5个旱黄瓜优良杂交组合分子指纹图谱的建立

生产上黄瓜品种同物异名或同名异物现象时有发生。为保障黄瓜种业健康发展,高效快捷的黄瓜品种分子鉴定技术体系显得尤为重要。崔洪宇等[1]利用24对多态性SSR引物构建的指纹图谱可有效区分16个天津科润黄瓜研究所育成品种。王蕾等[2]发现17对SSR引物能够有效区分32份黄瓜品种。史建磊等[3]利用37对SSR引物对48份华南型黄瓜自交系进行分子指纹图谱构建,最终可实现对38份黄瓜材料进行鉴别。吴燕等[4]筛选出8对SSR引物进行41个黄瓜品种(系)的分子身份证构建,将扩增条带信息按照一定引物顺序和位点特征对黄瓜品种(系)进行数字编码,生成黄瓜品种(系)的二维码。满孝源等[5]利用9对SSR引物,构建了22份黄瓜种质的指纹图谱和分子身份证。Danin等[6]发现4对SSR引物可用于黄瓜品系的多态性检测,并在11个黄瓜品种上进行了验证。笔者利用SSR分子标记技术,对河北科技师范学院黄瓜科研创新团队选育的5个旱黄瓜优良杂交组合进行特异DNA标记筛选,构建分子指纹图谱,旨在为旱黄瓜品种纯度鉴定提供依据。

湖南省主要茶树品种分子指纹图谱的构建

建立茶树品种分子指纹图谱对茶树资源鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。采用17个SSR标记对湖南省主要茶树品种尝试构建了分子指纹图谱,提出了构建茶树分子身份证的方法模式。17对SSR引物共检测出41个等位位点,每个引物检测到的等位位点变化范围为2～3个,平均2.4个。根据茶树SSR标记带型特点,将扩增得到的1、0数据进行了基因型转换,分别用1、2、3、4……N来代表不同的基因型,构建了一套湖南省主要茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了一个17位数的指纹图谱号码,进而可将参试品种完全区分开。同时,对参试品种进行了特异性指数分析,品种特异指数介于65.4～113.7之间,平均80.1,表明品种间的特异性差异较大。

油菜新品种宁杂15号分子指纹图谱的构建

利用RAPD、SSR、SRAP 3种标记法构建了杂交油菜新品种宁杂15号的分子指纹图谱,用于检验品种的真实性。结果表明,SSR标记相对其他2种标记法,其扩增多态性较好、带型明显而且共显性标记比例较大;选用12对引物构建了甘蓝型杂交油菜新品种宁杂15号的分子指纹图谱,该图谱能够准确确定品种之间差异、判断品种真实性;将选定的标记应用于小群体上检验纯度,发现其有实用价值。

麦冬遗传多样性的RAPD分析及分子指纹图谱构建

为研究百合科植物麦冬及山麦冬不同自然居群间的遗传多样性,试验以福建莆田、泉州、福安等地及浙江崇寿、湖北襄樊、四川三台等地34个自然居群的麦冬类植物为试材,采用80条10碱基随机引物进行RAPD分析。试验筛选出15条有效引物,共扩增获得1566条DNA多态性带,多态性程度达82.07%通过聚类分析,构建DNA分子系统树图,确定了其居群及种间亲缘关系。表明不同自然种群间麦冬类植物遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性,其中野生资源比栽培类型遗传多样性更大;不同自然居群间遗传差异与地理分布联系并不紧密,而与形态差异联系较密切。

利用DNA分子指纹图谱技术检测小麦粉中害虫的研究

为开发快速检测我国成品粮中害虫的技术,研究了DNA分子指纹图谱技术检测小麦粉中主要害虫的碎片和虫卵的含量。结果表明,通过对害虫的延长因子EF1基因片段引物的筛选和PCR条件的选择,确定了有效地检测出来小麦粉中的赤拟谷盗、杂拟谷盗和锯谷盗的成虫碎片、幼虫和卵通用引物和PCR扩增条件。通过改良的PCR技术可在4 h内快速检测杂拟谷盗、锯谷盗的卵、幼虫和成虫碎片。最低检出限为可检测出小麦粉中0. 05%(m/m)卵和幼虫、1%成虫的碎片,灵敏度超过了国际标准。DNA指纹图谱中电泳条带亮度(Y)与被检测的不同害虫碎片含量(X)成正相关,回归方程为Y=858. 36X+74. 540相关系数R为0.961 9。利用该技术检测随机取样的小麦粉中成虫的碎片,检测的准确率最高可达80. 56%。结果说明了利用DNA分子指纹图谱技术可快速检测出小麦粉中害虫的碎片、幼虫和卵含量,并可预测小麦粉中害虫的感染程度。本研究为开发快速小麦粉中害虫的快速检测技术具有重要的参考意义。

