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功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用 被引量:1
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作者 孙智 杨宁 +2 位作者 娄春波 汤超 杨晓静 《合成生物学》 CSCD 2023年第3期444-463,共20页
生物网络以超乎寻常的精度、可靠性和鲁棒性执行着各种各样复杂的功能。网络的拓扑结构、动力学性质与功能之间密切相关。如何定量刻画这种关系,找到复杂多样的生物网络的底层设计规律是系统生物学和合成生物学的巨大挑战。本文对功能... 生物网络以超乎寻常的精度、可靠性和鲁棒性执行着各种各样复杂的功能。网络的拓扑结构、动力学性质与功能之间密切相关。如何定量刻画这种关系,找到复杂多样的生物网络的底层设计规律是系统生物学和合成生物学的巨大挑战。本文对功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用进行了综述。生物网络在统计性质上不同于随机网络,其结构呈现出模块化的趋势,本文首先总结了自然生物系统中出现的高频模块及其功能,回顾了最近系统生物学对于功能拓扑设计原理的探索,包括目前搜索功能拓扑的两种常用计算方法,同时对理论获得的典型功能拓扑进行了总结。继而总结了近年来实际合成生物学系统中功能拓扑的设计和构建,以基于转录调控的基因回路为主,按照其内部调控节点的数目,系统地介绍了不同拓扑结构被用来实现的具体功能及其典型实例。最后,介绍了近期自动化设计集成基因线路的发展、非转录多层次调控机制以及网络鲁棒性的设计原理,并简单探讨了对于复杂功能拓扑设计的机遇和挑战。 展开更多
关键词 合成生物学 系统生物学 功能拓扑 基因回路
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基于功能微拓扑结构的细胞定位培养芯片
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作者 撒成花 薛艳 +3 位作者 魏晨 梁浩彬 谢丽 叶芳 《西北工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期139-146,共8页
提出了一种功能微拓扑结构细胞培养芯片,芯片结构由具有细胞粘附特异性的微平台和微柱阵列交替排布而成,并采用具有良好生物相容性和化学稳定性的聚合物制备,因此该芯片具有对细胞规约能力强和定位稳定性好的优点。芯片性能验证结果表明... 提出了一种功能微拓扑结构细胞培养芯片,芯片结构由具有细胞粘附特异性的微平台和微柱阵列交替排布而成,并采用具有良好生物相容性和化学稳定性的聚合物制备,因此该芯片具有对细胞规约能力强和定位稳定性好的优点。芯片性能验证结果表明,所设计的功能微拓扑结构芯片细胞定位率达到90%,芯片结构及尺寸稳定性好,为需要长期细胞培养的干细胞研究提供了重要的支撑工具。 展开更多
关键词 细胞定位培养芯片 功能拓扑结构 图形化
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网管系统中的性能和拓扑管理功能的设计与实现
3
作者 李明 《信息通信》 2012年第4期105-106,共2页
当前,各企业将计算机技术看成是提升管理效率和综合管理能力的重要工具,而网管系统性能和拓扑管理功能的设计与实现直接关系着计算机程序的运行效率。为此,本文初步分析了网管系统性能和拓扑管理功能设计与实现,具体就是网管性能管理分... 当前,各企业将计算机技术看成是提升管理效率和综合管理能力的重要工具,而网管系统性能和拓扑管理功能的设计与实现直接关系着计算机程序的运行效率。为此,本文初步分析了网管系统性能和拓扑管理功能设计与实现,具体就是网管性能管理分为前台实施检查和后台性能数据收集两个方面,拓扑管理功能分为拓扑发现、状态查询及拓扑显示三个方面。 展开更多
关键词 网络管理系统性能 拓扑管理功能 设计 实现
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一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法
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作者 夏金芳 陈璟 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2020年第10期2146-2151,共6页
生物网络比对是一种常用的研究生物分子间相互作用的方法,也是分析物种间功能差异的重要手段,有助于更好地理解生物进程及功能.本文提出的ConAlign是一种快速且有效的多对多的多网络全局比对算法.首先,利用网络节点间的拓扑相似性补充... 生物网络比对是一种常用的研究生物分子间相互作用的方法,也是分析物种间功能差异的重要手段,有助于更好地理解生物进程及功能.本文提出的ConAlign是一种快速且有效的多对多的多网络全局比对算法.首先,利用网络节点间的拓扑相似性补充序列相似性.然后,结合网络整体的拓扑相似性和指定约束条件将蛋白质相互作用网络进行比对.本算法分别在合成网络和真实网络上进行了实验,并与IsoRankN、BEAMS、SMETANA算法对比.实验结果表明,ConAlign算法识别出了更多的直系同源物,在生物和拓扑方面也表现优异,此外,在保证簇的拓扑与生物功能一致性的前提下,比对的效率也得到了提升. 展开更多
关键词 复杂网络 PPI网络 多网络比对 拓扑与生物功能一致性 图匹配
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知识化制造系统中知识网的结构研究 被引量:5
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作者 杨人子 严洪森 《计算机集成制造系统》 EI CSCD 北大核心 2008年第3期595-601,共7页
针对知识化制造系统自重构后的新知识网合理性问题,研究了知识网的内在结构机理。首先利用等价关系对知识点集进行分类,构造知识点集的功能拓扑空间;通过真集建立知识点集和功能拓扑空间之间的联系;给出关于功能拓扑空间的基的相关结论... 针对知识化制造系统自重构后的新知识网合理性问题,研究了知识网的内在结构机理。首先利用等价关系对知识点集进行分类,构造知识点集的功能拓扑空间;通过真集建立知识点集和功能拓扑空间之间的联系;给出关于功能拓扑空间的基的相关结论,阐述了知识网、拓扑空间和基在本质上的对应关系。在明确这种结构原理的基础上,提出利用等价关系、基和基本知识点对知识网进行约简,利用传递闭包研究知识网复合联系的完备性,从而简化知识网的结构并增强知识网的合理性。最后,通过实例说明了该理论的有效性。 展开更多
关键词 知识网 等价关系 功能拓扑空间 基本知识点 约简 传递闭包
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掘进机电控系统设计研究 被引量:4
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作者 阳廷军 《煤矿机械》 2017年第6期19-20,共2页
分析了传统掘进机电控系统存在维护难、使用复杂等问题,提出了能满足掘进机各控制功能的新型电控系统,论述了其设计原理与方案,重点介绍了电控系统的功能拓扑设计、结构设计以及内部强电、弱电布置原则和各元器件的布局设计等。实践证明... 分析了传统掘进机电控系统存在维护难、使用复杂等问题,提出了能满足掘进机各控制功能的新型电控系统,论述了其设计原理与方案,重点介绍了电控系统的功能拓扑设计、结构设计以及内部强电、弱电布置原则和各元器件的布局设计等。实践证明,新型电控系统维护、使用方便,并增强了人机交互性性能,具有通用性。 展开更多
