盐穗木功能未知蛋白(HcUKPP)的亚细胞定位

藜科的极端盐生植物盐穗木(Halostachys caspica)的高盐胁迫抑制差减文库中有39%的功能未知蛋白(proteins with obscure features,POFs),利用亚细胞定位分析可以初步判断其可能的功能.将盐穗木的1个POF c DNA序列Hc UKPP的编码区构建至p CAMBIA1301-GFP植物表达载体上,冻融法将重组质粒p CAMBIA1301-Hc UKPP-GFP转化农杆菌EH105A,利用花序浸染法将基因导入拟南芥,经潮霉素筛选获得T1代阳性幼苗.通过激光扫描共聚焦显微镜观察转基因拟南芥植株的根部细胞.结果显示,表达GFP蛋白的对照转基因植株中,绿色荧光在细胞核、细胞膜以及细胞质中均能检测到,而表达Hc UKPP-GFP融合蛋白的转基因植株中,绿色荧光只在细胞质膜上表达,说明Hc UKPP蛋白为细胞质膜相关蛋白.本研究为深入探讨盐穗木未知蛋白的功能奠定了基础.

SARS冠状病毒未知功能小蛋白大肠杆菌表达及条件优化

将人工合成的SARS-CoV三个未知功能小蛋白X4、X5和ORF10的编码基因克隆到载体pET32a中,构建其表达载体。再将这些表达载体转入大肠杆菌中进行表达,SDS-PAGE和Western blotting结果证明,X4、X5和ORF10三个基因在大肠杆菌中均获得表达。分别研究了温度、IPTG浓度、IPTG加入时间和诱导时间对重组蛋白表达的影响。通过正交分析,得到了上述三种重组蛋白的优化表达条件。根据最佳条件表达重组蛋白,获得重组蛋白占总蛋白的百分比分别是:X4,20%;X5,27.8%;ORF10,68.5%。

重组SARS-C oV未知功能小蛋白X5表达、纯化及抗体制备

将SARS-CoV未知功能小蛋白X5的基因在大肠杆菌中进行诱导表达,获得以包涵体形式存在的重组X5蛋白。通过高浓度尿素变性溶解包涵体,亲和层析法纯化蛋白,然后对其进行尿素梯度透析复性,最终得到的蛋白纯度>95%,终产率93.3 mg.L-1。SDS-PAGE电泳和LC-ESI-MS/MS结果表明,该重组蛋白大小与理论相符,序列与GenBank中注册的X5蛋白序列一致,说明该蛋白为目的蛋白。利用纯化的X5蛋白制备得到多克隆抗体,ELISA检测抗体效价为1∶72900,说明纯化后的蛋白对兔有很强的免疫原性。X5多克隆抗体的成功制备,为将来鉴定X5蛋白的药理学活性奠定了基础。

不同未知功能结构域蛋白家族(DUFs)基因在植物中的生物学功能

未知功能结构域蛋白家族(domains of unknown function protein families,DUFs)是一大群并未表征功能的蛋白家族,其蛋白结构中包含至少一个高度保守的DUF结构域。在众多的DUFs蛋白家族中存在一些植物特有的DUFs蛋白家族,其参与调控植物生长发育、植物对病虫害的防御反应和植物对非生物胁迫的应答反应等生物学过程。本文对近几年关于植物DUFs基因参与上述生物学功能方面的研究进行了综述,旨在为未知功能基因的挖掘及其调控机制的阐明提供基础资料。

辣椒DUF966基因家族鉴定及表达模式分析

【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员,并分析其表达模式,为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966(PF06136)的隐马尔可夫模型种子序列,并以拟南芥和水稻DUF966家族蛋白序列作为参考序列,从辣椒基因组中鉴定出DUF966家族成员,利用生物信息学方法对其基因结构、保守基序、蛋白质特征、启动子顺式作用元件及miRNA和DUF966基因家族间的靶向关系进行系统分析,并利用转录组数据分析辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育及不同激素和胁迫处理下的表达模式。【结果】共鉴定到7个辣椒DUF966基因家族成员,将其命名为CaDUF966-1~CaDUF966-7。将辣椒DUF966基因家族成员分为3个亚群,其中,Ca DUF996-2和Ca DUF996-7属于I亚群,Ca DUF996-3和Ca DUF996-5属于II亚群,CaDUF996-1、CaDUF996-4和CaDUF996-6属于III亚群。7个CaDUF966s基因分布在1、2、6、11和12号染色体上。7个CaDUF966s基因含有2~5个内含子,外显子数为3~6个。所有CaDUF966s均为亲水的不稳定蛋白,亚细胞定位于细胞核内,共含有20个Motif(Motif 1~Motif 20),同一亚群CaDUF966s蛋白含有的Motif越相似。除CaDUF966-3蛋白外,其余6个CaDUF966s蛋白的二级结构和三维结构相似,均以无规则卷曲所占比例较大(36.31%~51.80%),以β-转角所占比例较小(8.56%~10.71%)。基于非同义替换率/同义替换率的比值(Ka/Ks)分析发现,DUF966基因家族成员在辣椒品种间和茄科物种间高度保守,同源基因对的Ka/Ks均小于1.000,表明其在进化过程中经历了强烈的纯化选择压力。7个CaDUF966s基因启动子区域共含有17个生物和非生物胁迫相关顺式作用元件、7个生长发育相关顺式作用元件及10个植物激素反应相关顺式作用元件。7个CaDUF966s基因具有明显的组织和时空特异性,说明CaDUF966s基因参与辣椒的生长发育和胁迫响应。9个miRNA通过切割作用靶向CaDUF966-3和CaDUF966-6基因,5个miRNA靶向CaDUF966-6基因,4个miRNA靶向CaDUF966-3基因。【结论】7个辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育过程及响应生物和非生物胁迫过程中具有调控作用。

伊马替尼停药后复发胃肠道间质瘤的临床特征与KIT/PDGFR基因突变分析

目的探讨转移性胃肠道间质肿瘤(GIST)患者术后伊马替尼辅助治疗过程中,停药与复发的关系,以及KIT第11外显子突变的患者复发后,对伊马替尼的敏感性研究和预后监测。方法对GIST患者复发前后临床特征进行分析比较;利用免疫组织化学的方法辅助诊断和分析复发前后CD117,CD34等GIST细胞标志物的表达情况;采用基因测序的方法进行KIT/PDGFR基因突变检测。结果 GIST患者术后,规范伊马替尼治疗3年,停药后1年余腹部包块证实为GIST复发;患者KIT基因第11外显子检测出有缺失突变:c.1667_1672delAGTGGA,提示该患者仍然对伊马替尼敏感;对于诊断GIST,DOG1比CD34更敏感。结论伊马替尼的连续用药延长无进展生存时间及延缓GIST复发,DOG1具有比CD34更好的敏感性,更加适合作为GIST的诊断标记物。