目的基于网络药理学方法探究刺五加总苷抗疲劳的潜在作用机制。方法以刺五加总苷中7种主要活性成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction网络平台预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、DiGseE数据库获取与疲劳有关的靶标,借助Cytosca...目的基于网络药理学方法探究刺五加总苷抗疲劳的潜在作用机制。方法以刺五加总苷中7种主要活性成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction网络平台预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、DiGseE数据库获取与疲劳有关的靶标,借助Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-抗疲劳靶点”网络图,并通过度值筛选核心成分;使用String平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,结合Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络图,通过度值、节点紧密度、节点介度筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库对靶点的类型进行归属;使用AutoDock vina软件对核心成分与关键靶点进行分子对接;采用DAVID数据库对刺五加总苷抗疲劳的作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果获得刺五加总苷中7种主要活性成分包括刺五加苷A、刺五加苷B、刺五加苷B1、刺五加苷C、刺五加苷D、刺五加苷E和芝麻素,预测得到抗疲劳靶点83个,筛选出核心成分3个,包括刺五加苷B、刺五加苷B1、刺五加苷C,关键靶点4个,包括热休克蛋白90α家族A级成员1(heat shock protein 90αfamily class A member 1,HSP90AA1)、信号传导及转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、基质金属蛋白酶9(matrix metalloproteinase 9,MMP9);分子对接结果显示,核心成分与关键靶点的结合能力与三磷酸腺苷二钠(ATP-2Na)相近;基因富集分析得到GO功能条目250个(P<0.05),通路36条(P<0.05);网络药理学分析显示,刺五加总苷主要通过药物反应、细胞增殖的正调控、缺氧反应等生物过程,以及调节缺氧诱导因子1(hypoxia-inducible factor 1,HIF-1)、磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、胰岛素信号通路和物质代谢等发挥抗疲劳作用。结论初步探究了刺五加总苷抗疲劳作用的潜在靶点和相关通路,为刺五加抗疲劳作用机制的研究提供科学依据和参考。展开更多
本文以刺五加总苷中的7种主要成分为研究对象,利用网络药理学方法对刺五加总苷治疗2型糖尿病(diabetes mellitus type 2)的作用机制进行探讨。首先运用SwissTargetPrediction、GeneCard、String平台在线预测这7种成分与2型糖尿病相关的...本文以刺五加总苷中的7种主要成分为研究对象,利用网络药理学方法对刺五加总苷治疗2型糖尿病(diabetes mellitus type 2)的作用机制进行探讨。首先运用SwissTargetPrediction、GeneCard、String平台在线预测这7种成分与2型糖尿病相关的潜在靶点共35个。然后使用Cytoscape3.6.1构建"成分-靶点"网络图,并利用内置的Networkanalyzer工具进行拓扑学分析。在DAVID6.8平台上进行基因功能(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路富集分析,根据富集结果构建"成分-靶点-通路"网络图。并筛选出可能主要作用于2型糖尿病的成分作为核心成分,然后将核心成分与关键疾病靶蛋白进行分子对接验证,并深入分析刺五加总苷作用的潜在机制。结果经筛选,共有8条与2型糖尿病相关的重要通路。本研究表明,刺五加苷A、刺五加苷D、刺五加苷E和芝麻素在胰岛素抵抗、细胞凋亡和炎症相关通路起关键作用。刺五加总苷可能主要通过作用信号转导子和转录激活子(signal transducer and activator of transcription,STATs)、非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶(polyclonal antibody to protein tyrosine phosphatase,non receptor type,PTPN)1、PTPN2、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)、p38蛋白等靶点,通过多通路的方式共同作用,起到对2型糖尿病的综合治疗效果,并为今后的刺五加总苷作为抗2型糖尿病药物的开发奠定了基础。展开更多
文摘目的基于网络药理学方法探究刺五加总苷抗疲劳的潜在作用机制。方法以刺五加总苷中7种主要活性成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction网络平台预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、DiGseE数据库获取与疲劳有关的靶标,借助Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-抗疲劳靶点”网络图,并通过度值筛选核心成分;使用String平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,结合Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络图,通过度值、节点紧密度、节点介度筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库对靶点的类型进行归属;使用AutoDock vina软件对核心成分与关键靶点进行分子对接;采用DAVID数据库对刺五加总苷抗疲劳的作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果获得刺五加总苷中7种主要活性成分包括刺五加苷A、刺五加苷B、刺五加苷B1、刺五加苷C、刺五加苷D、刺五加苷E和芝麻素,预测得到抗疲劳靶点83个,筛选出核心成分3个,包括刺五加苷B、刺五加苷B1、刺五加苷C,关键靶点4个,包括热休克蛋白90α家族A级成员1(heat shock protein 90αfamily class A member 1,HSP90AA1)、信号传导及转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、基质金属蛋白酶9(matrix metalloproteinase 9,MMP9);分子对接结果显示,核心成分与关键靶点的结合能力与三磷酸腺苷二钠(ATP-2Na)相近;基因富集分析得到GO功能条目250个(P<0.05),通路36条(P<0.05);网络药理学分析显示,刺五加总苷主要通过药物反应、细胞增殖的正调控、缺氧反应等生物过程,以及调节缺氧诱导因子1(hypoxia-inducible factor 1,HIF-1)、磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、胰岛素信号通路和物质代谢等发挥抗疲劳作用。结论初步探究了刺五加总苷抗疲劳作用的潜在靶点和相关通路,为刺五加抗疲劳作用机制的研究提供科学依据和参考。
文摘本文以刺五加总苷中的7种主要成分为研究对象,利用网络药理学方法对刺五加总苷治疗2型糖尿病(diabetes mellitus type 2)的作用机制进行探讨。首先运用SwissTargetPrediction、GeneCard、String平台在线预测这7种成分与2型糖尿病相关的潜在靶点共35个。然后使用Cytoscape3.6.1构建"成分-靶点"网络图,并利用内置的Networkanalyzer工具进行拓扑学分析。在DAVID6.8平台上进行基因功能(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路富集分析,根据富集结果构建"成分-靶点-通路"网络图。并筛选出可能主要作用于2型糖尿病的成分作为核心成分,然后将核心成分与关键疾病靶蛋白进行分子对接验证,并深入分析刺五加总苷作用的潜在机制。结果经筛选,共有8条与2型糖尿病相关的重要通路。本研究表明,刺五加苷A、刺五加苷D、刺五加苷E和芝麻素在胰岛素抵抗、细胞凋亡和炎症相关通路起关键作用。刺五加总苷可能主要通过作用信号转导子和转录激活子(signal transducer and activator of transcription,STATs)、非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶(polyclonal antibody to protein tyrosine phosphatase,non receptor type,PTPN)1、PTPN2、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)、p38蛋白等靶点,通过多通路的方式共同作用,起到对2型糖尿病的综合治疗效果,并为今后的刺五加总苷作为抗2型糖尿病药物的开发奠定了基础。
