肉鸡源传染性法氏囊病新型重排毒株的分离鉴定及遗传进化分析

[目的]明确云南某肉鸡场疑似传染性法氏囊病病毒(IBDV)感染病例的病原类型及分子特征,以了解IBDV新型重排毒株在肉鸡中的流行情况、分子进化趋势,为制定有效的传染性法氏囊病(IBD)防控和疫苗选用策略提供参考依据。[方法]对疑似IBDV感染的病鸡法氏囊进行研磨处理后,采用巢式RT-PCR进行检测,后将IBDV阳性的法氏囊组织悬液接种于9日龄SPF鸡胚并进行病毒分离,对病毒的vVP2和VP1-b基因扩增并进行遗传变异分析。[结果]成功分离出一株新型IBDV重排毒株(命名为YN-YX221110),接种9日龄SPF鸡胚后,胚体整体呈现弥漫性出血,头、颈以及背部皮肤有出血点。基于vVP2基因序列,分离株YN-YX221110与新型变异株(nvIBDV)参考株的核苷酸相似性最高,为93.2%~97.9%,分离株YN-YX221110的vVP2基因222A特征性氨基酸位点与UK661、HK46等超强毒株(vvIBDV)参考株相同,249K、256V、279N、284A、294L、299S等位点与新型变异株(nvIBDV)参考株中的SHG19相同;在基于vVP2基因的遗传进化树中,分离株YN-YX221110与GX-QZ191002、SHG19等nvIBDV参考株聚为一支,属于A2d分支。基于VP1-b基因序列,分离株YN-YX221110与参考株中的经典毒株(cIBDV)类似株核苷酸相似性最高,为97.8%~98.4%,分离株YN-YX221110的vVP2基因特征性氨基酸位点240D、242D、287T、390L和393E与致弱毒株(attIBDV)参考株中的B87、Gt相同;在基于VP1-b基因序列的系统发育进化树中,分离株YN-YX221110与参考株Gt、B87和CEF94等cIBDV类似株中的attIBDV聚为一支,属于B1a分支。分离株YN-YX221110基因型为A2dB1a。[结论]成功分离得到肉鸡源IBDV分离株YN-YX221110,其A片段来源于nvIBDV,B片段来源于cIBDV类似株中的attIBDV,为新型IBDV重排毒株。

宁夏首次分离到库蚊黄病毒及其分子遗传进化

为了解宁夏回族自治区(宁夏)虫媒病毒分布及其病毒分子遗传进化分析,本研究对宁夏采集的蚊虫研磨上清进行组织培养细胞分离病毒,并对病毒分离物进行病毒基因的分子生物学和分子遗传学分析等。结果显示在宁夏2019年采集的蚊虫分离到19批病毒基因扩增阳性的病毒分离物,其中3批在C6/36细胞出现明显细胞病变。病毒基因组序列测定结果显示以上19批均为库蚊黄病毒。病毒E基因序列分子遗传进化分析表明,本次宁夏蚊虫分离的库蚊黄病毒与我国北方地区的陕西省(2010年),辽宁省(2010年和2011年)和内蒙古自治区自治区(2018年)分离的库蚊黄病毒同为库蚊黄病毒基因1型B亚型(G1B)。本研究首次在我国宁夏地区蚊虫中分离到库蚊黄病毒,而宁夏地区的病毒株与我国北方地区分离的病毒株同为库蚊黄病毒新的基因亚型(G1B)。

