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应用ABEEMσπ方法计算多肽及蛋白质的分子电负性 被引量:1
1
作者 杨忠志 王盟 《大连工业大学学报》 CAS 北大核心 2013年第4期239-242,共4页
应用ABEEMσπ方法计算了几种中性二肽分子和四肽分子的分子电负性,并计算了分子中所有位点有效电负性计算公式前两项的加和,然后分别计算了其算术平均值、几何平均值及调和平均值,与分子电负性进行了比较。通过比较发现,二肽分子与四... 应用ABEEMσπ方法计算了几种中性二肽分子和四肽分子的分子电负性,并计算了分子中所有位点有效电负性计算公式前两项的加和,然后分别计算了其算术平均值、几何平均值及调和平均值,与分子电负性进行了比较。通过比较发现,二肽分子与四肽分子均衡后的分子电负性与算术平均值最为接近,其相应的偏差均不超过±0.100 0eV。同时将此方法应用于PDB编码为1CRN的蛋白质,计算了其分子电负性,发现其同样与分子中所有位点的有效电负性计算公式前两项加和的算术平均值接近,偏差为-0.025 3eV。说明无论是多肽还是蛋白质分子,都可以根据分子中所有位点的有效电负性计算公式的前两项的算术平均值估算其分子电负性。 展开更多
关键词 ABEEMσπ 分子电负性 有效电负性 算术平均值 多肽 蛋白质
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计算分子电负性的新方法
2
作者 叶世勇 邓凡政 《淮北煤师院学报(自然科学版)》 1992年第1期71-74,共4页
本文提出一种计算分子电负性的新方法,与文献值比较,结果是令人满意的.
关键词 电负性 绝对硬度 键能 分子电负性
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密度泛函理论下的分子电负性——Ⅵ.原子键电负性均衡模型 被引量:3
3
作者 王长生 杨忠志 唐敖庆 《中国科学(B辑)》 CSCD 北大核心 1998年第3期223-228,共6页
以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础 ,将体系的单电子密度分割为原子的单电子密度和键的单电子密度 ,得到了分子总能量、分子中原子以及键的有效电负性的表达式 .基于这些表达式 ,提出了直接计算体系的总能量和体系中电荷分布的新方... 以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础 ,将体系的单电子密度分割为原子的单电子密度和键的单电子密度 ,得到了分子总能量、分子中原子以及键的有效电负性的表达式 .基于这些表达式 ,提出了直接计算体系的总能量和体系中电荷分布的新方法 .此模型比其他电负性均衡方法更合理 .对大量分子的总能量和电荷分布所进行的计算结果表明所提出的原子 键电负性均衡模型是可行的 ,可以应用于确定各类生物和有机大分子的总能量和电荷分布 。 展开更多
关键词 密度泛函理论 电负性均衡 电荷分布 分子电负性
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密度泛函理论下的分子电负性──Ⅷ.ABEEM方法中封闭体系的电荷极化模式 被引量:1
4
作者 王长生 杨忠志 《中国科学(B辑)》 CSCD 北大核心 2000年第2期132-138,共7页
在密度泛函理论(DFT)和原子-键电负性均衡模型(ABEEM)基础上,给出了建立ABEEM软度矩阵和封闭体系的电子布居正则模式(PNM)的方法.该方法可用于计算和讨论分子体系内部的电荷极化过程,计算结果表明,考虑了孤... 在密度泛函理论(DFT)和原子-键电负性均衡模型(ABEEM)基础上,给出了建立ABEEM软度矩阵和封闭体系的电子布居正则模式(PNM)的方法.该方法可用于计算和讨论分子体系内部的电荷极化过程,计算结果表明,考虑了孤对电子(lp)后,原子-键电负性均衡模型下的电子布居正则模式明确地指出了分子内各个部分电荷间的极化.从ABEEM可以得到与所有化学键电荷极化有关的电子布居正则模式,而这些与化学键电荷极化有关的电子布居正则模式中的最软模式可以正确地预测相应的从头计算结果,但是,方法更简单,结果更明了。 展开更多
关键词 电荷极化 ABEEM 封闭体系 分子电负性 DFT
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分子电负性距边连接性标量指数(Λ)在金属卤化物的结构表达和性质预测中的应用
5
作者 胡力玫 仇亮加 +1 位作者 李波 李志良 《重庆师范学院学报(自然科学版)》 2002年第4期54-58,共5页
基于化合物分子的拓扑图结构建立的分子电负性距边连接性指数 (anovelscalarindexofmolecularelectroneg ativitydistance -edgeconnectivity ,Imedc ,Λ) ,在对有机物的定量构效关系 (QSAR QSPR)研究中 ,具有高度选择性、相关性、稳定... 基于化合物分子的拓扑图结构建立的分子电负性距边连接性指数 (anovelscalarindexofmolecularelectroneg ativitydistance -edgeconnectivity ,Imedc ,Λ) ,在对有机物的定量构效关系 (QSAR QSPR)研究中 ,具有高度选择性、相关性、稳定性和良好的预测能力 ;本文尝试将其扩展到无机物 :以分子电负性距边连接性指数 (Imedc ,Λ)实现对金属卤代化合物的结构性质的表征及相关研究。运用多元线性回归 (MLR)方法 ,以此分子电负性距边连接性指数建立 2 0个碱金属卤代化合物的晶格能 (U)和 34个过渡族金属卤代化合物的标准生成焓 (ΔfHθ)结构性质相关模型 ,对于碱金属卤代化合物的晶格能相关模型的相关系数为RMX =0 .9732 (n =2 0 ) ,对于过渡族金属卤代化合物的标准生成焓RMX=0 .890 7(n =34) 。 展开更多
关键词 金属卤化物 分子电负性距边连接性标量指数 结构表达 性质预测 晶格能 标准生成焓 拓扑指标 定量构效关系
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分子整体电负性及其同系线性规律
6
作者 谭树荣 曹晨忠 《广东第二师范学院学报》 1994年第3期85-94,共10页
