一种快速准确区分Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白的计算方法

通过Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅵ型分泌系统,革兰氏阴性菌可将效应蛋白直接注入宿主体内,并导致宿主感染各种疾病.由于Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白均属非经典分泌蛋白,且它们可能具有相似的序列模体或进化保守性,故两者之间难于区分.基于支持向量机和伪位置特异性得分矩阵,本文提出了一种可快速准确识别革兰氏阴性菌Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白的计算方法.测试集实验结果表明,本方法对Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白具有较好的分类效果,可作为辅助工具用于分泌效应蛋白的进一步研究.

鼠伤寒沙门菌三型分泌系统效应蛋白SseK3生物学底物的鉴定及其功能的初步研究

目的鉴定SseK3蛋白宿主中新的生物学底物以及对其功能的影响。方法通过酵母双杂交系统(yeast-two-hybrid,Y2H)从HeLa cDNA文库中筛选SseK3潜在结合蛋白;通过细胞共表达和体外活性试验检测SseK3对底物蛋白的精氨酸N-乙酰葡萄糖胺化(Arg-GlcNAc)修饰;通过点突变检测SseK3对底物蛋白的修饰位点;通过免疫共沉淀试验检测底物蛋白的Arg-GlcNAc修饰对其互作蛋白结合能力的影响。结果酵母双杂交和基因测序结果表明,SseK3的一个全新底物是Snapin;SseK3在细胞内和体外均可以Arg-GlcNAc修饰Snapin;修饰位点位于Snapin蛋白C端的119和120位精氨酸;Arg-GlcNAc修饰Snapin抑制了Snapin-SNAP25的结合。结论本研究成功筛选到SseK3的一个新的宿主底物蛋白Snapin,初步研究了SseK3对Snapin的Arg-GlcNAc修饰及该修饰对Snapin功能的影响,为后续进一步理解细菌的Arg-GlcNAc修饰功能以及在病原微生物感染过程中的作用机制提供理论依据。