的1，2－二苯乙烯类钙调素拮抗剂。结果：它们的拮抗活性表明，随着连接亲水部分氨基与亲脂苦环部分的碳链的增长，其活性增强。分子图形学研究显示，随着碳链的增长，氨基与钙调素Glu84，87的羧基的距离缩短，静电相互作用增强，拮抗剂与钙调素的结合能增加，并在碳链个数7左右达到一个极值。结论：在1，2-二苯乙烯类钙调素拮抗剂中，连接亲脂区与亲水区的脂肪链的碳原子的最佳个数在7左右。

分子局部图形绘制及电势分析软件设计与实现

随着计算机技术的迅速发展,分子图形学在研究分子结构、计算机辅助分子设计中发挥着日益显著的作用。本文作者利用Visual C#程序设计语言,结合已有的Raswin和WaferPainter两个开源软件,通过对.PDB(蛋白质数据库)文件、原子电量数据文件的读取、分析和计算,改进了原有软件仅限于观看分子的整体结构、绘制整体三维静电势、无法根据用户需要显示局部细节及二维静电势图的缺陷,实现了在用户定制的坐标范围内完成局部分子图、分子的平面静电势图的绘制等功能,这在蛋白质分子结构研究、分析原子间的作用力以及辅助分子设计方面有着重要意义。

表征烷烃分子结构的拓扑子图指数

在拓扑不变量的基础上直接将子图分类、计数、编码 ,提出了一种新分子拓扑子图指数 ,已数字化的子图编码部分保持具体分子结构的直观信息。

研究分子结构的交互方法

利用分子图形学研究分子的结构是一种新颖、有效的方法。微型计算机的发展,使得在微机上用交互图形的方法研究分子结构成为可能。本文提出了一个建立在 IBM PC 机上的研究分子结构的交互环境—MOLMD,在这一环境中,可随时显示分子结构的计算过程,并可交互地建立分子三维模型。

分子模型的建造

本文着重介绍我们在微机上开发的分子模型建造系统.本系统的分子模型建造部分采用三维手工建造和二维自动建造两种方法.使用者选择不同的方法来建造分子的三维模型进行显示或计算.前者的真三维建造界面使分子造型快速、准确,后者采用距离几何算法将二维分子结构式通过计算转化成分子的三维空间结构.

2-苯基吲哚衍生物的定量结构-活性关系研究

应用半经验量子化学AM1法得到了36种2-苯基吲哚衍生物的优势构像,再利用量子化学算法和分子图形学技术获得电子结构、几何结构及连接性结构参数,并将这些参数和2-苯基吲哚衍生物在4℃时与小牛子宫雌激素受体的相对亲合力相关联.结果表明:2-苯基吲哚衍生物在4℃时与小牛子宫雌激素受体的亲合力大小和氮原子所连原子的净电荷Q;2号、3号、10号和15号原子间的二面角D;5号碳原子与其所连原子间的键长L和零阶连接性指数°G的相关性较好,成功地建立了36种2-苯基吲哚衍生物的构效关系式.

药物构效关系研究与药物设计中常用计算机软件

分子力学、量子化学和分子图形学是研究有机药物分子电子特性、空间性质及其与受体相互作用的有力工具。现扼要介绍国内外较常用的量子化学和分子力学及分子图形学有关计算机程序的应用特性。