基于前缀计算的序列比对研究

为了提高Smith-Waterman算法处理速度,同时不改变原算法的准确性,本文利用前缀计算方法修改Smith-Waterman算法,并进行OpenMP并行化。在多核机上测试表明,前缀计算的共享并行化使得该局部比对算法的速度得到很大的提高。

一种Ling选择进位加法器

设计一种Ling选择进位加法器,组间采用Ling进位代替传统的进位,利用内部连线与节点扇出平衡的并行前缀逻辑产生进位机制,并对通常的进位选择模块进行调整,以使其适合Ling进位。该加法器兼具了Ling加法器的快速性,又避免了逻辑产生的复杂性。实验结果表明,与超前进位加法器相比,该加法器的速度提高12%左右。