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剪接因子3B亚单位1在乳腺癌组织中的表达及与患者临床病理特征关系
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作者 陈丽丽 施民新 薛丽娟 《陕西医学杂志》 CAS 2024年第2期262-265,共4页
目的:探讨剪接因子3B亚单位1(SF3B1)在乳腺癌组织中的表达及与患者临床病理特征的关系。方法:分析88例乳腺癌患者乳腺癌组织和癌旁组织SF3B1的表达水平,评估SF3B1对乳腺癌的诊断价值,比较SF3B1高表达组与低表达组临床病理特征差异。结果... 目的:探讨剪接因子3B亚单位1(SF3B1)在乳腺癌组织中的表达及与患者临床病理特征的关系。方法:分析88例乳腺癌患者乳腺癌组织和癌旁组织SF3B1的表达水平,评估SF3B1对乳腺癌的诊断价值,比较SF3B1高表达组与低表达组临床病理特征差异。结果:乳腺癌组织SF3B1表达明显高于癌旁组织(P<0.05);SF3B1诊断乳腺癌的AUC为0.713;SF3B1诊断乳腺癌的最佳截断值为110.72。高表达组年龄明显高于低表达组,淋巴结转移为N 0的比例明显低于低表达组,两组病理学分级比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:SF3B1在乳腺癌组织中的表达明显上调,在诊断乳腺癌方面效能较好,与临床病理参数有关,可能参与了乳腺癌的发生、侵袭和转移过程的调控。 展开更多
关键词 乳腺癌 剪接因子3B亚单位1 诊断 临床病理 淋巴结转移 受试者工作特征曲线
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禾谷炭疽菌中剪接因子SR蛋白的生物信息学分析及基因克隆
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作者 张艺美 代亚锋 +2 位作者 叶云英 陈震 宫安东 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期72-80,共9页
Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白C... Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白CgSrp1和CgSrp2;通过SMART保守结构域分析,明确CgSrp1和CgSrp2蛋白的N端都含有RNA识别结构域,C端含有丝氨酸/精氨酸二肽序列;利用NCBI中BLASTp程序与其他物种进行相似性分析,构建系统进化树,并通过氨基酸序列比对发现SR蛋白在植物和真菌之间的差异性;同时,通过对CgSrp1和CgSrp2蛋白的理化性质、疏水性、亚细胞定位及二、三级结构等进行生物信息学分析,明确CgSrp1和CgSrp2都是亲水性蛋白质,二者均定位于细胞核,含有α螺旋、β折叠和无规则卷曲三种结构;以野生型禾谷炭疽菌CgM2为模板,成功克隆了CgSRP1和CgSRP2基因片段,明确CgM2存在CgSRP1和CgSRP2基因。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 SR蛋白 剪接因子 生物信息学 基因克隆
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基于剪接因子SRSF9在头颈部鳞状细胞癌中的表达及临床意义的生物信息学分析
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作者 刘玉婷 喻莹 +2 位作者 黎桂珍 史沁雪 李彬彬 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期379-391,共13页
目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30... 目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库、基因表达交互分析(GEPIA)数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系;利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况;应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源(TIMER)数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路;基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件,并对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:TCGA数据库、GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高(P<0.01);CPTAC数据库分析,与正常组织比较,HNSCC组织中SRSF9蛋白表达水平明显升高(P<0.001)。