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牛场辣椒的全基因组SNP标记分析 被引量:1
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作者 黄冬福 何建文 +6 位作者 江叶莎 付文婷 范高领 吴迪 詹永发 石燕金 王楠艺 《种子》 北大核心 2022年第4期100-105,共6页
本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征。结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36... 本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征。结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36.35×;12条染色体上共获得9141358个SNP,10号染色体上的纯合SNP最多,9号染色体上的纯合SNP最少;不同染色体上SNP密度分布不同;SNP分布在基因组上5个位置且数量不同,基因间(94.68%)>基因内(3.64%)>基因上游(0.9%)>基因下游(0.74%)>基因上游/下游;基因内SNP数量依次为内含子(281002)>外显子(51242)>剪接位点(288);外显子上有4种类型的SNP变异且数量不同,非同义突变(31265)>同义突变(19079)>终止子获得(710)>终止子缺失(188);发生转换的SNP数量是颠换的1.99倍。牛场辣椒SNP的出现频率为1个/366 bp,其中外显子上的51242个SNP具有开发成功能标记的潜力,外显子上SNP产生的710处终止子获得对基因功能研究具有重要意义。 展开更多
关键词 辣椒 重测序 SNP 分子标记数量 分布特征
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水稻糙米蛋白质含量QTL定位及上位性分析 被引量:9
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作者 鄢宝 王岩 +3 位作者 高冠军 张庆路 刘鑫 何予卿 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期594-599,共6页
稻米蛋白质含量是水稻(Oryza sativa L.)营养品质育种的重要内容之一。本研究以华恢3号与中国香稻构建的重组自交系(RILs)群体为材料,构建了含有156个SSR标记的遗传连锁图谱,结合近红外分析仪测定两年(2009年,2010年)的糙米... 稻米蛋白质含量是水稻(Oryza sativa L.)营养品质育种的重要内容之一。本研究以华恢3号与中国香稻构建的重组自交系(RILs)群体为材料,构建了含有156个SSR标记的遗传连锁图谱,结合近红外分析仪测定两年(2009年,2010年)的糙米蛋白质含量,进行了QTL定位和遗传基础分析研究。两年共定位到3个控制糙米蛋白含量的QTL和16对上位性互作的位点。其中检测到的3个QTLs,分别位于第4、6、8染色体上,单个QTL解释的表型变异率为3.39%~34.2%,两年解释的总表型变异率分别为41.2%和5.95%,这些QTL中只有位于第8染色体短臂在区问RM310-RM547的qbpc8在2009年和2010年被重复检测到。LOD值分别为22.5和3.5,解释表型变异率分别为34.2%和5.95%。这些QTL的发掘,为分子标记辅助选择改良水稻营养品质奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 糙米蛋白质含量 分子标记辅助选择 数量性状位点(quantitative TRAIT locus QTL)
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Construction of a microsatellite-based genetic linkage map for half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis 被引量:1
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作者 Wentao SONG Guidong MIAO +5 位作者 Yongwei ZHAO Yuze NIU Renyi PANG Xiaolin LIAO Changwei SHAO Songlin CHEN 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 2013年第1期99-108,共10页
The half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis is an important cultured marine fish and a promising model fish for the study of sex determination. Sex-specific genetic linkage maps of half-smooth tongue sole were ... The half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis is an important cultured marine fish and a promising model fish for the study of sex determination. Sex-specific genetic linkage maps of half-smooth tongue sole were developed with 567 mark- ers (565 microsatellite markers and two SCAR markers). The parents and F1 progeny (92 individuals) were used as segregating populations. The female map was composed of 480 markers in 21 linkage groups, covering a total of 1388.1 cM, with an average interval 3.06 cM between markers. The male map consisted of 417 markers in 21 linkage groups, spanning 1480.9 cM, with an average interval of 3.75 cM. The female and male maps had 474 and 416 unique positions, respectively. The genome length of half-smooth tongue sole was estimated to be 1522.9 cM for females and 1649.1cM for males. Based on estimations of map length, the female and male maps covered 91.1% and 89.8% of the genome, respectively. Furthermore, two female-specific SCAR mark- ers, f-382 and f-783, were mapped on LG15f (linkage group 15 in female maps). The present study presents a mid-density genetic linkage map for half-smooth tongue sole. These improved genetic linkage maps may facilitate systematic genome searches to identify quantitative trait loci (QTL), such as disease resistance, growth and sex-related traits, and are very useful for marker-assisted selection breeding programs for economically important traits in half-smooth tongue sole [Current Zoology 59 (1): 99-108, 2013]. 展开更多
关键词 Half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis MICROSATELLITE Genetic linkage map MAS
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