粳稻基因组SSR偏好性分布研究

【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5′侧翼区距起始密码子距离的增加,SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降,且在1~500 bp区域内大于1.50;在外显子区和3′侧翼区,SSR的相对频率略大于1.00,而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现,在5′侧翼区,CCG、AGG和AG 3类SSR的频率最高,其相对频率分别在1~200、1~400、1~600 bp区间内大于1.50;在3′侧翼区,A、ATCG、AAG和AATT 4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率,但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同;外显子区的SSR大多数为三碱基类型,其中,CCG、AGG、ACG、AGC和ACC 5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高;在内含子区,A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5′侧翼区大约1~500 bp范围内特异性出现,CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型;外显子区和3′侧翼区的SSR频率与基因组频率接近,前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型,即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主,后者以A、ATCG、AAG和AATT为主;而内含子区较少出现SSR,但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。

谷子基因组中SSR的偏态分布

为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好,采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,SSR在5′侧翼区的频率与其基因组频率的比值(相对频率)逐渐下降,在1~700 bp区域内相对频率远大于1.50,而在3′侧翼区、外显子区和内含子区中SSR的相对频率均接近1.00。进一步分析发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,不同单一SSR类型的相对频率的变化趋势各不相同,总体上,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的这6个SSR类型在5′侧翼区的频率和相对频率均较高,其中,AG在5′侧翼区相对频率大于1.5的区域最大(1~1 800 bp),而在CCG的区域最小(1~200 bp)。在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个高C/G含量的三碱基SSR类型具有较高的频率和相对频率。综上,SSR在基因座5′侧翼区1~700 bp内特异性出现,其中,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的6个SSR类型为主要的特异性分布类型;而在基因座3′侧翼区、外显子区和内含子区中,SSR的分布与整个基因组无明显差别,但在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个SSR类型具有明显的分布特异性。

一种基于偏好分布的群决策方法

为了满足群决策的实际需求,本文提出了一种基于偏好分布的群决策方法,该方法利用完全不对称预先排序向量表示决策者的偏好,通过分析计算偏好排序向量的密度和分布结构,从可行方案集合中寻找所有决策者都能接受的优选方案集合,逐次缩小搜索空间以逼近一致满意解。该方法结合冲突分析,可进一步分析决策者之间的相互关系,集成于谈判支持系统,具有直观、实用等特点,最后给出了一个实际例子说明该方法。

偏好分布和利润对品牌竞争差异化的影响

从经济学市场理论出发 ,提出品牌竞争是不完全竞争 ,品牌竞争的差异化是市场竞争的必然结果 ,是企业获利大小的一个决定因素。运用概率论随机变量分布理论 ,对消费者偏好的概率分布与消费者效用函数、品牌需求关系进行了定量分析 ,推导出消费者偏好差异化通过价格的作用而影响市场对品牌的需求 ,因而厂商为获得较高的市场份额需要进行品牌的差异化竞争。运用ShakedandSutton模型 ,对厂商的利润大小与品牌差异化程度的关系进行分析 ,得出厂商为获取更多的利润 ,也需要进行品牌差异化竞争的结论。

分布式偏好及其在选择中的作用

在经典选择理论中无论是接受偏好关系的传递性,还是准传递性,都会导致偏好关系的循环,致使连最基本的选择都无法做出,或出现选择理论与选择实践相反矛盾的情景。分布式偏好是基于传统偏好关系传递性基础上提出的一种偏好关系,给出了分布式偏好的定义、相关定理以及选择条件,对于经典理论中因偏好关系传递性问题引起选择困难的解决提供了一种新思路,解释了个人在选择中出现偏好反转现象依旧能够做出选择的问题。

基于分布式偏好理论的Luce-Suppes难题之消解

传统选择理论因偏好关系的传递性会在实际的选择中面临诸多挑战而遭到质疑,Luce-Suppes难题便是其中的一个有名反例,这足以使传统选择理论离实际的选择越来越远。其实,传统选择理论并没有区分直接的偏好与间接的偏好,这正是其弱点所在。在分布式偏好理论架构下,行动主体做出选择时,分布式偏好(间接偏好)与表达性偏好(直接偏好)都要被考虑且具有不同的作用,质疑传递性的Luce-Suppes难题不再具有挑战性,且能够被分布式偏好合理地解释或消解。其他的一些疑难也能够予以化解,行动主体选择的做出重又回归到了理性的法则之上。

无差异性偏好选择困境消解的分布式偏好路径

在经济逻辑的选择理论中,传递性是行动主体偏好的一个十分重要的性质,对其使用不当会影响选择,进而可能导致选择困境,无差异性偏好选择困境便是一个典型的例子。在分布式偏好架构下,区分出了不同于显示性偏好的分布式偏好,给出了不同于传统选择理论的传递性定义,使无差异性偏好选择困境得以合理地阐释与消解,为进一步理解如秃头悖论等问题提供了思想方法。

