绒山羊分子生物学数据库的设计与构建

结合国内外对绒山羊的分子生物学研究,利用已有的遗传多态、基因序列和结构、功能等方 面的数据,以计算机网络为载体,参考国际通用数据库的格式,建立一个简洁、友好、通用而且专用 性强的绒山羊分子生物学数据库。该数据库主要由文献索引库,基因组学库及绒山羊知识库组成。 数据库的建立为绒山羊的分子生物学研究提供一个良好的数据平台,为从事绒山羊遗传多态、遗传 进化、分子育种、绒毛生长机理等方面的理论和应用研究的工作者提供方便和帮助,并为探索其他 草食家畜分子生物学数据库的构建积累经验。

基于Linux+Apache+MySQL+PHP的棉花分子生物学数据库系统构建

利用课题组积累的数据信息和网上公用数据库中有关棉花分子生物学数据,采用MySQL为后台数据库,以Apache+PHP为环境,在Linux操作系统下实现了棉花分子生物学数据库系统的构建和wwwBLAST的本地化服务。在脱机状态下使用blast进行同源性比对,使得数据查询和序列比对更加方便、快捷、稳定和安全,而且增强了针对性。数据库最终以局域网的形式发布,通过授予权限可向同行提供利用。本课题组在棉纤维品质、黄萎病抗性等相关基因的克隆研究中使该数据库得到初步应用。

猪专门化分子生物学数据库的建立及其初步应用

以公共数据库为基础,利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学数据库。在此基础上初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息学研究平台的建立打下了基础。

面向对象的分子生物学二次数据库平台建模分析

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行深入研究。为方便研究人员对生物分子学数据进行存储、检索、查询,在分子生物学二次数据库基础上,通过基于UML的面向对象技术进行建模和开发,实现B/S方式的可视化平台。利用StarUML可视化建模工具,快速高效完成软件分析。

国际计算机互联网络上的分子生物学E-mail服务器

国际计算机互联网络(Internet)近年来发展迅猛,已成为现阶段事实上的信息高速公路。在这个庞大的网络上存在着各种各样的信息,也有许多有关分子生物学的信息,如果能够正确地加以利用,将会极大方便研究工作的开展。

机器学习与生物信息学

后基因时代,探索和解释隐藏在分子生物学数据库中的有用信息将是对生物信息学研究人员的巨大挑战！为了解决分子生物学中遇到的这些难题,有效及廉价的方法是非常必要的。机器学习是一种自动的、具有智能学习技术的方法,有助于达到上述目的。本文就知识发现、人工神经网络、决策树、贝叶斯网络、遗传算法、隐马尔科夫链、聚类、归纳逻辑编程、支持向量机等机器学习方法在生物信息学中的应用进行了系统地评述。这些方法有助于加速生物分子结构预测、基因发现、基因组学和蛋白组学等方面的研究进展。

程序包、程序库、数据库、知识库

N99-05730 9908408电子情报通信学会技术研究报告:数据工程学 DE98-1～9(信学技报,Vol.98,No.42)[汇,日]/日本电子情报通信学会.—1998.05.—70P.(LG)本文集为数字图书馆及其相关技术专辑。收录的9篇论文主要涉及:文件汇集时关键词的抽取,信息检索方法的评价,相关分子生物学数据库的入口探索方法,具有目标连接的结构式文件管理的数据库系统Paradocs 的体系结构、模型与咨询,异种信息源综合利用环境中的中间媒体的设计与开发,既存文件数据化系统的分布式输入与系统建立评价,从文件图象中抽取逻辑要素,以及英文模糊检索时减少扩充检索文字列数的方法等。

网上免费的Medline简介

Ｍｅｄｌｉｎｅ数据库是由美国国立医学图书馆（ＮＬＭ）研制建立的，它是医学索引、国际护理学文献索引和牙科文献索引的组合，它的重要性是无可估量的，在查找医学信息时它是一种不可缺少的工具。完整的Ｍｅｄｌｉｎｅ文档收录了来自３８００多种生物医学期刊中的９００...

利用INTERNET进行蛋白质结构的检索、图象显示和模型构建

生物大分子的三维结构是了解生物分子功能的前提,对于分子生物学家、细胞生物学家和生物化学家建立生物过程的分子机制越来越重要。近年来生物大分子的三维结构信息增长极快。据纽约Brookhaven国家实验室Protein Data Bank(PDB)统计的数据,从1992至1995年该库收集的生物大分子结构的数目分别是1007,1727,2921和3821,平均年递增50％。面对如此大量而且不断增加的结构数据。

提高医学信息资源的个人利用率

随着信息产业化的飞速发展,医学情报学有了较大的进步。文献信息的激增使人们不满足于传统的藏书式检索文献。目前,利用计算机检索(如Medline CD—ROM光盘,Internet计算机网络中的各种医学和分子生物学数据库)已成为科研人员获取信息的常用途径。只要输入几个关键词,便可从中得到大量的文献信息。据统计,1992年以前5年间,Medline收藏了国内外近3300种医学期刊中仅病毒性肝炎的文献便达8700篇。对于个人实际应用,面对不断增加的文献积累,每次都花大量的时间在那堆纸张里找或盯着屏幕逐一查看,无疑是对人力和信息资源的浪费。