TCGA数据库分析,SRSF9 mRNA表达与HNSCC患者病理分级(P=0.004)和HPV感染(P=0.031)有关联。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA高表达均与患者总生存期(OS)较差相关[风险比(HR)=1.40,P=0.019;HR=1.55,P=0.003]。cBioPortal数据库分析,HNSCC中SRSF9基因拷贝数变异(CNV)占26.85%,其CNV与SRSF9 mRNA表达水平呈正相关关系(r=0.44,P<0.001)。ESTIMATE算法分析,SRSF9 mRNA高表达组基质评分和免疫评分均较SRSF9 mRNA低表达组低(P<0.001),肿瘤纯度则高于SRSF9 mRNA低表达组(P<0.001)。TIMER数据库分析,SRSF9 mRNA表达水平与CD4+T淋巴细胞浸润呈正相关关系(r=0.186,P<0.001),而与B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和树突状细胞浸润呈负相关关系(r=-0.269,P<0.001;r=-0.353,P<0.001;r=-0.304,P<0.001)。SRSF9共表达基因富集分析,核糖体、剪接体和代谢通路等相关基因上调,而黏着斑、细胞因子和细胞黏附分子等相关基因下调。SRSF9相关可变剪接靶基因主要涉及脂类代谢、胰高血糖素和紧密连接等通路。结论:SRSF9在HNSCC中呈高表达,且与患者预后不良和肿瘤微环境免疫细胞浸润相关,可成为HNSCC诊断、预后评估和治疗的潜在分子靶标。 展开更多
关键词 头颈部 鳞状细胞癌 富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9 可变剪接 肿瘤免疫 生物信息学
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基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析 被引量:1
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作者 唐吴月 李硕杰 庞丽娟 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期139-149,共11页
目的:利用生物信息学方法筛选与肺腺癌(LUAD)患者生存相关的可变剪接(AS)事件,构建剪接因子(SF)-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶... 目的:利用生物信息学方法筛选与肺腺癌(LUAD)患者生存相关的可变剪接(AS)事件,构建剪接因子(SF)-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点(SpliceAid2)数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型,基于该模型计算每种AS事件的风险评分,采用Kaplan-Meier(K-M)生存分析和受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的可靠性。通过Cox回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析,并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。结果:筛选获取与生存相关的AS事件43948个,共7种类型,主要以外显子活跃(ES)事件和可变终止子(AT)事件为主。构建AS事件预后风险模型,基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组,K-M生存分析,高风险组LUAD患者总生存(OS)率较低风险组低(P<0.05)。ROC曲线分析,LUAD患者预后风险模型预测性良好,曲线下面积(AUC)为0.824。SF-AS调控网络,12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件,可预测LUAD患者的不良预后。结论:筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF,构建了SF-AS网络,为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。 展开更多
关键词 生物信息学技术 肺腺癌 可变剪接 剪接因子 癌症基因组图谱数据库
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剪接因子SF2/ASF在胰腺癌中的表达及其临床意义
