盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析

为探究分泌载体膜蛋白(Secretory carrier membrane protein,SCAMP)的功能,采用PCR方法从模式植物拟南芥中克隆到5个SCAMP基因,进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR技术分析5个SCAMP基因在盐胁迫下的表达模式。结果显示,拟南芥SCAMP蛋白的相对分子量为30.1~33.2 kDa,等电点为6.60~9.18,属于不稳定性疏水蛋白,二级蛋白结构中主要包含4种构象:α–螺旋(Alpha helix,Hh)、无规则卷曲(Randon coil,Cc)、直链延伸(Extended strand,Ee)和β–折叠(Beta turn,Tt),其中以α–螺旋为主,包含4个跨膜结构域,N端和C端均在细胞膜内。实时荧光定量PCR结果表明,AtSCAMPs的表达量均受盐胁迫诱导上调表达,AtSCAMP1,AtSCAMP3,AtSCAMP4,AtSCAMP5基因在叶中的表达明显高于根,且AtSCAMP4和AtSCAMP5在叶中受盐胁迫变化最明显。

基于TCGA数据库分析SCAMP3在肝细胞癌的表达及预后情况

目的:分析载体膜蛋白3(SCAMP3)在肝细胞癌中的表达和对预后的影响以及基因集富集分析。方法:通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析SCAMP3表达和预后。收集2021年1月期间丽水市中心医院4例肝细胞癌患者的癌组织及癌旁组织检测SCAMP3的表达。基于TCGA数据,单因素和多因素Cox回归分析SCAMP3表示与肝细胞癌患者预后关系。利用基因集富集分析探索SCAMP3的生物学作用。结果:TCGA数据库中,肝细胞癌组织中SCAMP3表达高于正常肝组织,差异有统计学意义( Z=-8.38, P<0.001)。基于SCAMP3表达的中位数将患者分为低表达组( n=185)和高表达组( n=185),SCAMP3高表达患者总体生存率更低。手术切除的4例肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织,癌组织中SCAMP3 mRNA、蛋白相对表达均高于癌旁组织,差异均有统计学意义( t=8.55、6.24,均 P<0.001)。多因素Cox回归分析,SCAMP3表达越高,死亡风险越高( HR=1.466,95% CI:1.143~1.881, P<0.001)。基因集富集分析在SCAMP3高表达患者中,凝血级联和补体、视黄醇代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体三种信号通路被识别。 结论:SCAMP3在肝细胞癌表达升高,高表达患者生存预后更差。SCAMP3高表达是肝细胞癌患者生存预后的危险因素。SCAMP3高表达与补体和凝血级联反应、视黄醇代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体通路有关。