基于分布式偏好关系的多属性决策方法及应用

针对利用分布式偏好关系建模且考虑其一致性的多属性决策问题,提出了一种满足一致性的多属性决策方法。给定相邻方案间的分布式偏好关系,首先构建了基于等级得分值的等级合成规则并分析其性质;然后基于等级合成规则定义了分布式偏好关系矩阵的一致性判定准则,进而提出满足一致性的不同方案对间分布式偏好关系合成规则;最后以此规则为核心,设计多属性决策方法的流程,产生了满足一致性的决策结果。将提出的方法应用于芜湖市战略性新兴产业评估,验证了该方法的应用性和有效性。

基于分布式偏好信息的不确定性多属性决策方法

针对权重存在不确定性问题,基于分布式偏好信息提出一种不确定性多属性决策方法。该方法首先将每个属性下的分布式偏好信息转化为效用值区间,运用区间数距离函数构造相对优势矩阵,然后利用SMAA-2方法计算得到不同决策方案处于不同位置的概率,并利用排序权重得到排序结果。最后,通过算例分析,验证该方法的有效性和可行性。

分布式乘性偏好环境下考虑决策者偏好调整意愿的最优-最劣多准则决策方法

本文研究了分布式乘性偏好环境下的多准则决策问题。一方面,为了处理乘性偏好多准则决策问题中决策者采用语言等级刻画准则之间偏好强度时,在语言等级的选择上可能存在的犹豫不确定性,以及在采用多个语言等级但对每个语言等级有明确偏好度的问题,首次提出了分布式乘性偏好关系的概念。该偏好关系在刻画决策者关于准则之间的偏好强度时既继承了乘性偏好值的有效性,又解决了决策者在多个可能乘性偏好值之间选择时存在的犹豫问题。另一方面,针对传统Best-Worst Method(BWM)对不满足一致性要求的偏好进行迭代调整时,未考虑决策者自身调整意愿和调整过程复杂、计算工作量大等局限问题,在分布式乘性偏好环境下构建了考虑决策者偏好调整意愿的BWM。该改进的BWM在最大化保留决策者原始偏好的同时,能使偏好快速达到一致性要求。关于某公司商业用车的决策案例验证了本文方法在应用方面的可行性和有效性。

城市公园使用者景观偏好与景观认知比较研究——以哈尔滨市平房公园为例

景观偏好与认知是使用者对外部环境主观反映的重要方面.以哈尔滨市平房公园为研究对象,结合数理统计与地理信息系统(geo-information system,GIS)技术,从景点类型、空间分布特征与感知强度3个方面对二者间的差异进行比较研究,在形成偏好分布图与认知核密度图基础上,深入分析二者在空间分布特征与景观影响要素间的内在联系,促进景观偏好与认知研究成果在景观实际设计中运用.研究结果表明,在区域型景点和节点型景点中,景观要素的数量与景观偏好和认知呈较强正相关性特征.不同景观要素中,使用者对道路设置、景观小品、群体组合以及硬质景观的喜好程度越高,对该地区的认知度也就越高.

分布式语义决策模型应用于财务共享服务

由于分布式语言偏好关系(DLPRs)能够更好地处理偏好选择中的不确定性,为决策提供更优化的信息表达方式。在应用DLPRs过程中,改进一致性能够大幅度提高决策的可靠性,因此建立了调整乘性一致性的分布式语义决策模型。首先,构建了得到乘性一致DLPRs的新方法,并在此基础上设计了DLPRs的一致性调整算法,通过局部调整元素对一致性进行提升;其次,基于一致性调整算法以及分布式语义平均算子,建立了分布式语义决策模型;最后,应用于财务共享服务中心建设,并与现存的方法进行比较,验证了模型的可行性。

个人影响力在群体决策整合过程中的作用:对SDS理论的扩展

以往社会决策图式理论没有考虑决策群体中成员的地位、成员的价值取向和专长知识分布等决策者影响力因素对群体决策整合过程的影响。本文在考虑上述诸因素影响的前提下构建了决策者影响力函数 ,通过投资决策模拟实验 ,综合使用决策影响力函数和个体偏好分布来预测群体决策的结果。研究表明综合运用决策者影响力函数和修改后的社会决策图式理论比传统的理论能更准确和有效的预测群体决策结果。