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作者 孟琳 杨华宇 马秀梅 《癌变.畸变.突变》 CAS 2023年第3期209-214,共6页
目的:探讨胰腺癌组织中剪接因子2/选择性剪接因子(SF2/ASF)的表达,及其与抑癌基因P53(突变型)、增殖标志物Ki67和患者临床病理指标之间的相关性。方法:采用GEPIA数据库分析350例胰腺癌组织和癌旁正常组织中SRSF1基因(SF2/ASF的编码基因... 目的:探讨胰腺癌组织中剪接因子2/选择性剪接因子(SF2/ASF)的表达,及其与抑癌基因P53(突变型)、增殖标志物Ki67和患者临床病理指标之间的相关性。方法:采用GEPIA数据库分析350例胰腺癌组织和癌旁正常组织中SRSF1基因(SF2/ASF的编码基因)的表达差异,以及SRSF1与TP53和MKi67(Ki67的编码基因)的相关性;采用免疫组织化学法检测60例胰腺癌组织及对应的癌旁正常组织中SF2/ASF、突变型P53和Ki67蛋白的表达,采用Pearson相关性分析研究SF2/ASF与突变型P53和Ki67的相关性,以及SF2/AFS蛋白表达水平与胰腺癌患者临床病理学指标的关系;采用Cox比例风险回归模型进行预后分析。结果:GEPIA数据库分析结果表明,与癌旁正常组织相比,SRSF1基因在胰腺癌组织中的表达水平显著升高(P<0.01),SRSF1与TP53和MKi67的表达水平均相关(r分别为0.28和0.32,均为P<0.01);免疫组化检测结果显示,与癌旁正常组织相比,SF2/ASF蛋白、突变型P53和Ki67蛋白在胰腺癌组织中的表达水平显著升高(P<0.01)。Pearson相关性分析结果表明胰腺癌组织中,SF2/ASF蛋白表达水平与突变型P53蛋白及Ki67增殖指数有关(r分别为-0.386和0.275,均为P<0.05)。卡方检验结果表明SF2/ASF在胰腺癌中的表达水平与胰腺癌分化程度、淋巴结转移情况以及有无远端脏器转移有关(均为P<0.01),与胰腺癌发生部位和TNM分期无明显相关(P>0.05)。Cox风险回归分析表明,SF2/ASF高表达和患者年龄是影响患者总生存期的独立危险因素(均为P<0.01)。结论:SF2/ASF、突变型P53和Ki67蛋白在胰腺癌中高表达,且SF2/ASF的表达与突变型P53和Ki67具有相关性,提示SF2/ASF有望成为胰腺癌诊治的新靶点。 展开更多
关键词 胰腺癌 剪接因子2/选择性剪接因子 突变型P53 KI67 免疫组织化学
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前体mRNA剪接因子基因突变与视网膜色素变性的研究进展
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作者 汪晓晨 邴子钰 孔珺 《医学研究与教育》 CAS 2023年第1期10-21,共12页
视网膜色素变性(retinitis pigmentosa,RP)是一种遗传性进行性视细胞损伤性疾病,具有基因型和表型异质性。目前已鉴定的RP致病基因达到103个,其中有一类基因(PRPF3、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPF31、SNRNP200、RP9和DHX38)与前体mRNA剪接... 视网膜色素变性(retinitis pigmentosa,RP)是一种遗传性进行性视细胞损伤性疾病,具有基因型和表型异质性。目前已鉴定的RP致病基因达到103个,其中有一类基因(PRPF3、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPF31、SNRNP200、RP9和DHX38)与前体mRNA剪接相关,该类基因全身广泛表达,但其突变后引起RP这种组织特异性表型疾病的机制目前尚不清楚。现汇总近年来国内外研究进展,介绍前体mRNA的剪接过程、前体mRNA剪接因子在剪接过程中的作用及前体mRNA剪接因子导致RP的疾病模型,并探讨前体mRNA剪接因子突变导致RP的致病机制。 展开更多
关键词 视网膜色素变性 前体mRNA剪接因子 疾病模型 致病机制
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丝氨酸/精氨酸富集剪接因子1在肿瘤发生发展过程中的作用 被引量:1
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作者 张寒 郑胡镛 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期631-636,共6页