关键词 掘进机 电控系统 功能拓扑
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基因共表达网络的构建及分析方法研究综述 被引量:5
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作者 汪涛 蒋庆华 +1 位作者 彭佳杰 王亚东 《智能计算机与应用》 2014年第6期47-50,53,共5页
随着高通量生物实验技术的快速发展,特别是基因芯片和新一代测序技术的发展,全基因组范围内的基因表达数据呈爆炸式增长。利用网络生物学的方法对高通量基因表达数据进行分析和挖掘已经成为生物信息学重要的研究方向。对基因共表达网络... 随着高通量生物实验技术的快速发展,特别是基因芯片和新一代测序技术的发展,全基因组范围内的基因表达数据呈爆炸式增长。利用网络生物学的方法对高通量基因表达数据进行分析和挖掘已经成为生物信息学重要的研究方向。对基因共表达网络的研究与分析从系统层面上加深了研究人员对生物系统的认识。本文综述了基因共表达网络的构建和分析的常用方法,主要包括基因相似性度量方法、阈值选择方法、拓扑分析方法、基因模块识别及其功能注释方法,并对一些常用的分析工具进行了分析总结。 展开更多
关键词 基因共表达网络 基因模块 功能拓扑分析
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A movement-assisted software-defined sensor network with NFV support 被引量:2
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作者 Yin Haohao Ding Cui +2 位作者 Yan Feng Xia Weiwei Shen Lianfeng 《Journal of Southeast University(English Edition)》 EI CAS 2018年第2期156-165,共10页
A flexible and controllable movement-assisted software-defined sensor network(MA-SDSN)based on the software-defined network(SDN)and network function virtualization(NFV)is proposed.First,a three-layer fundamental archi... A flexible and controllable movement-assisted software-defined sensor network(MA-SDSN)based on the software-defined network(SDN)and network function virtualization(NFV)is proposed.First,a three-layer fundamental architecture is proposed to overcome the inherent distributed management and rigidity of the conventional wireless sensor networks.Furthermore,the platform for research and development of MA-SDSN is established,and the dumb node(DN),the software-defined node(SN)and the movement-assisted node(MN)are designed and implemented.Then,the southbound application programming interface(API)is designed to provide a series of frames for communication between controllers and sensor nodes.The northbound API is developed and demonstrated overall and in detail.The functions of the controller are presented including topology discovery,dynamic networking,packet processing,mobility management and virtualization.Followed by the MA-SDSN network model,a Markov chain-based movement-assisted weighted relocation(MMWR)topology control algorithm is proposed to redeploy the MNs based on the node status and weight.Simulation results and analysis indicate that the proposed algorithm based on the MA-SDSN extends network lifetime with a lower average power consumption. 展开更多
关键词 software-defined sensor network network function virtualization movement-assisted topology control
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去蜂窝接入/软件定义空口——5G系统框架解决方案初探 被引量:2
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作者 陈亚迷 孙奇 +5 位作者 徐志坤 李刚 韩双峰 潘成康 易芝玲 潘振岗 《电信网技术》 2015年第5期35-42,共8页
为满足未来多种应用场景的丰富业务需求,5G网络需要从网络架构和无线空口进行更加灵活、革新性的设计。本文从"极速、柔性、绿色"3大理念出发,以对无线通信5大基石的再思考为切入点,打造了面向5G需求的无线接入技术架构:去蜂... 为满足未来多种应用场景的丰富业务需求,5G网络需要从网络架构和无线空口进行更加灵活、革新性的设计。本文从"极速、柔性、绿色"3大理念出发,以对无线通信5大基石的再思考为切入点,打造了面向5G需求的无线接入技术架构:去蜂窝接入+软件定义空口。为实现去蜂窝设计,对网元重构、自适应功能和拓扑、网络平台化开放化、网络承载C-RAN 4个方面进行了分析并给出了潜在的技术方向。为实现不同场景需求下的统一灵活空口,建立了统一的软件定义空口框架,并对大规模天线技术,双工技术、新型多址、传输波形等关键技术的优劣势进行分析。最后,针对5G的典型应用场景,给出了空口和架构的灵活优化配置,构建出5G网络端到端的宏伟蓝图。 展开更多
关键词 5G 去蜂窝接入架构 软件定义空口 自适应功能拓扑 C-RAN 大规模天线XDD
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利用ArcGIS对森林资源数据纠错 被引量:1