2型糖尿病患者肠道菌群两种分子指纹图谱分析研究

目的：利用重复共有序列（ERIC）和变性梯度凝胶电泳（DGGE）两种分子指纹图谱技术对2型糖尿病患者肠道菌群结构特征分析，探讨2型糖尿病与肠道菌群的相关性及对两种方法的评价。方法收集8例健康人和7例2型糖尿病患者粪便样本，提取粪便菌群总 DNA，采用 ERIC-PCR 和 DGGE-PCR 分子指纹图谱技术对两组人群肠道菌群结构分析，比较其多样性、相似性等生态学特征。结果与健康对照组比较，2型糖尿病患者肠道菌群图谱条带和 Shannon-Wiener 多样性指数降低，但无统计学意义；组内相似性降低差异有统计学意义（P ＜0.05），菌群结构发生变化；两种指纹图谱技术均能直观反映肠道菌群结构特征，ERIC 方法简便，反映菌群多样性良好，但是实验影响因素较多，不可切胶测序；DGGE 能较好反映菌群多样性、相似性等生态学特征，而且可选择条带切胶测序。结论2型糖尿病患者肠道菌群组成结构发生改变，糖尿病的发生与肠道菌群有一定相关性；ERIC 和 DGGE 是研究肠道菌群分辨效率高、重复性好的指纹图谱技术， DGGE 并可进行切胶测序比对鉴定细菌，二者可结合使用。

不结球白菜主栽品种的分子指纹图谱

为鉴定和保存不结球白菜品种资源,利用基因组DNA的SRAP、RAPD和SSR-PCR技术,筛选具有稳定多态性位点的引物,对新培育的耐热1号和苏州地区11个不结球白菜耐热主栽品种构建品种DNA指纹,并转化为数字指纹图谱。结果表明：筛选出22个SRAP引物、16个RAPD引物和32个SSR引物,通过PCR扩增在12个白菜品种中获得了143个多态性位点标记,12个栽培品种间的遗传距离较小,相似系数范围为0.55～0.76。利用筛选出的3对SRAP引物组合成功绘制出不结球白菜主栽品种鉴定图,能将供试品种完全区分开。

分子指纹图谱技术及其在茶树品种资源中的应用

随着各种新型DNA分子标记的出现,带动了DNA指纹图谱技术的快速发展。本文简要阐述了几种常见DNA指纹鉴定技术,如限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,简称RFLP)、随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,简称RAPD)、扩增片段长度多态性(amplified fragmentlength polymorphism,简称AFLP)、简单重复序列或微卫星标记(simple sequence repeat,简称SSR)、内部简单重复序列(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,简称SNPs)等的基本原理、在技术上的优缺点及其在茶树品种资源中的应用,包括品种的鉴定、纯度的检测、品种亲缘关系与分类的研究及品种专利权的正当维护等。同时,对DNA指纹图谱技术在应用中的存在问题及相应的解决途径进行了简单的讨论,如目前DNA的提取方法与育种应用的大规模群体不相适应和大多数DNA指纹图谱检测技术仍比较繁琐,限制了该技术在育种中的大规模应用等。

茶树DNA分子指纹图谱研究进展

分子指纹图谱直接反映生物个体在DNA水平上的差异,可有效鉴别茶树品种,保护品种权。本文概述了指纹图谱的分类、概念和特点,近年来国内外7种分子指纹图谱方法在茶树中的研究进展,以及指纹图谱在茶树种质资源与育种研究中的应用,探讨了我国茶树分子指纹图谱研究中存在的一些问题,并由此提出构建茶树标准指纹图谱的设想。

7个福建茶树品种的遗传多样性分析及其分子指纹图谱构建

基于SSR分子标记技术,对来自福建省的7个供试茶树品种的遗传多样性水平进行分析,并构建其分子指纹图谱.结果表明:初步筛选的14个SSR分子标记均为多态性标记,其多态性信息含量较丰富,可以较好地区分7个供试茶树品种;福云六号与福云七号供试茶树品种之间的遗传相似性系数最高,为8.06,亲缘关系最近;以扩增条带较少、多态性较高的3个SSR分子标记引物(PS3,PS15,PS19)相组合而构建的分子指纹图谱,可有效鉴别7个供试茶树品种,实现以最少的分子标记引物鉴定所有品种的目的.