选择性剪接(alternative splicing)是产生蛋白质组多样性的重要机制,并与肿瘤的发生、发展密切相关。丝氨酸/精氨酸富集剪接因子1(serine/arginine-rich splicing factor 1,SRSF1)是选择性剪接因子家族的代表性成员,参与前体mRNA的选择... 选择性剪接(alternative splicing)是产生蛋白质组多样性的重要机制,并与肿瘤的发生、发展密切相关。丝氨酸/精氨酸富集剪接因子1(serine/arginine-rich splicing factor 1,SRSF1)是选择性剪接因子家族的代表性成员,参与前体mRNA的选择性剪接与加工、胞内定位与运输等生理过程。研究已证实,SRSF1为原癌蛋白,并在肺癌、乳腺癌和白血病等人类肿瘤细胞中存在过表达现象。SRSF1蛋白通过与肿瘤相关基因的相互作用、调控细胞周期及凋亡等多种途径参与肿瘤的发生、发展过程。此外,SRSF1蛋白通过影响PI3K-Akt-mTOR、Ras-MNK-MAPK及Wnt-β-catenin信号转导通路中相关基因的剪接方式发挥致癌作用。针对剪接异常事件,目前主要采用反义寡核苷酸方法特异性纠正基因的错误性剪接,该方法已在肺癌及乳腺癌等实体肿瘤治疗中开展研究。深入研究选择性剪接的位点选择机制和作用机制必将对探讨肿瘤发病机制、诊断和治疗方法产生深远影响。 展开更多
关键词 选择性剪接 剪接因子公司 丝氨酸 精氨酸富集剪接因子1 肿瘤
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剪接因子SF2/ASF在儿童白血病细胞中的表达 被引量:3
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作者 郜慧芳 张寒 +7 位作者 裴珮 刘怡 李志刚 姜锦 张瑞东 高超 戚豫 郑胡镛 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2009年第3期273-276,共4页
目的研究剪接因子SF2/ASF在儿童白血病不同治疗阶段骨髓细胞的表达及在白血病细胞系中的表达变化。方法用Western blotting方法检测儿童急性B淋巴细胞性白血病(acute B-lymphoblastic leukemia,B-ALL)初诊和缓解骨髓细胞中SF2/ASF的表... 目的研究剪接因子SF2/ASF在儿童白血病不同治疗阶段骨髓细胞的表达及在白血病细胞系中的表达变化。方法用Western blotting方法检测儿童急性B淋巴细胞性白血病(acute B-lymphoblastic leukemia,B-ALL)初诊和缓解骨髓细胞中SF2/ASF的表达变化情况;用Western blotting检测B-ALL细胞系SF2/ASF的表达,并用化疗药物长春新碱和阿糖胞苷体外诱导NALM-6细胞系,观察诱导前后SF2/ASF表达的改变。结果Western blotting检测结果显示SF2/ASF在初诊B-ALL患儿骨髓细胞中明显表达,而在缓解期白血病患儿及对照特发性血小板减少性紫癜(idiopathic thrombocytopenic purpura,ITP)患儿骨髓中仅有微弱表达;SF2/ASF在NALM-6细胞系中表达升高;用长春新碱、阿糖胞苷处理后,SF2/ASF表达明显减少。结论SF2/ASF在初诊B-ALL患儿骨髓或白血病细胞系中表达升高,随着临床缓解或体外化疗药物诱导后表达减少,可以作为监测白血病治疗效果的指标之一。 展开更多
关键词 白血病 剪接因子 SF2/ASF 长春新碱 阿糖胞苷
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顺铂处理后肺癌细胞剪接因子SRSF1 mRNA异构体的变化 被引量:4
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作者 马春霞 杨梦莉 +3 位作者 李明阳 杨渊 陈香岭 俞建昆 《贵州医科大学学报》 CAS 2017年第8期879-884,892,共7页
目的:观察不同浓度顺铂处理后肺癌细胞中剪接因子(SRSF1)mRNA异构体的变化,并寻找其中发挥主要抗凋亡作用的异构体。方法:使用不同浓度的顺铂处理肺癌细胞系A549和H1299后提取总RNA,设计SRSF1基因不同的引物(F1∶R1、F1∶F2及F2∶R1)进... 目的:观察不同浓度顺铂处理后肺癌细胞中剪接因子(SRSF1)mRNA异构体的变化,并寻找其中发挥主要抗凋亡作用的异构体。方法:使用不同浓度的顺铂处理肺癌细胞系A549和H1299后提取总RNA,设计SRSF1基因不同的引物(F1∶R1、F1∶F2及F2∶R1)进行RT-PCR以检测其mRNA剪接异构体的变化。结果:在A549和H1299细胞中检测到了5种异构体(Isoform-a、Isoform-b、Isoform-d、Isoform-e、Isoform-f),且主要表现为随着顺铂浓度的升高,非编码蛋白的mRNA异构体的比例明显上升,主要是Isoform-d的上升;而编码蛋白的mRNA异构体所占比例明显下降,主要是Isoform-a下降;同时SRSF1的总mRNA水平也是逐渐降低的。结论:在顺铂处理下,肺癌A549和H1299细胞中的SRSF1的转录水平被下调,其mRNA选择性剪接向下调编码蛋白的mRNA异构体的方向转变,造成编码蛋白的mRNA异构体降低的主要原因为Isoform-a,该异构体可能是SRSF1基因发挥抗细胞凋亡作用的主要异构体。 展开更多
关键词 顺铂 剪接因子 mRNA剪接 选择性剪接 异构体 细胞凋亡