两株盖塔病毒全基因组序列测定与分子遗传进化

目的对2011年和2017年分别在我国甘肃省和海南省分离的两株盖塔病毒(GS11-155和HNDZ1712-1)进行全基因组核苷酸序列测定,分析其与我国1964年首次分离的盖塔病毒(M1)的分子差异及分子遗传进化特征。方法使用病毒基因扩增技术测定新分离的两株盖塔病毒全基因组核苷酸序列,建立盖塔病毒基因组数据集并使用生物信息学软件进行病毒分子特征及分子遗传进化分析等。结果两株新分离盖塔病毒(GS11-155和HN⁃DZ1712-1)基因组全长分别为11690 nt和11621 nt。两株病毒均具有甲病毒基因组结构特征。虽然两株病毒的结构基因、非结构基因以及非编码的连接区核苷酸序列长度均完全相同,但是病毒基因组5'和3'非编码区的核苷酸序列长度存在差异。两病毒株基因组3'UTR重复序列单元的结构未发生变化。病毒基因组同源性分析结果显示,海南省2017年分离的盖塔病毒(HNDZ1712-1)与我国于1964年首次在海南省蚊虫分离的盖塔病毒(M1)之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为97.7%和98.1%。盖塔病毒全基因组核苷酸序列的分子遗传进化分析结果显示,本研究的两株病毒及其所属病毒株分别形成两个单独的进化簇,甘肃2011年进化簇和海南2017年进化簇,并与1964年海南首次分离的病毒形成完全独立的进化种群。结论虽然HNDZ1712-1病毒同样分离自海南岛蚊虫标本,但是与1964年海南岛分离的病毒(M1)处在完全不同的进化分支,而与数千公里之外的甘肃省分离株(GS11-155)具有较近的进化关系,提示新分离的两株盖塔病毒与1964年分离的盖塔病毒存在较大分子遗传差异。

盖塔病毒感染流行病学与防控研究进展

盖塔病毒(Getah virus,GETV)是一种经蚊虫传播、可感染人和多种动物并导致全身症状的人兽共患传染病病原。目前全球已有13个国家分离到GETV,我国已在22个省份分离到该病毒;其地理分布范围逐渐从热带地区传播到温带地区,甚至寒冷的北极地区;能够携带和传播GETV的吸血昆虫种类也在大幅增加。流行病学调查显示,GETV可感染包括猪、马等家畜在内的至少十几种动物,从人群中也检测到了GETV抗体阳性,但还没有人感染GETV后患病的相关报告。随着全球气候变化、动物迁徙以及国际交流频繁,GETV流行范围还可能继续扩大,对养猪业发展构成潜在威胁的同时,其感染人的风险也在加剧。近年来,国内外针对GETV流行范围、传播媒介、易感动物以及感染病例等方面的研究不断增多。本文对GETV的感染病例分布、分子遗传进化规律、传播途径和引发疫病暴发特点等方面的国内外研究情况进行综述,以引起兽医相关部门和公共卫生机构对GETV经济危害和潜在公共卫生威胁的重视,并为GETV的研究和防控提供参考。

6株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列测定与分析

为了解分离自厦门市养殖场、活禽交易市场和活禽屠宰场的H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza viruse,AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的6株H9N2亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:6株分离株的HA裂解位点均符合低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点尤其是234位氨基酸突变为L,表现出人流感病毒受体结合特性;NA存在颈部9个核苷酸缺失的高致病性分子特征;内部基因NS1基因发生P42S突变,M1基因发生N30D、T215A突变,M2基因发生S31N的突变,PB1-F2基因发生N66S突变,提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。8个基因片段均属于欧亚谱系,内部基因与H7N9、H10N8、H10N6、H5N6亚型亲缘关系密切。本研究结果为本地区禽流感生物学特性研究和防控提供科学依据。

H6亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列分析

为了解2017年分离自厦门市某活禽屠宰场的H6N6亚型禽流感病毒(AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的4株H6N6亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:4株分离株的HA裂解位点和受体结合位点均符合低致病性AIV特征,但其中1株分离株NA存在颈部11个氨基酸的缺失。NS1发生P42S突变、M1发生N30D、T215A突变、M2发生V27I的突变。8个基因节段均属于欧亚谱系,内部基因与H5N1、H5N6、H6N1及H6N2 AIV亲缘关系密切。本研究结果表明,4株H6N6分离株均表现为低致病性AIV特征,但也存在与耐药性、毒力增强等相关的突变,基因来源呈现多样性。本研究结果为本地区AIV生物学特性研究及其疾病防控提供科学依据。