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作者 刘姝颖 《辽宁林业科技》 2016年第1期74-75,共2页
该文论述了利用Arc GIS中的拓扑功能对森林资源二类调查的小班资源数据进行纠错的方法和步骤,包括创建拓扑、拓扑验证、拓扑修改。同时,对应用的Arc GIS功能进行系统介绍。
关键词 森林资源 拓扑功能 数据纠错
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A Note on q-Deformed Two-Dimensional Yang-Mills and Open Topological Strings
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作者 张鹏 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2010年第8期317-322,共6页
In this note we make a test of the open topological string version of the OSV conjecture in the toric Calabi-Yau manifold X = O(-3) → P^2 with background D4-branes wrapped on Lagrangian submanifolds. The Dbrahe par... In this note we make a test of the open topological string version of the OSV conjecture in the toric Calabi-Yau manifold X = O(-3) → P^2 with background D4-branes wrapped on Lagrangian submanifolds. The Dbrahe partition function reduces to an expectation value of some inserted operators of a q-deformed Yang Mills theory living on a chain of P^1 's in the base p2 of X. At large N this partition function can be written as a sum over squares of chiral blocks, which are related to the open topological string amplitudes in the local p2 geometry with branes at both the outer and inner edges of the toric diagram. This is in agreement with the conjecture. 展开更多
关键词 topological string theory 2d Yang-Mills theory OSV conjecture
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Local adaptive transmit power assignment strategy for wireless sensor networks 被引量:1
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作者 赵学健 庄毅 王进 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2012年第7期1909-1920,共12页
A distributed local adaptive transmit power assignment (LA-TPA) strategy was proposed to construct a topology with better performance according to the environment and application scenario and prolong the network lifet... A distributed local adaptive transmit power assignment (LA-TPA) strategy was proposed to construct a topology with better performance according to the environment and application scenario and prolong the network lifetime.It takes the path loss exponent and the energy control coefficient into consideration with the aim to accentuate the minimum covering district of each node more accurately and precisely according to various network application scenarios.Besides,a self-healing scheme that enhances the robustness of the network was provided.It makes the topology tolerate more dead nodes than existing algorithms.Simulation was done under OMNeT++ platform and the results show that the LA-TPA strategy is more effective in constructing a well-performance network topology based on various application scenarios and can prolong the network lifetime significantly. 展开更多
关键词 wireless sensor network topology control transmit power assignment range assignment path loss exponent energycontrol coefficient ROBUSTNESS network lifetime
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Existence Results for a Class of Periodic Evolution Variational Inequalities 被引量:1
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作者 Samir ADLY Daniel GOELEVEN Michel THRA 《Chinese Annals of Mathematics,Series B》 SCIE CSCD 2007年第6期629-650,共22页