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顺铂处理下肺癌细胞中剪接因子SRSF2 mRNA异构体的变化 被引量:3
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作者 马春霞 杨梦莉 +5 位作者 陈香玲 李明阳 杨渊 刘淑媛 史荔 俞建昆 《贵州医科大学学报》 CAS 2017年第9期1010-1015,共6页
目的:分析不同浓度顺铂(CDDP)处理后肺癌细胞中剪接因子2(SRSF2)mRNA异构体及蛋白水平的变化及机制。方法:分别使用8、16、24、32、40、48及56μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系A549和12、24、36、48、60、72及84μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系... 目的:分析不同浓度顺铂(CDDP)处理后肺癌细胞中剪接因子2(SRSF2)mRNA异构体及蛋白水平的变化及机制。方法:分别使用8、16、24、32、40、48及56μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系A549和12、24、36、48、60、72及84μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系H1299为实验组,同时设立实验组最高浓度CDDP浓度组等体积的DMSO处理的两种细胞的对照组;提取处理后细胞的总RNA,设计SRSF2基因不同的引物(F1∶R1,F2∶F2,F2∶R1),RT-PCR检测mRNA剪接异构体的变化;采用Western-blot检测不同浓度CDDP处理后A549细胞中SRSF2蛋白的表达。结果:在A549和H1299细胞中检测到了6种异构体(a、b、c、d、e、f),且随着处理CDDP浓度的增加,非编码蛋白的mRNA异构体的比例明显上升,主要是Isoform-b和Isoform-e的上升;而编码蛋白的mRNA异构体所占比例明显下降,主要是Isoform-d的下降;同时处理后两种细胞SRSF2的总mRNA水平也逐渐降低,但SRSF2蛋白水平则逐渐升高。结论:在CDDP处理的肺癌细胞A549和H1299中,SRSF2蛋白水平被上调,这种上调可能被SRSF2通过向自身mRNA选择性剪接上调非编码蛋白和下调编码蛋白的mRNA异构体的转录水平来调节。 展开更多
关键词 顺铂 剪接因子2 mRNA选择性剪接 mRNA异构体 细胞凋亡
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RNA剪接因子结构与功能研究进展 被引量:4
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作者 吴瑛 赫荣乔 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期503-508,共6页
RNA剪接是一个多步骤、形成多种中间状态复合物的复杂过程 .尽管在已经发现的一百多种 pre mRNA剪接相关因子中 ,仅研究了约 8%相关蛋白质的空间结构 ,已充分显示对剪接相关因子三维晶体结构以及溶液结构的测定与研究 。
关键词 RNA剪接因子 结构 功能 snRNA结合蛋白 hnRNA结合蛋白 剪接 晶体结构
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胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能 被引量:1
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作者 张爱东 史娟 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期289-296,共8页
目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物... 目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。 展开更多
关键词 胃癌 癌症基因组图谱数据库 剪接因子 富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10
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剪接因子SRp40调控糖皮质激素受体α/β的表达及其对肾病综合征患者糖皮质激素疗效的影响 被引量:1
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作者 张军 谢艳云 +1 位作者 李智 陶立坚 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2017年第5期589-593,共5页
