一种新的非翻译区剪接位点识别方法

为提高非翻译区剪接位点识别的精度,提出一种统计概率与支持向量机相结合的识别方法 .该方法主要分为两个阶段,第一阶段应用统计学方法对非翻译区(UTR)序列进行描述,将序列中各碱基之间的相关性、位置特异性、保守性等特征用概率形式描述,以概率参数作为第二阶段支持向量机的输入向量,第二阶段应用带有多项式核函数的支持向量机(SVM)对剪接位点进行识别.通过对人类5′UTR剪接位点数据集进行测试,结果表明:该方法对非翻译区剪接位点的识别取得了很好的效果.

寄生虫的反式剪接研究进展

从锥虫可变表面糖蛋白 ( VSG)中发现反式剪接以来 ,已经发现很多低等真核生物体内都存在这种剪接形式。这种广泛存在于低等真核生物中的反式剪接 ,对于生物蛋白多样性、阶段性表达有着重要的生物学意义。反式剪接中的反式剪接引导序列 ( spliced leader,SLRNA)为一段保守序列 ,SL RNA为寄生虫的功能基因的筛选、c DNA文库的构建提供了表达基因标签 ( EST) ,同时反式剪接为转基因治疗提供了有力的手段。反式剪接的发现和广泛研究 ,对于深入了解低等真核生物的核酸分子生物学及其起源、进化、系统发生、寄生虫病的预防研究等都有着重要意义。文章对反式剪接在低等真核生物体中的研究现状、SL RNA基本结构。

SL反式剪接:一种保守的pre-mRNA加工机制

在SL反式剪接过程中,生物利用SL RNA分子上的SD位点和pre-mRNA分子上的SA位点,在剪接体的作用下,将SL作为小型外显子加到pre-mRNA上形成成熟的mRNA。SL反式剪接这一古老的生物学过程在那些进化缓慢的分子中被完整地保留了下来。不同生物间的SL在大小和组成上有时差别很大;个别生物中还存在着组成完全不同的两种SL,它们在pre-mRNA的加工过程中有着不同的作用。几乎所有的SL RNA在结构上有着惊人的相似之处,包括5’末端的TMG帽子结构、保守的SD位点、Sm位点、SL RNA二级结构等。由于pre-mRNA在转录过程中丢失了SA位点或获得了SD位点,大多数脊椎动物在进化过程中丢失了SL反式剪接方式,而这种丢失可能是导致脊椎动物C值增高的原因之一。