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乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系HA1基因的分子进化研究
被引量:
5
1
作者
金青青
茅海燕
+4 位作者
孙逸
卢亦愚
冯燕
徐昌平
莫世华
《中华流行病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期366-370,共5页
目的探讨乙型流感病毒两大谱系的进化特征和进化规律。方法从GenBank数据库下载1940—2012年乙型流感病毒流行株共126条,采用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)和分子钟方法,对乙型流感病毒的HA1基因进行系统发育学分...
目的探讨乙型流感病毒两大谱系的进化特征和进化规律。方法从GenBank数据库下载1940—2012年乙型流感病毒流行株共126条,采用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)和分子钟方法,对乙型流感病毒的HA1基因进行系统发育学分析,计算乙型流感病毒两大谱系可能的起源时问与分化时间。结果1978—2010年乙型流感病毒Victoria系与Yamagata系的aa平均差异率为5.4%~10.2%,两谱系的aa差异和组间遗传距离随时问推移呈逐渐增大的趋势。与Victoria系毒株相比,Yamagata系全部毒株的163位aa及部分毒株的166位aa缺失,但是这些年来的乙型流感病毒HA1基因除个别位点外,尚未受到明显的正向选择压力。每年乙型流感病毒HA1基因的碱基替换速率为2.138×10^-3(95%HPD:1.833×10^-3~2.437×10^-3)替代/位点,推算乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系的最近共同祖先出现在1971年(95%HPD:1969—1972年),两大谱系的分化时间点分别为1973年(95%HPD:1971—1974年)和1977年(95%HPD:1975—1978年)。结论乙型流感Victoria系和Yamagata系均较以往发生大的变异,且两大谱系的差异日趋增大,将来有可能分化为不同的亚型,在流感监测中应密切关注这一变化及其流行病学意义。
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关键词
乙型流感病毒
HA1基因
贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛
方法
分子钟方法
进化
原文传递
题名
乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系HA1基因的分子进化研究
被引量:
5
1
作者
金青青
茅海燕
孙逸
卢亦愚
冯燕
徐昌平
莫世华
机构
宁波大学医学院
浙江省疾病预防控制中心
出处
《中华流行病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期366-370,共5页
基金
浙江省自然科学基金项目(Y2080987)
浙江省公共卫生检验检测重点学科群(XKQ-009-003)
文摘
目的探讨乙型流感病毒两大谱系的进化特征和进化规律。方法从GenBank数据库下载1940—2012年乙型流感病毒流行株共126条,采用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)和分子钟方法,对乙型流感病毒的HA1基因进行系统发育学分析,计算乙型流感病毒两大谱系可能的起源时问与分化时间。结果1978—2010年乙型流感病毒Victoria系与Yamagata系的aa平均差异率为5.4%~10.2%,两谱系的aa差异和组间遗传距离随时问推移呈逐渐增大的趋势。与Victoria系毒株相比,Yamagata系全部毒株的163位aa及部分毒株的166位aa缺失,但是这些年来的乙型流感病毒HA1基因除个别位点外,尚未受到明显的正向选择压力。每年乙型流感病毒HA1基因的碱基替换速率为2.138×10^-3(95%HPD:1.833×10^-3~2.437×10^-3)替代/位点,推算乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系的最近共同祖先出现在1971年(95%HPD:1969—1972年),两大谱系的分化时间点分别为1973年(95%HPD:1971—1974年)和1977年(95%HPD:1975—1978年)。结论乙型流感Victoria系和Yamagata系均较以往发生大的变异,且两大谱系的差异日趋增大,将来有可能分化为不同的亚型,在流感监测中应密切关注这一变化及其流行病学意义。
关键词
乙型流感病毒
HA1基因
贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛
方法
分子钟方法
进化
Keywords
Influenza B virus
HA1 gene
Bayesian-MCMC
Molecular clock
Evolution
分类号
R3 [医药卫生—基础医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系HA1基因的分子进化研究
金青青
茅海燕
孙逸
卢亦愚
冯燕
徐昌平
莫世华
《中华流行病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2013
5
原文传递
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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