目的:明确肾病综合征患者(NS)外周血单个核细胞(PBMC)糖皮质激素受体α和β(GRα和GRβ)与剪接因子SRp40mRNA的表达水平,探讨剪接因子对糖皮质激素受体pre-mRNA可变剪接的调控作用,同时查明糖皮质激素受体亚型的差异表达对肾病综合征患... 目的:明确肾病综合征患者(NS)外周血单个核细胞(PBMC)糖皮质激素受体α和β(GRα和GRβ)与剪接因子SRp40mRNA的表达水平,探讨剪接因子对糖皮质激素受体pre-mRNA可变剪接的调控作用,同时查明糖皮质激素受体亚型的差异表达对肾病综合征患者糖皮质激素治疗效应之间的影响。方法:临床收集健康志愿者20例、NS患者46例,根据患者对糖皮质激素(GC)治疗效应,将NS患者分为GC敏感组(24例)和GC抵抗组(22例)。收集受试者外周静脉血6 m L,采用实时定量PCR(Quantitative Real-time PCR)方法检测健康志愿者及GC敏感组与GC抵抗组患者治疗前后PBMC中GRα、GRβ及剪接因子SRp40的mRNA表达量;分析GR及SRp变化的相关性及其对NS临床疗效的影响。结果:NS患者与健康对照组PBMC中均有GRα、GRβmRNA表达,其中GRα为主要GR受体亚型;GRα、GRβmRNA的表达水平在GC抵抗组与GC敏感组未见显著差异,但GC抵抗组SRp40的mRNA表达量明显高于GC敏感组及正常对照组(P=0.035);糖皮质激素治疗后GC抵抗组GRβ的表达显著增加(P<0.001),但GRαmRNA表达量在两组患者间无统计学意义;线性回归分析显示GRβmRNA表达量与SRp40 mRNA呈显著正相关(P=0.006)。结论:SRp40高表达可能通过调控可变剪接、诱导GRβ高表达,参与NS患者GC抵抗的发生,NS患者外周血PBMC中GRβ及SRp40的表达水平可能成为NS患者激素敏感性的预测因子。 展开更多
关键词 肾病综合征 糖皮质激素抵抗 糖皮质激素受体 α/β亚型 剪接因子SRp40
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丝氨酸和富含精氨酸剪接因子1基因通过调控翻译过程影响神经胶质瘤U87细胞的增殖 被引量:5
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作者 熊焰 汪奇柏 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期983-987,共5页
目的:探讨丝氨酸和富含精氨酸剪接因子1(SRSF1)基因对神经胶质瘤U87细胞增殖和细胞周期的影响及其作用机制。方法:采用基因沉默技术抑制SRSF1基因表达,获得2种不同靶点的SRSF1稳定沉默细胞系(shSRSF1-1组和shSRSF1-2组)。用CCK-8法检测S... 目的:探讨丝氨酸和富含精氨酸剪接因子1(SRSF1)基因对神经胶质瘤U87细胞增殖和细胞周期的影响及其作用机制。方法:采用基因沉默技术抑制SRSF1基因表达,获得2种不同靶点的SRSF1稳定沉默细胞系(shSRSF1-1组和shSRSF1-2组)。用CCK-8法检测SRSF1沉默对神经胶质瘤U87细胞的增殖活性,流式细胞技术检测SRSF1沉默对U87细胞周期的影响,qPCR和WB实验检测SRSF1沉默对细胞分裂相关基因(CEP70和SMC4)m RNA和蛋白表达水平的影响,用WB实验检测SRSF1沉默对翻译起始蛋白4E-BP1磷酸化的影响。结果:shSRSF1-1组和shSRSF1-2组U87细胞中SRSF1蛋白表达均明显低于对照组(P<0.01),shSRSF1-1组和shSRSF1-2组U87细胞增殖能力被显著抑制(P<0.01),并且处在G2期的细胞数量明显高于对照组(P<0.01)。与对照组比较,shSRSF1-1组和shSRSF1-2组细胞中细胞分裂相关基因CEP70和SMC4 mRNA水平无明显差异(P>0.05),但是蛋白表达水平明显降低(P<0.01)。shSRSF1-1组和shSRSF1-2组U87细胞中翻译起始蛋白4E-BP1磷酸化程度要明显低于对照组(P<0.01)。结论:沉默SRSF1基因通过降低翻译起始蛋白4E-BP1磷酸化水平抑制细胞分裂相关基因CEP70和SMC4的翻译过程,最终使细胞阻滞在G2期,进而减弱神经胶质瘤U87细胞的增殖能力。 展开更多
关键词 丝氨酸和富含精氨酸剪接因子1 神经胶质瘤 增殖 细胞周期
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表达工程化剪接因子腺病毒的构建及其在调控乳鼠心肌细胞中的YAP1可变剪接中的应用 被引量:1
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作者 李阳 赵倩 +1 位作者 宋晓伟 宋金超 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1013-1018,共6页