福建省厦门市野鸟H2N6亚型禽流感病毒分离与序列分析

为初步了解福建省野生水鸟的禽流感病毒携带情况及其潜在危害,对厦门市滨海水鸟进行禽流感病毒检测,从新鲜粪便中分离到1株H2N6亚型禽流感病毒,并对其进行全基因组序列测定、进化分析及致病性分析。序列分析显示:该分离株的HA裂解位点序列为PQIEPKGL↓,不存在多个连续碱性氨基酸,HA受体结合位点左侧缘第236位氨基酸为Q,未发生L突变,仍为嗜禽源性分子生物特征;NA颈部无Aa缺失,符合低致病性禽流感病毒氨基酸序列特征;与毒力相关的内部基因M1存在N30D、T215A突变,NS1存在P42S突变,PB2存在Q591H突变,与当前在家禽中流行的H9N2、H6N6等亚型毒株突变趋势相似;与耐药性相关的M2特定位点均未发生耐药性突变。遗传进化分析显示,该野鸟H2N6分离株的HA和NA基因属于欧亚谱系,6个内部基因与本地健康家禽分离株H9N2、H6N6、H11N3、H3N3亲缘关系较远(70%～93%),位于不同亚分支。分析结果表明,该毒株虽为低致病性禽流感病毒,但与致病性相关的突变位点存在部分基因突变,具有潜在的毒力增强趋势,需持续监测。

中国乙脑病毒研究进展

20世纪40年代,中国科学家从病毒性脑炎患者标本首次分离到乙脑病毒,此后陆续从乙脑患者标本、多种蚊虫媒介标本和动物标本分离到大量乙脑病毒。本文系统介绍中国在乙脑病毒的地域分布、蚊虫传播媒介以及乙脑病毒分子遗传进化等方面的研究现状,以推动相关研究。

我国新出现的基因Ⅴ型乙脑病毒全基因组分子特征

目的了解我国新分离基因Ⅴ型乙脑病毒（XZ0934）与60年前马来亚（马来西亚）分离株（Muar）全基因组分子特征。方法使用ClustalX 2．0．9、DNAStar 7．1、Bioedit 7．2．5、MEGA 6．06等生物学软件系统分析两株乙脑病毒全基因组核苷酸、氨基酸序列同源性并进行系统进化分析。结果我国2009年西藏蚊虫标本中新分离基因Ⅴ型乙脑病毒（ XZ0934）与1952年马来亚（马来西亚）脑炎病例脑组织分离的基因Ⅴ型乙脑病毒（ Muar ）全基因组分别为10983和10988核苷酸，两株病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为90．6％和98．3％。两株基因Ⅴ型乙脑病毒开放读码框（ ORF）均编码3433氨基酸，而其他4个基因型（1～4型）乙脑病毒ORF编码3432氨基酸。与其他基因型乙脑病毒相比，基因Ⅴ型乙脑病毒较其他基因型乙脑病毒在非结构基因NS4a区段插入一个丝氨酸（Ser），在3′非编码区（3′UTR）插入10～14核苷酸。 E基因分子遗传进化分析显示，XZ0934病毒株与2010年韩国蚊虫标本中检测到的基因V型病毒10-1827处于相邻进化分支，而与Muar株距离较远，提示基因Ⅴ型乙脑病毒在近60年间存在分子遗传进化差异。结论两株分离年代相距约60年的基因Ⅴ型乙脑病毒核苷酸与氨基酸之间均维持较高同源性，均保留了基因Ⅴ型乙脑病毒在非结构基因NS4a的氨基酸插入，但是新分离病毒与60年前分离病毒在分子遗传进化中存在差异。

2株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株遗传演化分析

对2015年活禽交易市场和养殖场的健康鸡群分离到的2株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因组序列测定和遗传演化分析。结果显示:分离株的部分基因与1999年3株感染人的H9N2亚型同源性较低(86.3%~94.6%),与H7N9、H10N8、H10N6亚型同源性较高; A/chicken/Xiamen/10/2015分离株的NP基因与2013年感染人的H7N9毒株A/Shanghai/4664T/2013同源性高达99.9%,说明分离株的进化程度主要与时间相关,与宿主和地理位置关系不大。

应用二代测序技术助解胃癌术后睾丸转移性腺癌诊治研究

目的探讨二代测序技术在肿瘤疑难病例诊治中的作用。方法北京大学肿瘤医院于2014-11-18应用传统病理组织学检查手段及二代测序和分子进化遗传分析(MEGA)对1例胃癌术后7年发现睾丸转移性腺癌病人的病理组织及外周血进行检测及诊断。结果病理学专家一致认为睾丸转移性腺癌来源于胃癌,而基因检测结果提示病人睾丸肿瘤可能并非7年前切除的胃癌转移。结论新的基因检测技术对传统的病理组织学诊断提出了挑战,有必要在临床研究中积累更多数据以将其更好地应用于临床实践。