本文作者之一首次建立了有机同系物分子均衡电负性增量,与第一电离势之间的线性关系。为了解决该线性关系理论依据中所存在的某些问题,本文提出分子整体电负性的概念及其具体计算方法。由回归分析说明,本文定义的分子整体电负性,与... 本文作者之一首次建立了有机同系物分子均衡电负性增量,与第一电离势之间的线性关系。为了解决该线性关系理论依据中所存在的某些问题,本文提出分子整体电负性的概念及其具体计算方法。由回归分析说明,本文定义的分子整体电负性,与蒋明谦用以联系最高占据轨道能量和分子整体性的同系因子之间,基本上是完全线性相关的。这就在理论上确立了如下结论:分子整体电负性,确实是分子整体性所表现的电子活动性能之一。本文预期,在同系物中扩大分子整体电负性应用范围的过程里,必会导致分子整体性听表现的其它电子活动性能,与分子整体电负性间新的线性关系的发现。 展开更多
关键词 分子整体电负性/分子整体供电子性/同系线性规律/等价效原子(基团)/平均供电子性/回归分析
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利用浮动电荷力场对N-甲基乙酰胺水溶液的分子动力学模拟 被引量:2
7
作者 张强 张霞 杨忠志 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第24期2425-2430,共6页
利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对N-甲基乙酰胺(NMA)分子的水溶液体系进行了分子动力学模拟.与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等... 利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对N-甲基乙酰胺(NMA)分子的水溶液体系进行了分子动力学模拟.与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理体现了分子中的电荷分布.相对其它极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点.在该模型下对NMA纯溶液和其水溶液体系进行了分子动力学模拟,得到的径向分布函数、汽化热和偶极矩等物理量与实验值和其它极化力场方法符合很好,合理描述了溶质与溶剂之间的静电极化和分子内的电荷转移. 展开更多
关键词 原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM) N-甲基乙酰胺 极化力场 分子动力学模拟
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利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究
8
作者 张霞 张强 杨忠志 《渤海大学学报(自然科学版)》 CAS 2006年第4期295-299,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加... 应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明:我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。 展开更多
关键词 丝氨酸残基二肽 苏氨酸残基二肽 原子-键电负性均衡方法融合进分子力场 (ABEEM/MM)构象 极化力场
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Equalized Electronegativity Based on the Valence Electrons and Its Application 被引量:2
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作者 武亚新 曹晨忠 袁华 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2011年第1期31-39,I0003,共10页
We take the contribution of all valence electrons into consideration and propose a new valence electrons equilibration method to calculate the equalized electronegativity including molecular electronegativity, group e... We take the contribution of all valence electrons into consideration and propose a new valence electrons equilibration method to calculate the equalized electronegativity including molecular electronegativity, group electronegativity, and atomic charge. The ionization potential of alkanes and mono-substituted alkanes, the chemical shift of 1H NMR, and the gas phase proton affinity of aliphatic amines, alcohols, and ethers were estimated. All the expressions have good correlations. Moreover, the Sanderson method and Bratsch method were modified on the basis of the valence electrons equilibration theory. The modified Sanderson method and modified Bratsch method are more effective than their original methods to estimate these properties. 展开更多