基于EST-SSR分子标记的澳洲坚果分子指纹图谱构建

本研究利用分子标记技术,分析所收集的澳洲坚果(Macadamia spp.)种质的遗传多样性,构建其指纹图谱,旨在为澳洲坚果遗传资源保护、良种选育和品种鉴定提供技术保障。基于转录组测序结果,开发出了12个特异性强、多态性高的表达序列标签-简单重复序列(expressed sequence tags-simple sequence repeat, EST-SSR)分子标记。对51份澳洲坚果种质进行SSR荧光标记毛细管电泳检测,分析种质的遗传多样性,进行系统聚类及指纹图谱构建。结果表明,12对EST-SSR分子标记引物共检测到72个等位基因,平均每对引物扩增出6个等位基因,多态性信息含量(polymorphic information content, PIC)平均值为0.632,标记多态性高。在遗传相似系数为0.422时,可以将51份澳洲坚果种质分成6类;采用引物代码和多态性片段长度组合法构建了51份澳洲坚果种质的分子指纹图谱。本研究新开发的12个EST-SSR分子标记,可用于澳洲坚果种质资源的亲缘关系分析和品种鉴定。

茶花品种SSR指纹图谱分型技术反应体系优化

建立茶花品种分子指纹图谱对茶花品种鉴别、品种选育和深入实施品种产权保护等具有重要意义。为筛选适用于茶花品种SSR指纹图谱构建的引物及其最优反应体系,采用梯度退火温度和正交试验设计的方法,对4对SSR引物反应条件进行了研究。结果表明,2对引物扩增出目的条带,其中引物MSCjaF25最适退火温度52.9℃,10mL体系中各组分含量为Mg2+1.2mmol/L、dNTPs0.2mmol/L、TaqDNA聚合酶0.5U、引物0.2mmol/L以及模板DNA40ng时图谱质量最优;引物MSCjaF37最适退火温度58.2℃,10mL体系中各组分含量为Mg2+0.8mmol/L、dNTPs0.1mmol/L、TaqDNA聚合酶1.0U、引物0.3mmol/L以及模板DNA40ng时,图谱质量最优。以12个茶花品种进行扩大试验证明,优化的体系重复性和稳定性良好。研究为茶花品种分子指纹图谱的构建奠定重要基础。进一步分析显示,全面开展茶花品种分子指纹图谱研究还面临着筛选更多通用SSR引物的挑战。

鳊鱼出血病嗜水气单胞菌的分离·鉴定与ERIC-PCR指纹图谱研究

[目的]对鳊鱼嗜水气单胞菌进行分离与鉴定。[方法]从鳊鱼中分离出嗜水气单胞菌,并进行16S rDNA特异性分子鉴定。分析嗜水气单胞菌的生化特征,并构建嗜水气单胞菌ERIC-PCR指纹图谱。[结果]分离株的测序结果与GenBank中嗜水气单胞菌的标准菌株序列相似度达98%～99%。分离菌的生化特征结果均呈阳性。同一菌株的ERIC-PCR具有较好的重复性和稳定性,可用于嗜水气单胞菌的分型溯源。[结论]该研究为预防和控制鳊鱼出血病的发生和蔓延提供了参考。

基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用EST-SSR标记对14个茶树新品种进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明：10个SSR标记在14个品种中共检测到29个等位基因,平均每个标记2.9个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.387和0.756,参试品种中多态性适中。不同等位基因的出现频率有较大差异,其变异范围在3.57%~89.29%。参试品种的Nei′s遗传距离（D）在0.036~0.472之间,当D=0.12时,可将14个茶树品种聚为三类。利用4个核心标记即可区分全部14个品种,并根据获得的等位基因带型,构建了各个品种的分子指纹图谱。