基于比较可能度的多属性决策方法

围绕多等级上同时考虑优于、劣于、无差异和不确定等四种成对方案间关系的不同分布式偏好关系(DPR),提出一种基于其比较可能度的属性权重未知的多属性决策方法。首先,利用各等级的得分值将分布式偏好关系转为得分值区间,并基于得分值区间构造服从均匀分布的分布式偏好关系比较可能度;其次,通过理论分析证明其与未考虑分布的比较可能度间的大小关系及其取值差异范围;最后运用提出的比较可能度形成属性权重未知的多属性决策流程,产生高辨识度的决策解。将提出的方法运用于求解芜湖市战略性新兴产业的评估问题,验证了方法的正确性和有效性。

TESA及其在孔多塞选择中的应用

偏好选择情结先天地存在于人类心中。面临选择时,无论选择过程中偏好是否是模糊的,人们总是选择一方案,该方案优于或无差异于方案集中的其他方案。严格基于此,文章提出并论证了满意方案存在性定理(TESA),构建了孔多塞选择模型、拓展型孔多塞选择模型。作为应用之一,以尽可能少的条件,试图解决孔多塞选择问题。

群体选择中的弱独裁原则

从一开始,群体选择理论就受到否定性结论的缠绕,这些否定性结论的本质在于选择理论中不存在"理性"选择过程满足所有的"自然的"、可能的要求必备的条件,所以每个选择过程至少存在一些缺点。偏好选择情结先天在根植于人类的大脑之中,尤其更为根深蒂固地存在决策者的思想中。偏好选择情结是说,面临选择时人们总是选择优于或无差异于其它方案的某个方案。偏好选择情结被认为是理性选择原则。理性选择定理给出了群体及成员所接受的寻求满意方案的方法。然而,通过分析理性选择定理在一些特殊事例中的应用,得出作为理性选择原则的偏好选择情结是弱独裁原则。

基于证据推理的就业主体不确定偏好匹配决策研究

针对就业供需主体选择的双向性以及就业偏好的不确定性问题,从就业单位与劳动者的双边匹配视域,提出了双边主体不确定偏好信息表述与融合的就业匹配决策方法.首先,分别给出劳动者与就业单位主体的分布式偏好评价矩阵,然后基于证据推理的信息融合方法获得双方主体的匹配满意度效用值,最后构建劳动者与就业单位的供需匹配模型并通过应用算例进行验证与分析,研究表明模型能够提高劳动者与就业单位匹配的满意度,促进匹配方案的稳定性.

基于图模型的冲突局中人偏好认知模型构建

在冲突博弈过程中,能通过适当的方式获取对手的偏好认知信息对提升自身利益将起着不可估量的作用。本文依据冲突分析图模型理论,建立了冲突局中人的偏好认知模型。该模型通过逻辑分析首先得出某个局中人的理想冲突结局一定是其冲突对手不想看到的结果,即对手一定希望在该结局的偏好值越小越好;其次给出了Nash和SEQ稳定性的最小偏好值的求解方法,并利用反问题求解模型得到了在该值下分别满足相应稳定性的偏好序集;然后构建偏好序分布信息熵对该偏好序集中包含的信息进行挖掘,得到维持理想冲突结局稳定需要特别关注的对手的偏好信息。最后,以"古巴导弹危机"为例,通过偏好认知模型解析,得出美国要想在其理想冲突结局取得Nash和SEQ均衡,需要首先关注的可行状态以及采取的相应策略;同时也验证了该方法的有效性和优越性。偏好认知模型可以从战略层面为冲突中的一方提供决策依据。

基于多等级方案成对比较的决策方法

为了解决现有的方案两两比较方法一般构建单等级上的比较关系,且不能同时表达多种不同偏好关系的不足,提出一种新的基于多等级方案成对比较的决策方法,构建方案集上基于对称框架的分布式多等级偏好关系.通过设定各等级的得分值,计算分布式偏好关系的得分矩阵,并基于此矩阵构建成对优化模型,求取各方案的优先权区间,进而产生决策结果.将所提出的方法应用于某制造企业云服务供应商的选择问题,验证了所提出方法的应用性和有效性.

耦合改进PERT和BBNs的堆石坝施工进度风险分析

传统的计划评审技术(PERT)考虑的三时估计值主观性偏强,没有考虑风险因素相关性对工序活动工期的影响,影响了工期仿真与风险评价的客观性以及分析结果的可靠性。本文建立了耦合改进PERT和贝叶斯信念网络(BBNs)的心墙堆石坝施工进度风险分析模型,首先利用BBNs推理功能推算工序活动风险因素相关性,同时分析工程进度风险;其次将三角模糊数和模糊测度Me方法相结合来对PERT进行改进,引入了决策者风险偏好指标;最后将该模型应用到实际工程,得到决策者风险偏好指数-工期-完工概率分布曲线,可用于指导施工决策。工程应用结果表明:与传统的PERT方法相比,耦合改进PERT和BBNs得到的仿真结果更加可靠,可为心墙堆石坝施工进度方案设计提供理论依据。