对分子置换法中积分半径选取方法的探讨

通过对晶胞中帕特逊向量的统计分布的研究，从理论上阐述了根据模型结构单元的线度确定旋转函数的积分半径这种作法的合理性，并且指出了估算积分半径取值范围的具体方法，以及自身旋转函数与交叉旋转函数的积分半径取值范围的区别。经过我们将此方法应用于酚胰岛素和去Ｂ链羰端六肽胰岛素的旋转函数求解，计算结果证实了这种积分半径的估算方法的可靠性。

胰岛素单斜晶体(B型)结构的分子置换法研究

在含有ZnCl_2的柠檬酸缓冲体系中,保持苯酚浓度在0.76％～1.25％之间,获得了胰岛素单斜晶体(B型),空间群为P2_1,晶胞参数为:a=4.924 nm,b=6.094nm,c=4.818nm,β=95.8°,每个独立区包含有由6个胰岛素分子构成的1个六聚体。以四锌牛胰岛素六聚体作模型,用X-PLOR软件中的旋转函数程序和本实验室的分子密堆积程序,获得了胰岛素单斜晶体(B型)结构的初始相位。借助生物大分子刚体精化技术对模型进行了初步精化,用能量极小化的立体化学制约的最小二乘精化技术并辅以差值Fourier图人工分析对模型进行了调整和精化。最终R因子为22.4％,键长和键角与标准键长和键角的偏差分别为0.0022nm和4.7°。

B链C端去七肽(B24～B30)胰岛素的分子置换法

一个几近失活的胰岛素类似物———B链C端去七肽 (B2 4～B30 )胰岛素(DHPI)已被结晶 .该晶体属于空间群P2 12 12 1,晶胞的 1个独立区内包含有 2个DHPI分子 .应用分子置换法确定了DHPI分子在晶胞中的取向和位置 ,并在 0 .3nm分辨率水平上构建了结构模型 .研究结果表明 ,一个独立区内的 2个DHPI单体分子由一个非晶体学 2次轴联系着 ,该局部 2次轴近似平行于晶体学c轴 .

B链N端去二肽(B1～2)C端去五肽(B26～30)胰岛素晶体结构的分子置换法研究

以B链羧端去五肽胰岛素(DPI)结构为模型,应用分子置换法对B链N端去二肽(B1～2)C端去五肽(B26～30)胰岛素(DesB1～2DPI)晶体结构进行了研究.DesB1～2DPI晶体单位晶胞中每个结晶学不对称单位包含1个DesB1～2DPI分子.交叉旋转函数和平移函数搜索均找到了明显突出的峰,确定了DesB1～2DPI分子在晶胞中的取向和位置.进一步的三维模型重建和结构精化结果巩固了DesB1～2DPI的分子置换法研究的正确性.

江浙蝮蛇毒碱性磷脂酶A2正交晶体分子置换法结构测定

江浙蝮蛇(Agkistrodon halys pallas)毒碱性磷脂酶A2具有很强的溶血作用.P2_12_12_1晶型的晶体学不对称单位中含有2个分子.用自身旋转函数研究了此2分子的相对空间关系,用交叉旋转函数和平移函数测定了2分子在晶胞中的取向与位置.在此基础上进行了初步的三维结构模型构建与结构修正.碱性磷脂酶A2正交晶体不对称单位中2个分子的排布呈现非晶体学二重对称关系.

红藻条斑紫菜变藻蓝蛋白晶体结构的分子置换法研究

以蓝藻钝顶螺旋藻（Ｓｐｉｒｕｌｉｎａ ｐｌａｔｅｎｓｉｓ）变藻蓝蛋白（ＡＰＣ－ＳＰ）的晶体结构为搜索模型，运用 ＡＭｏＲｅ程序，对红藻条斑紫菜（Ｐｏｒｐｈｙｒａ ｙｅｚｏｅｎｓｉｓ）变藻蓝蛋白（ＡＰＣ－ＰＹ）的晶体结构进行了分子置换法研究．ＡＰＣ－ＰＹ晶体（晶型３）属Ｒ３２空间群，晶胞参数为ａ＝ｂ＝ １０．５３ ｎｍ， ｃ＝ １８．９４ ｎｍ， α＝β＝９０°，γ＝ １２０°．在单位晶胞的每个结晶学不对称单位中含一个αβ单体．在获得交叉函数解的基础上，进行了平移函数搜索，给出了Ｃ_ｃ值和Ｒ因子分别为６７％和３６．１％的最佳平移解．所得分子置换法的结果被用于ＡＰＣ－ＰＹ初始结构模型的构建和结构精化，经一系列 ２Ｆ_ｏ－Ｆ_ｃ ＯＭＩＴ图的综合验证分析，进一步证实了所得分子置换法解的正确性．

空间和地面条件下斑头雁血红蛋白晶体结构的比较研究

在 1994年我国返回式卫星FSW 2上进行的空间蛋白质晶体生长实验中 ,获得了适合于X射线分析的空间实验组和地面对照组的斑头雁血红蛋白晶体 ,并收集了X射线衍射数据。应用分子置换法解析了结构 ,并进行了比较研究。结果显示空间晶体的分子间和分子中亚基间的相互作用趋于减弱 ,在α1β2 “开关区”比地面晶体多一个α1Thr4 1CG2与 β2 His97ND1的接触。

睾丸酮丛毛单胞菌CNB1中2–氨基–5–氯粘康酸半醛脱氢酶的表达纯化与结晶

硝基苯类化合物作为一种重要的化工原料,在工业广泛应用的同时也产生了环境污染.目前降解硝基苯类污染物的方法有物理法、化学法和生物法,其中生物修复法具有低成本、无二次污染、生态恢复性好等优点.硝基苯类化合物中的对氯硝基苯是一种高毒、危险的合成品,会对人体造成直接或间接的生理损伤.来源于睾丸酮丛毛单胞菌CNB1(Comamonas testosteroni CNB1)的2–氨基–5–氯粘康酸半醛脱氢酶(2-amino-5-chloromuconic semialdehyde dehydrogenase,Cnb D)是对氯硝基苯降解通路中的关键酶.研究Cnb D的晶体结构有助于完善生物修复治理对氯硝基苯污染的机制.实验以睾丸酮丛毛单胞菌CNB1中的Cnb D为研究对象,将基因cnb D克隆到p ET-28,a(+)上进行原核表达.通过镍离子亲和层析和凝胶过滤层析等纯化方法获得重组蛋白Cnb D.在289,K下获取了2种重组蛋白Cnb D晶体,并在同步辐射光源BL19,U光束线的0.10,nm波长X射线衍射下得到最高衍射分辨率分别为0.18,nm和0.22,nm的衍射数据.采用分子置换法,初步解析了Cnb D的同源四聚体结构.

枯草杆菌蛋白酶E的分子置换研究

枯草杆菌蛋白酶是产生于芽孢杆菌的一种碱性蛋白酶。该类酶的肽链折叠方式完全不同于哺乳动物丝氨酸蛋白酶,但两者起催化作用的残基都是一样的,并具有几乎完全相同的空间配置,因而属两类不同的丝氨酸蛋白酶。枯草杆菌蛋白酶的结构和功能受到了深入研究,该酶还具备其它一些开展蛋白质工程研究的有利条件,它还是一种重要工业用酶,大量用作合成洗涤剂中降解蛋白质的组分。因此。