27株嗜水气单胞菌致病性及ERIC-PCR指纹图谱分析

从福建省淡水养殖鱼类体内分离到27株嗜水气单胞菌,根据嗜水气单胞菌16S rDNA基因和气溶素基因(aerolysin)的保守序列,设计2对引物,对所分离到的27株嗜水气单胞菌进行双重PCR扩增,扩增结果表明,其中18株为含有Aer毒力基因的潜在致病性嗜水气单胞菌,占总菌数的66.67%。应用ERIC—PCR分型技术对27株嗜水气单胞菌菌株进行分析,以相似度54.00%为限,所有菌株可分为Ⅰ和Ⅱ两大聚类,以76.00%相似度为界,27株嗜水气单胞菌可分为11个聚类,同一个聚类中菌株分离区域基本相同。分析结果表明,分离的嗜水气单胞菌基因型的多样性和分离地域具有一定的关联,也表明ERIC—PCR可以有效应用于嗜水气单胞菌分子流行病学调查。

白芷指纹图谱研究进展

白芷是我国传统中医临床常用药物。白芷植物来源不同,生长环境不同等因素的影响,其类似品、代用品不断增多,因此对其建立系统的质量控制方法尤为重要。当前指纹图谱技术应用于中药材质量控制已受到国际认证。主要的研究方法有液相色谱法,薄层色谱法,红外光谱和分子生物学指纹图谱等。本文对国内外大量的白芷指纹图谱的研究文献进行了归纳总结,为该药的质量评价提供参考。

天麻指纹图谱的研究进展

天麻是我国名贵的中草药,随着近年来其商品的多样化,掺伪、假冒品不断增多,对其进行更全面、系统的质量控制尤为重要。目前,指纹图谱已成为国际公认的控制中药质量的有效手段之一,主要的研究方法有液相色谱法、薄层色谱法、毛细管电泳色谱、红外光谱、核磁共振、X射线粉末衍射、分子生物学指纹图谱和电化学指纹图谱等,本文对近年来天麻指纹图谱的研究情况进行了归纳总结,为进一步建立该药的质量控制提供了方法和依据。

云南省优良核桃品种三台核桃与普通铁核桃的ISSR分子鉴别

三台核桃是经过长期天然和人工选育的云南省目前主要推广的优良核桃品种之一;铁核桃是云南省天然分布、品质较差的核桃类群,常作砧木。研究采用ISSR-PCR分子标记技术,通过广泛的引物筛选及特征指纹图谱分析,对二者进行分子鉴别,同时对113份三台核桃样本和20份铁核桃样本进行了基于遗传距离的UPMGA聚类。结果表明,引物825对于三台核桃223,329,368和421 bp的4个特异标记,可以将二者区分开,并由此绘制了三台核桃和铁核桃的特征分子指纹图谱。

道地药材霍山石斛及其相似种的分子鉴定

为检测霍山石斛与霍山产铜皮石斛、霍山产铁皮石斛及其它产地的几种药用石斛的差异,对霍山石斛及其相似种进行ISSR分子标记比较研究。结果表明,尽管霍山石斛及其相似种的外部形态差异较小,但在ISSR分子标记指纹图谱上却存在着显著而稳定的差异。因此,根据ISSR分子标记指纹图谱所显示的多态性位点差异,能准确鉴别霍山石斛及其相似种植物及药材。此方法简单、稳定性高、可重复性好,在霍山石斛的分子鉴定研究中有较大的应用价值。

应用ISSR指纹图谱鉴定铁观音茶树

为鉴别纯种铁观音和发生表型性状变化的铁观音茶树,本研究应用筛选出的11条ISSR引物对13份茶树样本进行分子标记分析。结果显示,11条引物共产生91个扩增位点,其中45个为多态性位点,多态性比率为49.45%。13份供试样本的遗传相似性系数分布在0.687~0.986之间,平均值0.805,聚类分析显示发生性状变化的铁观音茶树基本聚为一类,区别于纯种铁观音类群。依据扩增位点的特异性从中筛选出5条核心引物,对其扩增谱带编码后进行连锁组合构建了安溪铁观音茶树分子指纹图谱,依据图谱差异可鉴定性状不同的铁观音茶树。