胃镜活检组织SF3B4及miR-96表达在胃癌病情及预后评估中的临床价值

目的分析胃镜活检组织剪接因子3b亚基4(SF3B4)及微小RNA-96(miR-96)表达在胃癌病情及预后评估中的临床价值。方法选择2017年1—12月湖北省洪湖市人民医院普外科诊治胃癌患者95例为胃癌组,胃良性疾病患者60例为非胃癌组,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测组织SF3B4、miR-96表达,比较不同临床病理资料中SF3B4、miR-96表达的差异;采用ROC曲线分析SF3B4及miR-96预测胃癌1年预后不良的价值;多因素Logistic回归分析胃癌患者死亡的危险因素;Kaplan-Meier法分析SF3B4、miR-96表达与生存期的关系。结果胃癌组肿瘤组织SF3B4、miR-96表达均显著高于癌旁组织、非胃癌组病灶组织(F/P=516.766/<0.001、887.495/<0.001)。胃癌低分化、肿瘤最大直径≥5 cm、T3-4、有淋巴结转移及cTNM分期Ⅲ~Ⅳ期患者SF3B4及miR-96表达显著高于胃癌中-高分化、肿瘤最大直径<5 cm、T1-2、无淋巴结转移及cTNM分期Ⅰ~Ⅱ期患者(SF3B4:t/P=4.151/<0.001、5.695/<0.001、6.561/<0.001、7.943/<0.001、4.629/<0.001;miR-96:t/P=4.543/<0.001、3.692/<0.001、5.061/<0.001、5.842/<0.001、5.109/<0.001)。SF3B4、miR-96及二者联合预测胃癌1年预后不良的AUC分别为0.785、0.779、0.952,二者联合优于各自单独预测效能(Z/P=3.451/0.017、3.565/0.014)。多因素Logistic回归分析显示SF3B4≥1.51、miR-96≥1.28、肿瘤分化程度低分化、肿瘤最大直径≥5 cm、肿瘤浸润深度T3-4、有淋巴结转移、cTNM分期Ⅲ~Ⅳ期为胃癌1年死亡的独立危险因素[OR(95%CI)=4.225(1.034~4.623)、3.877(1.142~6.189)、2.261(1.275~5.726)、2.487(1.338~7.516)、2.088(1.023~5.367)、2.779(1.161~4.591)、3.013(1.416~5.791)]。95例胃癌患者随访至终点时存活36例,死亡59例。SF3B4≥1.51且miR-96≥1.28胃癌患者中位生存期(23.7±5.4)个月低于SF3B4<1.51或miR-96<1.28患者(31.2±6.5)个月(Log-rank=11.457,P<0.001)。结论胃癌患者胃镜活检组织SF3B4和miR-96表达显著升高,与病情严重程度、预后及生存期密切相关,可作为胃癌病情及预后评估的标志物,且二者联合检测时可提高预测胃癌预后不良的敏感度及特异度。

基于IPA分析SF3B4作为胃癌潜在生物标志物的分子机制

目的基于IPA(Ingenuity Pathway Analysis)进行生物信息学分析,探讨剪接因子3b亚基4(SF3B4)作为胃癌潜在生物标志物对人胃癌细胞的分子调控机制。方法采用免疫组化法分析SF3B4蛋白在人胃癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测SF3B4 mRNA在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATOⅢ、NCI-N87和MKN-74的表达水平。采用短发夹RNA(shRNA)技术沉默SF3B4基因,RNA测序(RNA-seq)检测SF3B4沉默后AGS细胞基因表达谱变化,输入IPA系统进行经典通路、疾病与功能、互作网络等分析,并筛选出关键基因进行RT-qPCR验证。结果SF3B4蛋白在胃癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织(P<0.05),SF3B4 mRNA在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATOⅢ和MKN-74中呈高表达,在NCI-N87中表达水平一般。RNA-seq显示,与对照组比较,SF3B4沉默组中105个基因为差异表达基因,其中上调基因64个,下调基因41个。IPA经典通路分析显示,SF3B4沉默后,坏死性凋亡信号通路、衰老途径显著抑制。疾病功能和互作网络分析显示,SF3B4在胃癌中发挥重要作用,主要影响自噬、细胞周期等功能。RT-qPCR验证发现,DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24和DRAM2基因在SF3B4沉默后表达下调。结论SF3B4在胃癌组织和胃癌细胞系中高表达,可能是潜在的胃癌生物标志物,可通过调控凋亡信号通路、衰老途径、自噬等通路参与胃癌的发生发展,并可能与DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24和DRAM2等基因相关。