初发鼻咽癌差异基因的染色体定位及功能分析

目的利用基因芯片技术探索初发鼻咽癌(primary nasopharyngeal carcinoma,pNPC)与鼻咽黏膜慢性炎症组织(chronic nasopharyngitis tissue)差异基因的染色体定位和功能分析。方法用Affymetrix Gene1.0ST芯片检测pNPC与鼻咽黏膜慢性炎症组织基因表达谱差异,并利用生物信息学方法对差异基因进行染色体定位和功能分析。结果差异倍数3倍以上共有102个基因,其中表达上调25个,表达下调77个;差异基因染色体定位分析,发现5个差异基因未知其定位,其余97个差异基因在1号染色体上分布最多,包含16个,其次为3号染色体,包含13个;从差异基因功能分类看,属于酶活性基因最多,其余依次为蛋白结合、免疫、钙黏合等,以上4大类共占差异基因总数65.6%。结论 pNPC差异基因散在分布在各染色体,以1、3号染色体最多;4大类(酶活性、蛋白结合、免疫相关、钙黏合)相关基因异常在癌变过程中发挥重要作用。

应用基因芯片筛选初发和复发鼻咽癌相关基因的观察

目的观察基因芯片技术在筛选初发和复发鼻咽癌癌变过程中相关基因的应用价值。方法应用基因芯片技术分别检测初发鼻咽癌和正常鼻咽黏膜、初发鼻咽癌与复发鼻咽癌两组基因表达的差异,利用生物信息学方法对检测结果进行分析;反转录聚合酶链反应验证芯片结果。结果初发鼻咽癌和正常鼻咽黏膜、初发鼻咽癌与复发鼻咽癌两组均存在大量差异表达基因。与初发鼻咽癌相关差异基因394个,基因功能包括蛋白结合和钙离子结合、酶活性、免疫等;与复发鼻咽癌相关差异基因104个,基因功能包括蛋白结合和钙离子结合、酶活性、细胞外基质等。筛选可能与初发和复发鼻咽癌癌变相关的基因。逆转录聚合酶链反应和芯片结果基本一致。结论基因芯片技术可用于筛选初发和复发鼻咽癌癌变过程的可能相关基因。