目的构建人工剪接因子,实现调控心肌细胞YAP1的可变剪接。方法本研究根据Pumilio1的序列特异性,针对YAP1的Exon6构建不同序列的剪接因子。实验分为3组:野生型PUF-SR作为阴性对照组、人工化的PUF-SR腺病毒转染组、质粒转染组。实验流程:... 目的构建人工剪接因子,实现调控心肌细胞YAP1的可变剪接。方法本研究根据Pumilio1的序列特异性,针对YAP1的Exon6构建不同序列的剪接因子。实验分为3组:野生型PUF-SR作为阴性对照组、人工化的PUF-SR腺病毒转染组、质粒转染组。实验流程:使用同源重组的方法构建腺病毒,将人工化的PUF-SR的PCR片段克隆到pAd-Track质粒中,再将重组质粒转化到大肠杆菌DH5α中进行质粒扩增。扩增后的质粒经PacⅠ酶切后,转染到293A细胞,进行腺病毒包装。将得到的腺病毒载体转染到培育的乳鼠心肌细胞中。选用Ad-Track质粒用于对照转染组,通过载体转染法将其转染到乳鼠心肌细胞中。定量和半定量PCR法检测YAP1的可变剪接,Westernblot法检测融合蛋白Flag的信号,并使用GAPDH抗体检测GAPDH作为加载对照。结果腺病毒转染组对心肌细胞的转染效率接近100%,质粒转染组中并没有发现荧光蛋白。在Westernblot实验中,阴性对照和靶向YAPExon6XULIE序列的Flag-SR-NLS-PUF都能够检测到融合Flag的蛋白的表达。在反转录PCR和PCR检测YAP1的可变剪接实验中,结果都显示YAP1的第4个target序列所构建的人工剪接因子能够有效调控YAP1 Exon 6的剪入(P<0.05)。结论本实验成功构建出能够调控YAP1可变剪接的腺病毒,并且在SD大鼠的心肌细胞中得到了验证。 展开更多
关键词 工程化剪接因子 腺病毒 YAP1 可变剪接
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剪接因子SRp55原核表达质粒的构建和表达 被引量:1
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作者 尹晓敏 施建华 刘飞 《南通大学学报(医学版)》 2007年第2期79-82,共4页
目的:本研究通过扩增剪接因子SR蛋白家族的SRp55基因,构建GST融合蛋白原核表达质粒pGEX-2T/SRp55,并在大肠杆菌中诱导表达并进行纯化。方法:用PCR法扩增SRp55基因,将扩增产物和载体pGEX-2T进行双酶切后回收,连接载体和目的片段,获得重... 目的:本研究通过扩增剪接因子SR蛋白家族的SRp55基因,构建GST融合蛋白原核表达质粒pGEX-2T/SRp55,并在大肠杆菌中诱导表达并进行纯化。方法:用PCR法扩增SRp55基因,将扩增产物和载体pGEX-2T进行双酶切后回收,连接载体和目的片段,获得重组质粒。将重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)。在大肠杆菌BL21(DE3)中通过IPTG进行诱导表达,然后用谷胱甘肽-琼脂糖球珠,亲和纯化得到纯的GST-SRp55融合蛋白。结果:SRp55基因以正确的阅读框架插入pGEX-2T。IPTG诱导大肠杆菌BL21(DE3)表达,随诱导时间的增加蛋白表达量增高,4h以后接近最高表达量。通过亲和纯化得到分子量在60kD左右的蛋白,经蛋白印迹分析证实为GST-SRp55融合蛋白。结论:成功地构建了GST融合蛋白原核表达质粒pGEX-2T/SRp55,并获得GST-SRp55融合蛋白,为进一步研究tau蛋白可变剪接机制提供了必要的基础。 展开更多
关键词 SRp55 TAU 原核表达 剪接因子
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剪接因子SR-蛋白特异的激酶—SRPK1的发现 被引量:1
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作者 桂建芳 《细胞生物学杂志》 CSCD 1996年第2期49-54,共6页
1977年,当美国麻省理工学院的PhillipSharp和冷泉港实验室的Richard Roberts分别领导的两个研究小组在研究腺病毒(adenov-irus)和其mRNA之间的杂种分子发现了基因割裂(split)现象时,他们立刻感到诺贝尔已带着他的遗产敲开了他们的心扉... 1977年,当美国麻省理工学院的PhillipSharp和冷泉港实验室的Richard Roberts分别领导的两个研究小组在研究腺病毒(adenov-irus)和其mRNA之间的杂种分子发现了基因割裂(split)现象时,他们立刻感到诺贝尔已带着他的遗产敲开了他们的心扉。果然,一个新的称为RNA剪接Splicing的研究领域从此诞生了,16年后,随着这一领域的不断开拓,当时这一发现的领导者Phillip Sharp和Richard 展开更多
关键词 激酶 剪接因子 SR蛋白 SRPK1
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RNA剪接因子SC35在大鼠脑内的定位研究
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作者 金玉祥 姚敏 邢苗 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期85-88,共4页