In this paper, using the Brouwer topological degree, the authors prove an existence result for finite variational inequalities. This approach is also used to obtain the existence of periodic solutions for a class of e... In this paper, using the Brouwer topological degree, the authors prove an existence result for finite variational inequalities. This approach is also used to obtain the existence of periodic solutions for a class of evolution variational inequalities. 展开更多
关键词 Variational inequalities Differential inclusions Topological degree Guiding functions Periodic solutions
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Asymptotic T_u-Toeplitzness of weighted composition operators on H^2
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作者 Sungeun Jung 《Science China Mathematics》 SCIE CSCD 2018年第5期881-896,共16页
Given a unilateral forward shift S acting on a complex,separable,infinite dimensional Hilbert space H,an asymptotically S-Toeplitz operator is a bounded linear operator T on H satisfying that{S^(*n)T S^n}is convergent... Given a unilateral forward shift S acting on a complex,separable,infinite dimensional Hilbert space H,an asymptotically S-Toeplitz operator is a bounded linear operator T on H satisfying that{S^(*n)T S^n}is convergent with respect to one of the topologies commonly used in the algebra of bounded linear operators on H.In this paper,we study the asymptotic T_u-Toeplitzness of weighted composition operators on the Hardy space H^2,where u is a nonconstant inner function. 展开更多
关键词 Toeplitz operator asymptotically S-Toeplitz operator weighted composition operator inner function
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A New Peer-to-Peer Topology for Video Streaming Based on Complex Network Theory 被引量:1
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作者 MARZA Venus DEHGHAN Mehdi AKBARI Behzad 《Journal of Systems Science & Complexity》 SCIE EI CSCD 2015年第1期16-29,共14页
A new wave of networks labeled Peer-to-Peer(P2P) networks attracts more researchers and rapidly becomes one of the most popular applications.In order to matching P2 P logical overlay network with physical topology,the... A new wave of networks labeled Peer-to-Peer(P2P) networks attracts more researchers and rapidly becomes one of the most popular applications.In order to matching P2 P logical overlay network with physical topology,the position-based topology has been proposed.The proposed topology not only focuses on non-functional characteristics such as scalability,reliability,fault-tolerance,selforganization,decentralization and fairness,but also functional characteristics are addressed as well.The experimental results show that the hybrid complex topology achieves better characteristics than other complex networks' models like small-world and scale-free models;since most of the real-life networks are both scale-free and small-world networks,it may perform well in mimicking the reality.Meanwhile,it reveals that the authors improve average distance,diameter and clustering coefficient versus Chord and CAN topologies.Finally,the authors show that the proposed topology is the most robust model,against failures and attacks for nodes and edges,versus small-world and scale-free networks. 展开更多
关键词 Complex network's metrics complex network models peer-to-peer topology site and bond percolation video streaming.
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