基于快速傅里叶变换的蛋白质-蛋白质对接程序的研究进展

蛋白质-蛋白质相互作用与识别的研究是分子生物学领域的重要课题。然而由于蛋白质分子巨大,即使将蛋白质看成刚体,在没有指导信息的情况下,系统地搜寻和评估上亿个可能的对接取向十分困难,人们为了解决这个难点,发展了许多搜寻算法,快速傅里叶变换(Fast fourier transform,FFT)便是其中最为流行的算法之一。而打分函数与蛋白质对接结果的准确性密切相关,也是蛋白质-蛋白质对接的难点之一。该文概述了基于快速傅里叶变换的蛋白质-蛋白质对接程序的一般过程。同时,概述了使用与FFT算法的打分函数的一般特征,并且以形状互补、静电力、去溶剂化和统计势能3类介绍了典型的FFT算法下的打分函数。