集群分离分析法在作物分子标记研究中的应用及问题分析

分子标记的获取有助于辅助选择育种和基因的图位克隆。集群分离分析法是快速有效地寻找与目的基因紧密连锁分子标记的经典方法,广泛应用于作物育种中。其原理简单、方便经济,与近等基因系分析法相比具有一些特有的优势。本文介绍了集群分离分析法的基本理论,并从几个方面分析了其应用过程中要注意的问题:包括物种基因组大小的影响、非目的标记的产生、以及如何构建DNA池等。同时概述了集群分离分析法在F2代、回交、双单倍体、重组自交系等不同分离群体中的应用情况,并对不同分离群体的优缺点进行了比较。最后描述了集群分离分析法对池内基因信息进行定量分析的应用前景。总之,我们期望通过本文为集群分离分析法的合理使用提供一定的参考。

群体分离分析法在食用菌遗传研究中的应用进展

群体分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)是一种利用分离群体快速鉴定基因组特定区域遗传标记的方法。随着高通量测序技术的快速发展,再加上BSA简便、高效、低成本等优势,目前BSA已广泛应用于植物基因定位,但其在食用菌中的应用还处于起步阶段。综述了BSA及其在食用菌遗传研究中的应用现状,并展望其在食用菌遗传研究中的应用前景,为今后利用BSA开展食用菌遗传研究提供参考。

群体分离分析法(BSA)在植物基因定位上的应用

利用群体分离分析法是快速有效地寻找与质量性状基因紧密连锁分子标记的主要途径之一。近年来,BSA法在各种不同植物的育性基因、抗病基因、抗虫基因及形态、生理基因的标记筛选及基因定位方面取得了很大的进展。

集群分离分析法在植物基因定位上的应用

集群分离分析法是一种检测位于特定染色体区段上的标记方法,常被应用针对植物极端性状进行功能基因挖掘。近年来随着测序技术的提高和测序成本的降低,BSA技术在植物基因定位中的应用越来越广泛,并显示了巨大的应用潜力。本研究就BSA技术特点以及在不同作物上的应用研究,特别是基于测序的BSA方法在基因定位上最新进展情况进行汇总和概述。

未知背景干扰分析体系不分离分析方法研究

分析手段仪器化及化学体系复杂化已成为现代分析化学的两大重要特征。一方面,现代分析仪器向分析工作者提供了越来越丰富的有关分析对象的定性定量信息,这为分析工作者解决实际问题提供了有力的武器和机遇;与此同时,生命科学、药物学、环境科学、材料学等分析化学相关学科的迅猛发展使分析对象日趋复杂,一系列复杂的混合物分析体系亟待分析工作者去研究解决,向分析工作者提出了严峻的挑战。

基于二代测序的集群分离分析法在木本植物基因定位中的应用

植物重要性状相关的数量性状基因座(QTL)和基因定位一直是结构基因组学的研究重点,也是遗传机制解析和分子育种的重要基础。木本植物具有重要的经济、生态价值,但用于其研究的传统基因定位方法存在耗时长、工作量大、通量低、成本高且效果不佳等问题。近年来,由于测序技术发展日新月异,基于二代测序技术的集群分离分析法(NGS-based BSA)开始应用于木本植物中。与传统的集群分离分析法(BSA)技术相比,NGS-based BSA周期短、效率高,能对质量或数量性状进行精确定位,在木本植物遗传学和组学研究方面具有广阔的应用前景。文中简述了BSA的发展历程和研究策略,综述了其在木本植物研究中的进展,分析了NGS-based BSA的优势及存在的问题,展望了其在木本植物遗传学、组学和种质改良领域中的应用潜力。

磁分离酶联免疫分析与ELISA法在梅毒抗体筛检中的应用

目的比较磁分离酶联免疫分析法(MAIA)与ELISA法在无偿献血者梅毒抗体筛检中的应用价值。方法以卫生部临床检验中心梅毒抗体临床科研血清盘标本40份及随机抽取西安市无偿献血者梅毒抗体阴性血清100份为评价标本。分别采用MAIA及ELISA法对评价标本作盲法筛检,以临检中心梅毒抗体已知阳性和阴性作为金标准。分析真实性与可靠性,并评价2种试剂的Cut-off值的合理性。结果MAIA及ELISA法的灵敏度分别为92.3%,100.0%,特异度分别为99.1%,100.0%,约登指数分别为0.91和1.00,重复试验符合率均为100.0%。结论提高MAIA法的灵敏度与特异度,将具有更大的临床应用价值。

利用P_1F_1P_2和F_2或F_(2∶3)世代联合的数量性状分离分析

文章建立了利用亲本、F1和F2 或F2∶3 4个世代的数量性状主基因 +多基因 (简称主 +多基因 )混合遗传分离分析方法 ,包括 1对主基因、2对主基因、多基因、1对主 +多基因和 2对主 +多基因 5类共 2 4个遗传模型。