关键词 Electronegativity equalization Valence electrons equilibration method Molecular electronegativity Group electronegativity Atomic charge
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醇类溶剂的溶剂化显色参数E_T^N的相关分析 被引量:1
10
作者 刘汉文 胡彩玲 《湘潭大学自然科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期67-70,共4页
利用分子的均衡电负性Xcq,烷基的极化效应指数PEI以及醇分子中羟基氧上的电荷∑qo三个参数,对一系列醇类溶剂的溶剂化显色参数ETN,运用多元线性回归的方法进行了相关分析,并与基于分子表面静电势参数的分析进行比较.结果表明,醇类溶剂... 利用分子的均衡电负性Xcq,烷基的极化效应指数PEI以及醇分子中羟基氧上的电荷∑qo三个参数,对一系列醇类溶剂的溶剂化显色参数ETN,运用多元线性回归的方法进行了相关分析,并与基于分子表面静电势参数的分析进行比较.结果表明,醇类溶剂的溶刑化显色参数ETN与分子的均衡电负性Xcq,烷基的极化效应指数PEI以及醇分子中羟基氧上的电荷∑qo有较好的相关性. 展开更多
关键词 醇类溶剂 分子均衡电负性 极化效应指数 溶剂化显色参数
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环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟 被引量:4
11
作者 张强 张霞 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1247,共5页
利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子... 利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009nm、0.013nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究. 展开更多
关键词 原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM) 环多肽 极化力场 浮动电荷模型 氢键
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ABEEMσπ/MM力场模型下的多肽构象 被引量:2
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作者 张强 张霞 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第3期289-294,共6页
在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能... 在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢键键长等性质与从头计算结果符合很好.该经典极化模型力场能够重复量子场下丙氨酸二肽、丙氨酸四肽、甘氨酸三肽的各稳定构象,其稳定性顺序与精密从头计算结果相一致,其结构和能量性质较以往模型有一定提高,并优于其他力场模型. 展开更多
关键词 原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEMσπ/MM) 多肽构象 各相异性极化 浮动电荷
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应用ABEEM/MM模型研究甘氨酸与水的氢键作用 被引量:6
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作者 杨忠志 马艳伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2009年第2期185-189,共5页
应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致... 应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致性;根据对甘氨酸中氮原子和氧原子的孤对电子电荷分布的ABEEM/MM方法分析,可以解释水与作用点形成氢键的强弱;进而研究了甘氨酸与1个水作用的结合能,ABEEM/MM模型与从头计算方法得到的结果显示了很好的一致性.表明我们势能函数的合理性以及参数的正确性. 展开更多
关键词 原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场 甘氨酸 氢键作用 结合能
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从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的研究 被引量:1
14
作者 于泳博 刘翠 宫利东 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1468-1475,共8页
采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷... 采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷势能函数,并确定相关参数.结果表明,ABEEMσπ/MM所获得的结构和结合能等均优于OPLS/AA力场,并与从头算结果相符,其中键长的平均绝对偏差(AAD)小于0.004 nm,键长、键角和结合能的相对均方根偏差(RRMSD)分别小于3.8%,1.7%和6.8%;电荷分布与从头算结果的线性相关系数均大于0.99. 展开更多
关键词 从头算 原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法 甲醇 钠离子 分子间相互作用
