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蝎毒液肽基因内含子剪接信号分析 被引量:1
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作者 朱顺义 曹志贱 李文鑫 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期695-702,共8页
从中国蝎ButhusmartensiiKarsch基因组DNA中分离到两个毒液肽基因的内含子。在此基础上 ,通过编辑和分析目前已出版的蝎毒液肽基因内含子序列 ,确定了这类基因内含子剪接信号的共有序列 ,并将其与其它物种进行了比较。
关键词 蝎毒液肽 基因组织 剪接信号 内含子
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基于剪接信号和调节元件序列特征的剪接位点预测方法 被引量:1
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作者 孙宗晓 桑凌洁 +1 位作者 居理宁 朱怀球 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第19期2298-2306,共9页
结合剪接相关的剪接信号和调节元件的序列特征信息,发展高效的剪接位点预测方法,是真核生物基因预测中一个新课题.运用熵密度分布(EDP)距离方法、权重数组法(WAM)、κ检验等算法建立了剪接位点相关的剪接信号的统计模型,同时基于无监督... 结合剪接相关的剪接信号和调节元件的序列特征信息,发展高效的剪接位点预测方法,是真核生物基因预测中一个新课题.运用熵密度分布(EDP)距离方法、权重数组法(WAM)、κ检验等算法建立了剪接位点相关的剪接信号的统计模型,同时基于无监督自学习的基序检测方法建立了调节元件的统计模型,在此基础上设计了基于多层次支持向量机(SVM)的剪接位点预测新算法,实现了真核基因剪接位点的从头(ab initio)预测.对人类基因组剪接位点数据的大规模测试结果表明,本研究提出的方法能够有效地预测人类基因组中的剪接位点,预测水平不仅全面高于传统的基于剪接信号的预测方法GeneSplicer,而且在总体预测精度上达到并大部分超过基于调节元件信号的预测方法SpliceScan.对于低GC含量的基因序列,本文方法的预测精度明显地高于其他两种方法. 展开更多
关键词 基因预测 剪接位点 剪接信号 调节元件
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哺乳类细胞基因表达系统 被引量:1
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作者 孙蕾 王会信 《生物技术通讯》 CAS 1998年第1期65-67,71,共4页
真核基因的转录和转译调控是哺乳类细胞基因表达系统建立和发展的基础,外源基因的表达水平不仅决定于启动子/增强子的强弱,还与剪接信号、终止信号和poly(A)信号以及质粒的拷贝数等因素有关。另外,在基因治疗的研究中,也已寻找到多种具... 真核基因的转录和转译调控是哺乳类细胞基因表达系统建立和发展的基础,外源基因的表达水平不仅决定于启动子/增强子的强弱,还与剪接信号、终止信号和poly(A)信号以及质粒的拷贝数等因素有关。另外,在基因治疗的研究中,也已寻找到多种具有组织或肿瘤特异性的启动子,来达到特异性肿瘤基因治疗的目的。 展开更多
关键词 哺乳类细胞基因表达 启动子/增强子 剪接信号 质粒拷贝数
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P68 RNA helicase is a nucleocytoplasmic shuttling protein 被引量:3
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作者 Haizhen Wang Xueliang Gao +2 位作者 Yun Huang Jenny Yang Zhi-Ren Liu 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2009年第12期1388-1400,共13页
P68 RNA helicase is a prototypical DEAD box RNA helicase. The protein plays a very important role in early organ development and maturation. Consistent with the function of the protein in transcriptional regulation an... P68 RNA helicase is a prototypical DEAD box RNA helicase. The protein plays a very important role in early organ development and maturation. Consistent with the function of the protein in transcriptional regulation and pre-mRNA splicing, p68 was found to predominately localize in the cell nucleus. However, recent experiments demon- strate a transient cytoplasmic localization of the protein. We report here that p68 shuttles between the nucleus and the cytoplasm. The nucleocytoplasmic shuttling of p68 is mediated by two nuclear localization signal and two nuclear exporting signal sequence elements. Our experiments reveal that p68 shuttles via a classical RanGTPase-dependent pathway. 展开更多
关键词 P68 RNA helicase nucleocytoplasm shuttle NLS NES DEAD box
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一种基于综合信息的剪接位点识别方法 被引量:2
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作者 王科俊 吕俊杰 +1 位作者 冯伟兴 王鑫 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第3期111-114,共4页
为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vie... 为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vienna软件中的Mfold包预测每个剪接位点附近序列最稳定的二级结构,将传统的四字符核酸表转化为八字符核酸表,每个序列用八字符进行描述,用结合了结构信息的序列对信号模型和序列模型进行训练学习;最后用训练好的模型进行剪接位点的识别.实验结果证明:该方法对剪接位点的识别取得了很好的效果,其识别精度可达95%以上. 展开更多
关键词 生物信息学 剪接位点 剪接信号 可变剪接 二级结构
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