玉米籽粒发育突变体emp35的表型分析与基因定位

为解析玉米籽粒形成的遗传基础,探究Emp35基因在玉米籽粒发育中的作用,对籽粒缺陷突变体empty pericarp35(emp35)进行表型鉴定、胚乳细胞显微观察、胚乳贮藏物质含量测定及图位克隆。结果显示:突变体籽粒发育缓慢,明显小于同期发育的正常籽粒,成熟籽粒干瘪呈空皮状;胚乳细胞显微观察发现emp35的胚和胚乳发育严重滞后,胚乳细胞中线粒体结构异常;淀粉和蛋白质积累减少;F_(2)代分离果穗上正常籽粒与发育缺陷籽粒呈3∶1分离,表明籽粒缺陷表型由单个隐性核基因突变所致。采用集团分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)将Emp35定位于第8染色体127.90~163.36 Mb区间,在该区间内开发了4个InDel标记,连锁作图将Emp35精细定位于139571117~146176858区间。

小麦种质资源茎基腐病抗性鉴定及定位分析

采用小米培养基接种法对163份当前推广的小麦种质资源进行室内和田间茎基腐病抗性鉴定。结果表明,没有鉴定出高抗和免疫的小麦材料,但是不同材料的抗性能被明显区分,群体抗性整体上呈现正态分布趋势,室内鉴定病情指数分布在13.28~83.33之间,田间鉴定病情指数分布在10.27~73.89之间。室内和田间鉴定结果较稳定,两环境病情指数的相关系数为0.79,说明室内鉴定结果可较好反映田间抗性情况。全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study)显示,显著SNP广泛分布于小麦各条染色体上,其中2A上最多,集中在725~763 Mb区段内。进一步集群分离分析法(BSA,bulked segregant analysis)结果显示,显著SNP集中在2A上的730~750 Mb区段内。综合来看,小麦2A染色体上730~750 Mb区段内可能存在显著调控小麦茎基腐病的抗性基因。本研究能够为小麦茎基腐病抗性材料筛选及抗病位点挖掘提供重要的参考意义。

地质体中氨基酸及其对映体的分析方法

Separation and analytical methods are dealt with for amino acids and their enantiomers in samples of geological interest. Agreement is obtained for Jflin meteorite and fossil bones between the analyses of the authors' lab and those given by laboratories in other countries.

印度南瓜果皮和果肉颜色遗传分析及基因定位

以印度南瓜‘98-2-351’与‘06820-1’杂交构建F2群体,对亲本及各世代群体成熟果实果皮和果肉颜色进行调查、统计分析。结果表明:F2群体中果皮桔红色和灰色的分离比呈3∶1,说明果皮灰色是由单隐性基因控制;F2群体中果肉黄色和白色的分离比呈3∶1,说明果肉白色也是由单隐性基因控制。利用群体分离分析法结合隐性群体分析法,采用SSR分子标记,找到了2个与控制灰色果皮基因位点CmRc紧密连锁的SSR标记(PU078072和PU013839),其连锁遗传距离分别为5.9cM和14.5cM;同时找到了1个与控制白色果肉基因位点CmFc紧密连锁的SSR标记PU132712,其连锁遗传距离为6.7cM。本研究为进一步筛选与控制印度南瓜果皮和果肉颜色基因更加紧密连锁的分子标记及相关基因的精确定位奠定了基础。

地被菊匍匐性的遗传分析与RAPD标记研究

【目的】探讨地被菊株型匍匐性的遗传控制,并寻找与匍匐性连锁的RAPD标记,为匍匐型地被菊新品种选育、分子标记辅助育种和匍匐性相关基因的克隆奠定基础。【方法】以盆栽小菊品种‘早意大利红’为母本,地被菊品种‘03(6)-12’为父本构建F1群体,从F1中选取株型表现为匍匐、直立和中间型的单株各1株,分别自交,构建F2群体,并以选取的3个类型F1单株为母本与‘03(6)-12’回交,构建BC1群体。以主枝分枝角度作为株型划分依据,统计每个群体中不同株型分离比,推测地被菊株型控制相关基因特点。此外,以F1分离群体为试材,采用集团分离分析法(bulkedsegregantanalysis,BSA)构建株型匍匐/直立基因池,利用200个RAPD随机引物筛选与地被菊匍匐基因相连锁的分子标记。【结果】通过遗传分析和χ2检验表明,地被菊匍匐/直立特性由1对不完全显性主效基因控制,同时存在微效修饰基因。筛选出1个与地被菊匍匐性状控制基因相连锁的分子标记A-10555。经过重复性验证和群体单株验证,该标记与地被菊株型匍匐/直立位点遗传距离为7.96cM。【结论】以主枝分枝角度作为株型的划分标准是可行的,通过F1、F2和BC1分离群体能对地被菊株型控制位点进行有效分析。获得的分子标记与株型匍匐/直立位点的遗传距离小,能用于辅助育种。