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应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用
15
作者 潘一鸣 张静 +4 位作者 田博 姚菁菁 宫利东 刘翠 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页
应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3~8),[Na(NMA)n]+(n=3~8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分... 应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3~8),[Na(NMA)n]+(n=3~8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上,构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能函数,优选并确定相关参数.结果表明,ABEEM/MM的计算结果与量子化学的计算结果相符:Na+与配体间距离的平均绝对偏差(AAD)小于0. 007 nm,相对均方根偏差(RRMSD)小于3. 5%,夹角的AAD小于2. 4°,RRMSD小于2. 0%,结合能的AAD小于8. 9 k J/mol,RRMSD小于12. 4%;ABEEM/MM电荷分布与量子力学(QM)电荷分布的线性相关系数在0. 97以上. 展开更多
关键词 原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场 钠离子 氮-甲基乙酰胺 可极化力场
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有机氯农药的气相色谱保留值与定量结构性质的关系 被引量:1
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作者 逯宝娣 李美萍 魏学红 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1265-1268,共4页
用分子电负性距离矢量(molecular electro-negativity distance vector,MEDV)表征有机氯农药的分子结构,运用多元线性回归(multiple linear regression,MLR)技术和逐步回归(stepwise multiple regression,SMR)一起统计检测筛选模型变量... 用分子电负性距离矢量(molecular electro-negativity distance vector,MEDV)表征有机氯农药的分子结构,运用多元线性回归(multiple linear regression,MLR)技术和逐步回归(stepwise multiple regression,SMR)一起统计检测筛选模型变量,建立28种有机氯农药的气相色谱(GC)保留指数(RI)与MEDV的定量关系模型,模型的相关系数R=0.9398,标准偏差SD=3.9861。然后用留一法和外部样本对模型稳定性检验。留一法交互检验相关系数R_(LOO)=0.9088,SD_(LOO)=4.8679;外部样本的预测结果为:Q_(ext)=0.9393。表明所建模型稳定性和预测能力均良好,表征该类分子的结构特征较好,为建立有机农药的分离、纯化、检测等方法,提供论据。 展开更多
关键词 分子电负性距离矢量(MEDV) 有机氯农药 气相色谱(GC)保留值 定量结构性质关系(QSPR)
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取代基效应定量研究新进展 被引量:6
17
作者 曹晨忠 武亚新 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期801-828,共28页
综述了最近20多年有机化学取代基效应定量研究所取得的诸多新进展.主要内容包括:(1)电负性均衡原理得到普遍认同并用于计算分子中电荷分布和基团的诱导效应,分子电负性计算方法在几何平均法、调和平均法、加权平均法的基础上又提出了价... 综述了最近20多年有机化学取代基效应定量研究所取得的诸多新进展.主要内容包括:(1)电负性均衡原理得到普遍认同并用于计算分子中电荷分布和基团的诱导效应,分子电负性计算方法在几何平均法、调和平均法、加权平均法的基础上又提出了价电子均衡方法,进一步扩展了电负性均衡原理的应用范围.(2)试剂亲电、亲核能力的实验测定,提出了以二苯甲基正离子和醌甲基化合物等作为参考化合物的标定方法,其研究范围被扩展到气相条件、有机金属反应和自由基体系,得到一系列试剂的亲核参数N和亲电参数E.理论上提出亲电性指数和亲核性指数的概念及其定量计算公式,并对实验测定参数和理论计算指数之间的关系进行了深入研究.(3)极化效应参数从最初的经验方法,进而采用量子化学方法计算,再用统计方法提出了烷基极化效应指数PEI和基团极化效应参数PEIX,被广泛用于解释和估算有机化合物的气相酸碱性、电离能、生成焓、键能、反应速率、水溶解性和色谱保留值.(4)直接由取代苯的紫外光谱吸收能量计算得到的取代基激发态参数exCC,不同于取代基在分子处于基态的极性参数和自由基状态下的自旋离域效应参数,该参数用于对位二取代苯、取代二苯乙烯、二取代氮苄叉苯胺等多类有机化合物紫外光谱的定量相关,结果良好.(5)立体屏蔽效应的提出区分了传统的三种立体效应.在羰基与亲核试剂加成反应立体选择性定量表示,提出了立体选择性指数Ci;在表示基团对反应中心表面积屏蔽的定量提出了屏蔽参数SR,进一步基于反应中心体积被屏蔽的角度提出了拓扑立体效应指数TSEI,这些参数在分子内二面角、反应的立体选择性、烯烃和烷基苯的生成焓、咪唑离子液体的酸性以及烷烃与羟基自由基的反应速率等方面得到良好的应用.此外,论文还对有机化学取代基效应定量研究中值得进一步深入探索的领域和问题提出了建议和展望. 展开更多
关键词 取代基效应 电子效应 立体效应 分子均衡电负性 亲电性指数 亲核性指数 极化效应参数 激发态取代基参数 立体屏蔽效应
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