用Wistar系大鼠观察了RNA剪接因子SC35在大鼠脑内的定位状况。采用免疫酶以及免疫电镜技术对RNA剪接因子SC35从组织学分布到超微结构定位进行了系统研究。在光镜水平,SC35或SC35样蛋白免疫阳性细胞广泛存在于大鼠脑内神经元,并且存在核... 用Wistar系大鼠观察了RNA剪接因子SC35在大鼠脑内的定位状况。采用免疫酶以及免疫电镜技术对RNA剪接因子SC35从组织学分布到超微结构定位进行了系统研究。在光镜水平,SC35或SC35样蛋白免疫阳性细胞广泛存在于大鼠脑内神经元,并且存在核团差异性;SC35或SC35样蛋白免疫阳性物质在脑神经元细胞核内呈斑点状分布。在电镜水平,SC35或SC35样蛋自主要分布在染色质问颗粒簇和染色质周边纤维上,也证明它存在于核仁的致密纤维组分(DFC)。 展开更多
关键词 SC35 定位 大鼠 RNA 剪接因子 神经元细胞核
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剪接因子SC35在大鼠胸腺细胞内的定位
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作者 金玉祥 姚敏 邢苗 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期230-233,共4页
目的:观察剪接因子SC35在大鼠体内重要器官内分布情况。方法:采用免疫酶以及免疫电镜技术对剪接因子SC35从组织学分布到超微结构定位进行了系统研究。结果:胸腺内大部分细胞内含有SC35或SC35类蛋白,而在肝和肾内未发现有标记。金颗粒主... 目的:观察剪接因子SC35在大鼠体内重要器官内分布情况。方法:采用免疫酶以及免疫电镜技术对剪接因子SC35从组织学分布到超微结构定位进行了系统研究。结果:胸腺内大部分细胞内含有SC35或SC35类蛋白,而在肝和肾内未发现有标记。金颗粒主要分布在细胞核的染色质间区和染色质周边及核仁的致密纤维组分区中。大白鼠胸腺细胞内的金颗粒密度为细胞核内33.05个/μm^2,核仁内21.77个/μm^2,细胞质内9.90个/μm^2,对照组细胞内则金颗粒极少或没有,而在肝和肾细胞内未见。结论:SC35或SC35类蛋白存在于大鼠胸腺内,而非肝和肾。 展开更多
关键词 剪接因子 大鼠 胸腺 SC35 超微结构 免疫酶标记技术 免疫电镜技术
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剪接因子对雌激素受体α7号外显子选择性剪接调控作用的研究
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作者 杨敏 高阗 +1 位作者 童晓文 欧阳一芹 《同济大学学报(医学版)》 CAS 2014年第6期33-38,共6页
目的通过上调或下调肿瘤细胞内hnRNP G、hnRNP I、h Tra2-beta1的表达,探索细胞内三种剪接因子对内源性ERaΔ7形成的作用。方法 Real-Time PCR和Western blot筛选ERα阳性表达细胞株,对细胞株转染hnRNP G、hnRNP I、h Tra2-beta1表达质... 目的通过上调或下调肿瘤细胞内hnRNP G、hnRNP I、h Tra2-beta1的表达,探索细胞内三种剪接因子对内源性ERaΔ7形成的作用。方法 Real-Time PCR和Western blot筛选ERα阳性表达细胞株,对细胞株转染hnRNP G、hnRNP I、h Tra2-beta1表达质粒和shRNA干扰质粒以上调或下调三种剪接因子的表达,Real-time PCR检测ERaΔ7和ERαexon7的表达量。结果筛选出M CF-7为ERα阳性表达细胞株。在hnRNP G表达上调组中,ERαΔ7和ERαexon7的相对表达量与上调空载体对照组存在统计学差异(P<0.05,P<0.05),在hnRNP G表达下调组中,ERαΔ7和ERαexon7的相对表达量与下调空载体对照组显著差异(P<0.05,P<0.05);在hnRNP I表达上调组中,ERαexon7的相对表达量与上调空载体对照组显著差异(P<0.05);在h Tra2-beta1表达上调组中,ERαΔ7和ERαexon7的相对表达量与上调空载体对照组显著差异(P<0.05,P<0.05),在h Tra2-beta1表达下调组中,ERαΔ7和ERαexon7的相对表达量与下调空载体对照组显著差异(P<0.05,P<0.05),其中hnRNP G和h Tra2-beta1对ERα7号外显子的作用为相反趋势。结论 hnRNP G和h Tra2-beta1这两种蛋白可能在ERαexon7的选择性剪接方面存在相互拮抗的作用,hnRNP I对于ERαexon7的纳入存在拮抗作用,据此推测hnRNP G和hnRNP I在ERαex o n7的选择性剪接存在协同作用。 展开更多
关键词 ERΑ 剪接异构体 剪接因子
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