利用BSA法检测水稻条纹叶枯病高效应抗性位点

通过前期对江苏水稻地方品种抗条纹叶枯病资源的筛选获得的一份高抗条纹叶枯病水稻品种旱稻,配制其与条纹叶枯病感病品种武育粳3号杂交组合,采用田间自然接种鉴定方法,以病情指数为表型值,对141个F2单株的F2:3株系进行了条纹叶枯病抗性鉴定。同时利用群体分离分析法(Bulked segregant analysis,BSA法)对抗/感DNA池分析发现第11染色体SSR标记RM209、RM21与条纹叶枯病抗性有明显的连锁关系。利用基于完备复合区间作图方法的QTL检测软件(QTL IciMapping V3.2)在第11染色体上检测到一个条纹叶枯病抗性相关QTL,位于SSR标记RM209和RM21之间,LOD值为13.25,可解释表型变异38.39%,加性效应为负值,表明该数量性状基因座对水稻条纹叶枯病的抗性来自抗病亲本旱稻。

源宝占抗稻瘟病遗传分析及基因定位

稻瘟病是水稻三大病害之一,严重威胁着粮食安全。解决这一问题最安全、有效的措施是选育、推广抗病品种。源宝占是一份新育水稻材料,经鉴定,源宝占对来自广东各稻作区的25个菌株中23个表现为抗性,抗频达92%,为广谱抗性材料。以源宝占与粤香占进行杂交,构建F1、F2群体,选用GD00-193a菌株对亲本及世代群体进行接种鉴定,结果表明F2代单株抗感分离比符合3∶1,这说明源宝占对菌株GD00-193a的抗性是由一对显性基因或一个主效QTL控制。利用群体分离分析法(BSA)结合隐性群体分析法(RCA)将此基因定位于标记RM136与RM549之间。

黄瓜白粉病抗性基因定位及候选基因分析

【目的】通过对黄瓜白粉病抗性基因的精细定位,明确抗性基因的候选区段,为进一步克隆基因及解析基因功能奠定基础。【方法】本研究选用高抗白粉病资源(自交系‘74’)和感白粉病资源(自交系‘80’)配制杂交组合,构建F_1、F_2群体,利用单囊壳白粉菌鉴定亲本及群体白粉病抗性并进行遗传分析;采用BSA-seq的方法对黄瓜白粉病抗性基因进行初步定位,在此基础上在候选区段开发分子标记,进一步精细定位白粉病抗性基因。【结果】分离群体单株表型鉴定结果表明,自交系74的抗性是由不完全隐性基因控制的。BSA-seq技术初步将抗性基因定位于5号染色体15—25 Mb位置,命名为PM 74。最终,利用分子标记将抗性基因定位于SSR15321和SSR07531之间,遗传距离为3.06 c M,物理距离为238 444 bp,可解释41.95%的表型变异。生物信息学分析表明在候选区段内包含有17个候选基因,其中Cucsa.275630为TIR-NBS-LRR类基因。【结论】本研究将黄瓜白粉病抗性基因精细定位到约238 kb的候选区段内,区段内包含有一个TIR-NBS-LRR基因,该基因将是今后研究的重点候选基因。

苦瓜主要株型性状的遗传分析

以栽培苦瓜自交系佛沥112(M.charantia var.charantia)为母本(P1),野生苦瓜自交系THMC170(M.charantia ssp.macroloba)为父本(P2),通过杂交和自交构建4个遗传世代(P1、P2、F1、F2)群体,利用植物数量性状主基因+多基因混合遗传分离分析方法,分别对苦瓜的节位数、叶长、叶宽、茎粗和节间长5个株型性状进行遗传分析。结果表明:苦瓜节位数、叶长和叶宽的遗传均符合2对等显性主基因+加性-显性多基因混合模型(E-6模型),茎粗的遗传符合加性-显性-上位性多基因遗传模型(C-0模型),节间长符合2对等加性主基因+加性-显性多基因混合遗传模型(E-4模型);苦瓜茎粗和节位数的遗传率分别为20.08%和39.28%,表明茎粗和节位数易受环境影响;苦瓜叶长、叶宽和节间长的遗传率均较高,分别为51.50%、52.16%和64.36%;其中,叶长的遗传主要受主基因控制(主基因遗传率为40.75%),表明对叶长可以进行早期世代选择;而叶宽和节间长的遗传主要受多基因控制(多基因遗传率分别为38.26%和59.46%),表明对叶宽和节间长的选择宜在高世代进行。

关于气相色谱法对变压器故障类型的判断

自气相色谱法问世以来，这种新型的物化分离分析法就成为我们检测变压器内部故障的有效手段。此种方法的最大优点是检测故障、预告故障均不要求运行设备停电。气相色谱法用气体作载气，把被分析的、具有不同特性的混合气体分离开，并逐一定性和定量，分析绝缘油中溶解的气体，从而对变压器故障类型进行准确的分析判断。

土壤中放射性核素铀钍测定方法探讨

土壤试样中,放射性核素铀钍经酸溶分解后,制成酸性混合溶液,用TBP萃淋树脂萃取分离干扰元素并富集微量铀、钍,采用盐酸和蒸馏水分别洗脱钍、铀.在盐酸介质中,用偶氮胂Ⅲ显色,于波长660 nm处测定钍络合物的吸光度;在pH=8时,用5-Br-PADAP-OP溶液显色,于波长580 nm处测定铀络合物的吸光度.该方法简便、快速、准确.检出限分别为铀0.08μg/g,钍0.05 μg/g.